46

LAMPIRAN I

SKEMA KERJA





Preparasi Molekul Target












Preparasi Ligand

















Data Struktur Enzim Protein
Kinase G (2PZI.pdb)
- Ditambahkan hidrogen pada software Vina
- Disimpan pada drive C


2PZI.pdbqt
Data Struktur Ligan
<filename.pdb>

- Dicek Struktunya menggunakan program
Marvin Sketch
- Difleksibelkan atom aktifnya pada software
Vina
- Disimpan pada drive C

ligand filename.pdbqt


47


Molecular Docking Simulation




































2PZI.pdbqt
- Diatur grid box dengan software Autodock
Tools
- Ditentukan configurasinya sesuai ligand yang
akan didocking <conf_filename.txt>
- Ditentukan outputnya <log_filename.txt>
- Didockingkan ligand pada molekul target
melalui command prompt

Ligand.pdbqt
Disimpan pada folder yang berbeda

Ligand_out.pdbqt

Ligand_out.pdbqt
Analisis Data

Pembahasan

Kesimpulan