Biokimia

Biokimia adalah kimia makhluk hidup. Biokimiawan mempelajari molekul dan reaksi kimia terkatalisis oleh enzim yang
berlangsung dalam semua organisme. Lihat artikel biologi molekular untuk diagram dan deskripsi hubungan antara biokimia, biologi
molekular, dan genetika.

Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari struktur dan fungsi komponen seluler, seperti protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat,
dan biomolekul lainnya. Saat ini biokimia lebih terfokus secara khusus pada kimia reaksi termediasi
enzim dan sifat-sifat protein.

Saat ini, biokimia metabolisme sel telah banyak dipelajari. Bidang lain dalam biokimia di antaranya sandi genetik (DNA, RNA),
sintesis protein, angkutan membran sel, dan transduksi sinyal.

Daftar isi
Perkembangan biokimia
Biomolekul
Karbohidrat
Lipid
Protein
Asam nukleat
Karbohidrat
Monosakarida
Disakarida
Oligosakarida dan polisakarida
Penggunaan karbohidat sebagai sumber energi
Glikolisis (anaerob)
Aerob
Glukoneogenesis

Protein
Lipid
Asam nukleat
Lihat pula
Pranala keluar
Referensi

Perkembangan biokimia
Kebangkitan biokimia diawali dengan penemuan pertama molekul enzim, diastase, pada tahun 1833 oleh Anselme Payen. Tahun
1828, Friedrich Wöhler menerbitkan sebuah buku tentang sintesis urea, yang membuktikan bahwa senyawa organik dapat dibuat
secara mandiri. Penemuan ini bertolak belakang dengan pemahaman umum pada waktu itu yang meyakini bahwa senyawa organik
hanya bisa dibuat oleh organisme. Istilah biokimia pertama kali dikemukakan pada tahun 1903 oleh Karl Neuber, seorang kimiawan
Jerman. Sejak saat itu, biokimia semakin berkembang, terutama sejak pertengahan abad ke-20, dengan ditemukannya teknik-teknik
baru seperti kromatografi, difraksi sinar X, elektroforesis, RMI (nuclear magnetic resonance, NMR), pelabelan radioisotop,
mikroskop elektron, dan simulasi dinamika molekular. Teknik-teknik ini memungkinkan penemuan dan analisis yang lebih
mendalam berbagai molekul dan jalur metabolik sel, seperti glikolisis dan siklus Krebs. Perkembangan ilmu baru seperti
bioinformatika juga banyak membantu dalam peramalan dan pemodelan strukturmolekul raksasa.

Saat ini, penemuan-penemuan biokimia digunakan di berbagai bidang, mulai dari genetika hingga biologi molekular dan dari
pertanian hingga kedokteran. Penerapan biokimia yang pertama kali barangkali adalah dalam pembuatan roti menggunakan khamir,
sekitar 5000 tahun yang lalu.

Penemuan penting lain di bidang biokimia adalah penemuan gen dan perannya dalam mentransfer informasi di dalam sel. Bagian
biokimia ini terkadang juga disebut dengan biologi molekuler. Pada tahun 1950-an, James D. Watson, Francis Crick, Rosalind
Franklin, dan Maurice Wilkins menemukan bagaimana struktur DNA dan mencoba mencari hubungannya dengan transfer informasi
genetik. Pada tahun 1958, George Beadle dan Edward Tatum berhasil memenangkan Hadiah Nobel akibat penelitian mereka
mengenai jamur yang menunjukkan bahwa satu gen memproduksi satu enzim. Pada tahun 1988, Colin Pitchfork adalah orang
pertama yang terbukti melakukan tindak kriminal melalui bukti DNA. Belum lama ini, Andrew Z. Fire dan Craig C. Mello
memenangkan Hadiah Nobel pada tahun 2006 atas penemuan fungsi dariRNA interferensi (RNAi).

Biomolekul
Ada 4 kelas molekul utama dalam biokimia yaitu: karbohidrat, lipid, protein, dan asam nukleat. Banyak molekul biologi merupakan
"polimer": dalam kasus ini, monomer adalah mikromolekul yang relatif kecil yang bergabung menjadi satu untuk membentuk
makromolekul-makromolekul, yang kemudian disebut sebagai "polimer". Ketika banyak monomer bergabung untuk mensintesis
sebuah polimer biologis, mereka melalui proses/tahap yang disebut dengansintesis dehidrasi.

Karbohidrat
Karbohidrat tersusun dari monomer yang disebut sebagai monosakarida. Contoh dari monosakarida
adalah glukosa (C6H12O6), fruktosa (C6H12O6), dan deoksiribosa (C5H10O4). Ketika 2 monosakarida
melalui proses sintesis dehidrasi, maka air akan terbentuk, karena 2 atom hidrogen dan satu atom
oksigen telepas dari 2 gugus hidroksil monosakarida. Sebuah molekul
sukrosa (glukosa +
fruktosa), sebuah
Lipid disakarida.
Lipid biasanya terbentuk dari satu molekul gliserol yang
bergabung dengan molekul lain. Di trigliserida, ada satu mol
gliserol dan tiga molekulasam lemak. Asam lemak merupakan monomer disini.
Sebuah trigliserida
dengan satu molekul
Lipid, terutama fosfolipid, juga digunakan di beberapa produk obat-obatan, misalnya sebagai
gliserol (kiri) dan 3
bahan pelarut (contohnya di infus parenteral) atau sebagai komponen pembawa obat (contohnya
molekul asam lemak.
di liposom atau transfersom).

Protein
Protein merupakan molekul yang sangat besar-atau makrobiopolimer- yang tersusun dari monomer yang disebut asam amino. Ada 20
asam amino standar, yang masing-masing terdiri dari sebuah gugus karboksil, sebuah gugus amino, dan rantai samping (disebut
sebagai grup "R"). Grup "R" ini yang menjadikan setiap asam amino berbeda, dan ciri-ciri dari rantai samping ini akan berpengaruh
keseluruhan terhadap suatu protein. Ketika asam amino bergabung, mereka membentuk ikatan khusus yang disebut ikatan peptida
melalui sintesis dehidrasi, dan menjadiPolipeptida, atau protein.

Asam nukleat
 Asam nukleat adalah molekul yang membentuk DNA,
substansi yang sangat penting yang digunakan oleh semua
organisme seluler untuk menyimpan informasi genetik. Jenis
asam nukleat yang paling umum adalah asam deoksiribosa
nukleat dan asam ribonukleat. Monomernya disebut Struktur umum
nukleotida. Nukleotida yang paling umum diantaranya dari asam α-
Adenin, Sitosin, Guanin, Timin, dan Urasil. Adenin amino, dengan
grup amino di
berpasangan dengan timin dan urasil, timin hanya berpasangan
sebelah kiri dan
dengan adenin; sitosin dan guanin hanya dapat berpasangan
grup karboksil di
satu sama lain. sebelah kanan.

Struktur dari asam deoksiribosa

nukleat (DNA), gambar ini
menunjukkan monomernya
diletakkan bersamaan.
Karbohidrat
Fungsi dari karbohidrat adalah sebagai pembangun dan sumber energi. Gula merupakan
karbohidrat, tetapi tidak semua karbohidrat adalah gula. Jumlah karbohidrat di bumi
lebih banyak daripada jumlah biomolekul manapun.

Monosakarida
Tipe karbohidrat yang paling sederhana adalah monosakarida, yang biasanya terdiri
dari atom karbon, hidrogen, dan oksigen, kebanyakan dengan perbandingan 1:2:1
(formula umumnya CnH2nOn, dimana n paling kecil adalah 3). Glukosa, salah satu
karbohidrat yang paling penting, merupakan contoh dari monosakarida. Juga
termasuk dengan fruktosa, gula yang biasanya ditemukan dalam manisnya buah-
buahan.[1][a] Beberapa karbohidrat (terutama setelah kondensasi menjadi oligo- dan
polisakarida) memiliki jumlah karbon yang relatif lebih rendah daripada H dan O. Glukosa, atau juga dikenal dengan
gula darah.
Monosakarida dapat dikelompokkan ke aldosa (mempunyai grup aldehida di akhir
rantainya, contohnya glukosa) dan ketosa (mempunyai grup keton di rantainya,
contohnya fruktosa).

Disakarida
Dua monosakarida dapat bergabung menjadi satu melalui sintesis dehidrasi. Maka,
akan dilepaskan satu atom hidrogen dan satu grup hidroksil (OH-). Atom hidrogen
dan hidroksil akan bergabung dan membentuk molekul air (H-OH atau H2O), maka
dari itu disebut "dehidrasi". Molekul baru ini disebut "disakarida". Reaksinya pun
bisa berbalik arah (reaksi pemecahan), dengan menggunakan satu molekul air untuk
memecah satu molekul disakarida, maka akan memecah ikatan glikosidik pada
Sukrosa: gula tebu dan mungkin
disakarida. Reaksi inilah yang disebut dengan hidrolisis. Jenis disakarida yang
karbohidrat yang paling dikenal.
paling dikenal adalah sukrosa atau yang biasanya kita kenal dengan gula tebu. Satu
molekul sukrosa terdiri dari satu molekul glukosa dan satu molekul fruktosa.
Disakarida yang lain contohnya laktosa, terdiri dari satu molekul glukosa dan satu molekul galaktosa. Di dalam tubuh, dikenal
adanya enzim laktase yang memecah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Biasanya, pada orang berusia lanjut, produksi laktase
semakin sedikit dan akibatnya adalah penyakitintoleransi laktosa.

Oligosakarida dan polisakarida

Ketika beberapa (sekitar 3-6) monosakarida bergabung menjadi satu, maka akan disebut sebagai oligosakarida (oligo- artinya
"sedikit"). Jika banyak monosakarida bergabung menjadi satu, maka akan disebut sebagai polisakarida. Monosakarida dapat
bergabunf membentuk satu rantai panjang, atau mungkin bercabang-cabang. 2 jenis polisakarida yang paling dikenal adalah selulosa
dan glikogen, dua-duanya terdiri dari monomerglukosa.

Selulosa dibuat oleh tumbuhan dan merupakan komponen penting yang

membentuk dinding sel. Manusia tidak bisa membuat ataupun
mencerna selulosa.
Glikogen, atau nama lainnya adalah gula otot, digunakan oleh manusia
dan hewan sebagai sumber energi.
Selulosa sebagai polimer β-D-
glukosa
Penggunaan karbohidat sebagai sumber energi
Glukosa merupakan sumber energi utama bagi makhluk hidup. Contohnya, polisakarida akan dipecah menjadi monomer-
monomernya (fosforilase glikogen akan membuang residu glukosa dari glikogen). Disakarida seperti laktosa atau sukrosa akan
dipecah menjadi 2 komponen monosakaridanya.

Glikolisis (anaerob)
Glukosa akan dicerna dalam tubuh dalam reaksi respirasi. Tahapan pertama dalam reaksi respirasi adalah glikolisis. Tahapan
glikolisis dimulai dari satu molekul glukosa sampai tahap akhirnya akan dihasilkan 2 molekul piruvat. Tahap ini juga akan
menghasilkan 2 ATP dan memberikan dua elektron dan satu hidrogen pada NAD+ sehingga menjadi NADH. Tahap ini tidak
membutuhkan oksigen. Jika persediaan oksigen dalam tubuh tidak cukup, maka NADH akan digunakan untuk mengubah piruvat
menjadi asam laktat (dalam tubuh manusia]] atau menjadietanol dan karbon dioksida.

Aerob
Dalam respirasi aerob, sel yang mendapat cukup oksigen, piruvat yang dihasilkan dari tahap glikolisis akan dicerna kembali dan
diubah menjadi Asetil Ko-A. Piruvat akan membuang satu atom karbonnya (menjadi karbon dioksida) dan akan memberikan
elektronnya lagi pada NAD+ sehingga menjadi NADH. 2 molekul Asetil Ko-A akan memasuki tahap siklus Krebs, dan akan
menghasilkan lagi 2 ATP, 6 molekul NADH, dan 2 ubiquinon (FADH2), serta karbon dioksida. Energi di NADH dan FADH2
nantinya akan digunakan ditranspor elektron. Energi ini dipakai dengan cara dilepaskannya elektron dan H+ dari NADH dan FADH2
secara bertahap di sistem transpor elektron. Sistem transpor elektron akan memompa H+ keluar dari membran dalam mitokondria.
Konsentrasi H+ di luar membran dalam mitokondria akan menyebabkan gradien proton, sehingga H+ akan masuk kembali ke
membran dalam mitokondria melalui ATP sintase. Oksigen bertugas sebagai penerima elektron akhir, sehingga proses pembentukan
ATP terus berlanjut. Oksigen yang bergabung dengan H+ akan membentuk air. NAD+ dan FAD akan digunakan kembali dalam
sistem respirasi, seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Hal ini yang menyebabkan mengapa kita menghirup oksigen dan
melepaskan karbon dioksida. Dalam 1 molekul glukosa akan dihasilkan total 36 TP,
A dan satu ATP dapat melepaskan 7,3 kilokalori.

Glukoneogenesis
Dalam tubuh vertebrata, otot lurik yang dipaksa bekerja keras (misalnya selagi angkat beban atau lari), tidak akan mendapatkan
oksigen yang cukup sehingga akan melakukan metabolisme anaerob, maka akan mengubah glukosa menjadi asam laktat. Organ hati
akan menghasilkan kembali glukosa tersebut, melalui proses yang dinamakan glukoneogenesis. Proses glukoneogenesis sebenarnya
membutuhkan energi 3 kali lebih banyak daripada yang dihasilkan dalam proses glikolisis (ada 6 ATP yang dibuat, sedangkan
glikolisis hanya menghasilkan 2 ATP).

Protein
Seperti karbohidrat, beberapa protein juga memiliki fungsi vital dalam tubuh. Contohnya, pergerakan dari protein aktin dan miosin
sangat berperan bagi kontraksi otot lurik. Salah satu ciri dari kebanyakan protein adalah mereka hanya dapat mengikat secara
spesifik, hanya satu molekul tertentu atau satu grup molekul, sehingga sangat selektif. Antibodi adalah satu contoh protein yang
hanya dapat mengikat satu tipe molekul saja. Salah satu jenis protein yang paling penting adalah enzim. Molekul enzim hanya dapat
mengenali satu jenis molekul reaktan saja, reaktan ini disebut sebagai substrat. Enzim akan mengkatalis reaksi, sehingga energi
aktivasi akan menurun, dan kecepatan reaksi dapat berlangsung lebih cepat sampai 1011 kalinya. Sebuah reaksi mungkin akan
memakan waktu 3.000 tahun untuk betul-betul selesai, tetapi dengan enzim mungkin menjadi
kurang dari satu detik. Enzim sendiri tidak digunakan dalam proses reaksinya, sehingga akan
langsung mengkatalis substrat lainnya.

Pada dasarnya, protein terdiri dari rantai asam amino. Sebuah asam amino terdiri dari satu atom
karbon yang berikatan dengan 4 grup. Grup pertama dalah gugus amino, —NH2, grup kedua
adalah asam karboksilik, —COOH (meskipun eksisnya sebagai —NH3+ dan —COO− dalam
kondisi fisiologis). Grup yang ketiga adalah atom hidrogen. Grup yang keempat biasanya
disingkat sebagai "—R", dan grup inilah yang membedakan antar asam amino. Ada 20 macam Skema dari hemoglobin.
asam amino standar. Beberapa dari mereka mempunyai fungsi sendiri-sendiri, misalnya, fungsi Pita warna merah dan
glutamat adalah sebagaineurotransmiter. biru adalah protein
globin; sedangkan
Asam amino dapat bergabung melalui ikatan peptida. Dalam sintesis dehidrasi ini, sebuah struktur hijau adalah
molekul air akan dilepaskan dan ikatan peptida akan menghubungkan atom nitrogen dari asam grup heme.
amino yang satu dengan atom karbon dari gugus asam karboksil lain. Maka, hasilnya adalah
dipeptida. Rangkaian beberapa asam amino (biasanya lebih
kecil dari 30) disebut polipeptida. Untuk rangkaian yang
lebih panjang, biasanya disebut sebagai protein. Sebagai
contoh, protein albumin pada plasma darah terdiri dari 585
residu asam amino.
Asam amino (1) dalam bentuk netral, (2) dalam bentuk
Struktur dari protein bisa dijelaskan melalui empat
fisiologis, dan (3) dalam bentuk gabungan bersama sebagai
tingkatan. Struktur primer dari protein terdiri dari rangkaian
dipeptida.
linear asam amino, misalnya, "alanin-glisin-triptofan-serin-
glutamat-asparagin-glisin-lisin-…".Struktur sekunder lebih
kepada morfologi lokal. Beberapa kombinasi dari asam amino akan cenderung membentuk gulungan yang disebut dengan α-helix
atau menjadi lembaran yang disebut dengan β-sheet. Struktur tersier adalah bentuk 3 dimensi protein tersebut secara keseluruha.
Bentuk ini akan ditentukan oleh urutan asam amino. Jika ada satu perubahan saja maka akan mengubah keseluruhan struktur. Rantai
alfa hemoglobin terdiri dari 146 residu asam amino, jika residu glutamat di posisi ke-6 digantikan dengan valin, maka akan
mengubah sifat hemoglobin tersebut, dan mengakibatkan penyakit anemia sel sabit. Struktur kuartener lebih memfokuskan pada
struktur dari protein dengan beberapa subunit peptida. Contohnya, hemoglobin dengan keempat subunitnya. Tidak semua protein
memiliki lebih dari satu subunit.

Protein yang masuk ke dalam tubuh akan dipecah menjadi asam amino atau dipeptida di dalam usus halus, baru kemudian bisa
diserap oleh tubuh. Nantinya, asam amino ini dapat bergabung kembali untuk membentuk protein yang baru. Produk antara dari
glikolisis, siklus asam sitrat, dan jalur fosfat pentosa dapat digunakan untuk membentuk kedua puluh macam asam amino. Manusia
dan mamalia lainnya hanya dapat mensintesa separuh dari ke-20 macam amino tersebut. Tubuh manusia tidak dapat mensintesa
isoleusin, leusin, lisin, metionin, fenilalanin, treonin, triptofan, dan valin. Asam amino ini merupakan asam amino esensial, karena
penting bagi tubuh. Mamalia dapat mensintesa asam amino non esensial, yaitu alanin, asparagin, aspartat, sistein, glutamat, glutamin,
glisin, prolin, serin, dan tirosin. Arginin dan histidin juga dapat disintesa mamalia, tetapi hanya dapat diproduksi dalam jumlah
terbatas, sehingga terkadang juga disebut sebagai asam amino esensial.

Jika gugus amino dilepaskan dari sebuah asam amino, maka akan menyisakan asam keto-α. Enzim transaminase akan mudah
memindahkan gugus amino yang lepas ini ke asam keto-α lainnya. Hal ini penting di dalam biosintesis dari asam amino, seperti
dalam banyak jalur, zat antara dari jalur biokimia lainnya akan diubah menjadi asam keto-α, lalu sebuah gugus amino ditambahkan
lewat transaminasi. Maka, asam amino dapat digabung-gabungkan untuk membentuk protein.

Proses yang mirip digunakan untuk memecah protein. Pertama-tama, protein akan terhidrolisa menjadi komponen-komponennya,
yaitu asam amino. Amonia bebas (NH3), berada dalam bentuk ion amonium (NH4+) di dalam darah, akan berbahaya bagi tubuh,
maka harus dikeluarkan. Organisme uniseluler hanya tinggal melepaskan saja amonia ini keluar tubuh. Di dalam tubuh mamalia,
amonia akan diubah menjadi urea, lewatsiklus urea.
Lipid
Kata lipid merujuk kepada suatu kelompok molekul yang beragam, termasuk juga kelompok molekul yang sulit larut dalam air
(contohnya malam, asam lemak, dan turunan asam lemak seperti fosfolipid, sfingolipid, glikolipid, dan terpenoid. Beberapa lipid
merupakan molekul alifatik linear, tetapi ada juga yang mempunyai struktur cincin. Beberapa juga molekul aromatik, dan beberapa
juga lunak.

Beberapa lipid mempunyaii sifat polar meskipun kebanyakan dari mereka merupakan nonpolar/hidrofobik ("takut air"). Tapi ada
beberapa bagian dari strukturnya bersifat hidrofilik ("suka-air"), sehingga membuat molekul ini menjadi amfifilik (mempunyai sifat
hidrofobik dan hidrofilik). Dalam kasus kolesterol, gugus polarnya hanya -OH (hidroksil atau alkohol). Dalam kasus fosfolipid,
gugus polarnya lebih besar sehingga dianggap polar
.

Lipid merupakan salah satu unsur penting dalm tubuh. Kebanyakan produk minyak dan produk susu yang kita gunakan untuk masak
dan makan seperti mentega, keju, dan minyak samin terdiri dari lemak. Makanan yang mengandung lemak, jika dicerna dalam tubuh
maka akan dipecah menjadi asam lemak dangliserol.

Asam nukleat
Asam nukleat merupakan makromolekul biokimia yang kompleks, terdiri dari rantai-rantai nukleotida yang menyimpan informasi
genetik. Jenis asam nukleat yang paling umum adalah asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat
ditemukan di segala jenis sel makhluk hidup dan virus. Disamping sebagai penyimpan informasi genetik, asam nukleat juga berperan
dalam penyampai pesan kedua, serta pembentuk molekul dasar untukadenosin trifosfat.

Monomer dari asam nukleat disebut nukleotida, dan tiap nukleotida terdiri dari 3 komponen: basa nitrogen (purin dan pirimidin), gula
pentosa/senyawa gula karbon-5, dan gugus fosfat. Perbedaan tipe asam nukleat dapat ditemukan di jenis gula pada rantainya
(contohnya, DNA terdiri dari 2 deoksiribosa). Juga, jenis basa nitrogen yang mungkin ada di asam nukleat juga bisa berbeda: adenin,
sitosin, dan guanin bisa ada di RNA dan DNA, timin hanya pada DNA, dan urasil hanya pada RNA.

Lihat pula
Daftar topik biokimia
Portal Kimia
Biologi molekular
Daftar biomolekul
Ekologi kimia
Biofisika
Metabolom
Metabolomika
Obat-obatan molekular
Biokimia tanaman
Biologi struktural
Stoikiometri
Molekul kecil
Kedokteran hewan

Pranala keluar
The Virtual Library of Biochemistry and Cell Biology Wikibuku memiliki
Biochemistry, 5th ed. Full text of Berg, Tymoczko, and Stryer, courtesy of informasi lanjut bertajuk
NCBI. Biokimia
Biochemistry, 2nd ed. Full text of Garrett and Grisham.
Biochemistry Animation(Narrated Flash animations.) Wikimedia Commons
SystemsX.ch - The Swiss Initiative in Systems Biology memiliki galeri mengenai:
 Biochemistry Online Resources– Lists of Biochemistry departments, Biokimia
websites, journals, books and reviews, employment opportunities and
events.
Perpustakaan Maya Biokimia dan Biologi Sel

Referensi
1. ^ Whiting, G.C (1970). "Sugars". Dalam A.C. Hulme.The Biochemistry of Fruits and their Products. Volume 1.
London & New York: Academic Press. hlmn.1=31.

Diperoleh dari "https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Biokimia&oldid=13072879

"

Halaman ini terakhir diubah pada 27 Juli 2017, pukul 01.58.

Teks tersedia di bawah Lisensi Atribusi-BerbagiSerupa Creative Commons

; ketentuan tambahan mungkin berlaku. Lihat
Ketentuan Penggunaanuntuk lebih jelasnya.