ISOLASI, KARAKTERISASI, DAN IDENTIFIKASI

MOLEKULER BAKTERI PELARUT FOSFAT (BPF) DARI

BEBERAPA SAMPEL TANAH DI BOGOR, NUSA TENGGARA
BARAT (NTB), DAN NUSA TENGGARA TIMUR (NTT)

RENI KASMITA
A14051794

DEPARTEMEN ILMU TANAH DAN SUMBERDAYA LAHAN

FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2010

RINGKASAN
RENI KASMITA. Isolasi, Karakterisasi, dan Identifikasi Molekuler Bakteri
Pelarut Fosfat (BPF) dari Beberapa Sampel Tanah di Bogor, Nusa Tenggara Barat
(NTB), dan Nusa Tenggara Timur (NTT). Di bawah bimbingan FAHRIZAL
HAZRA dan ETTY PRATIWI.
Fosfor (P) merupakan salah satu unsur hara makro yang sangat penting
bagi pertumbuhan tanaman, namun kandungannya di dalam tanaman lebih rendah
dibanding nitrogen (N), kalium (K), dan kalsium (Ca). Pemupukan fosfat sering
tidak efisien karena fosfat terikat dalam bentuk yang tidak tersedia bagi tanaman.
Untuk meningkatkan efisiensi pemupukan fosfat, saat ini mulai dikembangkan
pemanfaatan mikroba pelarut fosfat, salah satunya adalah bakteri pelarut fosfat
(BPF). Pemanfaatan BPF dinilai dapat dijadikan sebagai suatu alternatif yang
sangat potensial untuk dikembangkan dalam mencari pemecahan masalah
efektivitas ketersediaan unsur P di dalam tanah. Oleh karena itu, dilakukan
penelitian ini yang bertujuan untuk melakukan isolasi, karakterisasi, dan
identifikasi BPF dari beberapa lokasi di Bogor, Nusa Tenggara Barat (NTB), dan
Nusa Tenggara Timur (NTT) yang memiliki kemampuan melarutkan P tertinggi
serta mengetahui jenis bakteri tersebut melalui identifikasi molekuler berdasarkan
amplifikasi gen 16S rRNA.
Sampel tanah yang digunakan sebagai sumber isolat BPF diperoleh dari
areal Kebun Percobaan IPB Cikabayan (Bogor, Jawa Barat), Citeureup (Bogor,
Jawa Barat), Nusa Tenggara Barat (NTB), dan Nusa Tenggara Timur (NTT).
Kegiatan penelitian dilakukan dalam beberapa tahap, yaitu isolasi BPF dalam
medium Pikovskaya, karakterisasi dan pengujian BPF dalam melarutkan P,
pengujian BPF dalam menghasilkan enzim fosfatase dan zat pemacu tumbuh
indole acetic acid (IAA), serta pewarnaan Gram. Tiga isolat unggul terpilih, yaitu
P 3.5 (NTT), P 6.2 (NTB), dan P 10.1 (Citeureup, Bogor). Selanjutnya terhadap
ketiga isolat terpilih tersebut dilakukan beberapa pengukuran, yaitu pengukuran
pertumbuhan populasi, perubahan pH pada medium Pikovskaya cair, pengujian
BPF dalam menghasilkan enzim fosfatase, dan identifikasi molekuler.
Berdasarkan hasil isolasi sampel tanah Kebun Percobaan IPB Cikabayan,
Citeureup, NTB, dan NTT diperoleh 29 isolat BPF. Isolat P 10.1 memiliki
kemampuan melarutkan P tertinggi dengan indeks pelarutan (IP) terbesar, yaitu
1.80, enzim fosfatase tertinggi (120.40 ppm), dan penurunan pH tertinggi pada
setiap pengamatan. Isolat P 3.5 dan isolat P 10.1 merupakan bakteri Gram negatif
berbentuk kokus atau bulat, sedangkan isolat P 6.2 merupakan bakteri Gram
negatif berbentuk basilus atau batang. Hasil amplifikasi DNA BPF menggunakan
primer F-63 (5-CAGGCCTAACACATGCAAGTC) dan primer R-1387 (5GGGCGGCGTGTACAAGGC) menghasilkan satu amplikon atau produk PCR
berukuran sekitar 1300 bp. Hasil analisis sekuen gen 16S rRNA menunjukkan
bahwa isolat P 3.5 dan isolat P 10.1 memiliki kemiripan sebesar 98% dengan
Gluconacetobacter sp. strain Rh1-MS-CO sedangkan isolat P 6.2 memiliki
kemiripan sebesar 97% dengan Enterobacter sp. strain pp9c.
Kata kunci : isolasi, bakteri pelarut fosfat (BPF), enzim fosfatase, indole acetic
acid (IAA), identifikasi 16S rRNA

SUMMARY
RENI KASMITA. Isolation, Characterization, and Molecular Identification of
Phosphate Solubilizing Bacteria (PSB) from Some Soil Samples in Bogor, West
Nusa Tenggara, and East Nusa Tenggara. Supervised by FAHRIZAL HAZRA
and ETTY PRATIWI.
Phosphorus (P) is one of the macro nutrients essential for plant growth, but
its contents in the plants was lower than nitrogen (N), potassium (K), and calcium
(Ca). Phosphate fertilization is often inefficient because the phosphate are fixed
by soil so that is not available for plants. To transform the insoluble forms of
phosphorus into soluble forms, phosphate solubilizing bacteria (PSB) would be
essential. These soil bacteria are capable of solubilizing insoluble compounds and
release phosphorus to soil solution.
The objectives of this research are: (i) to isolate and characterize of PSB
and (ii) to identify of these bacteria based on molecular amplification of 16S
rRNA gene. Soil samples were collected from rhizosphere in Bogor, West Nusa
Tenggara, and East Nusa Tenggara. Several stages in this research are: (i)
isolation PSB in Pikovskaya agar, (ii) morphological and biochemical
characterization of PSB, (iii) measurement of phosphatase enzymes, and (iv)
measurement of secreting indole acetic acid phytohormone.
We have collected 29 isolates of PSB and three isolates of them, namely: P
3.5 (East Nusa Tenggara), P 6.2 (West Nusa Tenggara), and P 10.1 (Citeureup,
West Java) were chosen for further study. There are many characteristics of
isolate P 10.1: (i) it has capable to solubilize P with the value of highest
solubilization index (1.80), (ii) it has the highest phosphatase enzyme (120.40
ppm), and (iii) it has the highest pH decrease at each observation for six days.
Isolates P 3.5 and P 10.1 are the Gram-negative bacteria with coccus shapes and
isolate P 6.2 is a Gram-negative bacteria with bacillus shape. DNA amplification
of these bacteria employing 16S rRNA primers generated the 1300bp-PCR
product. The results of the analysis of 16S rRNA gene sequences showed that
isolates P 3.5 and P 10.1 has 98% similarity with Gluconacetobacter sp. strains
Rg1-MS-CO and isolate P 6.2 has 97% similarity with Enterobacter sp. pp9c
strains.

Keywords :

isolation, phosphate solubilizing bacteria (PSB), phosphatase

enzymes, indole acetic acid, identification 16S rRNA

ISOLASI, KARAKTERISASI, DAN IDENTIFIKASI

MOLEKULER BAKTERI PELARUT FOSFAT (BPF) DARI
BEBERAPA SAMPEL TANAH DI BOGOR, NUSA TENGGARA
BARAT (NTB), DAN NUSA TENGGARA TIMUR (NTT)

RENI KASMITA
A14051794

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Pertanian pada Fakultas Pertanian
Institut Pertanian Bogor

DEPARTEMEN ILMU TANAH DAN SUMBERDAYA LAHAN

FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2010

Judul Skripsi

: Isolasi, Karakterisasi, dan Identifikasi Molekuler Bakteri

Pelarut Fosfat (BPF) dari Beberapa Sampel Tanah di
Bogor, Nusa Tenggara Barat (NTB), dan Nusa Tenggara
Timur (NTT)

Nama

: Reni Kasmita

NIM

: A14051794

Menyetujui
Pembimbing I,

Pembimbing II,

(Ir. Fahrizal Hazra, M.Sc)

(Dr. Ir. Etty Pratiwi, M.Si)

NIP. 19631120 198903 1 002

NIP. 19630419 199203 2 001

Mengetahui :
Ketua Departemen

(Dr. Ir. Syaiful Anwar, M.Sc)

NIP. 19621113 198703 1 003

Tanggal Lulus :

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 21 September 1987. Penulis
merupakan anak keempat dari lima bersaudara pasangan Bapak Zubir Siak dan
Ibu Yusmarni.
Penulis mengawali pendidikan di SD Negeri Cakung Barat 013 Pagi,
Jakarta Timur pada tahun 1993.

Pada tahun 2000, penulis melanjutkan

pendidikan di SMP Negeri 144 Jakarta Timur. Pendidikan sekolah menengah atas
ditempuh penulis di SMA Negeri 89 Jakarta Timur pada tahun 2002. Pada tahun
2005, penulis diterima sebagai mahasiswa Institut Pertanian Bogor melalui jalur
Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (SPMB). Pada tahun 2006, melalui program
Mayor-Minor penulis diterima di Mayor Manajemen Sumberdaya Lahan,
Departemen Ilmu Tanah dan Sumberdaya Lahan, Fakultas Pertanian, Institut
Pertanian Bogor.
Selama menjadi mahasiswa di Institut Pertanian Bogor, penulis aktif
dalam organisasi, yaitu Himpunan Mahasiswa Ilmu Tanah (HMIT) pada tahun
2007 sampai 2008. Penulis juga aktif mengikuti seminar dan menjadi panitia
berbagai kegiatan diantaranya, yaitu Seminar Nasional Evaluasi Sewindu
Reformasi, Pelatihan Program Kreativitas Mahasiswa (PPKM), Workshop
Penulisan Karya Tulis Ilmiah, panitia Masa Perkenalan Departemen (MPD) Ilmu
Tanah dan Sumberdaya Lahan pada tahun 2007, panitia Masa Perkenalan Fakultas
(MPF) Pertanian pada tahun 2007, panitia Seminar Nasional Soil and Mining
pada tahun 2008, dan panitia kegiatan bakti lingkungan Water Concervation
Campaign dalam rangka memperingati Hari Air Sedunia.

Selama menjadi

mahasiswa penulis mendapatkan beasiswa Bantuan Belajar Mahasiswa (BBM).

Penulis juga menjadi asisten praktikum mata kuliah Bioteknologi Tanah pada
tahun 2008.

KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT atas rahmat dan
hidayahNya sehingga penulisan skripsi dengan judul Isolasi, Karakterisasi, dan
Identifikasi Molekuler Bakteri Pelarut Fosfat (BPF) dari Beberapa Sampel Tanah
di Bogor, Nusa Tenggara Barat (NTB), dan Nusa Tenggara Timur (NTT) ini bisa
diselesaikan dengan baik. Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk
memperoleh gelar Sarjana Pertanian di Departemen Ilmu Tanah dan Sumberdaya
Lahan, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Selesainya penelitian ini
tentunya tidak terlepas dari bantuan dan dukungan dari berbagai pihak. Oleh
karena itu, penulis ingin mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya pada :
1. Ir. Fahrizal Hazra, M.Sc dan Dr. Ir. Etty Pratiwi, M.Si selaku dosen
pembimbing skripsi yang telah membimbing dengan penuh kesabaran dan
ketulusan, sehingga penulis berhasil menyelesaikan penelitian dan skripsi
ini dengan baik.
2. Dr. Ir. Dwi Andreas Santosa, M.Sc selaku dosen penguji yang telah
bersedia meluangkan waktu dan memberi banyak masukkan bagi penulis.
3. Papa dan Mama tercinta, Bang Indra dan Mba Diyah, Bang Andre dan
Mba Fany, Kak Ita, adikku Ibnu, dan keponakanku Queenza serta seluruh
keluarga besar yang telah memberikan kasih sayang, perhatian, dukungan,
semangat, dan telah mengajarkan arti hidup yang sebenarnya sehingga
penulis bisa menjalani hidup dengan lebih baik. AEko untuk perhatian,
dukungan, semangat, serta kesabarannya hingga penelitian dan skripsi ini
selesai.
4. Dr. Ir. Komaruddin Idris, MS selaku dosen pembimbing akademik yang
telah memberikan bimbingan kepada penulis selama masa perkuliahan.
5. Seluruh staf Laboratorium Mikrobiologi, Balai Besar Penelitian dan
Pengembangan

Bioteknologi

dan

Sumberdaya

Genetik

Pertanian

(BB.Biogen) : Ibu Susi, Ibu Selly, Ibu Titi, Ibu Aminah, Pak Jajang, Pak
Eep, Ibu Yuli, dan Mas Alam yang telah memberikan bantuan dalam
pelaksanaan penelitian ini.
6. Seluruh staf Laboratorium Bioteknologi Tanah dan staf Departemen Ilmu
Tanah dan Sumberdaya Lahan : Ibu Asih, Ibu Julaeha, Pak Sarjito, Mba

ii

Hesti, Mba Iko, Ibu Tini atas dukungan dan bantuannya. Semua temanteman Laboratorium Bioteknologi Tanah dan teman-teman MSL
khususnya MSL 42 : Dena, Ali, dan lainnya terima kasih atas dukungan
dan kebersamaannya selama ini.
7. Sahabat-sahabatku : Shanty, Linda, Rizma, dan Nana. Kalian semua telah
menorehkan warna indah dalam hidupku. Teman seperjuangan penelitian
dan satu pembimbing : Xenia, Andri, dan Adi. Semoga kebersamaan ini
tidak hanya sampai disini dan bisa berlanjut sampai kapan pun. Temanteman kostan Mega : Mba Ririn, Mba Mona, Mba Tuti, Mba Vivin, Eno,
Mpit, Mila, Esti, dan Della yang telah memberikan bantuan, dukungan,
semangat, dan perhatiannya selama ini. Serta semua pihak yang tidak bisa
disebutkan satu persatu yang telah membantu dalam pelaksanaan
penelitian ini.

Akhir kata, penulis sangat menyadari bahwa tulisan ini sangat jauh dari
sempurna. Namun demikian, penulis berharap tulisan ini akan bermanfaat dan
dapat dijadikan sebagai salah satu kajian awal yang dapat menginspirasi
penelitian-penelitian berikutnya yang lebih baik. Terima kasih.

Bogor, Februari 2010

Penulis

iii

DAFTAR ISI
Halaman
KATA PENGANTAR ...................................................................................... i
DAFTAR TABEL ............................................................................................ v
DAFTAR GAMBAR ........................................................................................ vi
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................... vii
I. PENDAHULUAN ......................................................................................... 1
1. 1. Latar Belakang ............................................................................... 1
1. 2. Tujuan ............................................................................................. 2
II. TINJAUAN PUSTAKA .............................................................................. 3
2. 1. Senyawa P di Dalam Tanah ........................................................... 3
2. 1. 1. P-Organik ........................................................................... 4
2. 1. 2. P-Anorganik ....................................................................... 4
2. 2. Peranan P Dalam Tanaman ............................................................ 5
2. 3. Bakteri Pelarut Fosfat (BPF) .......................................................... 6
2. 4. Deoxyribonucleic Acid (DNA) ....................................................... 8
2. 5. Identifikasi Molekuler melalui Amplifikasi Gen 16S rRNA ......... 8
2. 6. Elektroforesis Gel Agarosa ............................................................ 9
2. 7. Polymerase Chain Reaction (PCR) ................................................ 10
III. BAHAN DAN METODE .......................................................................... 13
3. 1. Tempat dan Waktu Penelitian ........................................................ 13
3. 2. Bahan dan Alat ............................................................................... 13
3. 3. Metode Penelitian ........................................................................... 14
3. 3. 1. Isolasi Bakteri Pelarut Fosfat dari Tanah di sekitar
Perakaran (Rizosfer) ........................................................... 14
3. 3. 2. Karakterisasi dan Pengujian Kemampuan Bakteri
Pelarut Fosfat dalam Melarutkan P ..................................... 14
3. 3. 3. Pengujian Bakteri Pelarut Fosfat dalam Menghasilkan
Enzim Fosfatase ................................................................... 15
3. 3. 4 Pengujian Bakteri Pelarut Fosfat dalam Menghasilkan
Zat Pemacu Tumbuh Indole Acetic Acid (IAA). ................. 16
3. 3. 5 Pengujian Pewarnaan Gram Bakteri Pelarut Fosfat ........... 17
3. 3. 6. Pengukuran Pertumbuhan Populasi, pH, dan Kandungan
Enzim Fosfatase Bakteri Pelarut Fosfat .............................. 17
3. 3. 7. Identifikasi Molekuler ........................................................ 18
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN .................................................................. 21
4. 1. Isolasi Bakteri Pelarut Fosfat ........................................................... 21
4. 2. Karakteristik dan Kemampuan Bakteri Pelarut Fosfat
dalam Melarutkan P ......................................................................... 22

iv

4. 3. Kemampuan Bakteri Pelarut Fosfat dalam Menghasilkan

Enzim Fosfatase dan Zat Pengatur Tumbuh Indole Acetic Acid
(IAA) serta Karakterisasi Pewarnaan Gram .................................... 25
4. 4. Pertumbuhan Populasi, pH, dan Kandungan Enzim Fosfatase
Bakteri Pelarut Fosfat Terpilih ...................................................... 30
4. 5. Identifikasi Molekuler Bakteri Pelarut Fosfat ................................ 34
4. 5. 1. Isolasi DNA ........................................................................ 34
4. 5. 2. Elektroforesis Gel Agarosa ................................................. 36
4. 5. 3. Amplifikasi Gen 16S rRNA ............................................... 36
4. 5. 4. Sekuensing DNA Bakteri Pelarut Fosfat ............................ 37
V. KESIMPULAN DAN SARAN ................................................................ 41
5. 1. Kesimpulan ..................................................................................... 41
5. 2. Saran ............................................................................................... 41
VI. DAFTAR PUSTAKA ................................................................................. 42
LAMPIRAN ...................................................................................................... 45