Pertemuan ke: 2

DNA
SEBAGAI BAHAN GENETIKA

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA 1865, Gregor Mendel menduga bahwa suatu bagian dari sel bertanggungjawab atas sifat yang diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya 1868, Friedrich Miescher menemukan senyawa kimia yang berasal dari inti sel 1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1882, Walther Flemming menemukan kromosom adalah bagian dari sel yang ditemukan Mendel 1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie van Beneden menemukan bahwa suatu jasad memiliki jumlah kromosom tertentu 1902, Walter Stanborough Sutton menyatakan bahwa kromosom berpasangan 1910, Thomas Hunt Morgan menemukan bahwa bahan pembawa sifat adalah gen yang berada di dalam kromosom 1926, Hermann Muller menemukan bahwa sinar X dapat menginduksi mutasi 1928, Fred Griffith menemukan perubahan bentuk dinding sel Streptococcus pneumoniae

Perubahan bentuk dinding sel Streptococcus pneumonia Penelitian Fred Griffith

Dua galur: Smooth (S) Virulent (gel coat) Rough (R) Kurang Virulen

Tikus disuntik dengan galur R and galur S yang dimatikan melalui pemanasan Tikus mati dan ditemukan hanya mengandung bakteri galur S

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1935, Andrei Nikolaevitch Belozersky berhasil mengisolasi DNA murni 1941, George Beadle dan Edward Tatum menemukan hubungan mutasi dengan kerusakan proses biokimia sel 1944, Oswald Theodore Avery, Colin MacLeod dan Maclyn McCarty yang melanjutkan pekerjaan Griffith menemukan bahwa DNA adalah bahan yang menyebabkan perubahan bentuk dinding sel Streptococcus pneumoniae

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1952, Alfred Hershey dan Martha Chase melalui penelitian menggunakan P dan S radioisotop membuktikan DNA sebagai bahan pembawa informasi genetika 1953, James Watson and Francis Crick menyatakan bahwa DNA adalah benang ganda anti paralel, berbentuk heliks yang saling berkomplemen

Penelitian Avery, MacLeod, dan McCarty

Penelitian Alfred Hershey dan Martha Chase

Penelitian Watson dan Crick

Dengan dukungan data difraksi sinar-X dari Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins Dengan dukungan data analisis kimia basa nitrogen dari Erwin Chargaff Memformulasikan struktur DNA Mengelompokkan basa DNA menjadi purin dan pirimidin Memformulasikan model replikasi DNA

STRUKTUR KIMIA NUKLEOTIDA PENYUSUN ASAM NUKLEAT

Basa N

Gula ribosa

STRUKTUR BASA NUKLEOTIDA

Purin

Pirimidin

STRUKTUR ASAM NUKLEAT

PASANGAN BASA NUKLEOTIDA

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1957, Francis Crick dan George Gamov merumuskan "central dogma" yang menjelaskan cara kerja DNA mengendalikan sintesis protein. DNA mengendalikan messenger RNA yang kemudian mengendalikan sintesis protein 1957, Matthew Meselson dan Frank Stahl mendemonstrasikan mekanisme replikasi DNA

Dari GATC menjadi Gen

Sel mengenal gen dari urutan basa DNAnya

Gen
Menyandi Protein melalui mRNA Membentuk RNA struktural
rRNA tRNA

Gen Penyandi Protein

ORF (Open Reading Frame)
Panjang (biasanya >300 basa) Mirip protein yang telah diketahui Tidak ada STOPS!

Regulatory signals
Tergantung pada organismenya
Prokaryot vs Eukaryot Vertebrata vs fungi

ORF finding tools

Translate/Map Frames: graphical 6 frames
UNIX graphics problem (see WWW)

Testcode CodonPreference WWW tools

ORF Finder (NCBI) BCM Search Launcher...

Genom, suatu set gen Kandungan Gennya?

E. coli 4000 gen X 1 kbp/gen=4 Mbp

Genom=4 Mbp!

Kompleks DNA Genom

~10% tingkat pengulangan sangat tinggi (300 Mbp)
BUKAN GEN

~25% tingkat pengulangan moderat (750 Mbp)

Beberapa gen

~25% introns (800 Mbp) 40%=?

Regulatory regions Intergenic regions

Ekspresi Gen Prokaryot

Promoter Cistron1
Transkripsi mRNA 5 1 2

Cistron2 CistronN Terminator

RNA Polymerase 3 N Ribosom, tRNAs, Protein Factors
C N C

Translasi
C
N N

2 Polipeptida

Consensus Sequences
Promoter sites Intron/Exon Transcription Termination/PolyA Translation initation

Finding Functional Sequences

Known Consensus Sequences Consensus Sequence Generation Functional Tests

Promoter pada Bakteri

-35 T82T84G78A65C54A45 (16-18 bp) T80A95T45A60A50T96(A,G) -10 +1

Terminators
Stem/loop 3-U tail Kaya-C Sedikit-G Konsensus lemah

Urutan Basa untuk Translasi

Situs Ribosome Binding, Situs Shine-Dalgarno

nnGGAGGnnnnnATG typical E. coli nnaaAGGnnnnnATG

Struktur Operon
P

Promoter?

Ekspresi Gen Eukaryot

Enhancer Promoter Transcribed Region Terminator
RNA Polymerase II
Intron1 Exon2

Transkripsi Transkrip Primer 5

Exon1

3 Cap Splice Cleave/Polyadenylate

Translasi
C N
7mG

An Transport An

Polipeptida

7mG

Kompleksitas Gen Eukaryot

Khamir
Jarang mengandung intron Lokasi promoter dekat Gen saling berdekatan

Kompleksitas Gen Eukaryot

Fungi
Umumnya mengandung intron pendek Promoter/enhancer Gen saling berdekatan

Eukaryot tingkat tinggi

Umumnya mengandung intron panjang Promoter/enhancer Antar gen berjarak

Intron Prevalence
100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 0 1 >1

Yeast Fungi Mammal

Intron Size
70 60 50 40 30 20 10 0 <100 <200 <1 1 to 5 kbp >5 Fungi Verterbrate

Exon Size
35 30 25 20 15 10 5 0 1-100 100200 200300 300- >500 500 Fungi Verterbrate

Stuktur Exon/Intron
CCACATTgtn(30-10,000)an(5-20)agCAGAA
...CCACATTCAGAA... ...ProHisSerGlu...

Splice Alternatif
CCACATTgtn(30-10,000)an(5-20)agcagAA

...CCACATTAA... ...ProHisSTOP

Splicing Consensus
A64G73GTA62A68G84T63 Y80NY80Y87R75AY95C65AGNN GTRNGT(N){30-1000} CTRAC(N){5-15}YAG Vert

Fungi

DATABASE SEARCH
BLASTN
DNA:DNA comparison (ALWAYS!) Not sensitive (DNA conservation low)

BLASTX/TBLASTX
6 frame ORFS:polypeptide database 6 frames vs. 6 frames of a DNA database

TRANSLASI RNA

HUBUNGAN TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

REPLIKASI DNA

REPLIKASI DNA

PEMANJANGAN ASAM NUKLEAT

Sumber
Tim Pengajar Pengantar Bioteknologi Pertanian Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada