Lecture 01

DNA
(Bagian Pertama)
DNA – Basa-Basa Nitrogen
 Deoxyribo Nukleat Acid
(DNA) menyimpan semua
informasi yang dibutuhkan
makhluk hidup untuk
mensintesis protein

 DNA merupakan polimer yang

tersusun dari empat monomer
yaitu basa A, G, C dan T.

 Basa yang berikatan dengan

sebuah kelompok gula disebut
dengan nukleosida.

 Kelompok gula pada DNA

adalah 2-deoxyribose.
DNA - Nukleotida
Sebuah nukleosida yang berikatan dengan sebuat fosfat disebut nukleotida.

dAMP dGMP

dCMP dTMP
DNA – Polinukleotida
 Ikatan antara gula dan
fosfat membentuk ruas
(kerangka) phosphodiester
untuk polinukleotida.

 Gambar di samping
adalah sebuah rantai
tunggal DNA

 DNA diarahkan oleh

ujung fosfat, 5’ (“five
prime”) dan hidroksil ,3’
(“three prime”).
DNA – Rantai Ganda
 DNA ada sebagai molekul yang
terdiri dari rantai ganda dengan
pasangan basa yang terdapat di
dalamnya.

 Kedua rantai ganda adalah

antiparalel (berlawanan) dan berpilin.

 Struktur DNA umumnya ditemukan

dalam bentuk untai putar kanan.
 Yaitu, jika pengamat mengamati ke
arah bawah aksisnya, maka masing-
masing rantai akan memutar sesuai
arah putaran jarum jam menjauh dari
pengamat.
 Pilinan ini menghasilkan lekukan
besar (lebar~22Å) dan kecil (lebar
~12Å).

 Lekukan besar lebih banyak

mengandung Basa Nitrogen.
 DNA – Rantai Ganda
DNA dapat muncul dengan beberapa bentuk, namun
hanya 3 bentuk yang terdapat di alam.
Bentuknya yaitu A, B dan Z . Namun Bentuk B paling
banyak dijumpai.
Parameter Bentuk A Bentuk B Bentuk Z
Arah pilinan kanan kanan kiri
Basa per rotasi 11 10 12
Jarak antara 2.3 nm 3.4 nm 4.6 nm
belokan
Kondisi Terjadi pada Kebanyakan DNA yang
terjadinya keadaan pada kondisi dimetilasi,
konsentrasi normal sel. pergantian GC
garam dan yang berulang
alkohol yang pada tinggi.
tinggi
DNA – Pasangan basa yang spesifik
 Pasangan tetap basa nitrogen
yaitu A dengan T dan G
dengan C.

 Pasangan basa terjadi karena

adanya ikatan hidrogen.

 Ikatan A=T menggunakan

ikatan 2 H , ikatan C≡G
menggunakan 3 ikatan H .

 Sehingga, DNA dengan

banyak basa GC akan
semakin sukar rantai itu Pasangan Basa- purin dengan pirimidin
dipisahkan ( tercermin dengan
harga Tm yang lebih tinggi).
DNA – Panjang
Panjang DNA biasanya ditentukan oleh banyaknya
jumlah pasangan basa.
1 pasangan basa = 1bp (base pair)
1000 bp = 1kb (kilo base pair)
DNA Supercoiling
Pilinan– gulungan
sebuah gulungan DNA.
Rantai Ganda DNA -
DNA berpilin
mengelilingi sebuah
aksis.
Pilinan rantai ganda
menghasilkan pilinan
struktur yang tegang.
Pilinan DNA
Pilinan DNA
Pemisahan rantai sangat penting pada proses
replikasi DNA dan transkripsi RNA (DNA RNA)
Keadaan pilinan DNA dapat dimodifikasi dengan
menggunakan enzim yaitu Topoisomerase.
Topoisomerase Tipe I mengubah tingkat pilinan
dengan merusak dan membuka hanya satu rantai
DNA.
Topoisomerase Tipe II mengubah tingkat pilinan
dengan merusak dan membuka pilinan pada kedua
rantai DNA.
 Lokasi DNA
Pada Prokaryotik,
DNA ditemukan di
dalam sitoplasma.
Pada Eukaryotik,
umumnya DNA
ditemukan di dalam
inti sel.
Namun, Mitokondria
dan Kloroplas juga
mengandung DNA.
 DNA – Chromosomes and Genes
 A large molecule of DNA in a cell is called a “chromosome”.
 In the cell, the chromosomes exist as either amorphous
“Chromatin” or defined “chromatids” depending on the cell
cycle stage.
 The main function of DNA is storage of information necessary
to make proteins. A stretch/sequence of DNA required to make
a protein is called a “Gene”.
 A chromosome/DNA molecule contains a number of genes
 Eukaryotic DNA molecules also contain large stretches of
DNA between genes that do not code for proteins
 DNA Packaging
In most organisms, the length of DNA is much greater
than the compartment in which DNA is stored
DNA is subjected to a very high degree of packaging
The E.coli (prokaryote) genome is 1.7mm long while the
length of cell is 2 μm (850 times shorter) !!
DNA Packaging
DNA is wound around protein cores called histones
This DNA and protein complex is called a
nucleosome
DNA Packaging
Nucleosomes form a 30nm wide fibre which is looped
to create 300nm wide loops
DNA Packaging
Six loops are organised into a rosette around a nuclear
scaffold
DNA Packaging
Thirty rosettes are organised into a coil, which makes
up the chromatids
Textbook Reference
Molecular Biology of the Cell – Alberts et al – 4th
Edition (2002) – Chapter 4
Lehninger: Principles of Biochemistry – Nelson and
Cox – 4th Edition – Chapter 24