Sistematika Mikrobia

Nama Mata Kuliah : Sistematika Mikrobia

Bobot
: 4 SKS (3-1)
Kode
: BIO 220
Status
: Wajib
Prasyarat
: Mikrobiologi, Teknik
Biokimia
Dosen
: L. Sembiring, M.Sc., Ph.D.

Tujuan pengadaan matakuliah

Memeperkenalkan konsep mutakhir yang melandasi

klasifikasi, tatanama dan identifikasi mikrobia.

Menjelaskan peranan sistematika mikrobia dalam ilmu
hayati.
Memaparkan cakupan dan kepentingan
keanekargaman taksonomis mikrobia.
Menekankan pentingnya perangkat lunak dan
database dalam sistematika mikrobia.
Memperkenalkan takson mikrobia representatif yang
berperan penting dalam bidang pertanian, lingkungan
dan kesehatan.

Kompetensi mahasiswa

Pemahaman yang menyeluruh mengenai prinsip dasar

dan praktek sistematika mikrobia.
Pengetahuan mengenai konsep yang mendasari
pengembangan klasifikasi fenetik dan filogenetik.
Pemahaman tentang metode yang dipakai untuk
mengidentifikasi mikrobia.
Pengetahuan mengenai pokok pikiran dalam tatanama
organisme (mikrobia).
Pengetahuan mengenai cakupan dan kepentingan
keanekaragaman mikrobia.
Pemahaman mengenai pentingnya perangkat lunak dan
database taksonomis.
Kemampuan mengklasifikasi dan mengidentifikasi
mikrobia.

Outcome pembelajaran
Pengetahuan dan Pemahaman
Kemampuan (ability/intelectual skill)
Ketrampilan (Practical Skill)
Kemampuan manajerial dan alih ilmu
Sikap (Atitude)

Outcome pembelajaran
A. Kognitif :
Tahu
Paham
Aplikasi
Analisis
Sintesis
Evaluatif

B. Afektif (sikap: attitude)

C. Psikomotorik (Practical Skill)

Cara evaluasi dan Penilaian

A. Kuliah:75%
1. Ujian sisipan
: 25 %
2. Ujian akhir
: 60%
3. Tugas
: 15 %
B. Praktikum : 25%
Nilai kuliah (K)= 0,25 (US) + 0,60 (UA) + 0,15 (T)
Nilai Total = 0,75(K) + 0,25(P)
Komponen tugas:
A. Tugas mandiri: tugas latihan dan Kuis
B. Tugas kelompok: presentasi makalah
Sayarat ikut ujian: kehadiran 75%

Bentuk Soal Ujian

A. Pilihan ganda: ( 1 skor/nomer)
B. Isian singkat: 1 skor/poin)
C. Esai: bobot/nomer

Standar Penilaian
Sistem PAN (Penilaian Acuan Normal)
Sistem PAP (Penilaian acuan Patokan)
A

80
66 B 80
56 C 66
46 D 56
E 46

Metode pembelajaran
A. Orientasi : Ceramah & Diskusi
B. Latihan :
Tanya-jawab dan Kuis
Tugas mandiri (buku, jurnal dan internet)
Peragaan di depan kelas
Tugas kelompok (penulisan dan presentasi
makalah)
C. Umpan balik : penjelasan atas tugas
D. Tindak lanjut : evaluasi pencapaian dan
tindakan perbaikan atau pengulangan

Metode pembelajaran
Student-Centered Learning (SCL)
Active learning/individual learning
Colaborative learning
Group discussion learning
Project-based learning

Rencana Topik Kuliah

01. 05/09/2012
02 12/09/2012
03. 19/09/2012
04. 26/09/ 2012
05. 03/10/2012
06. 10/10/2012
07. 17/10/2012
08. 24/10/2012
09. 31/10/2012
10. 07/11/2012
11. 14/11/2012
12. 21/11/2012
13. 28/11/2012
14. 05/12/2012
15. 12/12/2012
16. 19/12/2012
17. 26/12/2010
18. 20-21/12/2010
19. 27-28/12/2010

Pengantar ke arah studi sistematika (1x)

Sistematika, Taksonomi dan Klasifikasi (1x)
Klasifikasi numerik-fenetik (2 x)
Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi) (2x)
Klasifikasi molekular-filogenetik (2x)
Klasifikasi molekular-filogenetik (2x)
Tatanama mikrobia ) (2x)
Identifikasi Mikrobia (2x)
Ujian Tengah Semester (2x)
Ujian Tengah Semester (2x)
Keanekaragaman Bakteria : Domain Bakteria (2x)
Keanekaragaman Archaea : Domain Archaea (2x)
Keanekaragaman Protista (2x)
Keanekaragaman Protozoa (2x)
Keanekaragaman Algae (2x)
Keanekaragaman Fungi,
Keanekaragaman Water molds dan Slime molds
Peranan Culture Collection dalam studi sistematika mikrobia (2x)
Rekapitulasi Perkuliahan dan Diskusi Kelompok

Tugas Kelompok
Menyusun suatu Tulisan (Paper)

mengenai Topik yang ditugaskan

Menyusun bahan Presentasi yang diambil
dari Tulisan
Mempresentasikan Tugas di depan kelas
selama 15 mneit dengan rincian:

Presentasi oral (10 menit)

Diskusi (5 menit)

Daftar Tugas Kelompok

Kelompok I
Kelompok II
Kelompok III
Kelompok IV
Kelompok V
Kelompok VI
Kelompok VII
Kelompok VIII
Kelompok IX
Kelompok X
Kelompok XI
Kelompok XII
Kelompok XIII
Kelompok XIV
Kelompok XV
Kelompok XVI
Kelompok XVII
Kelompok XVIII
Kelompok XIX

: Pengantar Sismik
: Klasifikasi Numerik- Prinsip dasar
: Klasifikasi Numerik- Aplikasi
: Klasifikasi Kimiawi Protein
: Klasifikasi Kimiawi Lipid
: Klasifikasi molekular- DNA Fingerprinting
: Klasifikasi molekular- Analisis Filogenetik
: Tatanama mikrobia
: Identifikasi mikrobia
: Keanekaragaman Bakteria (Phylum 1 5)
: Kenakergaman Bakteria (Phylum 6 - 10)
: Kenakergaman Bakteria (Phylum 11 15)
: Kenakergaman Bakteria (Phylum 16 19)
: Keanekaragaman Bakteria (Phylum 20 23)
: Keanekaragaman Arkhaea
: Keakeragaman Protozoa
: Keanekaragaman Algae
: Keanekaragaman Fungi,Slime molds & Water molds
: Peran Culture Collection dalam studi Mikrobia

. Buku Acuan
1. Goodfellow, M. 2000. Microbial Systematics: Background and Uses. In
Applied Microbial Systematics ( F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.)
Kluwer Academic Publisher.
2. Stackebrandt, E., Tindall, B., Ludwig, W. & Goodfellow, M. 1999 .
Prokaryotic Diversity and Systematics. In Biology of The Prokaryotes
(J.W. Langeler, G. Drews & H.G. Schlegel, Eds.), Blackwell Science,
Thieme Stuttgart, New York.
3. Goodfellow, M. & ODonnell, A.G. (Eds.) 1993. Handbook of New Bacterial
Systematics. Academic Press, Harcourt Brace & Company Publishers, London.
4. Priest, F.G. & Austin, B. 1995. Modern bacterial taxonomy. Chapman & Hall.
5. Atlas, R.M. 1997. Principles of Microbiology, 2nd ed., Wm. C. Brown
Publishers.
6. Sneath, P.H.A., (Ed.) 1992. International Code of Nomenclature of Bacteria,
1990 Revision. The American Society for Microbiology, Washington, D.C
7. Kirshop, A.E. & Doyle, A. (Eds.) . 1991. Maintenance of Microorganisms
and Cultured Cells: A Manual of Laboratory Methods. Academic Press,
Harcourt Brace Jovanovich Publishers, London.
8. Logan, N.A. 1994. Bacterial Systematics. Blackwell Scientific Publications,
Oxford, UK.

Pengantar Sistematika Mikrobia

Sistematika: ilmu yang mempelajari keanekaragaman makhluk hidup

serta hubungan antar sesamanya, baik hubungan yang

bersifat kemiripan (fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan

(filogenetik).
Tiga bidang kajian sistematika:

Klasifikasi
Tatanama (Nomenklatur)
Identifikasi

Taksonomi : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar,

prinsip serta aturan klasifikasi.
Klasifikasi : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam
suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan
(similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner).
Identifikasi: proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang
belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah
diketahui sebelumnya atau bukan.
Tatanama: cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode
tatanama.

Sejarah klasifikasi mahluk hidup:

Aristoteles (- mid 1800-san) : Dunia Plantae;
Dunia Animalia
E. Haeckel (1866)

: Dunia Plantae;
Dunia Animalia;
Dunia Protista

E. Chatton (1937) : Prokaryotae;

Eukaryotae
R.H. Whittaker (1969): Dunia Monera
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia
Carl Woese (1978): Domain Bakteria
Domain Arkhaea
Domain Eukarya
Carol J. Bult (1996) : selesai sequencing genom
Methanococcus janashii (Arkhaea)
Solomon et al. (1999 - 2002): Dunia Bakteria
Dunia Arkhae(bakteria)
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia

Dasar klasifikasi:
Aristoteles ( 400 SM 1800-an) : kenampakan morfologi luar
E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi

E. Chatton (1937) : struktur organisasi internal sel (prokaryotik &

eukaryotik)
R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel;
nutrisi; struktur
organisasi selular
Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular)
16S rRNA (Arkhaea & Bakteria)
18S rRNA (Eukarya)

Sistem klasifikasi:

Fenetik: berdasarkan kemiripan sifat

Filogenetik: berdasarkan hubungan

evolusi

Dasar (Pendekatan) sistem

klasifikasi:
Klasifikasi klasik monotetik
Klasifikasi numerik-fenetik- politetik
Klasifikasi

kimiawi (khemotaksonomi)
Klasifikasi molekular (taksonomi
molekular)
Taksonomi polifasik

Klasifikasi dan Hierarki Taksonomis:

Hierarki Taksonomis
Dom ain

Eukarya

Bakteria

Arkhaea

Dunia

Plantae

Bakteria

Arkhaea

Phylum

Anthophyta

Proteobacteria

Crenarcheota

Classis

Monocotyledoneae

Gamma Proteobacteria

Thermoprotei

Ordo

Commelinales

Enterobacteriales

Sulfolobales

Familia

Poaceae

Enterobacteriaceae

Sulfolobaceae

Genus

Zea

Salmonella

Sulfolobus

Species

Zea mays

S. dysenteriae

Slf. Metallicus

Tatanama (Nomenklatur):

International Code of Bacterial Nomenclature (Sneath,

1992).
International Code of Botanical Nomenclature (Greuter et al.,
1994)
International Code of Zoological Nomenclature (Ride et al.,
1985)
Sistem binomial: nama spesies terdiri dari dua kata
Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin
Nama genus : diawali dengan huruf kapital e.g.
Bacillus
Penunjuk spesies : ditulis dengan huruf kecil e.g.
subtilis
Nama spesies : Bacillus subtilis

Konsep spesies:
Nomenspecies:

share the same type strain

: similarity index 70
(numerical taxonomy)
Genospecies: genetic exchage
Taxospecies

Genomic species: DNA relatedness value

70%

Microbial Systematics: microbial

diversity & relationship

Classificassion:
Nomenclature:
Identification:

Classification

Classification: process & product

Taxonomy : theoretical study of
classification
Artificial classification : special
purpose
Phenetic classsification:
Phylogenetic (phyletic)
classification:

Nomenclature
Bacteria & Archaea:
International Code of Nomenclature for Bacterial
Approved List of Bacterial Name 1 January 1980.
Valid publication (IJSB ---IJSEM (2000)
Type strain must be designated
Fungi & Algae:
International Code of Botanical Nomenclature
Protozoa:
International Code of Zoological Nomenclature :

Modern Systematics

Identification : microbial ecology, industrial

biotechnology, diagnostic
hospital microbiology
Current trends : Modern microbial
systematics
Chemistry: chemosystematics
Molecular biology: molecular systematics
Data handling: numerical phenetic
systematics

Chemotaxonomy
1. Chemotaxonomy: amino acids, lipids,

polysacharides, proteins, enzymes,

whole-cell
GC
HPLC
PyMS (Pyrolysis Mass Spectrometry)
Electrophoresis

Numerical phenetic taxonomy

Numerical phenetic taxonomy: phenotypic test &

computer analysis
Cultural : colonial morphology, pigmentation
Morphological : cell shape, staining reaction, motility
Physiological : growth temp., anaerobic growth
Biochemical : acid from carbohydrates, nitrate reduction
Nutritional : carbon sources
Chemotaxonomic: amino acids, cell wall, membrane lipids
Inhibitory tests: sensitivity to antibiotics
Serological : agglutination
Genomic : mol % GC, DNA-DNA reassociation

Molecular systematics
Molecular systematics (phylogenetic):

nucleic acids analysis (evolutionary

relationships: phylogeny tree)
DNA sequencing (16S, 18S rDNA)
DNA-DNA hybridization
Molecular fingerprinting

Polyphasic systematics

Polyphasic systematics: integrated use

of genotypic and phenotypic data

Congruence: chemotaxonomic,
numerical phenetic and molecular
systematics

Five Kingdom & Three Domain

Tree of Life: Three Domain