Chapter 2

PROTEIN
2.1 PENDAHULUAN
Protein berasal dari kata Yunani proteios, yang berarti pertama. Dalam
kehidupan protein mempunyai fungsi yang sangat penting. Semua enzim hewan dan
tumbuhan adalah protein. Protein bersama-sama lipid dan tulang membentuk kerangka
tubuh. Ia juga membentuk otot, anti bodi dan berbagai hormon.
Pada akhir tahun 1800 telah diketahui bahwa unit protein terkecil adalah asam
amino. Sekarang telah diketahui ada 20 macam asam amino terdapat dalam protein.
Selain dari 20 asam amino juga ada asam amino yang lain, yang dibiosintesa dari salah
satu asam asam amino, asam amino ini disebut juga dengan turunan asam amino
(Tabel 2).
karbon

H2N CH COOH
Asam amino berbeda dalam gugus R-nya

Pada tahun 1902, Emil Fisher dan Franz Holfmeister secara terpisah menemukan
bahwa -asam amino dalam membentuk protein terikat satu sama lain dengan ikatan
amida. Ikatan amida ini disebut ikatan peptida. Dibentuk oleh gugus -amino dari suatu
asam amino dan gugusan karboksil dari asam amino lainnya.
Ikatan peptida adalah ikatan yang dibentuk
asam amino dan gugus karboksilat dari asam amino yang lain
O oeh gugus
O -amino darisuatu
O

H2NCHC NHCHC NHCHCOH

R

Ikatan peptida
Peptida adalah senyawa yang dibentuk dari -asam amino yang terikat oleh suatu ikatan
peptida.
Unit peptida / residu asam amino adalah asam-asam amino dalam suatu peptida.
Dipeptida adalah peptida yang dibentuk dari 2 residu asam amino
Tripeptida adalah peptida yang dibentuk dari 3 residu asam amino
Polipeptida adalah peptida yang dibentuk dari banyak residu asam amino

Kimia Hayati
Protein

Protein adalah polipeptida dengan 50 residu asam amino

Tabel 1 Asam Amino
No
Nama
a
1
Alanin
2
Arginin

Singkatan
Ala
Arg

R (Rantai samping)
H3CNH

Asn
Asp
Sis
Glu
Gln
Gli
His
Ile

H2N-CNH-CH2-CH2-CH2H2N-CO-CH2HO2-C-CH2HS-CH2HO2C-CH2-CH2H2NCOCH2CH2HC3H3N2-CH2CH3

Leu

CH3-CH2-CHCH3

3
4
5
6
7
8
9
10

Asparagin
Asam asparat
Sistein
Asam glutamat
Glutamin
Glisin
Histidin a
Isoleusin a

11

Leusin

12
13
14
15
16
17

Lisin a
Metionin a
Fenilalanin a
Prolin
Serin
Treonin a

Lis
Met
Phe
Pro
Ser
Thr

CH3-CH-CH2H2NCH2CH2CH2CH2CH3SCH2C6H5-CH2C4H8NHOCH2OH

18
19
20

Triptofan a
Tirosin
Valina

Trp
Tir
Val

CH3-CHC8H6N-CH2HO-C6H4-CH2CH3
CH3CH-

asam amino esensial = asam amino yang tidak dihasilkan tubuh

Tabel 2 Turunan asam amino

No
1
2
3
4

Nama
Sistin
Hidroksiproin
hidroksisilisin
Tiroksin

Asal Protein
Keratin (rambut, kuku, bulu)
Kalogen, elastin
Kalogen, elastin
tirogbulin

D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein

2.2;

ASAM AMINO

2.2.1; Asam Amino Sebagai ion Dipolar

Asam amino punya gugus karboksilat dan gugus amino, sehingga asam amino
dapat bereaksi dengan asam maupun basa, untuk membentuk ion dipolar atau zwitter
ion, yaitu ion yang mempunyai muatan positif dan negatif sehingga muatan listriknya
netral. Walaupun netral, asam amino masih merupakan ion. Hal ini terlihat dari sifat
fisiknya, seperti : titik didih tinggi, larut dalam air, hampir tidak larut dalam
pelarut organik. Sifat ini tidak mungkin ada bila ion asam amino tidak mempunyai
muatan ion.
O asam : melepaskan proton
O

H2N CH CO - H

H3N CH-CO :

Basa : menerima proton

Ion dipolar

Ion dipolar bersifat amfoter, dapat bereaksi dengan asam dan basa. Bila asam
amino bereaksi dengan asam, gugus karboksil akan mendapat sebuah proton dan asam
amino akan berubah menjadi sebuah proton (kation). Bila direaksikan dengan basa, asam
amino akan kehilangan proton sehingga terbentuk sebuah amino (anion).
Reaksi dengan asam :
O

H3N+ CH CO - + H +

H3N+ CH-COH

R
Menerima proton

R
Kation

Reaksi dengan basa :

O

OH + H3N+ CH CO

R
Kehilangan proton

H2N CH-CO

+ H2O

R
Anion

2.2.2; Klalisifikasi Berdasarkan Rantai Samping

Berdasarkan struktur rantai samping (R), asam amino dikelompokkan menjadi :
rantai samping netral, rantai samping basa dan rantai samping asam. Asam amino
netral adalah asam amino yang tidak mempunyai gugus karboksil dan gugus fungsional
basa dalam rantai sampingnya.
D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein

Sifat-sifat : Asam amino netral yang non polar paling sukar larut dalam air ; Pada pH 6-7
berada dalam bentuk ion dipolar yang netral ; Gugus fungsi asam amino netral tidak
dapat membentuk ikatan hidrogen dengan air.
Asam amino netral yang polar adalah karena rantai cabangnya mengandung gugus polar
seperti OH, sifat-sifatnya : Mudah larut dalam air dan membentuk ikatan hidrogen
dengan air kecuali sistein.
Asam amino basa, gugus fungsi dapat bereaksi dengan proton pada pH 6-7 dan
membentuk senyawa ion yang bermuatan positif, sehingga pada pH 6-7 asam amino
basa mempunyai 2 muatan positif dan 1 muatan negatif = punya muatan positif.
O

H2NCH2CH2CH2CH2CHCO - + H+ H2+NCH2CH2CH2CH2CHCO +

NH3
asam amino (lisin)

NH3
kation (punya dua muaan positif
dan 1 muatan negatif)

Asam amino asam, rantai cabang punya gugus karboksil. Pada pH 6-7 rantai
cabang karboksil akan melepaskan protonnya ke air untuk membentuk 2 muatan negatif
dan 1 muatan positif = muatan negatif
O

HOCCH2CHCO - + H2O
+

OCCH2CHCO - + H3O +
+

NH3

asam aspartat

NH3

ion aspartat (anion)

Tabel 3 Asam Amino Netral, Basa dan Asam

No

Kelompok Asam Amino

Netral

2
3

Basa
Asam

Asam amino
Non polar : alanin ; glisin ; isoleusin ; leusin ;
metionin ; fenilalanin ; prolin ;
triptofan dan valin.
Punya rantai cabang hidrokarbon :
alanin ; valin ; leusin dan isoleusin
Polar
: asparagin ; sistein ; glutamin ; serin ;
threonin ; tirosin.
Arginin ; lisin dan histidin.
Asam aspartat dan asam glutamat.

2.2.3; TITIK ISOLISTRIK

D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein

Muatan akhir dari suatu asam amino beragam sesuai dengan perubahan pH.
contoh : Alanin jika diarutkan dalam asam (pH rendah) akan ada perubahan proton
sehingga membentuk kation. Bila pH dinaikan (dilarutkan dalam basa ) kation alanin
berubah, mula-mula menjadi ion dipolar yang netral kemudian menjadi anion.
Kenaikan pH
O

H3N+CHCOH

H3N+CHCO -

H2NCHCO -

Pada pH 9,7 ion dipolar = anion

Pada pH 6,0 ion dipolar netral
Pada pH 2,3, kation = ion dipolar

CH3

CH3

CH3

Titik isolistrik adalah titik / pH asam amino mempunyai muatan listrik yang netral.
Titik isolistrik asam amino asam pada pH 3, diperlukan larutan yang lebih asam
untuk asam amino golongan ini untuk menambah proton gugusan karboksilat kedua.
Titik isolistrik basa asam amino basa sekitar pH 9-10, diperlukan larutan yang lebih
basa untuk menghilangkan proton dari gugusan amonium kedua.
2.3;

REAKSI-REAKSI ASAM AMINMO

2.3.1; Esterifikasi Dan Asilasi

Reaksi esterifikasi adalah reaksi antara asam amino dengan alkohol
menggunakan asam sebagai katalisator menghasilkan senyawa ester.
O

H3N CHCO + CH3CH2-OH

H+

H3N CHCOCH2CH3 + H2O

CH3

CH3

Gugus amino dapat diasilasi dengan reagen yang aktif seperti halida asam atau
anhidrida suatu asam.
O

H3N+CHCO - + CH3CCl
CH3

CH3CNHCHCOH + HCl
CH3

2.3.2; Reaksi Dengan Ninhidrin

D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein

Asam adalah senyawa yang tidak berwarna dan tidak dapat dideteksi secara
visual, agar dapat dideteksi maka asam amino harus digubah menjadi senyawa yang
berwarna. Reaksi warna (biru-ungu) yang terbentuk sebanding dengan konsentrasi asam
aminonya.
2.3.3; Oksidasi Sistein Menjadi Sisitin
Gugus sufhidrid (-SH) dari sistein mudah dioksidasi menjadi gugus disulfida
(-SS-), reaksi ini menggabungkan dua sisa sistein membentuk asam amino sistin.
O

2 HSCH2CHCO
+

NH3

(O)
-

OCCHCH2S SCH2CHCO

(H)

NH3

sistein

NH3

sistin

Protein dari rambut, -keratin, mengandung 11-14 % sistin.

Reaksi pengeritingan rambut berdasarkan pembentukan ikatan disulfida dari sistein.
Prinsip kerja zat penghilang rambut (depilotories), preparat ini mengandung
reduktor (suatu tioglikolat, HSCH2COO-Na+) yang memisahkan ikatan disufida.
Campurannya juga mengandung basa, yang bereaksi dengan gugus SH yang
dihasilkan
(RSH+ OHRS- + H2O), akan melarutkan peptida dari rambut sehingga dapat
hilang dengan pencucian.
2.4;

ISOLASI DAN SIFAT PROTEIN

Protein sulit dimurnikan karena :

Protein terdapat dalam bentuk komplek bersama, lipida, karbohidrat dan protein lainnya
Protein mudah sekali rusak oleh panas, asam basa dan pelarut organik.
Saat ini protein sudah dapat dipisahkan (diisolasi dan dimurnikan) dengan teknik
khromatografi. Sehingga para ahli dapat mempelajari cara penentuan urutan asam amino
dari protein.
Protein yang telah telah rusak disebut terdenaturasi.
protein terdenaturasi masih mengandung urutan asam amino yang asli, tetapi
kehilangan struktur tiga dimensinya yang unik (khas) tempat terletak aktifitas
bioogisnya.
Sebagian protein terdenaturasi dapat dikembalikan ke bentuk aslinya apabila
lingkungan asalnya dikembalikan.
2.4.1; KLASIFIKASI PROTEIN
Klasifikasi protein pertama (tahun1900) :
D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein

Protein serat, adalah protein yang tidak larut, ditemukan dalam kulit, rambut,
jaringan pengkikat dan tulang.
Protein serat dibagi atas :
Collogen, yaitu protein pokok dari jaringan pengikat tulang, gigi dan tendon
Keratin, yaitu protein dari kulit kuku, sayap dan rambut.
Protein bujur telur, bentuknya bujur telur atau buat lonjong, umumnya larut
dalam air.
Protein ini dibagi atas :
Albumin, larut dalam air dan larutan garam, terdapat dalam darah dan putih telur.
Globulin, tidak larut dalam air tetapi larut dalam garam encer.
Histon dan protamin, adalah protein basa yang larut dalam air, menghasilkan asam
amino yang besar.
Protein gabungan, adalah protein yang bergabung dengan senyawa bukan
protein. Misalnya protein dalam haemoglobin bergabung dengan besi yang
mengandung heme bukan protein.
Tabel 4. Klasifikasi protein berdasarkan fungsinya
Kelas
Kontraksi
Enzim
Hormon
Pelindung
Cadangan
Struktural

Fungsi Umum
Merubah energi kimia menjadi energi mekanik
Katalisator biokimia
Membantu mengatur metabolisme
Mengenal dan menetralkan molekul yang menyerang dan
membantu memperbaiki sel
Menyimpan asam amino daam telur dan biji-bijian
Membantu mempersiapkan bentuk struktural suatu organisme

D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein
PUSTAKA SYAFNIL FAMILY
Perumahan Medan Baru No.19, Rt.14
Kandang Limun, Kota Bengkulu

Protein
Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas

Segelas susu sapi. Susu sapi merupakan salah satu sumber protein.
Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama")
adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer
dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan
peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang
kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel
makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau sub-unit enzim. Jenis protein lain
berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang
membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan
(imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen
penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu sumber
gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu
membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid,
dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein
merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein
ditemukan oleh Jns Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang
dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi
D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein

yang dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya tersusun dari
asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang
memiliki fungsi penuh secara biologi.

Struktur tersier protein. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet
dan alpha-helix yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari
Bank Data Protein (nomor 1EDH).
Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat
satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat).
Struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang
dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Sementara itu, struktur sekunder protein
adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang
distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah
sebagai berikut:

alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino

berbentuk seperti spiral;

beta-sheet (-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang

tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan
hidrogen atau ikatan tiol (S-H);

beta-turn, (-turn, "lekukan-beta"); dan

gamma-turn, (-turn, "lekukan-gamma").

Gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder akan menghasilkan struktur
tiga dimensi yang dinamakan struktur tersier. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan.
Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen
membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan
membentuk struktur kuartener. Contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim
Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis
protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino
D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

Kimia Hayati
Protein

ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N
dengan menggunakan degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan
spektrometri massa, dan (4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular
dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiranalfa menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta
menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur
sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita
amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng-beta.
Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari spektrum
inframerah.
Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari
40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada
protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan
rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru
berbeda dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks
ini berpisah, maka fungsi biologis masing-masing komponen domain penyusunnya tidak
hilang. Inilah yang membedakan struktur domain dengan struktur kuartener. Pada
struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak
fungsional.

Kekurangan Protein
Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh kita. Pada dasarnya
protein menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh. Setiap orang
dewasa harus sedikitnya mengkonsumsi 1 g protein pro kg berat tubuhnya. Kebutuhan
akan protein bertambah pada perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.
Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:
Kerontokan rambut (Rambut terdiri dari 97-100% dari Protein -Keratin)
Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan
protein. Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang
namanya busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah
sehingga menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat dikenali adalah:

hipotonus

gangguan pertumbuhan

hati lemak

Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat kematian.

Sintese protein
Dari makanan kita memperoleh Protein. Di sistem pencernaan protein akan
diuraikan menjadi peptid peptid yang strukturnya lebih sederhana terdiri dari asam
amino. Hal ini dilakukan dengan bantuan enzim. Tubuh manusia memerlukan 9 asam
amino. Artinya kesembilan asam amino ini tidak dapat disintesa sendiri oleh tubuh
D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

10

Kimia Hayati
Protein

esensiil, sedangkan sebagian asam amino dapat disintesa sendiri atau tidak esensiil oleh
tubuh. Keseluruhan berjumlah 21 asam amino. Setelah penyerapan di usus maka akan
diberikan ke darah. Darah membawa asam amino itu ke setiap sel tubuh. Kode untuk
asam amino tidak esensiil dapat disintesa oleh DNA. Ini disebut dengan DNAtranskripsi.
Kemudian mRNA hasil transkripsi di proses lebih lanjut di ribosom atau retikulum
endoplasma, disebut sebagai translasi.

Sumber Protein

Daging

Ikan

Telur

Susu, dan produk sejenis Quark

Tumbuhan berbji

Suku polong-polongan

Kentang

Studi dari Biokimiawan USA Thomas Osborne Lafayete Mendel, Profesor untuk
biokimia di Yale, 1914, mengujicobakan protein konsumsi dari daging dan tumbuhan
kepada kelinci. Satu grup kelinci-kelinci tersebut diberikan makanan protein hewani,
sedangkan grup yang lain diberikan protein nabati. Dari eksperimennya didapati bahwa
kelinci yang memperoleh protein hewani lebih cepat bertambah beratnya dari kelinci
yang memperoleh protein nabati. Kemudian studi selanjutnya, oleh McCay dari
Universitas Berkeley menunjukkan bahwa kelinci yang memperoleh protein nabati,
lebih sehat dan hidup dua kali lebih lama.

Keuntungan Protein

Sumber energi
Pembetukan dan perbaikan sel dan jaringan

Sebagai sintesis hormon,enzim, dan antibodi

Pengatur keseimbangan kadar asam basa dalam sel

Methode Pembuktian Protein

Tes UV-Absorbsi

Reaksi Xanthoprotein

Reaksi Millon

Reaksi Ninhydrin

Reaksi Biuret

Reaksi Bradford

D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

11

Kimia Hayati
Protein

Tes Protein berdasar Lowry

Tes BCA-

D://Anding-@ndr3ca/TIP\Materi Kuliah Kimia/Kimia Hayati/Protein/14/10/2015

12