Sintesis Protein

Ekspresi gen merupakan proses dimana informasi yang dikode di dalam gen
diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Dogma sentral mengenai
ekspresi gen, yaitu DNA yang membawa informasi genetik ditranskripsi menjadi RNA, dan RNA
diterjemahkan menjadi polipeptida. Selama ekspresi gen, informasi genetik ditransfer secara
akurat dengan DNA melalui RNA untuk menghasilkan polipeptida dengan urutan asam amino
yang spesifik.
Ekspresi gen merupakan sintesis protein yang terdiri dari dua tahap. Tahap pertama,
urutan rantai nukleotida template (cetakan) dari suatu DNA untai ganda disalin untuk
menghasilkan satu rantai molekul RNA. Proses ini disebut transkripsi dan berlangsung dalam
inti sel. Tahap kedua merupakan sintesis polipeptida dengan urutan spesifik berdasarkan rantai
RNA yang dibuat pada tahapan pertama. Proses ini disebut translasi. Proses tersebut
membutuhkan pengikatan dan pergerakan ribosom di sitoplasma pada sepanjang rantai RNA
untuk menterjemahkan urutan nukleotida rantai RNA tersebut menjadi urutan asam amino untuk
membentuk rantai polipeptida. Pada proses ini digunakan istilah penerjemahan karena bahasa
pada nukleotida RNA diterjemahkan menjadi bahasa baru, yaitu bahasa asam amino suatu
protein.
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai cetakan
atau sense, sedangkan rantai DNA komplemennya disebut rantai antisense. Rantai DNA yang
ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkipsi. RNA dihasilkan dari aktivitas enzim
RNA polimerase. Enzim RNA polimerase membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah
dan merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polimerase membuka pilinan kedua rantai DNA
hingga terpisah dan merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polymerase merangkai
nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5 3, saat terjadi perpasangan basa di sepanjang
cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi suatu
gen dimulai dan diakhiri. Transkripsi terdiri dari tiga tahap, yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi
(pemanjangan), dan terminasi (pengakhiran) rantai RNA. Transkripsi mensintesis baik RNAd,
RNAt, maupun RNAr. Namun, hanya basa nitrogen yang terdapat pada RNAd saja yang
nantinya diterjemahkan menjadi asam amino (protein). Pada tahap inisiasi, daerah DNA dimana
RNA polymerase melekat dan mengawali transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter
mencakup titik awal (start point) transkripsi (nukleotida dimana sintesis RNA sebenarnya
dimulai) dan biasanya membentang beberapa pasangan nukleotida di depan titik awal tersebut.
Selain menentukan dimana transkripsi dimulai, promoter juga menentukan yang mana dari

kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan. Kemudian pada tahap elongasi, saat
RNA bergerak di sepanjang DNA, pilinan heliks ganda DNA tersebut terbuka secara berurutan
kira-kira 10 hingga 20 basa DNA sekaligus. Enzim RNA polymerase menambahkan nukleotida
ke ujung 3 dari molekul RNA yang sedang tumbuh disepanjang heliks ganda DNA tersebut.
Setelah sintesis RNA berlangsung, DNA heliks ganda terbentuk kembali dan molekul RNA baru
akan lepas dari cetakan DNA-nya. Transkripsi berlanjut pada laju kira-kira 60 nukleotida per
detik pada sel eukariotik. Dan yang terakhir pada tahap terminasi (pengakhiran) terdapat
beberapa mekanisme yang berbeda antara sel prokariotik dan sel eukariotik. Transkripsi
berlangsung sampai RNA polymerase mentranskripsi urutan DNA yang disebut terminator.
Terminator merupakan suatu urutan DNA yang berfungsi menghentikan proses transkripsi. Pada
sel prokariotik, trnaskripsi biasanya berhenti tepat pada saat RNA polymerase mencapai titik
terminasi. Sebaliknya, pada sel eukariotik, RNA polymerase terus melewati titik terminasi. Pada
tiitik yang lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, RNA yang telah terbentuk terlepas dari
enzim tersebut.
Pada proses translasi, sel menginterpretasikan suatu kode genetik menjadi protein yang
sesuai. Kode genetik tersebut berupa serangkaian kodon disepanjang molekul RNAd,
interpreternya adalah RNAt. RNAt mentransfer asam amino - asam amino dari kolam asam
amino di sitoplasma ke ribosom. Molekul-molekul RNAt membawa asam amino spesifik pada
salah satu ujungnya yang sesuai dengan triplet nukleotida pada ujung RNAt lainnya yang
disebut antikodon. Misalnya, kodon RNAd UUU yang ditranslasi sebagai asam amino
fenilalanin. RNAt pembawa fenilalanin memiliki antikodon AAA yang komplemen terhadap UUU
agar terjadi reaksi penambahan (transfer) fenilalanin pada rantai polipeptida sebelumnya.
Asosiasi kodon dan antikodon sebenarnya merupakan bagian kedua dari dua tahap pengenalan
yang dibutuhkan untuk translasi suatu pesan genetic yang akurat. Asosiasi ini harus didahului
oleh pelekatan yang benar antara RNAt dengan asam amino. RNAt yang mengikatkan diri pada
kodon RNAd harus membawa hanya asam amino yang tepat ke ribosom. Tiap asam amino
digabungkan dengan RNAt yang sesuai oleh suatu enzim spesifik yang disebut aminoasil-RNAt
sintase (aminoacyl-tRNA synthetase). Ribosom memudahkan pelekatan yang spesifik antara
antikodon RNAt dengan kodon RNAd selama sintesis protein. Sebuah ribosom dapat dilihat
melalui mikroskop electron, tersusun dari dua sub-unit, yaitu sub-unit besar dan sub-unit kecil.
Sub-unit ribosom dibangun oleh protein-protein dan molekul-molekul RNAr. Translasi dapat
dibagi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu RNAd, RNAt, dan ribosom
selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah
energy. Energy ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip

dengan ATP. Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya RNAd, sebuah RNAt yang
memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub-unit ribosom. Pertama, sub-unit
ribosom kecil mengikatkan diri pada RNAd dan RNAt inisiator. Sub-unit ribosom kecil melekat
pada tempat tertentu diujung 5 dari RNAd. Di dekat tempat pelekatan ribosom sub-unit kecil
pada RNAd terdapat kodon inisiasi AUG, yang memberikan sinyal dimulainya proses translasi.
RNAt inisiator, yang membawa asam amino metionin, melekat pada kodon inisiasi AUG. Oleh
karenanya, persyaratan inisiasi adalah kodon RNAd harus mengandung triplet AUG dan
terdapat RNAt inisiator berisi antikodon UAC yang membawa metionin. Jadi pada setiap proses
translasi, metionin selalu menjadi asam amino awal yang diingat. Triplet AUG dikatakan sebagai
start codon karena berfungsi sebagai kodon awal translasi. Pada tahap elongasi dari translasi,
asam amino-asam amino berikutnya ditambahkan satu per satu pada asam amino pertama
(metionin). Kodon RNAd pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul
RNAt yang komplemen dengannya. Molekul RNAr dari sub-unit ribosom besar berfungsi
sebagai enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan
polipeptida yang memanjang ke asam amino yang baru tiba. Pada tahap ini, polipeptida
memisahkan diri dari RNAt tempat pelekatannya semula, dan asam amino pada ujung
karboksilnya berikatan dengan asam amino yang dibawa oleh RNAt yang baru masuk. Saat
RNAd berpindah tempat, antikodonnya tetap berikatan dengan kodon RNAt. RNAd bergerak
bersama-sama dengan antikodon ini dan bergeser ke kodon berikutnya yang akan ditranslasi.
Sementara itu, RNAt sekarang tanpa asam amino karena telah diikatkan pada polipeptida yang
sedang memanjang. Selanjutnya RNAt keluar dari ribosom. Langkah ini membutuhkan energi
yang disediakan oleh hidrolisis GTP. RNAd bergerak melalui ribosom ke satu arah saja, mulai
dari ujung 5. Hal ini sama dengan ribosom yang bergerak 5 3 pada RNAd. Hal yang penting
disini adalah ribosom dan RNAd bergerak relatif satu sama lain, dengan arah yang sama, kodon
demi kodon. Siklus elongasi menghabiskan waktu kurang dari 1/10 detik dan terus berlangsung
hingga rantai polipeptidanya lengkap. Kemudian tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi
berlanjut hingga ribosom mencapai kodon stop. Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, atau
UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sebagai sinyal untuk
menghentikan translasi.