PENGENDALIAN GEN OLEH CAP ( CATABOLITE ACTIVATOR PROTEIN )

Nama : Rizki Arasyia

Nim :08121006003

Regulasi Operon lac

Laktosa adalah gula disakarida yang tersusun atas dua molekul gula sederhana yaitu
glukosa dan galaktosa. Dalam proses metabolisme, Laktosa yang dibawa oleh enzim permease
galaktosidase dapat diuraikan menjadi glukosa dan galaktosa dengan bantuan enzim -
galaktosidase.
Pengaturan ekspresi gen disebut juga sistem regulasi ekspresi gen, dan sistem ini ditemukan
pertama kali oleh Jacob dan Monod. Sistem regulasi yang mereka temukan lebih sering dikenal
dengan regulasi operon laktosa (regulasi operon lac). Sistem regulasi ini merupakan sistem regulasi
pada tahap inisiasi transkripsi atau regulasi pada tingkat promotor. Dalam penjelasannya Jacob
Monod memperkenalkan istilah operon. Pada operon laktosa terdapat tiga macam gen yaitu lac-
Z, lac-Y dan lac-A. Ketiga gen ini masing-masing menyandikan -galaktosidase, permease dan trans-
asetilase. Regulasi operon laktosa dilakukan oleh suatu protein regulator yang akan berinteraksi
dengan promoter. Protein regulator ini akan menentukan inisiasi translasi. Protein regulator
dihasilkan oleh gen regulator. Dalam kasus operon laktosa terdapat dua gen regulator yaitu gen Lac-i
dan gen crp. Gen Lac-i berhubungan dengan kehadiran laktosa sedangkan gen crp berhubungan
dengan kehadiran glukosa. Gen yang diatur tersebut disebut dengan gen struktural.
Sistem regulasi operon laktosa ada dua yaitu pengendali negatif dan pengendali positif.
Berikut adalah pembahasan tentang pengendalian positif operon lac.

Pengendalian Positif Operon Lac
Pengendalian gen diartikan positif hanya ketika suatu molekul aktivator berinteraksi langsung
dengan genom untuk mengubah transkripsi ke keadaan on. Dalam sistem semacam ini
operon lac diaktifkan kembali setelah sebelumnya ditekan (direpresi) sampai aras paling dasar.
Pengendalian positif ini memberikan keuntungan bagi sel karena operon laktosa tetap dalam
keadaan non-aktif selama masih tersedia glukosa dalam jumlah banyak. Dalam kasus operonlac,
penghilangan represor dari operator tidak cukup untuk mengaktifkan operon tersebut sehingga
dibutuhkan suatu sistem yang bekerja secara positif (mempercepat) pengaktifan operon. Represi
katabolit merupakan kontrol positif pada operon lac.
Represi katabolit adalah kemampuan intermediet di dalam rangkaian reaksi katabolik yang
dikatalis oleh enzim untuk merepresi sisntesis enzim katabolik. Efek ini pertama-tama terlihat
pada E.coli yang sedang tumbuh pada media bersumber karbon bukan glukosa. Penambahan
glukosa merepresi sintesis enzim yang berhubungan dengan katabolisme sumber karbon tersebut.
Fenomena ini mula-mula dinamakan sebagai efek glukosa. Istilah represi katabolit digunakan karena
nutrien non glukosa yang dapar dioksidasi juga menghasilkan efek serupa.
Represi katabolit pada operon lac dilakukan melalui protein regulator yang dikenal sebagai
CAP (catabolite activator protein), dan suatu molekul efektor yaitu cAMP (Cyclic Adenin
Monophosphate). Pada bakteri E.Coli konsentrasi cAMP yang disintesis oleh enzim adenil siklase,
berkebalikan dengan konsentrasi glukosa dalam sel. Hal ini berarti jika konsentrasi glukosa rendah,
maka konsentrasi cAMP meningkat. Pada saat konsentrasi cAMP meningkat, yaitu saat konsentrasi
glukosa rendah, cAMP akan berikatan dengan CAP dan mengaktifkan operon lac.
Pengikatan CAP-cAMP diduga dapat membantu pengikatan RNA polimerase pada promoter
pada operon. Kompleks CAP-cAMP dan RNA polimerase yang saling bersentuhan disebabkan karena
keduanya melekat pada sisi yang berdekatan di promoter. Kedekatan ikatan antara CAP-cAMP
dengan RNA polimerase menyebabkan ikatan RNA polimerase menjadi lebih kuat
Berdasarkan reaksi dapat dijelaskan bahwa pengikatan CAP-cAMP pada promoter menyebabkan
RNA polimerase dapat terikat pada promoter membentuk kompleks promoter tertutup yang
selanjutnya akan menjadi kompleks promoter terbuka yang siap melakukan transkripsi. Pengikatan
RNA polimerase tersebut dapat difasilitasi oleh CAP-cAMP melalui interaksi protein-protein,
pembengkokan DNA atau keduanya.

Katabolit Aktivator Protein (CAP)
Katabolit aktivator protein (CAP), juga dikenal sebagai reseptor protein AMP siklik (CRP),
diaktifkan oleh AMP siklik dan merangsang sintesis dari enzim yang memecah molekul makanan
non-glukosa. Hal ini terdiri dari dua subunit identik, ditampilkan di sini dengan warna biru. Ketika
siklik AMP (ditampilkan dalam warna ungu) mengikat, mengubah konformasi dari protein yang
sedikit, sehingga cocok untuk mengikat DNA (yang ditampilkan di sini dalam warna merah). CAP
mengikat urutan DNA spesifik, yang ditemukan di sebelah gen yang diaktifkan
CAP merupakan umpan polimerase RNA yang dekat dengan DNA, merangsang transkripsi gen yang
berada di dekatnya. Polimerase RNA, ditampilkan dalam warna kuning, memiliki subunit yang
mencapai dan berinteraksi dengan CAP dan DNA. Dalam struktur RNA polimerase , hanya setengah
dari subunit ini terlihat yang mengungkapkan bagaimana setengah lainnya mengikat untuk kedua
CAP (biru), dan DNA (merah). Kedua bagian dari subunit ini terhubung melalui linker yang fleksibel,
yang ditunjukkan dengan titik-titik kuning kecil. Perhatikan bahwa hanya sepotong kecil DNA yang
ditampilkan di sini, di dalam sel DNA adalah bagian dari untai panjang yang berkesinambungan.
Linker fleksibel memungkinkan RNA polimerase untuk mencapai daerah-daerah tetangga DNA dan
mulai melakukan transkripsi.

Langkah 1 Langkah 2 Langkah 3


CAP dapat mengaktifkan transkripsi di lebih dari 100 katabolit-sensitif operon. Di hadapan cAMP,
CAP mengikat ke situs tertentu pada DNA dalam rangka untuk mempromosikan mengikat dan fungsi
RNAP. CAP tergantung promotor telah dibagi menjadi tiga kelas, berdasarkan mekanisme kerja CAP
pada promotor masing-masing.
Langkah I : CAP tergantung promotor aktivasi: CAP dimer berinteraksi dengan sebuah CTD dari
RNAP, yang juga terdiri dari subunit dan .
Sebuah dimer CAP mengikat ke arah DNA tunggal dari daerah promoter RNAP mengikat (yang
melibatkan situs DNA pada posisi -35 dan -10 dari situs awal transkripsi). Wilayah AR1 CAP
(ditampilkan sebagai lingkaran rusak dalam diagram di atas) berinteraksi dengan sebuah CTD dari
RNAP, yang memfasilitasi pengikatan RNAP ke DNA promotor untuk membentuk RNAP-promotor
tertutup kompleks, mengakibatkan peningkatan dalam inisiasi transkripsi . Setelah RNAP-promotor
ditutup kompleks terbentuk, kehadiran CAP tidak lagi diperlukan
.
Langkah II : CAP tergantung promotor aktivasi: CAP dimer berinteraksi dengan sebuah CTD dan NTD
dari RNAP
Transkripsi aktivasi di langkah II-CAP tergantung promotor juga melibatkan pengikatan CAP ke situs
DNA tunggal, tetapi tumpang tindih situs ini dengan daerah promotor RNAP-mengikat, berbeda
dengan langkah I promotor yang mengikat CAP hulu dari mana RNAP mengikat. Kelas aktivasi
transkripsi II melibatkan dua interaksi dengan subunit RNAP: AR1 dari subunit hulu dimer CAP
mengikat suatu CTD dari RNAP dalam rangka untuk mempromosikan RNAP-promotor ditutup
pembentukan kompleks, AR2 dari subunit hilir dimer CAP mengikat NTD RNAP, yang
mempromosikan isomerisasi dari ditutup RNAP promotor-kompleks untuk sebuah kompleks
terbuka. Dalam beberapa kasus, wilayah AR3 CAP juga terlibat dalam aktivasi gen promotor di
langkah II: AR3 berinteraksi dengan subunit 70 dari RNAP, mempengaruhi tingkat isomerisasi
RNAP-promotor ditutup kompleks untuk membuka kompleks.
Langkah III : CAP tergantung promotor aktivasi: dimer CAP dua berinteraksi dengan sebuah CTD dari
RNAP.