SITA FEBRIANTI 0910923058 TUGAS BIOKIMIA MOLEKULER

SIKLUS SEL Kegiatan yang terjadi dari satu pembelahan sel ke pembelahan berikutnya disebut siklus sel atau daur sel. Siklus sel mencakup dua fase yaitu interfase dan fase mitosis atau fase pembelahan. Interfase terdiri dari tiga tahapan yaitu tahap G1 dimana terjadi aktivitas biosintesa yang tinggi, tahap S yaitu merupakan tahap replikasi dan transkripsi DNA, tahap G2 merupakan tahap persiapan diri sel untuk membelah. Fase mitosis atau fase pembelahan terdiri dari karyokinesis atau pembelahan nukleus dan sitokinesis atau pembelahan sitoplasma.

Gambar Siklus Sel TAHAPAN SIKLUS SEL Pembelahan sel yang terjadi pada sel somatik disebut mitosis dan pembelahan yang terjadi pada sel kelamin disebut meiosis. Mitosis dan meiosis merupakan bagian dari siklus sel dan hanya mencakup 5-10% dari siklus sel. Mitosis merupakan pembelahan inti yang berhubungan dengan pembelahan sel somatik, dimana terdapat beberapa tahap didalamnya, yaitu interfase, profase, metafase, anafase, dan telofase. Kromosom pada metafase mitotik mengalami kondensasi dan penebalan yang maksimal, sehingga kromosom pada tahap ini dapat diamati dengan lebih jelas panjangnya dan letak sentromernya. Setelah panjang total dan letak sentromernya diketahui, maka dapat dilanjutkan dengan analisis kariotipe. Mitosis merupakan periode pembelahan sel yang berlangsung pada jaringan titik tumbuh (meristem), seperti pada ujung akar atau pucuk tanaman.

Gambar Tahapan Mitosis Interfase atau stadium istirahat dalam siklus sel termasuk fase yang berlangsung lama karena pada tahap ini berlangsung fungsi metabolisme dan pembentukan dan sintesis DNA. Maka sebenarnya kurang tepat juga jika dikatan bahwa interfase merupakan fase istirahat, karena sebenarnya pada fase ini sel bekerja dengan sangat berat. Interfase dibedakan lagi menjadi tiga fase, yaitu: 1. Fase gap satu (G1), Pada fase ini terjadi beberapa kegiatan yang mendukung tahap tahap berikutnya, yaitu: a. Trankipsi RNA b. Sintesis protein yang bermanfaat untuk memacu pembelahan nukleus c. Enzim yang diperlukan untuk replikasi DNA d. Tubulin dan protein yang akan membentuk benang spindel 2. Fase Sintesis (S) Pada fase ini terjadi replikasi DNA dan replikasi kromosom, sehingga pada akhir dari fase ini terbentuk sister chromatids yang memiliki sentromer bersama. Namun, masih belum fase ini 7 8 jam. 3. Fase Gap dua (G2) Pada fase ini terjadi sintesis protein protein yang dibutuhkan pada fase mitosis, seperti sub unit benang gelendong, pertumbuhan organel organel dan makromolekul lainnya (mitokondria, plastid, ribosom, plastid, dan lain lain). Fase ini membutuhkan waktu 2 5 jam.

Pada fase profase, terjadi pemadatan (kondensasi) dan penebalan kromosom. kromosom menjadi memendek dan menjadi tebal, bentuknya memanjang dan letaknya secara random di tengah tengah sel, terlihat menjadi dua untai kromatid yang yang letaknya sangat berdekatan dan dihubungkan oleh sebuah sentromer. Mendekati akhir profase, nukleolus dan membran nukleus menghilang dan terbentuk benang benang spindel. Pada fase metafase, setiap individu kromosom yang telah menjadi dua kromatid bergerak menuju bidang equator. Benang benang gelendong melekat pada sentromer setiap kromosom. Terjadi kondensasi dan penebalan yang maksimal pada fase ini. Sehingga kromosom terlihat lebih pendek dan tebal dibandingkan pada fase lainnya. Selain itu, kromosom juga terlihat sejajar di tengah tengah equator. Sehingga sangat baik dilakukan analisis kariotipe pada fase ini. Analisis kariotipe dapat dimanfaatkan untuk : 1) analisis taksonomi yang berhubungan dengan klasifikasi mahluk hidup. 2) analisis galur substitusi dari monosomik atau polisomik, dan 3) untuk studi reorganisasi kromosomal. Fase anafase dimulai ketika setiap pasang kromatid dari tiap tiap pasang kromosom berpisah, masing masing kromatid bergerak menuju ke kutub yang berlawanan. Pemisahan ini dimulai dari membelahnya sentromer. Sentromer yang telah membelah kemudian ditarik oleh benang gelendong ke kutub yang berlawanan bersama dengan kromatidnya. Pergerakan kromosom ke kutub diikuti pula oleh bergeraknya organel organel dan bahan sel lainnya. Ciri khusus yang terlihat pada saat anafase adalah kromosom terlihat seperti huruf V atau J dengan ujung yang bersentromer mengarah ke arah kutub. Pada saat ini, jumlah kromosom menjadi dua kali lipat lebih banyak. Pada fase telofase, membran nukleus terbentuk kembali, kromosom mulai mengendur dan nukleolus terlihat kembali. Sel membelah menjadi dua yang diikuti oleh terbentuknya dinding sel baru yang berasal dari bahan dinding sel yang lama, retikulum endoplasma, atau bahan baru yang lainnya. Pembelahan ini juga membagi sitoplasma menjadi dua. Pada akhir dari fase ini, terbentuk dua sel anakan yang identik dan memiliki jumlah kromosom yang sama dengan tetuanya. Meiosis adalah proses menghasilkan gamet yang haploid dari diploid. Pada meiosis terjadi dua kali periode pembelahan sel, yaitu pembelahan I (meiosis I) dan pembelahan II (meiosis II). Meiosis I dan meiosis II terjadi pada sel tumbuhan. Demikian juga pada sel hewan terjadi meiosis I dan meiosis II. Baik pada pembelahan meiosis I dan II, terjadi fase-fase pembelahan seperti pada mitosis. Oleh karena itu dikenal adanya profase I, metafase I, anafase I , telofase I, profase II, metafase II, anafase II, dan telofase II. Akibat adanya dua kali proses pembelahan sel, maka pada meiosis, satu sel induk akan menghasilkan empat sel baru, dengan masing-masing sel mengandung jumlah kromosom setengah dari jumlah kromosom sel induk.

Gambar Tahapan Meiosis JAWABAN PERTANYAAN 1. Mengapa replikasi penting ? Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA mampu mensisntesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama melalui proses menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama, proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase. Replikasi sangat penting bagi organisme hidup karena memiliki beberapa tujuan, diantaranya:
a) Untuk perbanyakan sel sehingga terjadi pertumbuhan b) Untuk pembentukan sel baru yang berbeda dari induknya c) Untuk pembentukan Jaringan d) Untuk regenerasi sel

e) dan untuk Pembentukan individu baru 2. Kapan replikasi terjadi? Replikasi itu terjadi pada waktu Interfase ( istirahat sel tidak membelah) tepatnya pada fase Sintesa (S). Atau, replikasi DNA dilakukan pada saat sel belum membelah diri.

3. Gambarkan proses replikasi !

Gambar Proses Replikasi

Gambar Proses Replikasi Semi-konservatif Terdapat tiga permodelan replikasi DNA, yaitu replikasi konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Namun dari ketiga replikasi tersebut hanya replikasi semikonservatif yang dapat diuji kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient centrifugation. Percobaan ini dilaporkan hasilnya pada tahun 1958 oleh M.S. Meselson dan F.W. Stahl.
a.

Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru (Desy, 2010). Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untai polinukleotida baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami fragmentasi di sejumlah

tempat. Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru .
b. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis

dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.
c.

Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang saling berselang-seling pada setiap untai.

Tiga Permodelan Replikasi DNA TAHAPAN REPLIKASI Proses replikasi dalam molekul DNA dimulai pada suatu titik yang disebut dengan Origin of Replication (Ori). Pada titik ini, DNA akan membentuk seperti gelembung kecil, dimana ikatan hidrogen antara basa-basa terputus dan pasangan basanya terpisah. Heliks mulai membuka uliran. Hanya DNA yang mempunyai titik Ori yang dapat bereplikasi. Titik Ori adalah runtunan basa yang menjadi tanda (signal) bagi Polimerase DNA untuk memulai replikasi.

Gambar Tahapan Replikasi Tahapan replikasi DNA pada sel eukariot adalah sebagai berikut :
1. Tahapan pertama (inisiasi) dalam proses replikasi DNA terjadi adalah pemutusan ikatan

hidrogen antara basa-basa nitrogen dari dua untai yang antiparalel. Pemutusan ikatan tersebut terjadi pada rantai yang kaya akan ikatan A-T. Hal tersebut dikarenakan ikatan antara adenin dan timin yang hanya merupakan ikatan rangkap dua, sedangkan pada ikatan antara sitosin dan guanin adalah ikatan rangkap tiga. Helikase adalah enzim yang berfungsi untuk membuka untai ganda DNA. Titik awal dimana terjadinya splitting disebut sebagai origin of replication. Struktur yang dihasilkan disebut dengan Replication Fork.

Gambar Tahap pemutusan ikatan hydrogen pada basa basa nitrogen

2. Salah satu hal penting dalam tahapan replikasi DNA adalah pengikatan primase RNA

pada titik awal rantai induk 3-5. Primase RNA dapat menarik nukleotida RNA yang berikatan dengan nukleotida DNA dari untai 3-5 dikarenakan ikatan hidrogen antar basanya. Nukleotida RNA adalah primer (starter) untuk ikatan nukleotida DNA.

Gambar Tahap pembentukan RNA primer

3. Tahapan elongasi berbeda untuk cetakan 5-3 dan 3-5, yaitu:

a. Cetakan 5-3, Cetakan 5-3 disebut sebagai leading strand karena DNA polimerase

dapat membaca cetakan dan secara kontinu menambah nukleotida(komplemen dari cetakan nukleotida, sebagai contoh adenin berlawanan dengan timin).
b. Cetakan 3-5, Cetakan 3-5 tidak dapat dibaca dengan DNA polimerase .

Replikasi dari cetakan ini rumit dan DNA barunya disebut lagging strand. Pada lagging strand RNA primase menambah lebih banyak RNA primer. DNA polimerase membaca cetakan. Jarak antara dua RNA primer disebut sebagai fragmen Okazaki.

Gambar Tahap pembentukan leading strand dan lagging strand

Gambar Fragmen Okazaki RNA primer penting untuk DNA polimerase berikatan dengan nukleotida pada bagian ujung 3. Untai baru dielongasi dengan mengikat lebih banyak DNA nukleotida.
4. Pada lagging strand DNA Polimerase I - eksonuklease membaca fragmen dan

memindahkan RNA Primer. Jarak didekatkan dengan adanya pengaruh DNA polymerase (menambahkan nukleotida komplementer pada jarak tersebut) dan DNA ligase (menambahkan fosfat pada gap antara fosfat dan gula).

Gambar Tahap pembacaan fragmen oleh DNA polimerase I-eksonuklease

5. Langkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini terjadi ketika

DNA polymerase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan mudah memahami bahwa pada akhir tahapan lagging strand, ketika RNA primer dipindahkan tidak mungkin bagi DNA polymerase untuk mengisi kekosongan tersebut (karena tidak ada primer). Sehingga, ujung dari untai induk dimana primer terakhir tidak direplikasi. Ujung dari DNA linear terdiri dari DNA noncoding yang berulang ulang dan disebut telomere. Sebagai hasilnya, bagian dari telomere dipindahkan pada tiap siklus replikasi DNA.
6. Replikasi DNA tidak sempurna sebelum terjadi mekanisme perbaikan terhadap

kesalahankesalahan yang mungkin terjadi selama replikasi. Enzim seperti nuklease akan memindahkan nukleotida yang salah dan DNA polimerase akan mengisi kekosongan (gap) tersebut.

Gambar DNA hasil replikasi 4. Gunakan aturan komplementer untuk benang komplementer berikut : AGC T AGAGCAGT T C GAT CT CGT CA