JOURNAL READING

“ E VA L U AT I O N O F T H E D I A G N O S T I C A C C U R A C Y O F A T Y P H O I D I G M F LO W
A SS A Y F O R T H E D I A G N O S I S O F T Y P H O I D F E V E R I N C A M B O D I A N
C H I L D R E N U S I N G A B A Y E S I A N L AT E N T C L A SS M O D E L A SS U M I N G A N
I M P E R F E C T G O L D S TA N D A R D ”
 

Siti Intan Fandini

H1A014073 
Pembimbing :
dr. Nur Nailul, Sp.A
 
 IDENTITAS JURNAL

Nama Penulis : Catrin E. Moore, Wirichada Pan-Ngum, Lalith P. M.

Wijedoru, Soeng Sona, Tran Vu Thieu Nga, Pham
Thanh Duy, Phat Voong Vinh, Kheng Chheng, Varun
Kumar, Kate Emary, Michael Carter, Lisa White,
Stephen Baker, Nicholas P. J. Day, and Christopher
M. Parry
 
Evaluation of the Diagnostic Accuracy of a Typhoid IgM
Judul Tulisan :
Flow Assay for the Diagnosis of Typhoid Fever in
Cambodian Children Using a Bayesian Latent Class Model
Assuming an Imperfect Gold Standard
Jurnal Asal : American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. 90(1),
2014
Jenis Jurnal : Research Article
 ABSTRAK

Tes diagnosis cepat atau rapid test dibutuhkan untuk mendiagnosis demam tifoid pada anak di
daerah endemis. Lima ratus anak dirawat di Rumah Sakit di Kamboja antara tahun 2009 dan
2010 diketahui memiliki riwayat demam yakni ≥ 38°C yang kemudian diperiksa dengan metode
Kultur Darah, PCR (polymerase chain reactions) Salmonella Typhi/ Paratyphi, dan Uji Flow Assay
IgM Typhoid (IgMFA). Pelaksanaan uji coba ditentukan menggunakan metode konvensional dan
analisis model Bayesian. Terdapat 32 kasus demam tifoid dengan perincian 10 kasus dengan
hasil kultur darah dan PCR positif, 14 kasus kultur darah positif dan PCR negatif, dan 8 kasus
kultur darah negatif dan PCR positif. Sensitivitas dari uji IgMFA yakni 59,4% dengan confidence
interval 95% = 41-76, dan spesifitas yakni 97,8% dengan confidence interval 95% = 96-99. Pada
pemeriksaan kultur darah, sensitivitasnya yakni 81,0% dengan credible invterval 95% = 54-99.
Pada pemeriksaan PCR sensitivitasnya yakni 97,5% dengan credible invterval 95% = 26-55, dan
spesifitas 98,2% dengan credible invterval 95% = 97-99. Untuk pemeriksaan IgMFA (≥ 2+) yakni
77,9% (credible invterval 95% = 58-90), dengan spesifitas yakni 97,5% (credible invterval 95%
= 95-100). Sensitivitas dan spesifitas dari pemeriksaan IgMFA sebanding dengan pemeriksaan
kultur darah dan lebih baik dari perkiraan dengan menggunakan analisis konvensional.
 PENDAHULUAN

• Salmonella enterica serotype Typhi (S. Typhi) merupakan organisme penyebab

utama dari demam tifoid, walaupun demikian S. Enterica Paratyphi A mulai
meningkat di beberapa wilayah termasuk India Utar, Nepal, dan China
• Untuk diagnosis yang terjamin, dibutuhkan konfirmasi dari pemeriksaan
laboratorium dengan pemeriksaan kultur darah sebagai metode yang
direkomendasikan. Namun, pada uji tersebut dilaporkan hanya dapat
mendeteksi dengan hasil positif pada 40-80% kasus saja
• Tes IgMFA merupakan tes diagnosis cepat spesifik untuk pemeriksaan tifoid dengan menggunakan
sampel serum dan whole blood manusia yang dapat mendeteksi lipopolisakarida S. Typhi (LPS)-
Antibodi IgM spesifik menggunakan uji imunokromatografi atau Lateral Flow Immunoassay.
• Pada penelitian ini sudah diperkirakan akurasi diagnostik tes KIT IgMFA untuk diagnosis demam
tifoid dibandingkan dengan kultur darah, uji PCR real-time, dan penilaian klinis pada sekelompok
anak yang dirawat di rumah sakit karena demam.
 MATERIAL DAN METODE

Tempat Penelitian
• AHC (Angkor Hospital for Children) adalah rumah sakit yang
didanai amal dan satu dari dua rumah sakit anak di kota Siem
Reap. Ini memberikan perawatan medis gratis untuk anak-anak
usia 0-15 tahun dari kota, provinsi, dan provinsi di sekitarnya.
Pasien
• Anak-anak secara berturut-turut dirawat di AHC dengan
demam yang tercatat ≥ 38 ° C dalam 48 jam setelah masuk,
yang berusia <16 tahun dan memenuhi syarat untuk
dimasukkan ke dalam penelitian.
• Ada dua periode rekrutmen pada jenis studi prospektif ini.
Periode pertama adalah antara April dan Mei 2009 (N = 125),
dan itu adalah subjek dari laporan sebelumnya. Periode
perekrutan kedua adalah antara Maret dan Agustus 2010 (N =
375),
• Dua periode perekrutan dipilih selama musim di mana demam
tifoid paling umum di Kamboja.
• Darah akan dikumpulkan dari pasien saat masuk dan keluar
Rumah Sakit jika memungkinkan.
• Lima ratus anak dilibatkan dalam penelitian ini dengan
pemeriksaan rapid test tifoid jika sampel darah lengkap dan
serum darah yang masuk cukup tersedia untuk analisis.
 PROSEDUR KLINIS

• Informasi demografis dan klinis dicatat pada formulir laporan

studi kasus pada saat anak masuk Rumah Sakit.
• Darah dikumpulkan pada saat masuk untuk hitung darah
lengkap dan kultur darah; seluruh darah ethylenedinitrilo
tetraacetic acid (EDTA) dikumpulkan untuk PCR, dan serum
dikumpulkan untuk IgMFA.
• Sampel serum dibekukan pada suhu -80 ° C dan diuji
kemudian.
 KULTUR DARAH

• Volume darah 1-2 mL, tergantung pada usia, diinokulasi ke dalam 20 mL

kaldu kedelai tryptic dengan sodium polyanethol sulfonate (SPS).
• Semua botol darah diperiksa setiap hari dan disubkultur pada 24 jam, 48
jam, dan 7 hari setelah inkubasi atau jika keruh, pada pemeriksaan.
• Subkultur dimasukkan ke dalam agar darah domba 5% dan agar coklat
diinkubasi dalam stoples lilin dan agar MacConkey diinkubasi di udara
selama 48 jam
• Isolat bakteri diidentifikasi oleh metode standar, termasuk uji biokimia
menggunakan strip uji API dan aglutinasi dengan antiserum tertentu
• Semua media dan pengujian mengikuti penilaian kualitas internal reguler.
 PCR REAL TIME

• Ekstraksi DNA dilakukan dari seluruh darah yang disimpan

dalam EDTA menggunakan QIAmp DNA Mini Kit (Qiagen,
Inggris). Metode PCR real-time yang sebelumnya diterbitkan
oleh Nga dan lain-lain diikuti dengan menggunakan 25 µL
reaksi yang mengandung 5 µL DNA yang diekstraksi untuk
mendeteksi S. Typhi dan S. Paratyphi A.
 IgMFA

• IgMFA diuji pada 500 sampel serum yang masuk sesuai dengan
prosedur sesuai pabrik. Untuk 125 anak pertama, tes dilakukan
pada saat masuk.
• Untuk 375 anak yang tersisa, tes tidak dilakukan pada saat
masuk tetapi 1 tahun kemudian; tes dilakukan pada sampel
serum yang diambil saat masuk yang telah disimpan pada
suhu -80 °C
• Hasil untuk setiap sampel dinilai sesuai anjuran menggunakan
intensitas pita dari 0 hingga 4+
 ANALISIS

• Analisis dilakukan menggunakan Stata versi 10.0 (College

Station, TX). Statistik- kappa digunakan untuk mengukur
kesepakatan interrater dan intrarater dari intensitas pita positif
IgMFA pada 375 pengujian.
• Sensitivitas, spesifisitas, dan nilai prediktif dengan interval
kepercayaan atau confidence interval 95% dihitung
menggunakan tes yang dikonfirmasi laboratorium (kultur darah
dan / atau PCR-positif) dan semua kasus (kultur darah- dan /
atau PCRpositif dan / atau diagnosis klinis demam tifoid)
sebagai pembanding. Panduan pelaporan Standar Pelaporan
Keakuratan Diagnostik (STARD) disertakan
 ANALISIS

• Model kelas laten Bayesian (LCM) seperti yang dijelaskan oleh

Dendukuri dan
Joseph digunakan untuk memperkirakan prevalensi,
sensitivitas, dan spesifisitas semua tes.
• LCM Bayesian tidak berasumsi bahwa tes apa pun sempurna
tetapi menganggap bahwa setiap tes bisa tidak sempurna
dalam mendiagnosis status penyakit yang sebenarnya.
 HASIL PENELITIAN : PASIEN

• 500 anak diidentifikasi

• Usia rerata yakni 2,7 tahun (usia 1 bulan- 15 tahun) dengan jenis
kelamin terbanyak yakni laki-laki sebesar 264 (53%)
• Durasi rerata penyakit yakni 3 hari
• Tidak terdapat pemeriksaan khusus untuk HIV dan malaria. Namun
terdapat 20 orang (4%) ditemukan positif HIV dan 9 anak malaria ( 2
anak Plasmodium falciparum, 3 anak dengan P. vivax, dan 4 anak
dengan campuran P. falciparum dan P. vivax.)
• Ada 19 (3,8%) kematian di rumah sakit, tidak ada pasien dengan
diagnosis banding Demam tifoid di 80 anak (16,0%)
 HASIL PENELITIAN : PASIEN

• Sebanyak 25 anak (31,3%) di diagnosis menderita demam tifoid

setelah keluar dari RS/ setelah dirawat
• Sebanyak 420 anak (84,0%) masuk RS tanpa di diagnosis demam
tifoid. 19 anak diantaranya di diagnosis akhir dengan demam tifoid.
• Dari total, 44 (8,8%) anak yang didiagnosis dengan demam tifoid:
24 (54,5%) kasus dikonfirmasi oleh kultur darah, termasuk 10 kasus
yang juga positif oleh PCR, 8 (18,2%) kasus dikonfirmasi dengan
kultur darah negatif. tetapi PCR positif, dan 12 (25,0%) kasus
dikonfirmasi dengan kultur darah dan PCR negatif serta berdasarkan
penilaian klinis, hasil laboratorium, dan kemajuan rawat inap.
 HASIL PENELITIAN : PASIEN

• Diagnosis umum pada 456 pasien yang tersisa tanpa tifoid

termasuk infeksi saluran pernapasan bawah (154), diare atau
disentri (82), demam berdarah (38), infeksi saluran pernapasan
atas (27), dan infeksi sistem saraf pusat (22)
 HASIL PENELITIAN : PASIEN

• Riwayat konsumsi antimikroba didapatkan pada 112 (22,4%)

pasien, termasuk antimikroba yang berpotensi aktif terhadap
S. Typhi pada 83 (16,6%) pasien.
• Dalam 156 kasus lainnya (31,2%), obat yang diberikan tidak
diketahui.
• Volume median darah (rentang interkuartil; kisaran) yang
diambil untuk kultur untuk semua anak adalah 2,0 mL (1,6-2,5
mL; 0,1-13,2 mL).
• Pada kelompok kultur darah positif, median (kisaran
interkuartil) volume adalah 2,0 mL (1,83-2,3 mL) dibandingkan
dengan 1,9 mL (1,6-2,8 mL) pada kelompok negatif kultur
darah (P = 0,791; tes Mann-Whitey U) .
 HASIL PENELITIAN : IgMFA

• Secara total, 106 pasien memiliki tes IgMFA positif. Pada 72

pasien, bacaan adalah 1+. Pada 10 pasien, itu 2+. Pada 14
pasien, 3+, dan 10 pasien, 4+.
• Untuk 375 kasus di mana terdapat tiga obeserver dan
menggunakan statistik kappa. Didapatkan hasil dengan
variabilitas interobserver untuk semua hasil IgMFA adalah 0,84
(kisaran = 0,56-0,92), menunjukkan kesepakatan yang sangat
baik. Variabilitas intraobserver untuk semua hasil IgMFA untuk
tiga penilai adalah 0,86, 0,83, dan 0,87, juga menunjukkan
kesepakatan yang sangat baik.
• Untuk skor hasil positif atau negatif berdasarkan cutoff ≥ 2+,
k-statistik inter observer adalah 0,92, dan k-nilai intra observer
adalah 0,90, 0,90, dan 0,89.
 HASIL PENELITIAN : IgMFA

• Sensitivitas, spesifisitas, dan nilai-nilai prediktif positif dan negatif

dari berbagai intensitas hasil IgMFA ditunjukkan pada Tabel 2.
• Nilai-nilai tersebut dihitung untuk anak-anak dengan diagnosis
tifoid yang dikonfirmasi dengan laboratorium serta anak-anak
dengan laboratorium dan / atau diagnosis klinis dibandingkan
dengan anak-anak tanpa diagnosis tifoid.
• Untuk kedua perbandingan, sensitivitas IgMFA secara bertahap
menurun dengan meningkatnya intensitas cutoff. Ada
peningkatan bertahap spesifik antara pembacaan ≥ 1+ pada
83% dan ≥ 2+ pada 98%.
 HASIL PENELITIAN : IgMFA

• IgMFA positif pada ≥ 2+ pada 10 anak yang dianggap tidak

memiliki tifoid. Dua anak, satu dengan arthritis idiopatik
remaja dan satu dengan glomerulonefritis akut, mungkin
berpotensi memiliki antibodi lintas reaktif. Yang lain didiagnosis
dengan pneumonia (empat), disentri (dua), obstruksi usus
(satu), dan abses gigi (satu).
 HASIL PENELITIAN : EVALUASI
MENGGUNAKAN LCM BAYESIAN

• Menerapkan LCM untuk mengidentifikasi sensitivitas dan spesifisitas

kultur darah, PCR realtime, dan IgMFA pada demam tifoid.
• Sensitivitas setiap cutoff yang mungkin untuk intensitas pembacaan
IgMFA ( ≥ 1+, ≥ 2+, ≥ 3+, dan 4+)
• Sensitivitas kultur darah adalah 81,0% (interval kredibel 95% = 54-99)
(Tabel 3).
• Sensitivitas PCR real-time adalah 37,8%, dengan spesifisitas 98,2%.
• Sensitivitas IgMFA berkisar dengan intensitas cut off yang berbeda
dari ≥ 1+ (90%; interval kredibel 95% = 79-94%) hingga 4+ (29,6%;
interval kredibilitas 95% = 22-35%).
• Spesifisitas dengan tertinggi pada 4+ (99,6%; interval kredibel
95% = 99-100%) dan terendah pada 1+ (82,9%; interval
kredibel 95% = 82-85%).
 DISKUSI : METODE BAYESIAN
LATENT CLASS

IgMFA Kultur Darah PCR

≥+2
• Sensitivitas : 77,0% • Sensitivitas : 81,0% • Sensitivitas : 38%
(interval kredibel (interval kredibel (interval kredibel
95% = 58-90%) 95% = 54-99%) 95% = 26-55%),
• Spesifitas : 98% • Spesifitas : 100% • Spesifisitas : 98.2%
(interval kredibel
95% = 95-100%)
 DISKUSI : BAYESIAN LCM

• Bayesian LCM untuk memberikan pendekatan statistik yang

tidak bias terhadap masalah ini tanpa memerlukan standar
emas.
• Pendekatan ini semakin banyak digunakan dalam evaluasi tes
diagnostik untuk penyakit menular.
 DISKUSI : IgMFA

• Tes IgMFA sederhana, cepat, dengan hasil yang tersedia dalam

30 menit, dan mengandung senyawa penstabil untuk
digunakan di negara-negara panas.
• Nilai-nilai interrater dan intrarater untuk membaca intensitas
pita menunjukkan persetujuan yang sangat baik, menunjukkan
bahwa cutoff 2+ dapat digunakan.
• Penggunaan IgMFA bervariasi sesuai dengan durasi penyakit
sebelum pengujian. Tes ini lebih sensitif ketika durasi penyakit
lebih lama (> 5 hari), mungkin karena peningkatan respons
antibodi IgM, yang konsisten dengan pengamatan sebelumnya.
• Hasilnya menunjukkan bahwa IgMFA mungkin lebih sensitif
• Hasil dari ≥ + 2 di IgMFA tampaknya menjadi batas optimal,
dengan sensitivitas 77,0% (interval kredibel 95% = 58-90%)
dan spesifisitas 98% (interval kredibel 95% = 95-100%) .
 DISKUSI : KULTUR DARAH

• Sensitivitas kultur darah dalam model LCM Bayesian adalah

81,0% (interval kredibel 95% = 54-99%).
• Volume median darah yang diambil untuk kultur dalam
penelitian ini cukup rendah yakni 2,0 mL tetapi masih
mencerminkan usia muda anak-anak yang diteliti.
• Kultur darah negatif dalam kelompok dengan diagnosis klinis
tifoid tidak dapat dijelaskan dengan volume darah yang lebih
kecil atau riwayat konsumsi antimikroba yang berpotensi aktif
melawan tifoid.
 DISKUSI : PCR

• Sensitivitas PCR real time 38% (interval kredibel 95% = 26-55%),

yang dievaluasi dalam Bayesian LCM, rendah, walaupun
spesifisitasnya tinggi pada 98%.
• Lebih dari setengah pasien kultur darah adalah PCR negatif. Hasil
berlawanan ini berhubungan dengan perbedaan volume darah
dalam kultur (median = 2,0 mL) dibandingkan dengan volume yang
lebih kecil yang digunakan untuk mengekstraksi DNA untuk PCR.
• Anak-anak yang kultur darahnya negatif tetapi PCR positif, mereka
lebih muda dari pasien lain dengan tifoid yang dikonfirmasi dengan
durasi penyakit yang pendek sebelum masuk dan manifestasi klinis
yang tidak menunjukkan tifoid.
 ANALISIS PICO

Patient, Population, Problem:

• 500 anak secara berturut-turut dirawat di AHC dengan demam
yang tercatat ≥ 38 ° C dalam 48 jam setelah masuk, yang
berusia <16 tahun dan memenuhi syarat untuk dimasukkan ke
dalam penelitian.
 ANALISIS PICO

Intervention
Pada penelitian, dilakukan pengambilan sampel darah pada anak
yang masuk dalam kriteria inklusi. Setelah itu dilakukan uji
diagnostik dengan kultur darah, PCR real time, dan rapid test
IgMFA
 ANALISIS PICO

Comparison, Control:
• Pada penelitian ini dibandingkan sensitivitas dan spesifisitas
dari beberapa uji diagnostik Typhoid. Uji-ujia diagnostik
tersebut antara lain kultur darah, PCR real time, dan IgMFA.
Terhadap uji tersebut dilakukan analisis sensitivitas dan
spesifisitas dengan Bayesian latent class model (LCM).
 ANALISIS PICO

Outcome:
Pada penelitian ini dibandingkan sensitivitas dan spesifisitas dari
beberapa uji diagnostik Typhoid. Uji-uji diagnostik tersebut
antara lain kultur darah, PCR real time, dan IgMFA. Terhadap uji
tersebut dilakukan analisis sensitivitas dan spesifisitas dengan
Bayesian latent class model (LCM)
 C R I T I C A L A P P R A I S A L

A. Apakah studi ini valid?

1. Apakah uji diagnostik dilakukan Ya (√)
mencakup semua spektrum Uji diagnostik ini dilakukan pada anak yang dirawat di AHC dengan
pasien? demam yang tercatat ≥ 38 ° C dalam 48 jam setelah masuk, yang
berusia <16 tahun dan memenuhi syarat untuk dimasukkan ke dalam
penelitian.
1. Apakah tes gold standart Ya (√)
dilakukan pada semua subjek? Uji diagnostik gold standart dilakukan pada semua subjek, uji
diagnostik gold standart yang digunakan adalah uji kultur darah.
1. Apakah uji diagnostik Ya (√)
dibandingkan secara Uji rapid IgMFA dibandingkan dengan uji kultur darah dan PCR real time
independen dan tersamarkan
terhadap gold standart?
1. Apakah tes (atau kelompok tes) Tidak (X)
divalidasi dalam kelompok Penelitian ini hanya reabilitas alat rapid test IgMFA dengan menguji
pasien yang kedua yang tingkat intensitas pada rapid test IgMFA yang dilakukan oleh rater atau
independen? ahli.
B. Apakah hasil studi ini?
1. Apakah hasil dari studi ini? Sensitivitas dari uji IgMFA yakni 59,4% dengan confidence
interval 95% = 41-76, dan spesifitas yakni 97,8% dengan
confidence interval 95% = 96-99. Pada pemeriksaan kultur
darah, sensitivitasnya yakni 81,0% dengan credible invterval
95% = 54-99. Pada pemeriksaan PCR sensitivitasnya yakni
97,5% dengan credible invterval 95% = 26-55, dan spesifitas
98,2% dengan credible invterval 95% = 97-99. Untuk
pemeriksaan IgMFA (≥ 2+) yakni 77,9% (credible invterval
95% = 58-90), dengan spesifitas yakni 97,5% (credible
invterval 95% = 95-100).

1. Apakah hasilnya dapat Ya (√)

dipercaya? Namun dibutuhkan pengkajiannya yang lebih dalam lagi
C. Apakah hasil studi bisa di aplikasikan ke masyarakat?
Apakah pasien didalam studi Ya (√)
sama dengan pasien ditempat Sampel dalam penelitian ini
saya? merupakan anak dengan demam
tifoid yang secara demografi
serumpun dengan Indonesia dan
demam tifoid sendiri kejadiannya
cukup besar di Indonesia.
Ketersediaan alat juga sudah ada di
Indonesia namun dengan harga
yang lebih mahal dibandingkan
pemeriksaan kultur darah
Kesimpulan

Hasil atau rekomendasi adalah Ya (√)

Valid (form A)

Hasil bermanfaat secara klinis Ya (√)

(form B)

Hasil relevan dengan praktek Ya (√)

nyata (form C)
 DAFTAR PUSTAKA

• Moore CE, Pan-Ngum W, Wijedoru LP, Sona S, Nga TV, et al.

(2014) Evaluation of the diagnostic accuracy of a typhoid IgM
flow assay for the diagnosis of typhoid fever in Cambodian
children using a Bayesian latent class model assuming an
imperfect gold standard. Am J Trop Med Hyg 90: 114–120.