Pengobatan untuk penyakit hischprung biasa dilakukan Untuk mencegah terjadinya
komplikasi. Ada dua tahap tindakan untuk menangani hischprung, pengobatan non bedah diarahkan pada stabilisasi cairan, elektrolit, asam basa dan mencegah terjadinya kembung berlebihan untuk menghindari terjadinya kebocoran usus serta mencegah terjadinya sepsis. Pengobatan non bedah yang dapat dilakukan adalah pemasangan infuse, pemasangan selang dari hidung atau mulut ke lambung, pemasangan selang ke usus besar rectum melalui anus, pemberian entibiotik, pembersihan usus besar dengan irigasicairan, koreksi elektrolit serta pemberian nutrisi. Tindakan bedah yang biasanya dilakukan untuk mengurangi tekanan perut karena kembung, mengobati dan mencegah enterokolitis dengan cara membuat kolostomi (tahap 1), kolostomi adalah tindakan mengeluarkan usus besar yang normal mengandung syaraf, ditempelkan di dingding perut, tujuannya BAB di perut sementara. Tindakan ini dapat mencegah terjadinya infeksi permukaan usus. Tindakan bedah definitive (tahap 2) yang dilakukan pada penyakit hischprung bertujuan mengganti usus yang tidak mengandung syaraf, kemudian dibuang dan diganti dengan usus yang sudah mengandung syaraf yang telah dikeluarkan saat kolostomi.