PROTEIN

By NOER KUMALA INDAHSARI, S.Si, M.Si

STRUKTUR PROTEIN
Asam amino
Struktur primer
Struktur sekunder
Struktur tersier
Struktur kuartener

STRUKTUR PRIMER
Protein merupakan polimer linier, dimana
gugus -karboksil dari asam amino satu
berikatan dengan gugus -amino dari asam
amino yang lain melalui ikatan peptida.
Konvensi : Ujung amino berada pada awal
rantai polipeptida, sedangkan ujung karboksil
berada pada ujung akhir rantai polipeptida

Rantai polipeptida mengandung:

1. rantai utama / tulang punggung (warna hitam) yang kaya akan
potensi ikatan hidrogen. Setiap residu mengandung gugus
karbonil yang merupakan akseptor ikatan hidrogen
2. rantai samping (warna hijau)

Pada tulang punggung :

1. Ikatan peptida bersifat planar, dimana terdapat struktur resonansi pada
ikatan peptida tersebut. Akibatnya ikatan peptida tidak dapat berotasi.

Karakter ikatan ganda tersebut dibuktikan dengan

panjangnya ikatan antara gugus CO dan NH

2. Ikatan peptida tidak bermuatan, menyebabkan terbentuknya

suatu piranti yang kuat dalam struktur globularnya
3. Sifat planar dari ikatan peptida memungkinkan terjadinya 2
konfigurasi, yaitu trans dan cis. Hampir semua ikatan peptida
dalam protein mempunyai konfigurasi trans.

4.Ikatan antara gugus amino dengan atom C- dan antara atom C dengan gugus karbonil adalah ikatan tunggal. Kedua unit yang
berdekatan dengan ikatan peptida tersebut akan dapat berotasi
pada berbagai orientasi.

Kebebasan rotasi dari kedua ikatan tunggal tersebut pada setiap asam
amino menyebabkan protein dapat melipat dalam berbagai cara yang
berbeda.

STRUKTUR SEKUNDER
Alpha Helix
Beta sheet
Turns and loops

Alpha Helix : Ikatan hidrogen antara NH dan CO dalam

rantai utama, dimana gugus CO dari setiap asam
amino membentuk ikatan Hidrogen dengan gugus NH
dari asam amino yang keempat dengan arah sekuens
N ke C.

Struktur tersier
Pada struktur tersier terjadi proses pelipatan
dimana bagian hidrofobik akan berada di
dalam dan bagian hidrofilik berada di
permukaan luar protein (berinteraksi dengan
lingkungan)
Studi Kristalografi X-Ray dan NMR
menghasilkan struktur 3 dimensi dari ribuan
protein. Contoh Myoglobin berikut ini

Dari gambar tampak bahwa myoglobin

dominan mengandung alpha-helix.

STRUKTUR KUARTENER

Merupakan interaksi antara

rantai polipeptida yang
berstruktur tersier.
Contohnya : Hemoglobin.