 Ilmu yang mempelajari tentang

hubungan mikroba dengan

lingkungannya.
Konsep Mikroba dan Lingkungan
 Mikroba sebagai populasi dan sebagai
komunitas, merupakan bagian penting
dari lingkungan,membentuk interaksi
timbal balik dengan lingkungan
 Komunitas mikroba di kebanyakan
lingkungan bersifat kompleks,
tergantung lingkungan. Bila lingkungan
bersifat spesifik, mikroba yang hidup
terbatas.
Lanjutan……

 Mikroba di alam butuh nutrisi dalam

jumlah, jenis (mis: trace element
tertentu) dan bentuk khusus/tertentu
(mis: gula).
 Kebanyakan mikroba di alam
berasosiasi dengan organisme tingkat
tinggi
Faktor lingkungan dapat dibedakan atas:

1.Faktor hidup (biotik) yaitu mikroba dan

jasad tingkat tinggi.
-Interaksi antar dua populasi mikroba
-Interaksi antara mikroba dengan jasad tingkat
tinggi

2.Faktor tidak hidup (abiotik) yaitu faktor

fisik dan kimia
 FAKTOR BIOTIK

Bentuk hubungan antar 2 spesies mikroba

atau antara mikroba dengan jasad tingkat
tinggi, antara lain :
1. Netralisme : bila dua organisme tersebut
tidak saling tergantung
2. Sinergisme : hubungan yang saling
menguntungkan
3. Komensalisme : satu spesies diuntungkan
tetapi spesies yang lain tidak
terpengaruh.

4. Kompetisi : adanya kecenderungan

persaingan terhadap kebutuhan nutrisi
atau oksigen dll.

5. Amensalisme : satu jenis tertekan

sedangkan yang lain tidak terpengaruh
biasanya akibat dari produksi toksin.

6. Parasitisme atau predasi : penyerangan

suatu spesies terhadap spesies lainnya.
 CONTOH UNTUK HEWAN DAN MIKROBA AKUATIK

 KOMENSALISME:
-Desulphovibrio sp dan sulphur-oxidizing bacteria.
-Mekanisme : pembentukan H2S oleh Desulphovibrio sp akan
digunakan oleh sulphur-oxidizing bacteria.

 PREDASI:
-Simulium dan bakteri
-Mekanisme : Simulium memangsa bakteri hingga 28 juta sel per
hari.

 PARASITISME:
-Bdellovibrio bacteriovorus dan bakteri lain
-Mekanisme : Bdellovibrio bacteriovorus akan menyerang dinding
sel bakteri lain , kemudian mencerna sel bakteri tersebut.

-
 AMENSALISME:
-Aphanizomenon flos-aquae dan ikan
-Mekanisme : Aphanizomenon flos-aquae
menghasilkan endotoksin yang bersifat toksik
bagi ikan.

 SINERGISME:
-Ikan cuttlefish dan bakteri Photobacteriun.
-Mekanisme : Ikan menyediakan makanan dan
suplai oksigen bagi Photobacterium. Luminescen
yang dihasilkan oleh bakteri pada organ ikan,
untuk beberapa kasus dapat membantu ikan
dalam memperoleh makanan, pengenalan saat
mating dan sebagai signal untuk tetap dalam
kelompoknya.
KOMENSALISME:
-Desulphovibrio sp dan sulphur-oxidizing bacteria.
-Mekanisme : pembentukan H2S oleh
Desulphovibrio sp akan digunakan oleh sulphur-
oxidizing bacteria.
PREDASI:
-Simulium dan bakteri
-Mekanisme : Simulium memangsa bakteri hingga 28 juta sel
per hari.
PARASITISME:
-Bdellovibrio bacteriovorus dan bakteri lain
-Mekanisme : Bdellovibrio bacteriovorus akan menyerang
dinding sel bakteri lain , kemudian mencerna sel bakteri
tersebut.
AMENSALISME:
-Aphanizomenon flos-aquae dan ikan
-Mekanisme : Aphanizomenon flos-aquae menghasilkan
endotoksin yang bersifat toksik bagi ikan.
SINERGISME:
-Ikan cuttlefish dan bakteri Photobacteriun.
-Mekanisme : Ikan menyediakan makanan dan suplai oksigen
bagi Photobacterium. Luminescen yang dihasilkan oleh
bakteri pada organ ikan, untuk beberapa kasus dapat
membantu ikan dalam memperoleh makanan, pengenalan
saat mating dan sebagai signal untuk tetap dalam
kelompoknya.
Mekanisme antagonistik probiotik sendiri bekerja dengan beberapa
macam cara antara lain:
Produksi senyawa yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri lain
sebagai contoh bacteriocins, antibiotik seperti surfactins, itulins,
bacilysins yang diproduksi spesies bacillus (Urdaci dan Pinchuk, 2004).
Kompetisi terhadap substansi yang essensial (yang diperlukan untuk
metabolisme). Sebagai contoh Vibrio strain P memenangkan persaingan
dengan vibrio patogen dengan mengabsorbsi zat besi. Hal ini dikarenakan
Vibrio strain P memproduksi siderophores (Gatesoupe, 1997).
Kompetisi untuk ruang adhesi (adhesion sites). Semakin awal kolonisasi
probiotik potensial di dalam saluran pencernaan, maka semakin bagus
(potensi kerja probiotik) (Bengmark, 1988).
‘Quorum sensing’ antar bakteri. Bakteri dapat berkomunikasi satu sama
lain dengan memanfaatkan molekul tertentu yang berperan sebagai
sinyal. Dengan quorum sensing, populasi bakteri dapat meregulasi
ekspresi gen dan pada akhirnya mempengaruhi komunitas bakteri
tersebut (Henke dan Bassler, 2004). Peneliti dari Ugent membuktikan
bahwa bakteri dapat menghambat quorum sensing dari bakteri pesaing
dengan memproduksi enzim yang menonaktifkan molekul sinyal
(Defoirdt, et al., 2004).
 FAKTOR ABIOTIK
Antara lain :
1. Suhu
2. Salinitas
3. pH
4. Oksigen
5. Radiasi
6. Tekanan Hidrostatik
Tujuan :
Mempelajari tentang pengaruh suhu,
salinitas, dan pH, serta faktor lain
terhadap pertumbuhan
mikroorganisme
Dua hal yang dapat kita lakukan :
1. Menunjang pertumbuhan mikroba
2. Mengendalikan pertumbuhan
mikroba
 I. Suhu
-suhu merupakan faktor lingkungan yang
paling mempengaruhi kehidupan
mikroba.
-setiap mikroba memiliki kisaran suhu
tertentu, kebanyakan mikroba
eukariotik tidak dapat tumbuh diatas
suhu 45ºC, kecuali beberapa fungi dapat
tumbuh pada suhu 60ºC. Golongan
bakteri memiliki kisaran pertumbuhan
yang ekstrim, sekitar -7 hingga 90ºC
Pengelompokan mikroba berdasarkan
suhu
Kelompok Suhu Suhu Suhu
minimal optimal maksimal
Psikrofil (-5)-0 ºC 5-15 ºC 15-20 ºC

Mesofil 10-20 ºC 20-40 ºC 40-45 ºC

Thermofil 30-45 ºC 45-60 ºC 60-80 ºC

-Stenothermofil
-Eurithermofil
-suhu cardinal : mencakup suhu minimal, optimal
dan maksimal
 Enzim dan reaksi
berlangsung pada laju yang
paling maksimal
Optimum
Laju
pertumbuhan

Minimum Suhu Maksimum

Membran memadat, proses Denaturasi,
transport nutrisi menjadi lambat, lisis thermal
pertumbuhan tidak terjadi
-suhu ekstrim tinggi dapat menyebabkan
denaturasi enzim
-Mikroba yang mampu hidup pada
temperatur tinggi, disebut jasad thermofil.
Adaptasi yang dilakukan dengan mensintesis
lebih banyak protein yang stabil terhadap
panas tinggi.
-suhu ekstrim rendah dapat merusak regulasi
sel dan merusak fluiditas membran. Mikroba
yang dapat hidup pada kondisi ini disebut
mikroba psikrofil. Adaptasi dilakukan
dengan mensintesis asam lemak tidak jenuh
dalam proporsi tinggi
Psikrofil :
-dapat tumbuh pada suhu 0ºC
-suhu optimum untuk tumbuh di bawah
20ºC (12-18ºC)
-contoh : Pseudomonas, Flavobacterium,
Achromobacter, Micrococcus, Serratia,
khamir, beberapa jenis fungi dan alga.
-tumbuh lambat di bawah suhu 0ºC.
-adaptasi : sintesis asam lemak tak jenuh
dalam proporsi tinggi
Mesofil :
-memiliki suhu optimum sekitar 37ºC
-kebanyakan mikroba masuk dalam
golongan ini, misalnya bakteri di dalam
tubuh manusia, bakteri di lingkungan darat
(tanah) dan lingkungan air (tawar, payau
dan laut), bakteri yang terdapat pada
makanan, dsb.
Thermofil
-mampu tumbuh di atas 50 ºC
-termasuk beberapa jenis fungi, blue green
alga, actinomycetes dan bakteri biasanya
genera Bacillus dan Clostridium
-adaptasi : sintesis protein yang lebih tahan
panas.
-bakteri pada golongan ini banyak
digunakan dalam industri-industri tertentu.
Kelompok peneliti dari Ghent University – Belgium,
memastikan bahwa vannamei (SPF) yang diinfeksi WSSV, bila
dipelihara pada suhu 33 °C, tidak akan terpengaruh oleh virus
tersebut. Hal ini kemungkinan bisa menjadi strategi bagi
pembudidaya udang untuk menghindari virus WSSV.

Mekanisme yang melatarbelakangi hal ini diduga terjadinya

hyperthermia yang memicu mekanisme pertahanan pada inang
(dalam hal ini udang). Hal tersebut berpengaruh terhadap
replikasi WSSV (Vidal et al., 2001; Granja et al., 2003).
 II. Pengaruh Salinitas
Osmosis : pemindahan air lewat membran
semipermeabel
- Plasmolisis ?
- Plasmoptisis ?
- Halofil : bakteri suka garam tinggi
- Osmofil : bakteri suka tekanan osmotik
tinggi
- Xerofil : bakteri suka kekeringan
Kondisi sel darah dalam medium yang berbeda
tekanan osmotiknya
Pencapaian keseimbangan tekanan osmotik
Pengelompokan mikroba
berdasarkan salinitas (Larsen,
1962):
 Moderately 5 -20 % NaCl
 Extreme 20 -30 % NaCl

Contoh :
 Bacillus sp, salt toleran
 Luminous bakteri, NaCl 1 % luminous
berkurang
 Desulphovibrio sp, halofilik marine
- Mikroba tertentu dapat hidup pada
konsentrasi salinitas tinggi, karena :
mampu meningkatkan kadar larutan di
dalam sel, dengan cara :
1. Memompa ion ke dalam sel
2. Mensintesis larutan organik/senyawa
kompatibel/senyawa osmotoleran
Senyawa kompatibel :
- Menaikkan kadar larutan di dalam sel
- Tidak menghambat proses biokimia dalam
sel
Senyawa kompatibel dapat berupa :

• Asam amino : prolin (ex : Staphylococcus)

• Ion Kalium (pada golongan archaea)
• Poly-alkohol : glyserol (ex : ganggang
Dunaliella salina)
• Ektoin dan glisin betain (ex : Halobacillus
halophilus )
 III. Pengaruh pH
-Batas pH untuk pertumbuhan mikroba
merupakan gambaran dari batas batas pH
bagi kegiatan enzim enzimnya.
-pH dapat mempengaruhi sifat morfologi
dan fisiologi mikroba
-Bakteri akuatik umumnya : 6.5 -8.5
-secara umum, golongan bakteri kurang
toleran pada pH ekstrim dibandingkan
dengan fungi, namun beberapa bakteri
dapat tumbuh pada pH yang rendah,
misal: Lactobacillus sp, Acetobacter sp dan
Thiobacillus thiooxidans
-pertumbuhan dan aktivitas mikroba dapat
mengubah pH medium.
-untuk menyangga pH agar berada dalam
kisaran normal, biasanya diberi buffer
pH, yaitu buffer fosfat (KH2PO4,
K2HPO4).
ACIDOFIL
-optimal pada pH rendah, pH 2 - 5
misal : fungi.
-obligat acidofil : tidak dapat tumbuh pada pH
netral.
ex : -Thiobacillus dapat mengoksidasi
-Sulfolobus sulfur menjadi sulfat

-Thermoplasma
-pH yang rendah menyebabkan denaturasi
protein dan penghambatan enzim.
-Adaptasi antara lain dilakukan dengan
active exclusion of protons.
NEUTROFIL
- Optimal pada pH sekitar 5.5 – 8.0
ALKALINOFIL
-optimal pada pH tinggi, ex : pH 10-11
-dapat ditemukan pada tanah yang
berkarbonat tinggi atau danau soda,
misalnya bakteri golongan Halobacillus sp.
 IV. Pengaruh Oksigen
• Aerobik obligat, anaerobik fakultatif
(aerobik fakultatif), mikroaerofilik dan
anaerobik obligat.
• Mikroorganisme akuatik kebanyakan
anaerobik fakultatif
• Kebutuhan akan oksigen dapat
dijelaskan sbb :
Bakteri : enzim yang tergolong flavoprotein
Flavoprotein H2O2 + O2-*
+O2
 Flavoprotein : a dehydrogenase that
contains a flavin and often a metal and
plays a major role in biological
oxidations

 Flavin (from Latin flavus, "yellow") is

the common name for a group of
organic compoundso. The biochemical
source is the vitamin Riboflavin
ribriboflavinoflavin
Bakteri aerobik : superoksida dismutase dan
katalase.

2O2-* + 2H+ superoksida dismutase H 2 0 2 + 02

2H202 katalase 2H20+02

Bakteri anaerobik fakultatif : superoksida
dismutase dan peroksidase
H202 + senyawa organik peroksidase senyawa organik
teroksidasi + H20

Bakteri anaerob obligat : tidak ada

superoksida dismutase dan tidak ada katalase
Proses reduksi oksigen :

02 + e- 02- superoksida
02- + e-+ 2H+ H 202 hidrogen peroksida
H202 + e- + H+ H202 + 0H- hidroksil
radikal
0H- + e- + H+ H20 water
 V.Radiasi
• Jika energi radiasi diadopsi oleh sel, maka
akan menyebabkan terjadinya ionisasi
komponen komponen sel. Ionisasi molekul
molekul tertentu dari protoplasma dapat
menyebabkan
-kematian mikroba
-perubahan-perubahan genetik (mutasi)
-menunda pertumbuhan.
Oleh karena itu, radiasi sinar gelombang
pendek (sinar X, sinar gamma, sinar UV)
banyak digunakan dalam praktek sterilisasi,
pengawetan bahan makanan dan untuk
pembuatan mutan mutan.
 VI. Tekanan Hidrostatik

Ada spesies mikroba yang hidup dalam

samudra pasifik dengan tekanan lebih dari 16.000
pound per inchi persegi, yan disebut sebagai
barofil.
Spora bakteri tahan terhadap tekanan 180.000
pound per inchi persegi selama 4 jam.
Tekanan diatas 100.000 pound per inchi
persegi dapat menyebabkan:
 denaturasi protein dan inaktivasi enzim-enzim
 meningkatkan beberapa reaksi kimia
 pengecilan volume koloid organik enzim dan
molekul
 meningkatkan viskositas cairan dan disosiasi
elektrolitnya
Adaptasi fisiologi mikroorganisme
barofilik :
 Memiliki enzim yang memiliki struktur
tertentu (melipat sedemikian rupa dalam
bentuk 3 dimensinya) sehingga
meminimalisasi pengaruh buruk yang
berkaitan dengan tekanan.
 Peningkatan jumlah asam lemak tidak
jenuh di dalam membran sitoplasmanya,
sehingga mencegah membekunya
membran pada saat tekanan tinggi.
Lingkungan alami mikroba
 Terestrial
 Akuatik
 Ekstrim

Mikrobiologi Lingkungan : ilmu yang

mempelajari tentang kehidupan,
pertumbuhan dan aktivitas mikroba di
lingkungan alam serta upaya
pemanfaatannya.
Mengapa perlu dipelajari?
Kehidupan di alam sangat berbeda
dengan di laboratorium
 Kondisi di alam tidak dapat dikuasai
sepenuhnya antara lain:
1. Nutrisi di alam sangat terbatas dan
tidak merata
2. Faktor lingkungan tidak optimal dan
fluktuatif
3. Adanya interaksi antar mikroba
Mikroorganisme yang telah diisolasi
di laboratorium merupakan mikroba
yang tumbuh pada medium artifisial

 Istilah : Fastidious ?
Ubiquitous ?
Peranan mikroba dalam tanah

 Agen biokemik dalam pengubahan

senyawa organik komplek menjadi
sederhana

Beberapa siklus unsur penting dalam

tanah : Nitrogen, Karbon, Sulfur dan
Fosfor
Mikrobiologi akuatik

 Pada umumnya, jumlah bakteri dalam

sistem perairan lebih kecil daripada di
dalam tanah, misal :
Oligotrophic water 1.000 sel/ml
Eutrophic water 10.000.000 sel/ml
Liquid solid interface 100.000.000 sel/ml
•Pada air tanah (ground water dan spring), nutrisi
sedikit, dan keragaman mikroba di dalamnya
juga rendah.

 Pada sungai, danau dan laut : terdapat

keragaman yang tinggi dari jenis bakteri
dan fungi, yang terutama berfungsi
sebagai dekomposer

 Lingkungan laut :
1. Produsen Primer : Prochlorococcus dan
Trichodesmium
2. Daerah yang berdekatan dengan inlet
industri : phytoplankton dan bakteri
berada dalam jumlah yang cukup besar
Sungai dan danau :
 O2 di udara sekitar 21 %, kelarutan
dalam air rendah
 Didasar danau terdapat jenis :anaerobic
bacteria dan microaerophilic bacteria
 Pada badan air yang memiliki aliran dan
turbulensi cepat, maka air dapat
tercampur baik, O2 akan berada pada
lapisan bawah
Mikrobiologi Laut Dalam
 Kandungan nutrisi <, temperatur <,
tekanan hidrostatik >
 Laut dalam : > 1000 m
 Jenis bakteri :psikrofilik dan
barofilik/barotoleran
 Memerlukan alat khusus untuk sampling
misal: Japanese Kaiko (10.897 m), di
Mariana Trench, Laut Pasifik
C (50%) :Bagian dari senyawa organik sel
Golongan mikroba yang terlibat
dalam siklus karbon dan oksigen
 Fotosintesis  Respirasi Aerob
Alga Tanaman
Tanaman hijau Hewan
Cyanobacteria Mikroba

 Respirasi Anaerob
Mikroba
N (14%) : Bagian dari protein, asam nukleat dan koenzim
Reaksi biokimia yang terlibat dalam
siklus nitrogen
 Proteolisis
 Amonifikasi
 Nitrifikasi
 Denitrifikasi
 Fiksasi nitrogen
Fiksasi Nitrogen Nitrifikasi
 Cyanobacteria  Nitrobacter
 Rhizobium  Nitrosomonas
 Azotobacter
 Beijerinckia

Denitrifikasi
• Pseudomonas
• Clostridium perfingens
• Bakteri fotosintetik
P (3%) : Bagian dari asam nukleat, fosfolipid
dan koenzim
S (1%) : Bagian dari protein (asam amino sistein
 dan metionin)