Replikasi Gen-1

(Biomolekuler 2)
Oleh : Anna Maria D.
SSi,MBiomed.

FK URKIDA
2011
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

INFORMASI GENETIK
DNA merupakan molekul yg membawa informasi genetik
yg terletak di dalam sel
Ketika sel membelah diri menjadi 2 (mitosis), DNA akan
terbagi pula sama banyaknya pada setiap sel anak.
Gen merupakan sekuens dari molekul DNA yang
mengandung informasi genetik

Genom : semua unit/sekuens DNA di dalam sel

termasuk yg mengandung informasi genetik dan
intergenik sekuens
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

Pada DNA eukariot terdapat beberapa macam sequence :

1. Unique Sequence/non repetitif
-Terdapat pada 64% DNA
-Terdapat 1 atau beberapa kopi dalam genom
-Mengtranskrip mRNA yang kemudian ditranslasi untuk
menghasilkan protein
2. Repetitive Sequence
-Terdapat pada 20-30% DNA
-Sequence DNA yang terdapat berulang-ulang

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

Ada 2 macam Repetitive sequence :

1. Highly Repetitive Sequence
Terulangnya ratusan ribu jutaan kopi.
Bagian ini tidak ditranskrip.
2. Moderately Repetitive Sequence
Terulang beberapa puluhan ribu kopi. Ditranskrip
tRNA, rRNA
3. Intervening Sequence (Intron)
-Terdapat di sela-sela bagian DNA yang memberi kode
(exon)
-Tidak memberi kode tetapi di transkrip (disingkirkan
sebelum translasi)
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

FUNGSI DNA
1. Sumber informasi untuk sintesis semua molekul protein
dalam sel / organisme.
Molekul DNA berperan sebagai template (tempat
cetakan) untuk proses transkripsi informasi ke RNA.
2. Menyediakan informasi yang diturunkan ke sel generasi
selanjutnya dengan melakukan replikasi.

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

DNA
(POLINUKLEOTIDA)
Unit monomer DNA : Nukleotida
Terdiri atas : Basa purin/pirimidin: A,G,C, T, Gula pentosa:
deoksiribosa, Fosfat

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

 Berbentuk: untaian ganda (Double Helix)

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

Chargaff :
Pada molekul DNA jumlah A = T dan G = C A+G =
T+C (jumlah basa purin = basa pirimidin)
A : T = 1 : 1 dan G : C = 1 : 1
Watson & Crick :
DNA terdiri dari 2 rantai polinukleotida saling melingkar,
membentuk Double helix secara antiparalel (arah
berlawanan)
Arah berkas pertama : 3 5
Arah berkas kedua :5 3,
maksud arah berkas 5 3: terhadap satu deoksiribosa
berikatan dengan fosfat pada C5 dan satu lagi pada C3.
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

 Ikatan G-C lebih kuat ( 50%) dibandingkan ikatan A-T

Elektron dari pasangan basa saling berinteraksi,
menghasilkan kekuatan yang bersama-sama ikatan H
mengstabilkan bentuk spiral.
Untai ganda untai tunggal : denaturasi / melting
Faktor-faktor yang dapat menyebabkan denaturasi :
- pH yang berbeda (DNA stabil pada pH 4-10)
- pemanasan (70 90oC)
- kadar garam rendah
- senyawa merusak ikatan H (urea, fomamida)
- senyawa yg dapat menyisip diantara 2 basa (heliks
terenggang lebih lurus, mudah terpisah) : etidium
bromida, zat warna gol. akridin
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

10

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

11

Tm adalah suhu di mana separuh dari untai ganda DNA

terpisah
Tm (suhu melting) dipengaruhi oleh:
- Komposisi basa DNA
DNA yang banyak mengandung pasangan G-C, Tmnya lebih tinggi dibandingkan dengan DNA yang
banyak mengandung pasangan A-T
- Kadar garam dalam larutan :
Peningkatan 10x lipat kadar kation monovalen
meningkatkan Tm (sebesar 16,6oC)
- Formamida (mengganggu stabilitas ikatan H)
menurunkan Tm
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

12

DNA berinteraksi dengan protein basa yang disebut Histon

(banyak mengandung arginin dan lisin). Ada 5 kelas : H1,
H2A, H2B, H3, H4.
Nukleosom: butir-butir histon yang dikelilingi oleh DNA.

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

13

Dogma Sentral

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

14

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

15

Replikasi Gen-2
(Biomolekuler 2)
Oleh : Anna Maria D.
SSi,MBiomed.

FK URKIDA
2011
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

16

REPLIKASI (SINTESIS) DNA

Sintesis DNA terjadi melalui proses replikasi (dalam inti
sel)
Selama replikasi masing-masing dari 2 rantai pada DNA
asli berperan sebagai template untuk sintesis rantai
komplementer
Setiap molekul DNA yang dihasilkan oleh proses replikasi
terdiri dari 1 rantai polinukleotida asli dan 1 rantai
polinukleotida baru sifat semikonservatif.

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

17

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

18

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

19

 Sewaktu replikasi berjalan, kedua rantai DNA

terpisah sehingga terbentuk semacam garpu
replikasi.

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

20

Sewaktu replikasi berjalan, kedua rantai pada DNA terpisah.

Pada proses pemisahan DNA, ada beberapa protein yang
berperan :
- Helikase & topoisomerase.
Helikase bekerja dengan disertai hidrolisis 2 ATP.
Kedua enzim tsb memisahkan kedua rantai DNA.
- Suatu protein pengikat bekerja mengikat rantai
polinukleotida yang sudah terpisah menghambat
penyatuan kembali.

AS Biology. Gnetic control of protein

Biokimia
FKfunction
UKRIDA
structure and

21

Sintesis rantai polinukleotida adalah dengan arah 5 3

- Rantai 3 - 5 lama membentuk rantai 5 3 baru.
Pada sintesis yang ke arah garpu ini terjadi secara
langsung disebut Leading strand.
- Rantai 5 - 3 lama membentuk
rantai 3 5 baru.
Sintesis rantai yang menjauh dari garpu terjadi
secara sepotong-sepotong disebut
Lagging strand.

AS Biology. Gnetic control of protein

Biokimia
FKfunction
UKRIDA
structure and

22

 Potongan - potongan ini disebut fragmen okazaki.

Fragmen - fragmen itu akan disambung-sambung jadi satu
utas utuh oleh enzim DNA ligase.
Sintesis polinukleotida diawali dengan pembentukan suatu
primer di pangkal garpu, yaitu primer RNA dengan
gugus OH 3 yang bebas (baik pada Leading Strand
maupun pada Lagging Strand)

AS Biology. Gnetic control of protein

Biokimia
FKfunction
UKRIDA
structure and

23

 Primer RNA disintesis secara de novo oleh RNA

polymerase yang spesifik: Primase.
Primer RNA ini pendek (10 200 nukleotida) yang
merupakan pasangan komplementer dari template DNA.
Replikasi DNA diperankan oleh DNA polimerase
DNA polimerase mengkatalisis penambahan unit
deoksiribonukleotida satu demi satu pada ujung OH 3 dari
primer RNA

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

24

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

25

Sintesis Lagging Strand

AS Biology. Gnetic control of protein

Biokimia
FKfunction
UKRIDA
structure and

26

 DNA polimerase memerlukan :

- Template DNA
- Rantai primer RNA dengan gugus OH 3 bebas
- dATP, dGTP, dTTP, dCTP (dNTP)
- Mg++

(DNA)n + dNTP (DNA)n+1 + PPi

Setelah Leading Strand dan Lagging Strand selesai,
primer RNA dilepas terjadi gap, diisi dengan
polinukleotida yang sesuai dan disambung oleh DNA
ligase.
AS Biology. Gnetic control of protein
Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

27

Perbandingan DNA polimerase prokariota dan eukariota

E.coli

Mamalia

Fungsi

I
II

Pengisian celah dan sintesis untai

lambat
Proofreading dan perbaikan DNA
Perbaikan DNA
Sintesis DNA mitokondria
Sintesis untai pendahulu secara prosesif

III

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

28

 Pada eukariot terjadi banyak tempat mulai replikasi,

membentuk bubbles akan semakin membesar dan
akhirnya bersatu.

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

29

Replikasi pada Eukariota

1.
2.
3.

4.

Terjadi serentak pd sejumlah

tempat (20-80 replicon)
Diorganisir dalam bbrp kromosomlinear dan mengandung histon
Kerja DNA polimerase sangat
lambat, mengandung lebih banyak
enzim dalam sel garpu replikasi
yg dpt dibentuk lebih banyak..
Fragmen okazaki lebih pendek (40300 bs) shg replikasi
berlangsung lebih cepat.
Enzim utama :
- DNA pol replks lag. strand
- DNA pol replks lead.strand

Replikasi pada Prokariota

1.
2.
3.

4.

Terjadi pada satu tempat / asal

replikasi
Tidak terorganisir dalam kromosom
dan tidak mengandung Histon
Kerja DNA polimerase lebih cepat
dari eukariot, lebih sedikit enzim
dalam sel. Proses replikasi lebih
lambat dari pada eukariot.

Enzim utama :
- DNA pol. I
- DNA pol. III

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

30

 Bila pada sintesis DNA ada pasangan basa yang

salah pasang, maka segera akan diperbaiki,
dengan menyingkirkan dan mengganti dengan
pasangan yang benar.
DNA polimerase mempunyai aktivitas
eksonuklease :
mengkatalisis hidrolisis polinukleotida pada ujung
rantai. Aktivitasnya dapat 3 5 atau 5 3

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

31

 Bila basa nukleotida pada ujung rantai yang

disintesis salah pasang maka eksonuklease 3 5
akan melepaskan nukleotida tersebut dan
mengganti dengan nukleotida yang sesuai sebelum
meneruskan pemanjangan rantai.
Proses ini disebut Proof Reading

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

32

Proof Reading

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

33

3
5

5
Proof Reading

3
3

3
3

3
5

Mengedit

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

34

 Setelah replikasi, mekanisme perbaikan dapat

mengganti basa nukleotida yang salah pasang yang
terlewat pada waktu proof reading. Proses in
disebut meng-edit.
Eksonuklease yang berperan adalah eksonuklease
5 3

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

35

AS Biology. Gnetic control of protein

Biomolekuler
FK
structure
and function

UKRIDA

36