m.k.

DASAR REKAYASA BIOPROSES

DEPARTEMEN TEKNOLOGI INDUSTRI PERTANIAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2008
I. METABOLISME MIKROBA :
PROSES BIOKIMIA PENGHASIL ENERGI

 Kebutuhan Energi oleh Sel Mikroba

 Sumber Utama Penghasil Energi bagi Mikroba

 Energi Kimia & Transfer Energi

 Pembentukan ATP oleh Mikroba

Lintasan Disimilasi (penguraian) Nutrien :

- Disimilasi Nutrien Kompleks
- Glikolisis
- Fermentasi & Respirasi
 KATABOLISME ANABOLISME KATABOLISME
(Khimosintesis) (Biosintesis) (Fotosintesis)

Nutrien/Seny kimia Biopolimer Cahaya

RNA, DNA,
Fosforilasi substrat Protein Fotofosforilasi
& Oksidatif

Bioelemen/intermediate
(asam amino, purin dll)
ATP ATP
Energi Energi
ADP ADP
Akumulasi
intraseluler

Produk metabolisme/ Substrat

metabolit

Skema Proses Metabolisme Di dalam Sel Mikroba

II. METABOLISME MIKROBA :
PROSES BIOKIMIA YG MEMBUTUHKAN ENERGI
 Penggunaan Energi untuk Proses Biosintetik

 Biosintesis Senyawa Mengandung Nitrogen :

- Biosintesis Asam Amino & Protein
- Biosintesis Nukleotida & Asam Nukleat

 Biosintesis Karbohidrat :
- Pemberian Energi unt. Monosakarida
- Biosintesis Peptidoglikan Dinding Sel

 Biosintesis Lipida :
- Biosintesis Asam Lemak Rantai Panjang
- Biosintesis Fosfolipida

 Penggunaan Energi untuk Proses Selain Biosintesis :

- Tranpor Nutrien ke Dalam Sel
- Motilitas
 METABOLISME MIKROBA :
PROSES BIOKIMIA PENGHASIL ENERGI
Kebutuhan Energi oleh Sel Mikroba
• Semua sel hidup memerlukan energi untuk melaksanakan berbagai
aktivitas,
termasuk :
- Konstruksi bagian struktural sel (dinding sel, membran sel dll)
- Sintesis enzim, asam nukleat, polisakarida, fosfolipida &
komponen kimia lain
- Memperbaiki bag yg rusak & pemeliharaan sel
- Untuk pertumbuhan & replikasi
- Untuk akumulasi bbrp senyawa nutrien yg memiliki konsentrasi
tinggi
- Untuk mengumpulkan bbrp nutrien dlm sel dan mengekskresikan
produk-produk limbah
- Untuk motilitas (pergerakan)

•Sumber energi  cahaya, tetapi kebanyakan mikroba mendapatkan energi

dgn cara disimilasi (pemecahan nutrien atau senyawa kimia )
 bila ikatan kimia nutrien tsb dipecah akan dilepaskan energi dari
molekul nutrien & disimpan secara temporer pada “energy-trapping
system” sampai saatnya digunakan.
 Sumber Penghasil Energi Utama Mikroba :

Mikroba Chemotrophic :
-Mendapatkan energi dg cara disimilasi nutrien atau substrat
kimiawi
 energi yg dihasilkan ditangkap dan produk terakumulasi

Mikroba Chemoheterotrophic :
-Mendapatkan energi dari disimilasi senyawa organik
-contohnya :
Streptococcus lactis + glukosa  energi + asam laktat

Mikroba Chemoautotrophic :
-Mendapatkan energi dari disimilasi senyawa anorganik, contohnya

Anabaena cylindrica + cahaya  absorpsi cahaya oleh pigmen sel

 energi
Klasifikasi Nutrisional Bakteri & Organisme Lain
(berdasarkan sumber energi & sumber karbon)

Kelp. Nutrisi Sumber Sumber Contoh

Energi Karbon
Kemoautotrof Seny. CO2 Bakteri nitrifying,
Anorganik hidrogen, besi &
sulfur
Kemoheterotrof Seny. Seny Organik Kebanyakan
Organik bakteri, fungi,
protozoa & hewan
Fotoautotrof Cahaya CO2 Bakteri sulfur ungu
& hijau, alga,
Cyanobacteri &
tanaman
Fotoheterotrof Cahaya Seny Organik Bakteri non sulfur
ungu & hijau
 ENERGI KIMIA & TRANSFER ENERGI

• Energi kimia : energi yg terkandung dlm ikatan kimia dlm. mol. nutrien
• Proses disimilasi & sintesis saling berkaitan

Reaksi exergonic membebaskan energi

Sebag energi ditangkap oleh senyawa pentransfer energi

Senyawa pentransfer energi memberikan energi ke reaksi

endergonic
• Senyawa pentransfer energi terpenting : ATP (adenosine triphosphate)
yang terbuat dari ADP (adenosine diphosphate)
(Kandungan energi 1 mol ATP = 7.3 kkal/mol)
energi
ADP + fosfat ATP + air

ATP + air ADP + fosfat

energi
 Pembentukan ATP oleh Mikroba

Fosforilasi  penambahan/adisi gugus fosfat ke ADP dg energi dari

reaksi exergonic (reaksi yg menghasilkan energi)

Cara fosforilasi ADP :

a. Fosforilasi Tingkat Substrat

 proses dimana gugus fosfat suatu senyawa kimia (substrat)
ditambahkan ke ADP
b. Fosforilasi Oksidatif
 proses dimana energi yg dilepaskan dari oksidasi kimia suatu
senyawa digunakan untuk sintesis ATP dari ADP
c. Fotofosforilasi
 proses dimana cahaya digunakan untuk sintesis ATP dari ADP
(cyanobacteria, algae dan tanaman hijau yg berklorofil)

Cahaya digunakan untuk menghasilkan gaya “protonmotive”

sbg tenaga untuk sintesis ATP
Fosforilasi Oksidatif
 Oksidasi Biologi :
• Merupakan proses oksidasi-reduksi, yaitu reaksi penting oleh sel
hidup pada metabolisme & pengadaan energi (contoh : oksidasi zat
organik)
• Oksidasi : proses pelepasan elektron
• Reduksi : proses penangkapan elektron

oksidasi (-elektron)
A B
reduksi (+elektron)

• Semua reaksi oksidasi membebaskan energi, sedangkan reduksi

membutuhkan energi
• Pada tiap reaksi, terlibat pasangan senyawa : satu dlm bentuk teroksidasi
& lainnya dlm bentuk tereduksi
 tiap pasangan senyawa = “sistem oksidasi-reduksi” = Sistem O/R

• “Electron-transport system” : suatu seri reaksi oksidasi sekuensial yg

menghasilkan energi
• Proses oksidasi = dehidrogenasi dan proses reduksi = hidrogenasi
Contoh : asam laktat menjadi asam piruvat adalah reaksi dehidrogenasi

• Reaksi tsb memerlukan senyawa lain sbg yg bertindak sbg akseptor

elektron, yg disebut sbg “koenzim”, yaitu DPN
(difosfo piridin nukleotida)
DPN DPNH+H+
CH3 CH3

HC-OH C=O (enzim laktat dehidro-

genase)
HOC=O HOC+O
DPN DPNH+H+
(asam laktat) (asam piruvat)

Penggunaan koenzim tsb lebih efisien krn hasil penerimaan elektron

yaitu DPNH+H+ dpt digunakan lagi pada reaksi lain
Contoh : reaksi etanol menjadi asetaldehida menghasilkan DPNH+H+
yg dpt digunakan pada reaksi asam piruvat menjadi asam laktat
SENYAWA PEMBAWA ELEKTRON

• Berfungsi sbg pembawa elektron dari satu reaksi ke reaksi yg lainnya

dgn bantuan enzim = koenzim

• Penggolongan senyawa pembawa elektron :

1. Protein yg mengandung inti besi, misalnya ferredoksin, rubidoksin dll

2. Nukelotida, misalnya nikotinamida adenin dinukleotida (NAD) dan
nikotinamida adenin dinukleotida fosfat (NADP), yg masing-masing
disebut juga DPN dan TPN.
3. Senyawa flavoprotein (FP) yaitu senyawa yg mengandung riboflavin
dan terikat dg protein, misalnya flavin mononukleotida (FMN) dan
flavin adenin dinukleotida (FAD)
4. Citochroma yaitu suatu heme yg mengandung inti besi dan terikat
dg protein, misalnya citochroma a, b, c dll (berbeda berdasarkan
spektrum sinar yg diabsorbsi)
 Tabel. Hasil oksidasi & reduksi bebrapa senyawa pembawa elektron

Senyawa Hasil Hasil Jumlah Jumlah

Oksidasi Reduksi Elektron Proton
Ferredoksin FAD FADH2 2 2
Nukleotida DPN DPNH+H+ 2 1
TPN TPNH+H+ 2 1
Flavoprotein FP FPH2 2 2
Citochroma Cit(+) cit. 1 0
Rantai Transpor Elektron

• Merupakan rangkaian reaksi enzimatis yg menyangkut oksidasi substrat

dan reduksi molekul oksigen
Contoh :
DPNH+H+ FAD DPN + FADH2

• DPNH+H+ yg dihasilkan dari reaksi-reaksi biologis akan dioksidasi oleh

FAD menjadi DPN
• FADH2 yg tereduksi yaitu akan mengalami oksidasi dg memindahkan
elektron-elektron ke citochroma yg tersedia.

Rantai Transpor Elektron

Skema “Rantai Transpor Elektron”
(Fungsi : menerima elektron /H dari senyawa tereduksi dan
memindahkan ke oksigen, sehingga terbentuk air dg
mengeluarkan energi)
Substrat Hasil oksidasi

Dehidrogenase DPN DPNH+H+

Flavoprotein FDH2 FAD

2H+

Citochroma Fe+++ Fe++

Citochroma
Oksidase Fe++ Fe+++

--
 Struktur Internal
Mitochondria

“the Powerhouses of
the Cell”

Lokasi berlangsungnya respirasi sel, memerlukan O2 & menghaslkan

36 mol ATP/mol glukosa
•Matriks internal (biru) : lokasi terjadinya Siklus Krebs & “rantai transpor
elektron” (RTE)
• NADH2 and FADH2 (diproduksi dg glikolisis dan Siklus Krebs)
mengumpankan ion hidrogen/elektron ke RTE
• RTE memompa ion-ion hidrogen ke ruang intramembran (kuning),
shg terjadi gradien pH 8 dlm matriks dan pH 7 dlm ruang intramembran
• Ion-ion hidrogen mengalir dari ruang intramembran melalui saluran pada
enzim ATP synthase ke dlm matriks (lihat panah)
 terjadi rotasi,sehingga terbentuk ATP
Lintasan Disimilasi Nutrien :

Disimilasi Nutrien Kompleks

• M.o dpt menggunakan berbagai jenis senyawa sumber energi
 molekul kompleks (protein, lemak, polisakarida), shg hrs
dihidrolisis secara enzimatis menjadi senyawa sederhana seblm
digunakan sbg pemasok energi

Molekul sederhana selanjutnya dpt dikonversi menjadi senyawa

lain yg dpt memasuki lintasan disimilasi sel, seperti glikolisis
(lihat lintasan glikolisis).

- Regenerasi NAD
• Sel mengandung NAD sangat terbatas, shg harus ada proses
meregenerasi NAD dari NADH2 agar glikolisis tetap berlangsung
• Organisme hidup menggunakan cara untuk membuat NAD dari
NADH2 dgn fermentasi & respirasi (lebih efisien)
1. Fermentasi

2. Respirasi Aerobik dan Anaerobik

3. Fotosintesis
FERMENTASI

- Merupakan reaksi oksidasi-reduksi di dalam sistem biologi yang

menghasilkan energi, dimana sebagai donor dan akseptor
elektron digunakan senyawa organik (tdk perlu O2)  tdk efisien
- Senyawa organik yang biasa digunakan adalah karbohidrat
dalam bentuk glukosa
- Kapasitas mikroba untuk mengoksidasi tergantung dari jumlah
akaseptor elektron terakhir yang dapat dipakai
- Skema proses fermentasi :

senyawa organik teroksidasi

(donor elektron)

e- energi

senyawa organik tereduksi

(akseptor elektron)
Tabel Produk Utama pemecahan Glukosa oleh Bakteri

Spesies Produk Fermentasi Utama

Clostridium acetobutylicum Aseton, asetil metil karbinol, butanol,

etanol, asam butirat, asam asetat

Lactobacillus brevis Asam laktat, asam asetat, etanol,

gliserol

Streptococcus lactis Asam laktat

Enterobacter aerogenes Butilen glikol, asetil metil karbinol,

etanol, asam format

Succinimonas amylolityca Asam suksinat, asam asetat

RESPIRASI

- Sel mempunyai enzim oksidase, sehingga dpt menggunakan O2

sebagai akseptor elektron terakhir
- Mol O2 merupakan substrat yang baik untuk direduksi & tersedia
banyak di udara  lebih efisien mengubah substrat menjadi
energi (20X fermentasi)
- Elektron dlm sistem respirasi berasal dari DPNH+H+ (hasil
oksidasi substrat)  diubah melalui flavoprotein atau FAD dan
citochroma (rantai transpor elektron) menjadi energi dlm bentuk
ATP

substrat organik teroksidasi

(donor elektron)
e-
energi (ATP)
FAD

sitokroma
O2 H 2O
RESPIRASI ANAEROBIK

• Respirasi tanpa menggunakan oksigen dari luar, tetapi menggunakan bahan

anorganik yg ada dlm substrat = akseptor elektron terakhir

• Energi yg dihasilkan lebih sedikit dibandingkan respirasi aerobik

senyawa organik teroksidasi

(donor elektron)
e-

energi

senyawa anorganik

Senyawa-(akseptor
senyawaelektron)
anorganik yg dpt digunakan tereduksi
sbg akseptor elektron :
nitrat, sulfat atau CO2, menghasilkan senyawa-senyawa tereduksi sbb :

NO3- + 2 e- + 2 H+ NO2- + H2O

(nitrat) (nitrit)
 FOTOSINTESIS

(B) e- e- (B)

Energi sinar Energi yg digunakan

Matahari untuk sel

(A) e- e- (A)

H2O O2

• Menggunakan energi sinar matahari untuk meningkatkan energi energi

elektron-elektron yg dihasilkan oleh oksidasi air menjadi oksigen
 algae, bbrp bakteri (e.g Cyanobacteria) & tanaman hijau

• Reaksi : n CO2 + H2O sinar matahari (CH2O)n + O2

(karbohidrat)
• Cahaya diabsorbsi oleh klorofil yang terletak dlm membran fotosintetik.
• Saat cahaya diabsorbsi, dilepaskan elektron dari klorofil dan akan
bergerak menuju rantai transpor elektron  energi