8

Integrasi respon molekuler tanaman terhadap cekaman abiotik melalui

studi faktor transkripsi
Paparan cekaman abiotik secara berkelanjutan terhadap tanaman berpengaruh pada
pertumbuhan tanaman tersebut. Faktor transkripsi memiliki potensi yang besar sebagai
penanda molekuler dalam rangka mempelajari respon tanaman terhadap cekaman abiotik.
Faktor transkripsi merupakan aktor penting karena berada di persimpangan dari regulasi
hormonal tanaman, regulasi epigenetik dan RNA-mikro yang semakin memperkuat
pentingnya studi faktor transkripsi yang menjadi integrasi dari respon molekuler sel.
Tanaman merupakan organisme sesil yang terpapar cekaman abiotik seperti kekeringan,
kadar salinitas tinggi dan temperatur rendah secara berkelanjutan. Cekaman tersebut
menginduksi berbagai respon pada tingkal sel dan jaringan tanaman yang pada akhirnya
berpengaruh terhadap pertumbuhan dan produksi tanaman. Tanaman melawan kondisi
lingkungan yang merugikan dengan sistem terpadu yang kompleks bergantung pada durasi
cekaman sehingga memungkinkan mereka untuk merespon dan beradaptasi dalam waktu
tertentu [1].
Pada tingkat molekuler, respon tanaman terhadap cekaman abiotik secara umum dapat
diterjemahan menjadi beberapa tahap, sebagaimana diilustrasikan dalam Gambar 1. Pada
tahap awal, cekaman abiotik menimbulkan stres osmotik dan stres oksidatif yang akan
menginduksi respon primer berupa produksi fosfolipase, rantai reaksi MAP kinase, hingga
produksi kalsium. Proses tersebut merupakan bentuk pertahanan awal sel untuk
menyesuaikan diri terhadap perubahan osmotik yang terjadi. Pada tahap berikutnya, respon
primer tersebut berperan sebagai sinyal dan akan menginduksi faktor transkripsi yang
kemudian mengatur gen-gen downstream dari faktor transkripsi tersebut [2].
Faktor transkripsi (transcription factor, TF) merupakan protein yang bertindak bersamasama dengan regulator transkripsi lainnya, termasuk chromatin remodeling, untuk
mempermudah atau menghambat protein polimerase RNA pada template DNA [3,4].
Dalam genom tanaman, tujuh persen dari total sekuens kodon mengkode faktor transkripsi
[4]. Hal tersebut membuktikan kerumitan dari regulasi transkripsi. Mekanisme kerja dari
faktor transkripsi cukup sederhana. Mereka berinteraksi dengan elemen cis (motif sekuens
DNA berukuran kecil, 4-10 pasangan basa) pada sekuens promoter banyak gen target
terkait dengan cekaman dan menginduksi ekspresi dari gen-gen tersebut sehingga tanaman
menjadi toleran [5,6]. Sebanyak 58 famili faktor tranksripsi atau 1500 faktor transkripsi
telah diidentifikasi pada herba Arabidopsis thaliana dan dipercaya berinteraksi dalam
regulasi cekaman abiotik [7]. Contoh lain, pada tanaman karet, sebanyak 2448 faktor
transkripsi diperkirakan tercakup dalam genom yang berukuran 2 MBp [8].
Faktor transkripsi memiliki potensi besar sebagai penanda molekuler dalam studi cekaman
abiotik pada tanaman. Faktor transkripsi dapat disebut sebagai faktor kunci karena mereka
pada umumnya berada di persimpangan regulasi fitohormon (asam absisat, etilen,
jasmonat, sitokinin, giberelin, auksin, asam salisilat dan brassinosteroid) pada tanaman.
Pada tingkat internasional, penelitian tentang faktor transkripsi telah banyak dilakukan,
mulai dari karakterisasi hingga transgenesis (aplikasi dalam tanaman transgenik) [9-13].
Beberapa famili faktor transkripsi yang menjadi target studi diantaranya adalah bHLH
(MYC), MYB, AP2/ERF, WRKY, NAC hingga DOF. Faktor transkripsi tipe basic helixloop-helix (bHLH) seperti AtMYC2 merupakan regulator positif dari regulasi transduksi
www.ibriec.org | Maret 2014 | 2(1), 8-10

Riza Arief Putranto Peneliti BPBPI

Gambar 1. Skema respon sel tanaman terhadap cekaman abiotik [2].

ABA dalam kaitannya terhadap cekaman kekeringan [14]. Penelitian secara ekstensif telah
dilakukan pada DREB yang termasuk dalam famili AP2/ERF. Faktor transkripsi tersebut
dibuktikan sebagai master regulator dari berbagai cekaman abiotik (kekeringan, kadar
salinitas tinggi dan suhu rendah) pada tanaman [15]. Selain itu, famili WRKY merupakan
salah satu faktor transkripsi yang unik pada tanaman dan tidak ditemui pada hewan [16].
Sebagai contoh, sebuah gen OsWRKY45 yang di-overekspresi-kan pada tanaman padi
mampu meningkatkan toleransi terhadap kekeringan dan ketahanan terhadap serangan
bakteri patogen Pseudomonas syringae [17].
Baru-baru ini, regulasi epigenetik terkait modifikasi kromatin ditunjukkan memiliki kaitan
dengan faktor transkripsi yang mengatur respon terhadap cekaman abiotik [18]. Bahkan,
RNA-mikro atau yang lebih fasih disebut miRNA merupakan salah satu aktor yang turut
mengatur faktor transkripsi pada saat stres [19]. Dua pernyataan diatas tersebut turut
memperkuat asumsi bahwa faktor transkripsi merupakan faktor integratif dari respon
tanaman terhadap cekaman abiotik dan merupakan target studi potensial yang belum habis
untuk digali. Tentu saja, studi terkait biologi molekuler ini harus selalu dikaitkan dengan
aspek ekofisiologi dan perkembangan tanaman agar mencapai pemahaman menyeluruh
dalam rangka mengatasi cekaman abiotik.

www.ibriec.org | Maret 2014 | 2(1), 8-10

Riza Arief Putranto Peneliti BPBPI

10

Sumber pustaka
1. Shanker A, Venkateswarlu B (2011) Abiotic Stress Response in Plantes Physiological, Biochemical and Genetic Perspectives. Rijeka, Croatia: InTech. 346 p.
2. Wang W, Vinocur B, Altman A (2003) Plant responses to drought, salinity and
extreme temperatures: towards genetic engineering for stress tolerance. Planta 218: 1-14.
3. Libault M, Joshi T, Benedito VA, Xu D, Udvardi MK, et al. (2009) Legume
Transcription Factor Genes: What Makes Legumes So Special? Plant Physiology 151:
991-1001.
4. Udvardi MK, Kakar K, Wandrey M, Montanari O, Murray J, et al. (2007) Legume
Transcription Factors: Global Regulators of Plant Development and Response to the
Environment. Plant Physiology 144: 538-549.
5. Agarwal PK, Agarwal P, Reddy MK, Sopory SK (2006) Role of DREB transcription
factors in abiotic and biotic stress tolerance in plants. Plant Cell Rep 25: 1263-1274.
6. Agarwal PK, Jha B (2010) Transcription factors in plants and ABA dependent and
independent abiotic stress signalling. Biologia Plantarum 54: 201-212.
7. Riechmann JL (2000) Arabidopsis Transcription Factors: Genome-Wide Comparative
Analysis Among Eukaryotes. Science 290: 2105-2110.
8. Piyatrakul P, Yang M, Putranto R-A, Pirrello J, Dessailly F, et al. (Submitted)
Sequence and expression analyses of Ethylene Response Factors highly expressed in
latex cells from Hevea brasiliensis. PLOS.
9. Fraire-Velazquez Sl , Rodriguez-Guerra Rl, Sanchez-Calderon L (2011) Abiotic and
Biotic Stress Response Crosstalk in Plants. Abiotic Stress Response in Plants Physiological, Biochemical and Genetic Perspectives: Prof. Arun Shanker (Ed.), InTech.
10. Huang G-T, Ma S-L, Bai L-P, Zhang L, Ma H, et al. (2012) Signal transduction during
cold, salt, and drought stresses in plants. Molecular Biology Reports 39: 969-987.
11. Narusaka Y, Narusaka M, Seki M, Umezawa T, Ishida J, et al. (2004) Crosstalk in the
responses to abiotic and biotic stresses in Arabidopsis: analysis of gene expression in
cytochrome P450 gene superfamily by cDNA microarray. Plant Mol Biol 55: 327-342.
12. Smkalova V, Doskoilova A, Komis G, amaj J (2014) Crosstalk between secondary
messengers, hormones and MAPK modules during abiotic stress signalling in plants.
Biotechnology Advances 32: 2-11.
13. Weiss D, Ori N (2007) Mechanisms of Cross Talk between Gibberellin and Other
Hormones. Plant Physiology 144: 1240-1246.
14. Abe H, Urao T, Ito T, Seki M, Shinozaki K, et al. (2003) Arabidopsis AtMYC2
(bHLH) and AtMYB2 (MYB) Function as Transcriptional Activators in Abscisic Acid
Signaling. The Plant Cell Online 15: 63-78.
15. Mizoi J, Shinozaki K, Yamaguchi-Shinozaki K (2012) AP2/ERF family transcription
factors in plant abiotic stress responses. Biochim Biophys Acta 1819: 86-96.
16. Eulgem T, Rushton PJ, Robatzek S, Somssich IE (2000) The WRKY superfamily of
plant transcription factors. Trends in plant science 5: 199-206.
17. Qiu Y, Yu D (2009) Over-expression of the stress-induced OsWRKY45 enhances
disease resistance and drought tolerance in Arabidopsis. Environmental and
Experimental Botany 65: 35-47.
18. Pecinka A, Mittelsten Scheid O (2012) Stress-Induced Chromatin Changes: A Critical
View on Their Heritability. Plant and Cell Physiology 53: 801-808.
19. Gbelin V, Argout X, Engchuan W, Pitollat B, Duan C, et al. (2012) Identification of
novel microRNAs in Hevea brasiliensis and computational prediction of their targets.
BMC Plant Biol 12: 18.
www.ibriec.org | Maret 2014 | 2(1), 8-10

Riza Arief Putranto Peneliti BPBPI