Jurnal translate page 3-4 Kami telah mengidentifikasi 32 bagian keyakinan-tinggi dan 15 bagian keyakinanrendah, dan semua kecuali

satu dari bagian-bagian ini muncul sebagai varian pemisah yang normal. Dari bagian-bagian ini, 16 (termasuk 8 dengan keyakinan-tinggi) mempunyai sekurangnya satu kejadian de novo dimana kedua orang tua adalah negatif untuk variant copynumber, yang mengusulkan kemungkinan terjadinya mutasi rekuren. Walaupun majoritas dari varian tidak berkosegregasi dengan autism (dan mungkin merupakan langka, variasi copynumber netral), satu bagian menonjol karena memiliki kejadian de novo multiple dan tidak ada kejadian yang diwariskan.

Delesi mikro pada kromosom 16P11.2 Satu bagian pada kromosom 16p11.2 (dari koordinat genom 29.5 Mb ke 30.1Mb) adalah unik dalam data kami. Lima anak (empat laki-laki dan satu perempuan) dengan autism pada empat keluarga bebas karier delesi de novo ; kami telah mengobservasi tidak ada tidak ada delesi pada kedua orang tua. Satu pasang saudara kandung yang bukan kembar monozigot berbagi kejadian De Novo, mungkin turunan dari orang tua dari germaline mosaicisme. Pada anak dengan autis, kami telah mengobservasi bahawa delesi 16p11.2 terjadi pada kromosom yang didapat dari kedua ibu dan ayah. Bagian tersebut berlangsung bersamaan secara sempurna dengan segmen dari 593 kb diapit oleh duplikasi segmen 147 kb dengan identity sekuens 99.5%. identifikasi kelompok ini pada kejadian de novo oleh COPPER telah dikonfirmasikan dengan analisis pada data yang sama dengan menggunakan Birdseye, dengan perjanjian sempurna dalam identifikasi dari lima sampel dengan delesi ini. Tambahan, tiga dari sampel ini tumpang tindih dengan subjek yang telah digenotipkan di Johns Hopkins dengan Affimetrix 500k chips pada suatu sampel autism. (disediakan oleh Institut Nasional Kesehatan Mental), dimana delesi yang sama telah diidentifikasi oleh CNAT 4.0 (Affymetrix). Ukuran delesi-delesi ini (593kb,mengandung 86 bagian khusus dengan SNP atau copy-number probes) menghasilkan keyakinan bahawa observasi ini adalah asli, dengan kesemua lima subjek mempunyai algoritma kemungkinan (LOD) lebih dari 50 dalam mendukungdosis 1 (contohnya delesi hemizigot). Kami tidak mengamati delesi pada orang tua

dari kelima anak ini (LOD>50 dalam membantu dosis normal pada 2 dari semua orang tua, dan tidak juga mengamatinya pada satu pun dari 1420 orang tua dalam penelitian ini.

Page 4 Delesi dan dosis normal telah dikonfirmasikan secara normal oleh Amplifikasi probe tergantungligasi multipel (MLPA) pada semua subjek pada empat dari keluarga AGRE ini. Tapi, dalam 2814 sampel dari studi lain (data tidak dipublikasi), tiga subjek control perempuan ( yang berpartisipasi dalam studi gangguan bipolar tapi tidak diskreening untuk autis) adalah karier delesi. Kadar delesi pada populasi ini adalah lebih rendah dari kadar sampel anak dengan autis (P=0.03 untuk delesi), walaupun ia mengusulkan bahawa delesi tidak menyebabkan autis berat dalam setiap kasus.

DUPLIKASI PADA KELUARGA DENGAN AUTIS. Kami telah mengobservasi duplikasi resiprokal pada bagian delesi 593-kb pada tiga keluarga AGRE (dengan sekurangnya satu anggota keluarga dengan LOD>30). Duplikasi ini diturunkan dalam dua keluarga ; ditransmisikan dari orang tua kepada dua dari dua anak (perempuan dan laki-laki) yang terkena dan juga pada satu anak perempuan yang tidak terkena dan dari orang tua lain kepada empat dari empat orang anak laki-laki. Duplikasi penuh tidak diobservasi pada satu pun dari 281 sampel dari penelitian lain dan untuk itu muncul sebagai faktor risiko penetrasitinggi kepada tujuh subjek tambahan dengan autism pada sampel AGRE (P=1.1x10-4 untuk kedua delesi dan duplikasi)

DUPLIKASI TAMBAHAN PADA KELUARGA AGRE Kami telah mengidentifikasi lima duplikasi besar dari tiga ukuran yang berlainan pada bagian 15q11-13 yang berhubungan dengan Prader-Willi dan Sindroma Angelman. Dari duplikasiduplikasi ini, satu diturunkan secara maternal, satu terjadi pada subjek yang mempunyai ayah dengan dosis normal dan ibu yang tidak diobservasi, dan tiga adalah dupliaksi de novo, yang

paling kecil diperpanjang oleh posisi genomic 23 Mb ke 25 Mb pada kromosom 15. Duplikasi yang relative kecil ini bisa membantu untuk focus pada penelitian gen-kandidat karena ia hanya mempunyai dua gen-ATP10A dan GABRB3. Kami tidak mengobservasi delesi atau duplikasi de novo pada gen terimplikasi terbaru, NRXN1 pada kromosom 2, walaupun kami telah mengobservasi enam keluarga dengan delesi pada lokus NRXN1. Delesi-delesi tersebut tidak berkosegregasi dengan autism pada empat dari enam keluarga (contohnya, tidak semua orang yang terkena mendapat turunan delesi) dan tidak berhunungan dengan autis pada dasar dari tes disekuilibrium transmisi. Kami mengobservasi delesi pada lokus ini pada 5 dari 2814 sampel kontrol. Untuk mendapatkan perhitungan yang lebih lengkap dari penyebab potensial kejadian rekuren, kami menggunakan algoritma Birdseye untuk mencari delesi dan duplikasi de novo dari data genomik yang 20kb atau lebih besar yang didapatkan pada dari sampel AGRE. Kami tidak menemukan kejadian tambahan de novo pada subjek-subjek yang tidak diobservasi pada proyek Hapmap Internasional atau pada 2814 sampel dari subjek kontrol. Walaupun kami telah mendeteksi lebih kurang 50 kejadian de novo pada lebih dari 100kb yang tidak terlihat pada Hapmap, sejumlah kejadian ini tidak berkosegregasi dengan autism pada keluarga lain atau mereka telah diobservasi pada sampel dari subjek yang tidak mempunyai autis ; semua kejadian tersebut memerlukan penelitian yang lebih dalam pada subjek tambahan dan sampel kontrol yang lebih besar sebelum sesuatu yang dapat memberikan kerentanan dapat diidentifikasi.