A.

3 ORGANEL YANG BERPERAN DALAM SINTESIS PROTEIN

1. NUKLEUS
a. Pengertian Nukleus
Nukleus atau inti sel merupakan bagian penting sel yang berperan sebagai pengendali
kegiatan sel. Nukleus merupakan organel terbesar yang berada dalam sel. Nukleus biasanya
terletak di tengah sel dan berbentuk bulat atau oval. Pada umumnya sel organisme berinti
tunggal, tetapi ada juga yang memiliki lebih dari satu inti. Nukleus ini umumnya paling
mencolok pada sel eukariotik. Rata-rata diameternya 5 m. Nukleus memiliki membran yang
menyelubunginya yang disebut membran atau selubung inti. Membran ini memisahkan isi
nukleus dengan sitoplasma.

Gambar 2.7. Nukleus dan Retikulum Endoplasma kasar

(Campbell, et al 2006).
Nukleus di batasi oleh sepasang membran. Selubung yang terbentuk itu tidak
sinambung, tetapi mengandung pori pori. Hal ini boleh jadi memugkinkan bahan bahan
berlalu lalang dari nukleus. Di dalam nukleus membran nuklir terdapat medium setengah
cairan (semifluida) yang di dalamnya kromosom tersuspensi. Biasanya kromosom itu tampak
sebagai struktur memanjang dan tidak mudah diamati dengan mikroskop cahaya. Dalam
keadaan seperti biasa disebut kromatin. Nukleus merupakan pusat pengendali dalam sel. Jika
nukleus dalam sel rusak, maka telur itu tidak dapat melanjutkan perkembangannya menjadi
individu baru. Kalau nukleus itu di keluarkan dari suatu amoeba, organisme ini hidup terus

selama beberapa hari. Akan tetapi tidak dapat makan atau pun berkembangbiak, dan akhirnya
akan mati.
Di dalam nukleus , DNA diorganisasikan bersama dengan protein menjadi materi
yang disebut kromatin. Kromatin yang di beri warna tampak melalui mikrokop cahaya
maupun mikroskop electron sebagai massa kabur. Sewaktu sel bersiap untuk membelah
( bereproduksi ), kromatin kusut yang berbentuk benang dan menggulung ( memadat ),
menjadi cukup tebal untuk bisa dibedakan sebagai struktur terpisah yang disebut kromosom.
Nukleus ini mengontrol sintesis protein dalam sitoplasma dengan cara mengirim mesenjer
molecular yang berbentuk RNA, RNA mesenjer ( messenger RNA, mRNA) ini disintesis
dalm nukleus sesuai dengan perintah yang diberikan oleh DNA, mRNA. kemudian
penyampaian pesan genetic ini ke sitoplasma melalui pori nukleus. Sewaktu berada dalam
sitoplasma, molekul mRNA akan melekat pada ribosom, di sini pesan genatik tadi
diterjemahkan ( ditranlasi ) menjadi struktur primer suatu protein spesifik. Berdasar jumlah
nukleus, sel dapat dibedakan sebagai berikut:
1.

Sel mononukleat (berinti tunggal), misalnya sel hewan dan tumbuhan.

2.

Binukleat (inti ganda), contohnya Paramaecium.

3.

Multinukleat (inti banyak), misalnya Vaucheria (sejenis alga) dan beberapa jenis
jamur.

b. Fungsi Nukleus
Nukleus memiliki peran atau fungsi yang sangat penting diantaranya sebagai berikut:

Mengendalikan seluruh kegiatan sel,

Mengeluarkan RNAdan subunit ribosom ke sitoplasma,

Mengatur pembelahan sel,

Membawa informasi genetik.

2. RIBOSOM
a. Struktur Ribosom
Ribosom adalah organel kecil dan padat dalam sel yang berfungsi sebagai tempat
sintesis protein. Ribosom berdiameter sekitar 20 nm serta terdiri atas 65% RNA ribosom
(rRNA) dan 35% protein ribosom (disebut Ribonukleoprotein atau RNP). Organel ini
menerjemahkan mRNA untuk membentuk rantai polipeptida (yaitu protein) menggunakan
asam amino yang dibawa oleh tRNA pada proses translasi. Di dalam sel, ribosom tersuspensi
di dalam sitosol atau terikat pada retikulum endoplasma kasar atau pada membran inti sel.
Ribosom merupakan partikel yang kompak/padat, terdiri dari ribonukleoprotein,
melekat atau tidak pada permukaan eksternal dari membran RE yang memungkinkan sintesa
protein.

Gambar: Ribosom melekat pada RE dan ribosom bebas

b. Sifatnya
Bentuknya universal, pada potongan longitudinal berbentuk elips. Pada teknik pewarnaan
negatif, tampak adanya satu alur transversal, tegak lurus pada sumbu, terbagi dalam dua sub
unit yang memiliki dimensi berbeda. Dengan ultrasentrifugasi yang menurun pada kedua sub
unit ribosom tersebut dapat dipisahkan sehingga dapat penyusunnya dapat dideterminasis.
Sub unit-sub unit berasosiasi secara tegak lurus pada bagian sumbu dalam aiur yang
memisahkannya.
Setiap sub unit dicirikan oleh koefisiensi sedimentasi yang dinyatakan dalam unit
Svedberg (S). Sehingga koefisien sedimentasi dari prokariot adalah 70S untuk keseluruhan

ribosom (50S untuk sub unit yang besar dan 30S untuk yang kecil). Untuk eukariot adalah
80S untuk keseluruhan ribosom (60S untuk sub unit besar dan 40S untuk yang kecil).
Dimensi ribosom serta bentuk menjadi bervariasi. Pada prokariot, panjang ribosom adalah 29
nm dengan besar 21 nm. Dan eukariot, ukurannya 32 nm dengan besar 22 nm. Pada prokariot
sub unitnya kecil, memanjang, bentuk melengkung dengan 2 ekstremitas, memiliki 3 digitasi,
menyerupai kursi. Pada eukariot, bentuk sub unit besar menyerupai ribosom E. coli.
c. Komposisi Kimia
Asam nukleat ribosom:
- Sub unit besar dibentuk dari protein dan RNA dalam kuantitas yang seimbang,
mengandung 2 tipe rRNA, yakni:
Satu rRNA 28S
Satu rRNA SS
- Sub unit kecil mengandung r RNA 18s.
Diketahui bahwa, dengan ketiadaan RNA 185, maka sub unit besar tidak dapat
berasosiasi pada sub unit kecil. Sedangkan RNA 28s memungkinkan asosiasi tersebut.
RNA SS melekat pada sequence asam nukleat ini yaitu tRNA. Bilamana terbaca maka
tRNA melekat pada site yang merupakan bagian RNA 285. Perpindahan dari tRNA
yang melekat pada molekul mRNA menyebabkan pergerakan translasi mRNA
masing-masing.
d. Protein Ribosomal
1) Sub unit kecil (30S prokariot): 21 protein digambarkan berturut-turut dengan
huruf S dan satu angka antara 1 dan 21 (S1, S2, S21). Berat moleku 130.00040.000 dalton. Berada pada permukaan ribosom, mengelilingi rRNA. Protein
memainkan peranan sebagai reseptor pada faktor pemanjangan sedangkan yang
lainnya mengontrol transduksi.
2) Sub unit besar: 33 protein dikenal sebagai Li sampai L33. Terlibat dalam:
Translokasi oleh adanya GTP (melekat pada ribosam) yang memberikan energi
untuk memindahkan inRNA dan pembebasan tRNA asetil. Fiksasi (protein L7
dan L1z) dari suatu faktor pemanjangan (EF-6).
Dalam pembentukan suatu ikatan peptida antara rantai peptida yang telah
dibentuk dan suatu asetil-NH2 baru. Dalam konstruksi suatu alur longitudinal,
menempatkan rantai protein dengan pembentukan dan melindunginya melawan
enzim proteolitik. Alur ini memiliki panjang sesuai dengan rantai polipeptida 35
asetil-NH2.
3.

Struktur Retikulum Endoplasma (RE)

Retikulum endoplasma adalah suatu kumpulan kantung seperti membran berbentuk

pipa, gelembung, dan kantung pipih yang meluas dalam sitoplasma sel eukariot. Retikulum
endoplasma dibagi dua kategori, yaitu retikulum endoplasma kasar dan retikulum

endoplasma halus. Kedua macam retikulum endoplasma ini menyusun suatu sistem membran
yang melingkupi suatu ruang. Bagian dalam membran disebut dengan luminal atau ruang
sisterna (cisternal space) dan daerah diluar membran yang disebut ruang sitosolik (cytololic
space). Retikulum endoplasma kasar merupakan organel berbatas membran yang terusun dari
suatu kantong pipih yang disebut dengan sisterna. Sedangkan komponen membran dari
retikulum endoplasma halus berbentuk tubular. RE memiliki banyak bentuk (polimorfik).
Perbedaan jumlah antara kedua jenis retikulum endoplasma ditentukan oleh jenis sel.
Sebagai contoh, sel yang mensekresi protein dalam jumlah besar seperti sel pankreas dan
kelenjar ludah mempunyai retikulum endoplasma yang banyak. Kalau dilihat secara
menyeluruh, retikulum endoplasma kasar dan halus dibedakan tidak hanya berdasarkan ada
tidaknya ribosom pada membrannya tetapi juga pada susunannya dalam sitoplasma.
Retikulum endoplasma kasar tampak berupa saluran panjang, berjajar melengkung teratur,
sedangkan retikulum endoplasma halus berupak pembuluh (tubuler) atau gelembung
(vesikuler) yang tidak teratur. Retikulum endoplasma kasar dan halus berhubungan di suatu
tempat, karena dalam banyak hal kedua retikulum endoplasma ini bekerja sama dalam
melakukan aktivitas sel.

a. Retikulum Endoplasma Kasar (RE Kasar)

Di permukaan RE kasar, terdapat bintik-bintik yang merupakan ribosom sehingga
membran tidak tampak bersih. Ribosom ini berperan dalam sintesis protein. Maka,
fungsi utama RE kasar adalah sebagai tempat sintesis protein. RE kasar memiliki

struktur khas yaitu setiap lembarannya tersusun atas 2 membran sel yang kemudian
menjadi satu pada bagian tepi sel masing-masing. Membran ini dibatasi oleh kantong
yang berbentuk sakulus.
Bentuk dan letak sakulus bervariasi, sesuai dengan jenis, struktur dan fungsi sel.
Misalnya RE kasar yang yang berada di pankreas, sakulus menjadi tampak sistematis,
terarah, serta paralel antara satu kantung dengan kantung lainnya. Contoh RE kasar
yang lain tampak pada sel-sel glandula dari acini pankreas dan paratoide terdapat pada
maxilla. Hampir seluruh sakulus yang diamati di bawah mikroskop menempati bagian
basal sitoplasma. Semakin aktif sebuah sel, maka jumlah ribosom dan sakulus akan
semakin banyak.
b. Retikulum Endoplasma Halus (RE Halus)
Berbeda dari RE kasar, RE halus tidak memiliki bintik-bintik ribosom di
permukaannya. RE halus terbetuk dari satu labirin dengan kanalikuli yang halus,
saling berhubungan, serta berinfiltrasi dalam semua sitoplasma. RE halus berfungsi
dalam beberapa proses metabolisme yaitu sintesis lipid, metabolisme karbohidrat dan
konsentrasi kalsium, detoksifikasi obat-obatan, dan tempat melekatnya reseptor pada
protein membran sel. Jalur yang dibuka dengan RE halus adalah jalur nutrisi dan
mineral yang berhubungan dengan mitokondria, tempat glikogen dan juga
peroksisom. RE halus merupakan jalinan tubuli-tubuli yang saling berkaitan dan tanpa
adanya ribosom. Retikulum endoplasma halus ditemukan berlimpah dalam sel-sel dari
organ reproduksi, di mana mereka memproduksi hormon steroid, seperti estrogen dan
testosteron.
Dalam beberapa jenis sel otot, retikulum endoplasma halus (disebut sebagai
retikulum sarkoplasma) menyimpan ion kalsium. Hasil rilis ion kalsium ini pada
kontraksi otot. Ini organel sel memiliki fungsi detoksifikasi dalam sel hati. Retikulum
endoplasma halus yang ditemukan dalam sel-sel hati mengandung enzim-enzim
detoksifikasi yang dapat menonaktifkan racun berbahaya, seperti obat-obatan dan sisa
metabolisme.
c. Retikulum Endoplasma Sarkoplasmik (RE Sarkoplasmik)
RE sarkoplasmik adalah jenis khusus dari RE halus. RE sarkoplasmik ini
ditemukan pada otot licin dan otot lurik. Yang membedakan RE sarkoplasmik dari RE
halus adalah kandungan proteinnya. RE halus mensintesis molekul, sementara RE

sarkoplasmik menyimpan dan memompa ion kalsium. RE sarkoplasmik berperan

dalam pemicuan kontraksi otot.
d. Fungsi Retikulum Endoplasma
Fungsi retikulum endoplasma adalah mendukung sintesis protein dan
menyalurkan bahan genetik antara inti sel dengan sitoplasma dan berfungsi sebagai
alat transportasi zat-zat di dalam sel itu sendiri. Berikut adalah beberapa fungsi
retikulum endoplasma:
1. Menjadi tempat penyimpan kalsium, bila sel berkontraksi maka kalsium akan
dikeluarkan dari RE dan menuju ke sitosol
2. Sebagai penampang sintesis protein, untuk disalurkan ke kompleks Golgi dan
akhirnya dikeluarkan dari sel
3. Memodifikasi protein yang disintesis oleh ribosom untuk disalurkan ke
kompleks golgi dan akhirnya dikeluarkan dari sel (RE kasar)
4. Mensintesis lemak dan kolesterol, ini terjadi di hati (RE kasar dan RE halus)
5. Menetralkan racun (detoksifikasi) misalnya RE yang ada di dalam sel-sel hati.
6. Transportasi molekul-molekul dan bagian sel yang satu ke bagian sel yang lain
(RE kasar dan RE halus).
B. BAHAN-BAHAN YANG DIGUNAKAN DALAM SINTESIS PROTEIN
Komponen yang diperlukan dalam sintesis protein:

DNA

: direktur (yang memerintah)

RNA

: pelaksana

Asam Amino

: bahan baku

Enzim

: biokatalisator

ATP

: energy

1. DNA

Adalah asam

nukleat yang

berisi genetik instruksi

yang

digunakan

dalam

pengembangan dan fungsi dari semua hidup yang dikenal organisme dengan
pengecualian beberapa virus. Peran utama dari DNA molekul adalah jangka panjang
penyimpanan informasi.

2. RNA
Asam ribonukleat (RNA) adalah jenis biologis penting dari molekul yang terdiri dari
rantai panjang unit nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari basa nitrogen, gula
ribosa, dan fosfat. RNA sangat mirip dengan DNA, tetapi berbeda dalam beberapa
rincian struktural penting: dalam sel, RNA biasanya beruntai tunggal, sedangkan DNA
biasanya double-stranded; RNA nukleotida mengandung ribosa sedangkan DNA
mengandung deoksiribosa (sejenis ribosa yang tidak memiliki satu atom oksigen), dan
RNA memiliki dasar daripada urasil timin yang hadir dalam DNA. RNA ditranskripsi
dari DNA dengan enzim yang disebut RNA polimerase dan umumnya diproses lebih
lanjut oleh enzim lainnya.
a.

RNA

duta/RNA-messenger/RNA-m

(pembawa

perintah/informasi

genetis);

merupakan jenis RNA yang terbesar molekulnya dalam sel.

b.

RNA-ribosom/RNA-r (RNA yang membina sebagian ribosom/mesin pabrik

protein)

c. RNA-transfer/RNA-t (pengantar asam amino ke ribosom); merupakan jenis RNA

yang terkecil molekulnya dalam sel.
3. Asam Amino
Asam amino adalah senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksil (COOH)

dan amina (biasanya-NH2).

Dalam biokimia seringkali

pengertiannya

dipersempit: keduanya terikat pada satu atom karbon (C) yang sama (disebut atom C
"alfa" atau ). Gugus karboksil memberikan sifat asam dan gugus amina memberikan
sifat basa. Dalam bentuk larutan, asam amino bersifat amfoterik: cenderung menjadi
asam pada larutan basa dan menjadi basa pada larutan asam. Perilaku ini terjadi
karena asam amino mampu menjadi zwitter-ion.

4. Enzim

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang

berfungsi

sebagai katalis (senyawa

yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi
kimia organik. Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya
menjadi molekul lain yang disebut produk. Jenis produk yang akan dihasilkan
bergantung pada suatu kondisi/zat, yang disebut promoter. Beberapa enzim
diantaranya:
a. DNA Polimerase

: enzim yang berfungsi dalam mempolimerasi nukleotida

b. DNA Ligase

: enzim yang berperan dalam menyambung DNA

c. DNA Primase

: enzim yang digunakan untuk memulai polimerasi DNA

d. DNA Helikase

: enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double Heliks

e. Single strand DNA binding protein

: menstabilkan DNA induk yang terbentuk

5. ATP
Adenosina trifosfat (ATP) adalah suatu nukleotida yang dalam biokimia dikenal
sebagai "satuan molekular" pertukaran energi intraselular; artinya, ATP dapat
digunakan untuk menyimpan dan mentranspor energi kimia dalam sel.
C. PROSES SINTESIS PROTEIN
RNA diperlukan dalam proses sintesa protein untuk membawa informasi yang
dibawa oleh gen ke tempat sintesis protein dalam sitoplasma. Pelaksana sintesa
protein adalah :
1.

RNA

duta/RNA-messenger/RNA-m

(pembawa

perintah/informasi

genetis);

merupakan jenis RNA yang terbesar molekulnya dalam sel.

2. RNA-ribosom/RNA-r (RNA yang membina sebagian ribosom/mesin pabrik protein)
3. RNA-transfer/RNA-t (pengantar asam amino ke ribosom); merupakan jenis RNA
yang terkecil molekulnya dalam sel.
Tahapan sintesa protein adalah :
1. Pencetakan RNA-m melalui proses transkripsi.
2. Penterjemahan informasi genetis berupa urutan asam amino melalui proses
translasi.
prosesnya :
1. replikasi : yang terjadi seperti pada sel membelah waktu mitosis
2. transkripsi :informasi genetic pada DNA, di salin oleh mRNA
3. translasi : mRNA ke sitoplasma ke reticulum

Endoplasma (ribosom)

Sintesis protein

Berbagai fungsi

Motilitas

Biosintesis

Kerja kemiosmotik

dll
1. Replikasi Dna
Sebelum sel membelah, DNA harus direplikasi dalam fase S dari siklus sel.
Proses replikasi melibatkan enzim polymerase. Proses ini melibatkan pembukaan utas
ganda DNA, sehingga memungkinkan terjadinya perpasangan basa untuk membentuk
utas baru. Pembentukan utas komplementer terjadi melalui perpasangan basa antara A
dengan T dan G dengan C. Dalam replikasi DNA, setiap utas DNA lama berperan sebagai
cetakan untuk membentuk DNA baru.
Atau Proses penyalinan urutan basa-basa nukleotida purin dan pirimidin dalam
untai ganda DNA inang ke sel turunan (replikasi semikonservatif : setengah untai asli
setengah sintesis baru). Diawali dari pelepasan untai ganda oleh enzim DNA gyrase
Terbentuk garpu repliakasi (replication fork) Garpu bergerak dalam 2 arah berlawanan
sampai kedua ujung bertemu menghasilkan DNA baru Masing untai DNA induk berperan
sebagai cetakan Untai baru dijamin komplementer dengan untai lama oleh DNA
polymerase Untai baru memiliki polaritas berlawanan dengan untai induk
Model DNA Watson dan Crick menyatakan bahwa saat double heliks bereplikasi,
masing-masing dari kedua molekul anak akan mempunyai satu untai lama yang erasal
dari satu molekul induk dan satu untai yang baru. Model replikasi ini disebut model
semikonservatif. Model lainnya adalah model konservatif dimana molekul induk tetap

dan molekul baru disintesis sejak awal. Model ketiga disebut model dispersif yaitu
bahwa keempat untai DNA, setelah replikasi double heliks, mempunyai campuran anatara
DNA baru dan DNA lama. Pengujian yang dilakukan oleh Meselson dan Stahl
menunjukkan bahwa replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Daerah penggandaan
bergerak sepanjang DNA induk membentuk replication fork. Pada daerah ini, kedua utas
DNA yang baru, disintesis dengan bantuan sekelompok enzim, salah satunya adalah DNA
polimerase.
Sintesis DNA tidaklah berjalan secara kontinu pada kedua utas cetakan. Hal ini
karena kedua utas DNA tersusun sejajar berlawanan arah atau antiparalel. Maka utas
DNA baru akan tumbuh dari 5 - 3 sedang yang lainnya dari 3 - 5 pada cetakan. Sintesis
dari 3 - 5 tidak mungkin dilakukan karena tidak ada DNA polymerase untuk arah 3 - 5.
Replikasi DNA pada cetakan 3 - 5 terjadi seutas demi seutas dengan arah 5 - 3 yang
berarti replikasi berjalan meninggalkan replication fork. Utas-utas pendek tersebut
kemudian dihubungkan oleh enzim ligase DNA.
Dalam replikasi DNA terdapat utas DNA yang disintesis secara kontinu yang
terjadi pada cetakan 5 - 3. Utas DNA yang disintesis secara kontinu ini disebut utas
utama atau leading strand. Sedangkan utas DNA baru yang disintesis pendek-pendek
seutas-demi seutas disebut utas lambat atau lagging strand.

Utas-utas pendek atau

fragmen-fragmen pendek yang terbentuk disebut fragmen Okazaki. Sintesis pada

leading strand memerlukan molekul primer pada permulaan replikasi Setelah replication
fork terbentuk, polymerase akan bekerja secara kontinu sampai utas DNA baru selesai
direplikasi. Pada sintesis lagging strand, diperlukan enzim lain primase DNA. Setelah
utas DNA terbuka untuk melakukan replikasi, dan setelah terbuka pada lagging strand,
utas harus dijaga agar tetap terbuka.

Jadi dalam proses replikasi DNA melibatkan

beberapa protein baik berupa enzim maupun non-enzim yaitu :

1) Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotidanukleotida
2) Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging
3) Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA
pada lagging strand
4) Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double
heliks
5) Single strand DNA-binding protein : mestabilkan DNA induk yang terbuka

Replication fork berasal dari struktur yang disebut replication bubble yaitu daerah
menggelembung tempat pilinan DNA induk terpisah untuk berfungsi sebagi cetakan pada
sintesis DNA.
a. Hubungan antara DNA (Gen) dengan Protein (Enzim)
DNA berada di inti sel (nukleus) dan tidak dijumpai di sitoplasma
Protein yang berperan dalam metabolisme ada di sitoplasma dan tidak ada di inti.
Perlu adanya penghubung antara DNA dengan Protein, yaitu molekul yang dijumpai di
inti maupun di sitoplasma

Penghubung antara DNA dengan Protein adalah RNA

fungsi Asam Nukleat dalam sintesa :

DNA sense sebagai pemberi perintah berupa urutan basa nitrogen (Kodogen)
DNA AntiSense, pasangan dari sense.
dRNA berfungsi menyampaikan perintah dari DNA (Kodon)
tRNA pasangan dari kodon juga bertugas sebagai pembawa jenis asam amino
yang sesuai dengan kodonnya. protein

2. Tahap Transkripsi
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetic yang ada pada urutan
DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifatsifat genetic yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah
satu untaian molekul DNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul
RNA yang komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada
garis besarnya dapat dibedakan menjadi tiga kelompok molekul RNA,yaitu :
1- mRNA (messenger RNA)
2- tRNA (transfer RNA)
3- rRNA (ribosomal RNA)
molekul mRNA adalah RNA yang merupakan salinan kode-kode genetic pada
DNA yang dalam proses selanjutnya (yaitu proses translasi) akan diterjemahkan menjadi
urutan asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu. Molekul
tRNA adalah RNA yang berperan membawa asam-asam amino spesifik yang akan
digabungkan dalam proses sintesa protein (translasi). Molekul rRNA dan RNA yang
digunakan untuk menyusun ribosom, yaitu suatu partikel di dalam sel yang digunakan
sebagai tempat sintesis protein. Molekul tRNA dan rRNA tidak pernah ditranslasi karena
molekul yang digunakan adalah RNA-nya itu sendiri.
GAMBAR

Salah satu pita DNA tunggal mencetak mRNA. Pita tersebut dinamakan pita
sense, sedangkan pita yang tidak mencetak mRNA disebut pita antisense. mRNA yang
telah dicetak kemudian keluar dari inti sel melalui pori-pori nukleus masuk ke dalam
sitoplasma ,Susunan tiga basa mRNA komplementer dengan susunan tiga buah pita sense
DNA. Sintesis RNA ini selalu terjadi menurut arah 5 ke 3. Transkripsi akan berakhir jika
RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA terminator yang berfungsi sebagai sinyal
terminasi.

Dalam proses transkripsi, beberapa komponen utama yang terlibat adalah :

1234-

urutan DNA yang akan ditranskripsi (cetakan/template)

enzim RNA polymerase
factor-faktor transkripsi
precursor untuk sintesis RNA

urutan DNA yang ditranskripsi adalah gen yang diekspresikan. Secara garis besar
gen dapat diberi batasan sebagai suatu urutan DNA yang mengkode urutan lengkap asam
amino suatu polipeptida atau molekul RNA tertentu. Gen yang lengkap terdiri atas tiga
bagian utama, yaitu (1) daerah pengendali (regulatory region) yang secara umum disebut
promoter, (2) bagian structural, dan (3) terminator. promoter adalah bagian gen yang
berperanan dalam mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5. Bagian
structural adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir (downstream) dari promoter.
Bagian inilah yang mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetic) yang akan
ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari bagian
structural yang berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi.
Model transkripsi Pada prokariota transkripsi berlangsung secara polisistronik.
(poli = banyak ) artinya bisa terjadi lebih dari satu tempat kodon start (memulai
transkripsi ) dan tentu tempat kodon mengakhiri transkripsi (kodon stop =kodon
terminal). Model transkripsi eukariota Pada Eukariota transkripsi berlangsung secara
Monosistronik (mono=satu) Sistim mengacu pada satu tempat (site ) start atau kodon
memulai (AUG) dan satu kodon terminasi (UGA ,UAG atau UAA).
a.

Mekanisme dasar transkripsi (sintesis RNA)

Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu :
1) Faktor-faktor yang mengendalikan transkripsi menempel pada bagian promoter.
2) Penempelan factor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan terbentuknya
kompleks promoter yang terbuka (open promoter complex).
3) RNA polymerase membaca cetakan (DNA template) dan mulai melakukan pengikatan
nukleotida yang komplementer dengan cetakannya.
4) Setelah terjadi proses pemanjangan untaian RNA hasil sintesis, selanjutnya diikuti
dengan proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan pelepasan
RNA polymerase dari DNA yang ditranskripsi.

b. Tahap pembentukan RNA

Pembentukan RNA dilakukan oleh enzim RNA polymerase. Proses transkripsi terdiri
dari 3 tahap yaitu :

1) Inisiasi
Enzim RNA polymerase menyalin gen, sehingga pengikatan RNA
polymerase terjadi pada tempat tertentu yaitu tepat didepan gen yang akan
ditranskripsi. Tempat pertemuan antara gen (DNA) dengan RNA polymerase disebut
promoter. Kemudian RNA polymerase membuka double heliks DNA. Salah satu
utas DNA berfungsi sebagai cetakan.
Nukleotida promoter pada eukariot adalah 5-GNNCAATCT-3 dan 5TATAAAT-3. Simbul N menunjukkan nukleotida (bisa berupa A, T, G, C). Pada
prokariot, urutan promotornya adalah 5-TTGACA-3 dan 5-TATAAT-3.
2) Elongasi
Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA, membuka
double heliks dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3 dari RNA yang sedang
tumbuh.
3) Terminasi
Terjadi pada tempat tertentu.

Proses terminasi transkripsi ditandai

dengan terdisosiasinya enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA dilepaskan.
mRNA pada eukariota mengalami modifikasi sebelum ditranslasi, sedangkan
pada prokariota misalnya pada bakteri, mRNA merupakan transkripsi akhir gen. mRNA
yang baru ditranskrip ujung 5nya adalah pppNpN, dimana N adalah komponen basagula nukleotida, p adalah fosfat. mRNA yang masak memiliki struktur 7mGpppNpN,
dimana 7mG adalah nukleotida yang membawa 7 metil guanine yang ditambahkan
setelah transkripsi.

Pada ujung 3 terdapat pNpNpA(pA)npA.

Ekor poli A ini

ditambahkan berkat bantuan polymerase poli (A). tetapi mRNA yang menyandikan
histon, tidak memiliki poli A.
Hasil transkripsi merupakan hasil yang memiliki intron (segmen DNA yang
tidak menyandikan informasi biologi) dan harus dihilangkan, serta memiliki ekson yaitu
ruas yang membawa informasi biologis. Intron dihilangkan melalui proses yang disebut
splicing. Proses splicing terjadi di nukleus.
Splicing dimulai dengan terjadinya pemutusan pada ujung 5, selanjutnya ujung
5 yang bebas menempelkan diri pada suatu tempat pada intron dan membentuk struktur
seperti laso yang terjadi karena ikatan 5-2fosfodiester. Selanjutnya tempat pemotongan
pada ujung 3 terputus sehingga dua buah ekson menjadi bersatu. rRNA dan tRNA
merupakan hasil akhir dari proses transkrips, sedangkan mRNA akan mengalami
translasi. tRNA adalah molekul adaptor yang membaca urutan nukleotida pada mRNA

dan mengubahnya menjadi asam amino. Struktur molekul tRNA adalah seperti daun
semanggi yang terdiri dari 5 komponen yaitu :
1. Lengan aseptor : merupakan tempat menempelnya asam amino,
1. Lengan D atau DHU : terdapat dihidrourasil pirimidin,
2. Lengan antikodon : memiliki antikodon yang basanya komplementer dengan
basa pada mRNA
3. Lengan tambahan
4. Lengan TUU : mengandung T, U dan C

Proses
Transkripsi

Kode Genetik

Gen(kodon)
merupakan fragmen DNA yg
Pesan yang disalin ke mRNA Kode Genetik

Menyandikan protein/enzim.
Teridiri atas 3 pasangan basa (kombinasi A,G,C,U)
Kombinasi ini (64) menentukan sintesis asam
amino
oleh ribosom
Dalam
proses
Transkripsi
(e.g. UGG : Triptofan)

melibatkan RNA polimerase,DNA

Kodon AUG (metionin) selalu merupakan start codon, signal gen yang

promotor, dan DNA terminator.

akan ditranslasi (Formylmethionin pada Archaeobacteria)

Kodon nonsense (UAA, UAG dan UGA) menghentikan proses translasi

Beberapa asam amino ditentukan oleh lebih dari satu kodon
(Leusin : UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG)
KODE : AUG-AGA-AAA-UUU-AGU-GGG-ACU-ACU- UAA
Met-Arg-Lys-Phe-Ser-Gly-Thr-Ser--STOP
4. Tahap Translasi

Translasi merupakan pemindahan informasi genetik dari RNA dan membentuk

protein yang sesuai. Pada proses ini terjadi penerjemahan informasi genetik yang berupa
serangkaian kodon di sepanjang molekul mRNA oleh tRNA menjadi asam amino. Setiap
molekul tRNA menghubungkan kodon tRNA tertentu dengan asam amino tertentu. tRNA
akan terus datang membawa asam amino ke ribosom dan menyatukan asam aminonya
sehingga terbentuk polipeptida yang makin panjang. Setiap molekul tRNA akan
dilepaskan dari ribosom setelah memberikan asam aminonya. Peristiwa ini berlanjut
hingga kodon stop mencapai ribosom. Kodon stop berfungsi sebagai sinyal untuk
menghentikan translasi. Selanjutnya protein dan ribosom akan pisah dari mRNA. Perlu
dipahami bahwa hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA
tidak di translasi.
Molekul mRNA merupakan transkripsi (salinan) urutan DNA yang menyusun
suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame=kerangka baca terbuka). Molekul
rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom, yakni organel tempat berlangsungnya
sintesis protein, sedangkan tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang akan
disambungkan menjadi rantai polipeptida. Suatu ORF dicirikan oleh :
1) Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA)
2) Serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon
3) Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada
mRNA), atau TGA (UGA pada mRNA).
Perlu diingat bahwa pada RNA tidak ada basa thymine (T) melainkan dalam bentuk uracil
(U)

Kodon (kode genetic) adalah urutan nukleotida yang terdiri atas tiga nukleotida
berurutan (sehingga sering disebut sebagai triplet codon) yang menyandi suatu asam
amino tertentu, misalnya urutan ATG (AUG pada mRNA) mengkode asam amino
metionin. Kodon inisiasi translasi merupakan kodon untuk asam amino metionin yang
mengawali struktur suatu polipeptida (protein). Pada prokaryot , asam amino awal tidak
berupa metionin tetapi formil metionin (fMet). Kodon pertama (kodon inisiasi) pada E
coli dapat berupa AUG (90 % kemungkinan), GUG (8%), atau UUG (1%). Meskipun
demikian, pada bagian transkripsi sebelah dalam (setelah kodon inisiasi), kodon GUG dan
UUG masing-masing mengkode valin dan leusin. Dalam proses translasi, rangkaian
nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam
amino, dan pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG
pada mRNA).

Tabel Kodon (triplet mRNA)

Huruf kedua

U
UUU
U

UUC
UUA
UUG
CUU

CUC
CUA

Huruf

C
Ph
e
Le
u

Le
u

CUG
AUU

pertama
A

AUC

Ile

AUA
AUG
GUU
G

GUC

Me
t

Val

UCU
UCC

AUA

Tyr

UGU

Cy
s

AUC

UGC

UCA

UAA

UCG
CCU

UAG
CAU

UGA Nonsens
Nonsens
e
e
UGG Trp

CCC

Ser

Pro

CAC

CCA

CAA

CCG
ACU

CAG
AAU

ACC

Thr

AAA

ACG
GCU

AAG
GAU
Ala

Gln

Asn

GCA

GAA

GUG

GCG

GAG

Arg

A
G
U
C
A

CGG
AGU

G
U

Lys

AGA

Asp

AGG
GGU
GGC

Glu

CGA
Ser

AGC

GAC

GUA

CGU
CGC

AAC

ACA

GCC

His

Huruf
ketiga

C
Arg

A
G
U

Gly

GGA

GGG

Translasi berlangsung di dalam ribosom. Ribosom disusun oleh molekul-molekul

rRNA dan beberapa macam protein. Ribosom tersusun atas dua subunit, yaitu subunit
kecil dan subunit besar. Pada jasad prokaryot, subunit kecil mempunyai koofisien
sedimentasi sebesar 30S (unit Svedberg) sedangkan subunit besar berukuran 50S, tetapi
pada saat kedua unit tersebut bergabung, koofisien sedimentasinya adalah 70S.pada jasad
eukaryote, subunit kecil berukuran 40S, sedangkan subunit besar berukuran 60S, tetapi
sebagai suatu kesatuan, ribosom eukaryote mempinyai koofisien sedimentasi sebesar 80S.
a.

Mekanisme Translasi
Proses translasi terdiri dari tiga tahap yaitu :
1) Inisiasi.
Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA.
Penempelan terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5-AGGAGGU-3, sedang

pada eukariot terjadi pada struktur tudung (7mGpppNpN). Selanjutnya ribosom

bergeser ke arah 3 sampai bertemu dengan kodon AUG. Kodon ini menjadi
kodon awal.

Asam amino yang dibawa oleh tRNA awal adalah metionin.

Metionin adalah asam amino yang disandi oleh AUG. pada bakteri, metionin
diubah menjadi Nformil metionin. Struktur gabungan antara mRNA, ribosom
sub unit kecil dan tRNA-Nformil metionin disebut kompleks inisiasi. Pada
eukariot, kompleks inisiasi terbentuk dengan cara yang lebih rumit yang
melibatkan banyak protein initiation factor.
2) Elongation.
Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit kecil
menghasilkan dua tempat yang terpisah . Tempat pertama adalah tempat P
(peptidil) yang ditempati oleh tRNA-Nformil metionin.

Tempat kedua adalah

tempat A (aminoasil) yang terletak pada kodon ke dua dan kosong. Proses
elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon dan asam amino yang tepat masuk
ke tempat A. Akibatnya kedua tempat di ribosom terisi, lalu terjadi ikatan
peptide antara kedua asam amino. Ikatan tRNA dengan Nformil metionin lalu
lepas, sehingga kedua asam amino yang berangkai berada pada tempat A.
Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada
pada tempat P dan tempat A menjadi kosong.

Selanjutnya tRNA dengan

antikodon yang tepat dengan kodon ketiga akan masuk ke tempat A, dan proses
berlanjut seperti sebelumnya.
3) Terminasi.
Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir yaitu
UAA, UAG, UGA.

Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang membawa

antikodon yang sesuai. Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke tempat A

dan melepaskan rantai polipeptida yang terbentuk dari tRNA yang terakhir.
Kemudian ribosom berubah menjadi sub unit kecil dan besar.

Proses Translasi

PROSES SINTESIS PROTEIN

D. KETERKAITAN ANTARA PROSES TRANSKRIPSI, TRANSLASI, DAN

REPLIKASI

Keterkaitan Replikasi, Transkripsi dan Translasi yaitu pada proses penerjemahan informasi
yang dikode di dalam gen menjadi urutan asam amino selama sintesis protein.

DNA yang diwariskan harus tetap sama setiap generasi, agar dapat diwariskan dari satu
generasi ke generasi, DNA harus melakukan penggandaan DNA yang disebut dengan proses
replikasi. Setelah DNA menggandakan diri, DNA harus berikatan dengan protein. Untuk
berikatan dengan protein maka harus ada penghubungnya yaitu molekul yang dijumpai di inti
maupun di sitoplasma, penghubung tersebut adalah RNA. Pembentukan RNA ini melalui
proses

transkipsi.

Setelah

melalui

proses

transkripsi

akan

diproses

lagi

untuk

menerjemahakan kodon agar diperoleh protein yang sesuai, proses penerjemahan kodon
inilah yang disebut translasi
E. PERANAN PROTEOMA DALAM METABOLISME SEL
Protein

merupakan molekul yang memegang peranan penting dalam proses

metabolisme di semua organisme. Jumlah protein yang terdapat didalam struktur tubuh
organisme sangat banyak dengan fungsi-fungsi yang beragam. Protein adalah komponen
kunci yang bertanggung jawab diseluruh peristiwa biologis organisme dengan berbagai
fungsi seperti katalisator, transpoter, inhibitor, messenger, dan lain-lain.
Proteomik adalah studi skala besar protein, khususnya struktur dan fungsi. Protein
adalah bagian penting dari organisme hidup, karena mereka adalah komponen utama dari
jalur metabolisme fisiologis sel. Istilah "proteomik" pertama kali diciptakan pada tahun 1997
untuk membuat analogi dengan genomik, penelitian gen. Kata "proteome" adalah campuran
dari "protein" dan "genom", dan diciptakan oleh Marc Wilkins pada tahun 1994 ketika
bekerja pada konsep sebagai mahasiswa PhD.
Proteome adalah komplemen seluruh protein, Sekarang diketahui bahwa mRNA tidak
selalu diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah protein yang dihasilkan untuk suatu jumlah
tertentu tergantung pada mRNA gen itu ditranskripsi dari dan pada keadaan fisiologis saat ini
sel. Proteomika menegaskan kehadiran protein dan menyediakan ukuran langsung dari
jumlah ini.

Analisis proteimik sering di anggap sebagai tahapan lanjutan dari analisis genomik
dalam mempelajari satu sistem biologis organisme tertentu. Analisis ini memungkinkan kita
untuk memastikan keberadaan suatu protein dan mengukur kuantitas protein tersebut secara
langsung. analisi protoemik termasuk salah satu kajian yang rumit jika dibandingkan dengan
analisis genomik. Hal ini dikarenakan protein di satu sel berbeda dengan protein di sel lain
dan ekspresinya pun tergantung pada kondisi yang beragam. Gen tertentu hanya
diekspresikan pada jenis sel tertentu dan untuk mengidentifikasi bahkan satu kelompok
protein dasar yang dihasilkan di satu sel memerlukan pemahaman komprehensif tentang
aktifitas yang terkait dengan protein tersebut.
Analisis profil protein merupakan suatu analisi penting dalam studi proemik. Dengan
mengidentifikasi profil protein, sejumlah modifikasi dalam ekspresi suatu protein dapat
diamati dengan jelas. Karena meski satu sel tertantu telah diketahui memiliki set protein yang
berekspresi pada berbagai waktu atau kondisi, sejumlah protein dapat mengalami perubahanperubahan signifikan yang dikenal sebagai modifikasi pasca translasi yang memiliki
pengaruh besar terhadap fungsi dari protein itu sendiri. Analisi profil protein tidak hanya
memberikan pengertian yang lebihbaik mengenai struktur dan fungsi dari suatu protein
tertentu, namun dapat memperlebar pemahaman kita mengenai mekanisme molekuler yang
berkaitan dengan ekspresi protein tersebut. Itulah sebabnya mengapa analisis profil protein
selalu dilakukan dengan membandingkan dua kondisi yang saling berlawanan sehingga
protein-protein yang saling berkaitan dan berekspresi pada kondisi tersebut dapat
diidentifikasi secara jelas. Dengan kata lain, analisis profil protein dapat digunakan untuk
mempelajari beragam protein, dari segi bentuk dan familinya, yang berkaitan dengan ekspresi
suatu karakter pada kondisi tertentu.
Protein merupakan senyawa organik yang cukup kompleks dengan bibit molekul yang
cukup tinggi. Ia merupakan polimer dari sejumlah monomer asam amino yang dilekatkan
oleh ikatan bernama peptide. Jika diurai, protein ini sendiri terdiri atas karbon, oksigen,
nitrogen, hydrogen dan sebagian pula mengandung fosfor dan juga sulfur. Protein meupakan
salah satu senyawa yang sangat penting bagi manusia. Ia memiliki peranan yang signifikan
terhadap tumbuh kembang serta pemeliharaan keseimbangan tubuh. Untuk menjalankan
fungsi tesebut, tubuh akan menjalankan serangkaian proses untuk memaksimalkan
penyerapan. Proses tersebut dikenal dengan istilah metabolisme protein. Istilah metabolisme
sendiri diartikan sebagai semua jenis rekasi kimiawi yang berlangsung di dalam tubuh
organisme termasuk yang ada di tingkat seluler. Metabiolisme ini juga mencakup senyawa
protein di dalamnya.

Lintasan Metabolisme Protein

Umumnya, terdapat dua arah lintasan dari proses metabolisme protein di dalam tubuh, yakni:
1. Katabolisme atau rekasi yang di dalamnya melibatkan proses mengurai sejumlah
molekul organik dalam rangka memperoleh energi.
2. Anabolisme, adalah rekasi yan merangkau sejumlah senyawa organik dari molekul
tertentu agar lebih mudah diserap oleh tubuh.
Proses metabolisme protein di dalam tubuh akan menghasilkan asam amino.
Pembingkaran senyawa protein ini menjadi asam amino membutuhkan bantuan enzim jenis
protease dan juga air agar proses hidrolisis protein terjadi di setiap ikatan peptida. Kegiatan
hidrolisis ini juga terjadi apabila senyawa protein diberi asam, basa dan juga dipanaskan.
Asam amino yang dihasilkan dari metabolisme ini cukup penting bagi tubuh. Ia dibagi ke
dalam dua jenis yakni asam eamino esensial dan juga asam amino non-esensial.
1. Yang dimaksud dengan asam amino esensial (dikenal juga dengan istilah asam amino
utama) merupakan jenis asam amino yang sangat diperlukan oleh tubuh dan mutlak
didatangkan dari luar tubuh sebab tubuh kita tidak mampu disintesis. Asam amino
esensial ini hanya bisa disintesis oleh sel tumbuhan. Adapun contoh dari asm amino
ini antara lain triptofan, treonin, arginin, histidin, iseleusin, leusin, lisin, dan juga
metionin.
2. Yang dimaksud dengan asam amino non-esensial adalah jenis asam amino yang
mampu disintesis oleh tubuh kita. Adapun contoh asam amino jenis yang ini adalah
alanin, prolin, tirosin, dan glisin.
Setelah dipecah menjadi asam amino yang lebih sederhana dalam serangkaian proses
metabolisme protein, maka tubuh tidak serta merta menyerapnya. Biasanya absorpsinya akan
berlangsung dalam kurun waktu 2 sampai 3 jam. Dengan demikian, bisa disimpulkan bahwa
hanya sebagian kecil asam amino yang diabsorbsi. Meski demikian, tak pernah ditemukan
seseorang yang kelebihan protein di dalam tubuhnya. Mengapa? Sebab saat asam amino telah
memasuki darah, jumlah yang berlebihan akan segera ditransportasikan ke seluruh sel-sel di
dalam tubuh dalam kurun waktu 5 sampai 10 menit.
DAFTAR PUSTAKA

Campbell, N.A., Jane B.R, dan Lawrence G.M. 2002. Biologi Jilid 1, edisi kelima.
Jakarta: Erlangga.
Stryer, Lubert. 2000. Biokimia. Jakarta : EGC.
Subowo.1995. Biologi Sel. Bndung: Angkasa.
Subowo. 2007. Biologi Sel. Bandung : CV Angkasa.
Sumadi, dan Marianti, Aditya. 2007 . Bioligi Sel. Yogyakarta: Graha ILmu.
Suryo. 2008. Genetika Strata 1. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.
Thenawijaya Maggy. 1982. Dasar-dasar Biokimia Jilid 3. Jakarta : Erlangga.
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga.