BIOKIMIA

TIM DOSEN BIOKIMIA

PROGRAM STUDI FARMA
SI
INSTITUT SAINS DAN TEKNOLOGI NASIO
NAL

Referensi
 Lehninger AL. Principles of Biochemistry, 2nd ed. 1993. Worth
 Murray RK. Harper’s Biochemistry, 24th ed. 1996. Appleton and Lange
 Stryer L. Biochemistry, 4th ed. 1995. Freeman
 Alberts B. Molecular Biology of The Cell, 3rd Ed. 1994. Garland
 Sadikin M. Biokimia Enzim. 2002. Widya Medika.
 Introduction to Biochemistry
2

 Biokimia adalah ilmu yang mempelajari struktur dan sifat biomolekul dan

bagaimana molekul-molekul tersebut dibuat, diubahbentuk dan dipecah

 Molekul apapun yang disintesis di dalam organisme hidup dinamakan

biomolekul

 Molekul adalah kumpulan atom yang bergabung dan diikat oleh ikatan kovalen

 Atom adalah unit terkecil dari materi yang menentukan struktur suatu elemen.

Atom terdiri dari tiga partikel, yakni proton, neutron and electron


Water molecule Carbon dioxide molecule

Synthesized in
Living organism

3
 Biomolecules
4

Biomolecules:
• Any molecule synthesized in living organisms is called biomolecule, including small
molecules such as primary metabolites, secondary metabolites, and natural products as well
as large macromolecules such as carbohydrates, proteins, lipids and nucleic acids.
• Many biomolecules are polymers.
• Monomers are relatively small micromolecules that are linked together to create large
macromolecules known as polymers.
• There are four major classes of biomolecules
Carbohydrates
Lipids
Proteins
Nucleic acids
 5

Monomers Polymers

Sugars
Poly-
(mono- saccharides
saccharides)
Small organic
molecules are
building blocks of Amino acids Proteins
biological
macromolecules
Nucleotides
Nucleic acids
(DNA/RNA)

Fatty acids
Fats/lipids/
membranes
 6

2.Biomolekul 3. Makro-
Structural hierarchy 1. Atom (unit molekul
of an organism monomer) (polymer)

6. Cell 5. Organel 4. Kompleks

supramolekuler

7. Jaringan 8. Organ 9.
Organisme
 3

NJ.b

A H

Cell wall

7
Keywords
Sifat fisiologis
fisiologis Bentuk
Sifat Bentuk
biomolekul biomolekul
biomolekul
biomolekul
ditentukan ditentukanoleh
ditentukan
ditentukan
oleh oleh interaksi
interaksi (ikatan)
oleh
bentuknya (ikatan) antar
atan atom
bentuknya
atomnya
Interaksi
ditentukan oleh
Interaksi
gugus ditentukan
fungsinya
oleh gugus fungsinya

8
 Why C?
9

 Struktur inti dari hampir semua biomolekul adalah suatu hidrokarbon (C-H)
 Keunikan Atom Karbon (C)
10

 Struktur inti dari hampir semua biomolekul adalah suatu hidrokarbon (C-H)

 Atom karbon yang terikat secara kovalen dapat membentuk struktur linier, rantai
bercabang dan siklik serta dapat mengikat berbagai macam gugus fungsi

Molekul yang dapat dibentuk oleh rantai atom C sangat bervariasi ukuran & bentuknya

Bentuk molekul memiliki arti fisiologis yang penting

Contoh: anemia sel sabit (sickle cell anemia) akibat perubahan bentuk hemoglobin
Keunikan Atom Karbon (C)
11
 Gugus Fungsi dalam Biomolekul
12

 Struktur inti dari hampir semua biomolekul adalah suatu hidrokarbon (C-H)
 Atom karbon dapat berikatan dengan beberapa gugus fungsi
 Gugus fungsi adalah sekelompok atom yang terikat dalam susunan tertentu
yang menentukan sifat fisik dan reaksi kimiawi dari suatu senyawa
 Contoh: Gugus fungsi hidroksil (alkohol)  OH

Metana (g) Metanol (liq)

13
 14

TUGAS!!
 Cari struktur penyusun biomolekul
utama (karbohidrat, lipid, proteins,
asam nukleat) dan tentukan gugus
fungsinya dengan lengkap

 Dikerjakan di selembar kertas F4

(folio) bergaris

 Dikumpulkan minggu depan

 Interaksi (ikatan)

Non Kovalen Kovalen

Elektrostatik Hidrogen
Van der
(ionik) waals

15
 Interaksi pada biomolekul

Interaksi Kovalen
 Interaksi kovalen merupakan interaksi yang kuat
 Membutukan energi 100kcal/mol untuk memisahkan ikatan kovalen
 Interaksi kovalen mengikat biomolekul melalui penggunaan elektron bersama

Interaksi Nonkovalen
 Interaksi nonkovalen merupakan interaksi yang lemah
 Membutukan energi 1-5kcal/mol untuk disosiasi ikatan kovalen
 Merupakan interaksi elektromagnetik dan tidak menggunakan elektron bersama
 Berperan penting dalam menentukan bentuk konformasi 3D biomolekul
Interaksi kovalen dan nonkovalen molekul air
17
18
 Interaksi nonkovalen pada biomolekul

 Interaksi Elektrostatik
 Ikatan hidrogen

 Ikatan ionik

 Interaksi van der Waals

 Interaksi hidrofobik
 Ikatan Hidrogen

 Interaksi yang terjadi antara atom yang elektronegatif (O atau N)

dengan atom hidrogen yang berikatan kovalen dengan atom yang
elektronegatif
 Ikatan Hidrogen (lanj...)

 Biomolekul yang tidak bermuatan namun polar (seperti: gula) dapat

larut didalam air karena distabilkan oleh beberapa ikatan hidrogen
 Ikatan hidrogen akan semakin kuat jika orientasi atom-atomnya
maksimal
 Interaksi ionik

 Interaksi antara atom yang bermuatan positif dan atom yang

bermuatan negatif
 Interaksi van der Waals

 Jika 2 atom tidak bermuatan saling berdekatan, awan elektron

disekitar atom tsb saling berinteraksi menyebabkan salah satu atom
memiliki dipol positif dan yang lainnya memiliki dipol negatif
 Interaksi antara kedua dipol ini disebut interaksi van der Waals
 Interaksi Hidrofobik

 Molekul non polar seperti benzena, heksana, etana disebut

hidrofobik
 Dalam pelarut polar seperti air, bagian bagian yang non polar dari
biomolekul akan bergabung.
 Interaksi antar bagian - bagian nonpolar tersebut dinamakan
interaksi hidrofobik
Interaksi Hidrofobik (lanj...)
 Summary
26

 Sifat fisiologis biomolekul ditentukan oleh bentuknya

 Bentuk biomolekul dihasilkan dari pelipatan-pelipatan molekul itu sendiri
 Pelipatan molekul merupakan
 Bentuk biomolekul menentukan sifat fisiologisnya
 Bentuk biomolekul ditentukan oleh interaksi antar atomnya
 Keywords
27

 Sifat fisiologis biomolekul ditentukan oleh bentuknya

 Bentuk biomolekul ditentukan oleh interaksi (ikatan) antar atomnya
 Interaksi ditentukan oleh gugus fungsinya