ASAM NUKLEAT DAN SINTESIS PROTEIN

BIOSEL 2010

STRUKTUR ASAM NUKLEAT

Asam nukleat terdiri atas: Gula 5 karbon (pentosa): Deoksiribosa (DNA) atau ribosa (RNA); Basa nitrogen; dan osfat

BIOSEL 2010

STRUKTUR ASAM NUKLEAT Gula pentosa

5 OH CH2 4

OH

O
H H 1 H

H
3

2 OH H

Deoksiribosa
BIOSEL 2010 3

5 OH CH2 4 H 3 OH Ribosa
BIOSEL 2010 4

OH

O
H H

1 H
2

OH

Basa nitrogen
NH2

O
N 5 7 8 9 N H

N 1 2

H
N 1 2 NH2

6 5 4 3 N

N 7 8 9 N

4 3 N

Adenin

Purin
BIOSEL 2010

Guanin
5

NH2 H N 3 2 O 1 N H 4 5 6 O N

CH3 5 6

3
2 1 N H

Sitosin

Pirimidin
BIOSEL 2010

Thymin
6

O H N 3 2 O 4 5 6

1 N
H

Urasil
BIOSEL 2010 7

 Nukleosida adalah struktur yang terbentuk oleh adanya ikatan antara gula pentosa dan basa nitrogen dengan ikatan glikosidik Basa akan selalu terikat pada posisi 1 dari pentosa

Titik ikatan pada basa adalah posisi-1 (N-1) pada Pirimidin dan posisi-9 (N9) pada Purin

BIOSEL 2010

BIOSEL 2006

 DNA: adalah sebuah polinukleotida

Terbentuk ketika 5 fosfat dari satu nukleotida berikatan dengan 3 -OH dari nukleotida yang lain, dengan cara menghilangkan gugus -OH dari posisi 3
Ikatan 3 - 5 disebut ikatan posphodiester

BIOSEL 2010

10

NH2

4 5
-O

3 2 1

5
-O

6 CH2

P O

O
H H

O
NH2

4
H

H N

6 5 1 2 3 N

3
O
-O

2
H O

5
CH2

8 9 N 4

P O

O
H H H

4
H

3
OH

2
H 11

 Pada umumnya DNA adalah double helix Kedua rantai yang terpisah saling memilin, searah jarum jam (right-handed), dan terdapat 10 bp/putaran Ikatan gula dan fosfat berada diluar dan basa-basa bertumpuk satu dengan lainnya di bagian tengah Dua pita dalam double helix membentuk major dan minor grooves

BIOSEL 2010

12

 Kedua pita DNA dihubungkan secara nonkovalen oleh ikatan hidrogen antara dua basa dari dua pita yang berlawanana Kedua pita tersusun antiparallel

Kedua pita bersifat komplimen

Ikatan hidrogen bersifat khusus/unik

BIOSEL 2010

13

NH

N 7 8 9 N 4 5

6 1 2 3 N

BIOSEL 2010

14

O
N 6 H 1 2 3 N N H N H

7
8 9 N H

5
4

15

16

 Sekuen basa pada DNA mengkode informasi genetik

BIOSEL 2010

17

SINTESIS PROTEIN
Gen adalah segmen DNA yang mengkode sebuah protein tertentu / segmen DNA yang dapat ditranskripsi

BIOSEL 2010

18

DNA

Template/antisense/noncoding strand

Nontemplate/sense/coding strand

BIOSEL 2010

19

 Sekuen DNA selalu ditulis 5 - 3 Sekuen DNA biasanya adalah dari Nontemplate/coding/sense strand

BIOSEL 2010

20

mRNA

protein translasi

Sifat

ekspresi

transkripsi

BIOSEL 2010

21

 Kode genetika: 43 = 64 kodons Hanya 20 asam amino, sehingga 1 asam dikodekan oleh lebih dari satu kodon; dikenal dengan Degenerasi/redundansi Kodon berbeda yang mengkode Asam amino yang sama disebut sinonim Variasi kodon tersebut terjadi pada basa ketiga. Gejala ini disebut Wobble position

Valin: GUU, GUC, GUA, GUG

BIOSEL 2010 22

 Dari ke 64 kodon tsb, hanya 61 yang mengkode AA.

1 start kodon = Metionin (AUG)

3 termination kodon UAG, UGA, UAA

BIOSEL 2010

23

 ORF (Open Reading Frame) adalah satu set kodon yang berjalan berturutan, yang dimulai dengan start kodon dan diakhiri dengan stop kodon

BIOSEL 2010

24

Promoter

coding sequence

Termination sequence

Promoter initiates transcription; affects when, where, and how much gene product is produced. Termination sequence marks end of gene
BIOSEL 2010 25

TRANSKRIPSI
Adalah proses sintesis RNA dari sekuen DNA sebuah gen oleh ensim RNA polymerase
RNA diproduksi dengan menggunakan template/anti-sense/non-coding strand RNA merupakan copy dari nontemplate/sense/coding strand

BIOSEL 2010

26

mRNA PROCESSING

Hasil proses transkripsi sebuah gen yang mengkode protein adalah sebuah pre-mRNA
Pre-mRNA (pada eukariotik) terdiri dari intron dan exon

27

mRNA PROCESSING
1. Langkah pertama: Splicing, yaitu menghilangkan sekuen non-coding (intron), sehingga menghasilkan mRNA tanpa intron 2. Langkah kedua: 5Capping, yaitu menambahkan 7-methylguanosin (GTP + CH3), pada ujung 5 untuk menghindari degradasi exonuklease pada ujung 5
28

mRNA PROCESSING
3. Langkah ketiga: 3 Polyadenilatin, yaitu menambahkan 250 Adenin pada ujung 3, sehingga membentuk ekor poli-A, untuk menghindari degradasi exonuklease pada ujung 3 Setiap mRNA pasti mengandung ekor poli-A.

BIOSEL 2010

29

BIOSEL 2010

30

tRNA PROCESSING Sebanyak 74 95 nukleotida RNA membentuk struktur berbentuk daun cengkih (cloverleaf structure)

BIOSEL 20010

31

tRNA
3 A

C
5 C

Acceptor arm

TC arm dHU arm Optional arm

Anticodon arm

32

 Acceptor arm: memiliki ujung CCA3, yang tidak berpasangan, dan merupakan titik pengikatan tRNA dengan Asam Amino Anticodon arm: berperan untuk mengenali dan melekatkan diri pada codon dalam mRNA

BIOSEL 2010

33

rRNA PROCESSING

rRNA terbentuk dari asosiasi antara ribosom dengan RNA Ribosom Prokariotik 70S
Ribosom Eukariotik 80S

BIOSEL 2010

34

TRANSLASI
Adalah proses sintesis protein dalam sel mRNA akan menentukan sekuen AA dalam sebuah protein

Peran tRNA sangat penting karena akan mengantarkan AA ke dalam ribosom

BIOSEL 2010

35

 terdapat 31 40 tRNA Sehingga 1 AA kemungkinan akan dibawa oleh > 1 tRNA

tRNA berbeda yang membawa AA yang sama disebut Isoacceptors

BIOSEL 2010

36

PROSES TRANSLASI
1. AA akan berikatan dengan tRNA pada proses yang disebut Aminoacylation/charging, yang kemudian akan mengenali kodon pada mRNA 2. Pengenalan antikodon (tRNA) dengan kodon (mRNA) dengan prinsip komplementaritas pasangan basa
BIOSEL 2010 37

3. Tahapan translasi: a. Inisiasi (Initiation): adalah pengikatan ssRibosom dengan mRNA membentuk sebuah inisiation complex Proses ini dimulai dari AUG (met) sehingga kodon ini disebut translation initiation codon

BIOSEL 2010

38

b. Pemanjangan/elongation:
Dimulai dengan penggabungan lsRibosom pada inisiation complex Sehingga terbentuk 2 buah ruangan pada kompleks, dimana satu ruangan telah diisi oleh tRNA Met, dan ruangan yang kedua diisi oleh tRNA yang ditentukan oleh kodon kedua dari mRNA.

BIOSEL 2010

39

 Kompleks ini kemudian akan bergeser kearah 3 (downstream) sehingga ruangan pertama akan disi oleh tRNA kedua, dan ruangan kedua akan diisi oleh tRNA ketiga yang ditentukan oleh kodon ketiga dst.

BIOSEL 2010

40

c. Terminasi (termination): tRNA tidak akan mampu berikatan dengan termination codon Terdapat beberapa protein yang disebut Release Factors yang akan mengenali kodon stop (UAA, UAG, UGA), dan akan menambahkan air pada polipeptida, sehingga terjadi pelepasan polipeptida.
BIOSEL 2010 41

BIOSEL 2010

42

 Dilanjutkan dengan pelepasan ribosom dari mRNA.

Biosel 2010

43