GENETIKADAN TEKNOLOGI DNA

KELOMPOK 12
 Genetika Bakteri
• Adadua fenomena biologi pada konsep hereditas yaitu:
• 1.Hereditas yang bersifat stabil di mana generasi berikut yang terbentuk
dari pembelahan satu sel mempunyai sifat yang identik dengan induknya
• 2. Variasi genetik yang mengakibatkan adanya perbedaan sifat generasi
berikut dari sel induknya akibat peristiwa genetik tertentu, misalnya
mutasi.
• Pada bakteri, unit herediternya disebut genom bakteri. Genom bakteri
lazimnya disebut sebagai gen saja. Gen bakteri biasanya terdapat dalam
molekul DNA (asam deoksiribonukleat) tunggal, meskipun dikenal pula
adanya materi genetik di luar kromosom (ekstra kromosomal), yang di
sebut plasmid, yang tersebar luas dalam populasi bakteri. Meskipun
bakteri bersifat haploid, transimisi gen dari satu generasi ke generasi
berikutnya berlangsung secara linier, sehingga pada setiap siklus
pembelahan sel, sel anaknya menerima satu set gen yang identik dengan
sel induknya.
• Kromosom bakteri yang terdiri dari DNA mempunyai
berat lebih kurang2-3% dari berat kering satu sel.
Dengan mikroskop elektron, DNA tampak sebagai
benang-benang fibriler yang menempati sebagian
besar dari volume sel. Molekul DNA bila diekstraksi
dari sel bakteri biasanya mempunyai bentuk yang
sirkuler, dengan panjang kira-kira 1 mm. DNA ini
mempunyai berat molekul yang tinggi karena terdiri
dari heteropolimer dari deoksiribonukleotida purin
yaitu Adenin dan Guanin dan deoksiribonukleotida
pirimidin yaitu Sitosin dan Timin.
•
A. Struktur DNA
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson
menemukan model molekul DNA sebagai suatu
struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal
dengan heliks ganda Watson-Crick. Informasi genetika
disimpan sebagai suatu urutan basa pada DNA.
Kebanyakan molekul DNA adalah rantai ganda, dengan
basa-basa komplementer (A-T; G-C) berpasangan
menggunakan ikatan hidrogen pada pusat molekul.
Sifat komplementer dari basa memungkinkan satu
rantai (rantai cetakan, template) menyediakan
informasi untuk salinan atau ekpresi informasi pada
suatu rantai yang lain (rantai penyandi).
• Pasangan-pasangan basa tersusun dalam bagian pusat
double helix DNA dan menentukan informasi
genetiknya. Setiap empat basa diikatkan pada
phosphor-2-deoxyribose membentuk suatu nukleotida.
Setiap nukleotida dibentuk dari tiga bagian yaitu:
1.Sebuah senyawa cincin yang mengandung
nitrogen, disebut basa nitrogen. Dapat berupa purin
atau pirimidin. Purin dan pirimidin yang membentuk
nukleotida, masing-masing memiliki dua macam basa
A. Purin yaitu adenine dan guanine
B. Pirimidin yaitu cytosine dan thymine
 2. Sebuah gugusan gula yang memiliki lima karbon
(gula pentosa), disebut deoksiribosa.
3. Sebuah molekul fosfat. Bagian-bagian tersebut
terhubungkan bersama-sama dalam urutan basa
nitrogen-deoksiribosa-fosfat
Panjang keseluruhan kromosom E.coli diperkirakan
I nm. Oleh karena keseluruhan dimensi sel bakteri
diperkirakan 1000 kali lebih kecil dari pada panjangnya
tersebut sehingga terbentuk lipatan yang melipat lagi
atau supercoiling, menyusun struktur fisik dari molekul
in vivo.
B. Struktur RNA
Berbeda denganDNA,RNA merupakan rantai
tunggal polinukleotida.Tiap ribonukleotida terdiri
dari 3 gugus molekul,yaitu gula 5 karbon (ribosa),
basa nitrogen, yang terdiri dari basa purin yang
sama dengan DNA sedangkan pirimidin
berbeda,yaitusitosin dan urasil, dan gugus fosfat.
Basa purin dan pirimidin berikatan dengan gula
ribosa membentuk nukleosida atau
ribonukleosida. Ribonukleosida yang berikatan
dengan gugus fosfat membentuk nukleotida dan
ribonukleotida.
 Ekspresi Gen
• Fungsi primer DNA pada hakikatnya adalah sebagai sumber
perbekalan informasi genetik yang di miliki oleh sel induk. Proses
replikasi di kerjakan dengan amat lengkap sehigga sel anaknya
mendapatkan pula informasi genetik yang lengkap, sehingga terjadi
kesetabilan genetik dalam suatu populasi mikroorganisme. Satu
benang kromosom biasanya terdiri dari 5 juta pasangan basa dan
terbagi atas segmen atau sekwens asam amino tertentu. Dari akan
terbentuk stuktur protein. Protein ini kemudian menjadi enzim-
enzim, komponen membran sel dan struktur sel yang lain
yang secara keseluruhan menentukan karakter dari sel itu.
• Ekspresi gen merupakan proses penterjemahan informasi yang
dikode didalam gen menjadi urutan asam amino selama sintesis
protein. Dogma sentral ekspresi gen adalah sebagi berikut :
A. Replikasi DNA
Sintesis perbanyakan bahan genetik seperti DNA,
dilakukan melalui proses yang disebut replikasi.
Replikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia
yang mencirikan proses kehidupan. Melalui suatu
replikasi, senyawa kimia dapat membentuk
dirinya untuk menghasilkan senyawa baru yang
mirip dengan dirinya. Replikasi hanya terjadi pada
asam nukleat, DNA atau RNA. Molekul asam
nukleat yang mampu bereplikasi disebut replikon.
Tidak ditemukan senyawa lain yang sintesisnya
dilakukan melalui replikasi.
Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel.
Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA.
Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA
sangatlah teratur, yaitu pada fase S daur sel, sebelum
mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu
pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida
penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat
pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut
reaksi berantai polimerase (PCR). Dengan demikian,
setiap sel yang melakukan mitosis akan dihasilkan 2 sel
anak yang memilki DNA lengkap sama persis dengan
yang dimiliki induknya.
• Sebelum rantai polinukleotida DNA dapat disintesis oleh bakteri
atau organisme lain, harus tersedia sekumpulan nukleotida seluler.
Pada bakteri tertentu, nukleotida harus disuplai dalam medium
dalam bentuk jadi. Pada bakteri lain dapat mensintesis nukleotida
dari nutrien yang sederhana, seperti glukosa, ammonium sulfat,
dan mineral. Berdasarkan struktur DNA heliks ganda (double helix),
maka hipotesis yang digunakan untuk replikasi adalah
Semikonservatif. Menurut hipotesis replikasi secara semi-konsevatif,
setiap utas DNA menjadi cetakan bagi pembentukan utas baru,
sehingga pada akhir proses replikasi akan ditemukan dua utas
ganda yang masing-masing mengandung satu utas baru dan satu
utas lama.

•
• TranskripsimerupakansintesisRNA darisalah
saturantaiDNA,yaiturantai cetakan yang disebut
sense, sedangkan pasangan rantai DNAnya
disebut rantai antisense. Terjadidi dalam
intisel.Transkripsi terdiri dari tigatahap,yaitu:
– Inisiasi (permulaan). Transkripsi diawali oleh promoter, yaitu
daerah DNAtempatRNApolimerasemelekat. Promoter mencakup
titik awal transkripsi dan biasanya membentang beberapa
pasang nukleotida di depan titik
awaltersebut.Fungsipromoterselain menentukan dimana
transkripsidimulai,jugamenentukanyang
manadarikeduarantaiganda DNAyangdigunakan sebagai cetakan.
– Elongasi (pemanjangan). Ketika RNA bergerak di sepanjang DNA,
pilinanrantaigandaDNAtersebutterbukasecaraberurutankira-
kira10-
20basaDNA.EnzimRNApolimerasemenambahkannukleotidakeuju
ng 3’darimolekulRNA yangdibentukdi sepanjangrantai
gandaDNA. SetelahsintesisRNAberlangsung, rantaiganda
DNAakanterbetuk kembali dan RNA baru akan terlepas dari
cetakannya.
– Terminasi (pengakhiran). Transkripsi berlangsung hingga RNA
polimerase mentranskripsiurutanDNAyangdinamakanterminator.
Terminator merupakanurutan DNAyang
berfungsiuntukmengakhiri
prosestranskripsi.Padaprokariotik,transkripsiberhentipada
saatRNA polimerasemencapai titik terminasi. Padaeukariotik,
RNApolimerase terus melewatititik terminasi, 10-35 nukleotida,
RNAyangtelah terbentuk terlepas dari enzimtersebut.
B. Translasi
• Translasi berlangsung didalam sitoplasma dan
ribosom.Translasi merupakan proses penterjemaahan sutu
kode genetik menjadi protein yang sesuai.Kode genetik
tersebut berupa kodondisepanjangmolekulRNAd, sebagai
penterjemaahnya RNAt.RNAtmembawa
asamaminodaristoplasma ke ribosom.
• MolekulRNAtmembawa asamaminospesifikpada salah
satuujungnyayang sesuaidengantripletnukleotida
padaujungRNAtlainnyayangdisebut antikodon.
• Misalnya,perhatikankodonRNAdUUUyang
ditranslasisebagaiasamamino fenilalanin. RNAt
pembawafenilalaninmempunyaiantikodon AAAyang
komplemen denganUUU agar terjadi reaksi
penambahanfenilalaninpada rantai pelipeptida sebelumnya
• RNAtyangmengikatdiripadakodonRNAdharusme
mbawaasamamino yang
sesuaikedalamribosom.Melekatnyaasamaminopa
daRNAtdibantu oleh enzimaminoasil-
RNAtsintetase(aminoacyl-tRNA synthetase).
• Ribosom memudahkan pelekatan antara
antikodon RNAt dengan kodon RNAdselama
sintesisprotein.Ribososmtersususnatassubunitbes
ardan subunit kecilyangdibangun oleh protein-
proteindan molekul-molekul RNAt.
•
 Pertukaran Materi Genetik pada
Bakteri
• Perpindahan gen merupakan suatu kegiatan yang dilakukan bakteri
dengan mengirimkan informasi genetik (DNA) dari sel donor ke sel
resipien. Kegiatan perpindahan gen ini ada tiga yakni:
A. Transformasi
Transformasi pertama kali ditemukan oleh Frederick Griffith
pada tahun 1928. Dia mempelajari transformasi satu tipe
Streptococcus pneumoniae menjadi tipe yang berbeda. S.
pneumoniae dibagi menjadi 100 tipe lain yang berbeda atas dasar
perbedaan kimia pada kapsulnya. Jadi, tipe 1 menghasilkan kapsul
yang berbeda dengan tipe 2, dan seterusnya. Transformasi ialah
proses pemindahan DNA bebas sel yang mengandung sejumlah
informasi genetik (DNA) dari satu sel ke sel lainnya. DNA tersebut
diperoleh dari sel donor melalui lisis sel alamiah atau dengan cara
ekstraksi kimiawi. Begitu fragmen DNA dari sel donor tertangkap
oleh sel resipien, maka terjadilah rekombinasi.
Manfaat yang didapat dari transformasi gen
pada bakteri adalah
• Sarana penting dalam rekayasa genetika.
• Memetakan kromosom bakteri.
• Bermanfaat dalam penelitian-penelitian
genetik bakteri di laboratorium.
B. Konjugasi
• Konjugasi merupakan mekanisme perpindahan informasi genetik (DNA)
dari sel donor ke sel resipien yang terjadi akibat adanya kontak sel dengan
sel. Konjugasi bakteri pertama kali ditemukan oleh Lederberg dan Tatum
pada tahun 1946. Mereka menggabungkan dua galur mutan Escherichia
coli yang berbeda yang tidak mampu mensintesis satu atau lebih faktor
tumbuh esensiil dan memberinya kesempatan untuk kawin.
• Pada proses konjugasi, sel donor (jantan) memasukkan sebagian DNA ke
dalam sel resipien melalui pili seks yang dimiliki oleh sel jantan. Setelah
DNA donor masuk ke dalam sel resipien, enzim-enzim yang bekerja pada
DNA resipien menggunting dan mengeksisi suatu fragmen DNA resipien.
Kemudian DNA donor dipadukan ke dalam kromosom resipien di tempat
DNA yang tereksisi. Mekanisme ini sebenarnya berlangsung juga pada
kegiatan transformasi dan transduksi. Dengan adanya proses konjugasi ini,
gen-gen tertentu yang membawa sifat resistensi pada obat dapat
berpindah dari populasi bakteri yang resisten ke populasi bakteri yang
tidak resisten. Oleh karenanya, bila hal tersebut terjadi pada populasi
bakteri bisa timbul multi drug resistance.
mengeksisi suatu fragmen DNA resipien. Kemudian
DNA donor dipadukan ke dalam kromosom
resipien di tempat DNA yang tereksisi.
Mekanisme ini sebenarnya berlangsung juga pada
kegiatan transformasi dan transduksi. Dengan
adanya proses konjugasi ini, gen-gen tertentu
yang membawa sifat resistensi pada obat dapat
berpindah dari populasi bakteri yang resisten ke
populasi bakteri yang tidak resisten. Oleh
karenanya, bila hal tersebut terjadi pada populasi
bakteri bisa timbul multi drug resistance.
C. Transduksi
• Beberapa jenis virus berkembang biak di dalam sel bakteri. Virus-virus
yang inangnya adalah bakteri seringkali disebut bakteriofage atau fage.
Pada waktu fage menginfeksi bakteri, fage memasukkan DNA-nya ke
dalam bakteri tersebut. DNA fage ini kemudian bereplikasi di dalam sel
bakteri atau berintegrasi dengan kromosom bakteri. Inilah yang dikenal
dengan transduksi. Jadi, transduksi adalah proses perpindahan gen dari
suatu bakteri ke bakteri lain oleh bakteriofage lalu oleh bakteriofage
tersebut plasmid ditransfer ke populasi bakteri. Transduksi ditemukan oleh
Norton Zinder dan Joshua Lederberg pada tahun 1952. Pada waktu DNA
fage dikemas di dalam pembungkusnya untuk membentuk bakteri-bakteri
fage baru, DNA fage tersebut dapat membawa sebagian dari DNA bakteri
yang telah menjadi inangnya. Selanjutnya, bila fage menginfeksi bakteri
lainnya, maka fage akan memasukkan DNA-nya yang mengandung
sebagian dari DNA bakteri inang sebelumnya. Dengan demikian, fage tidak
hanya memasukkan DNA-nya sendiri ke dalam sel bakteri yang
diinfeksinya, tetapi juga memasukkan DNA dari bakteri lain yang ikut
terbawa pada DNA fage. Jadi, secara alami fage memindahkan DNA dari
satu sel bakteri ke bakteri lainnya.
 Mutasi
• Mutasi adalah perubahan di dalam rangkaian nukleotida suatu gen.
Mutasi menimbulkan ciri genetik yang baru atau genotif berubah. Sel atau
organisme yang menimbulkan efek mutasi disebut mutan. Mutasi pada
gen akan menyebabkan produk protein yang dihasilkan.
A. Mutagenesis
Mutagenesis merupakan suatu teknik biologi molekuler di mana
suatu mutasi diciptakan pada suatu bagian molekul DNA tertentu, yang
dikenal sebagai plasmid.
Mekanisme dasar:
1. Mensintesis DNA yang di dalamnya terdapat bagian yang ingin
dimutasi.
2. Hasil sintesis ini harus dihibridisasi dengan DNA lain dari gen
yang diinginkan.
3. Fragmen tersebut diperluas lagi oleh DNA polimerase.
4. Molekul yang diperoleh akan diadaptasikan ke dalam sel inang
dan dikloning.
5. Pemilihan mutan.
B. Mutagen
• Bahan-bahan yang menyebabkan terjadinya mutasi disebut mutagen. Mutagen
terbagi menjadi tiga, yaitu:
1. Mutagen bahan kimia
• Mutagen bahan kimia, contohnya adalah kolkisin dan zat digitonin. Kolkisin
adalah zat yang dapat menghalangi terbentuknya benang-benang spindel pada
proses anafase dan dapat menghambat pembelahan sel pada anafase. Mutagen
bahan kimia dapat menimbulkan mutasi melalui beberapa cara. Gugusan alkil aktif
dari bahan mutagen kimia dapat ditransfer ke molekul lain pada posisi dimana
kepadatan elektron cukup tinggi seperti phosphate groups dan juga molekul
purine dan pyrimidine yang merupakan penyusun struktur deoxyribonucleic acid
(DNA). Seperti diketahui umum, DNA merupakan struktur kimia yang membawa
gen. Basa-basa yang menyusun struktur DNA terdiri dari adenine, guanine,
thyimine, dan cytosine. Adenine dan guanine merupakan basa bercincin ganda
(double-ring bases) disebut purines, sedangkan thymine dan cytosine bercincin
tunggal (single-ring bases) disebut pyrimidines. Struktur molekul DNA berbentuk
pilitan ganda (double helix) dan tersusun atas pasangan spesifik Adenine-Thymine
dan Guanine-Cytosine. Contoh mutasi yang paling sering ditimbulkan oleh
mutagen kimia adalah perubahan basa pada struktur DNA yang mengarah pada
pembentukan 7-alkyl guanine.
2. Mutagen bahan fisika
Mutagen bahan fisika, contohnya sinar ultraviolet, sinar radioaktif, dan
lain-lain. Sinar ultraviolet dapat menyebabkan kanker kulit.
Mutagen fisika bersifat sebagai radiasi pengion (ionizing radiation)
yang dapat melepas energi (ionisasi), begitu melewati atau
menembus materi. Mutagen fisika termasuk diantaranya sinar-X,
radiasi gamma, radiasi beta, neutron, dan partikel dari aselerators
sudah umum digunakan dalam pemuliaan tanaman. Karakteristik
untuk masing-masing jenis radiasi disajikan dalam tabel di bawah
ini. Begitu materi reproduksi tanaman diradiasi, proses ionisasi akan
terjadi dalam jaringan dan dapat menyebabkan perubahan pada
jaringan itu sendiri, sel, genom, kromosom, dan DNA atau gen.
Perubahan yang ditimbulkan pada tingkat genom, kromosom, dan
DNA atau gen dikenal dengan istilah mutasi (mutation).
3. Mutagen bahan biologi
Diduga virus dan bakeri dapat menyebabkan
terjadinya mutasi. Bagian virus yang dapat
menyebabkan terjadinya mutasi adalah DNA-
nya.
 DNA Rekombinan
Teknologi DNA rekombinan telah mungkinkan bagi kita untuk:
mengisolasi DNA dari berbagai organisme, menggabungkan DNA
yang berasal dari organisme yang berbeda sehingga terbentuk DNA
rekombinan, memasukkan DNA rekombinan ke dalam sel organisme
prokariot maupun eukariot hingga DNA rekombinan dapat
berepilkasi dan bahkan dapat diekspresikan. Jadi, Teknologi DNA
Rekombinan merupakan kumpulan teknik atau metoda yang
digunakan untuk mengkombinasikan gen-gen di dalam tabung
reaksi. Teknik-teknik tersebut meliputi:
• Teknik untuk mengisolasi DNA.
• Teknik untuk memotong DNA.
• Teknik untuk menggabung atau menyambung DNA.
• Teknik untuk memasukkan DNA ke dalam sel hidup.