Keterlibatan Partikel snRNP

U1 dalam Penyambungan
RNA (Splicing)
PPDS Kesehatan Anak:
Fandi Argiansah
Herka Pratama Putra
Rini Gitasari
Dewi Rahmawati Syam
Eka Rahmawati
Laurentsia
Evi Dewiyanti

19/12/15

Keterlibatan Partikel snRNP U1

dalam Penyambungan RNA
(Splicing)
Sekuens
regio penyambungan RNA 5flanking
komplementer terhadap sekuens RNA yang
ditemukan pada ujung 5 pada kelas U1 partikel
ribonukleoprotein nuklear kecil (small nuclear
ribonucleoprotein particles) yang dikenal sebagai
snRNPs.
Selain partikel U1, dijumpai U2, U4, U6, dan lainlain, setiap partikel memiliki 90-150 nukleotida dan
sekitar 10 protein berbeda.
Komplementeritas antara RNA U1 dan lokasi
penyambungan RNA pre-mRNA menunjukkan
bahwa pasangan basa diproduksi antara dua siklus
penyambungan (splicing) RNA
19/12/15

Cara mutasi kompensasi pada dua struktur interaktif dapat merestorasi aktivitas

Salah satu metode rasional untuk menginaktivasi partikel U1 secara

spesifik adalah menghilangkan nukleotida dari ujung 5mRNA dengan RNAse H.
Enzim ini mendigesti RNA dari dupleks RNA-DNA

19/12/15

Konsensus sekuens pada ujung 5 sambungan ekson-intron. Sekuens ini

komplementer terhadap ujung 5 U1 RNA. Perubahan pada sekuens
penyambungan RNA menurunkan tingkat penyambungan (splicing) RNA.
Oligonukleotida DNA yang komplementer terhadap ujung 5 U1 RNA
dihibridisasi di bawah kondisi lunak terhadap partikel U dalam ekstrak
sel, lalu RNAse H ditambahkan.
ekstrak tidak dapat mengkatalisasi penghilangan intron, sedangkan
ekstrak yang mendapatkan oligonukleotia dengan sekuens berbeda tidak
dihambat.
19/12/15

Pola penyambungan RNA pada adenovirus. Lokasi penyambungan RNA 5

yang
memisahkan regio A, B, dan C digabungkan ke lokasi
penyambungan RNA 3 yang memisahkan regio D dan E.
3 RNA yang ditunjukkan di atas dapat diproduksi. Jumlah spesies ABE
dapat ditentukan melalui hibridisasi RNA radioaktif yang komplementer
terhadap ABC dan digesti dengan RNAase T1 dan pankreatik. Jumlah
produk dengan panjang AB ditentukan dengan elektroforesis.

19/12/15

Reaksi dan Kompleks

Penyambungan RNA
Selain memerlukan partikel U1 snRNP, penyambungan
pre-mRNA membutuhkan sesikitnya tiga snRNP lain,
U2, U5, dan U4/U6 dan sejumlah protein larut.
kompleks luas yang dapat diamati melalui mikroskop
elektron dan dapat dipurifikasi secara biokimiawi

Lokasi penyambungan RNA donor dan akseptor

hanya mengandung dua nukleotida esensial, terlalu
sedikit untuk menjamin spesifisitas RNA sekuens
acak.
Setelah
RNA
ditambahkan
pada
ekstrak
penyambungan, biotin dapat digunakan untuk
menangkap RNA secara selektif dengan streptavidin
yang terikat dengan kolum kromatografi.
19/12/15

Pasangan basa pada U1, U2, U4, U6 dan

pre-mRNA menunjukkan titik cabang dan
lokasi pemotongan 5

Pemecahan 3-OH pada lokasi penyambungan RNA 5

Pelepasan intron dalam bentuk lariat.

Reaksi nukleotida memecah fosfodiester

Penelitian Cech rRNA Tetrahymena

melakukan penyambungan RNA sendiri
tanpa ada aksi protein Tetrahymena.

Guanosin
berperan
penting
dalam
proses
selfsplicing,

Rangkaian reaksi self-splicing rNA

Tetrahymena

Reaksi transesterifikasi proses selfsplicing dalam berbagai tingkatan yang

lebih cepat daripada transesterifikasi biasa.
2 alasan yang
menyebakan
hal ini
1.Struktur sekuner molekul dapat berikatan dengan gugus
reaktif secara langsung menempel satu sama lain
2. Probabilitas reaksi terjadi seiring dengan
peningkatan tabrakan efeksi jika ikatan yang
terlibat tegang

Kelangkaan proses penyambungan

RNA pada prokariotik terjadi akibat jumlah generasi
yang dimiliki untuk pemilihan kehilangan intron.

Penelitian dengan self-cutting RNA yang

berukuran sangat kecil menunjukkan bahwa ketegangan
penting dalam reaksi transesterifikasi

Mekanisme Umum
Reaksi
Penyambungan RNA

Sel mengandung banyak rRNA, tetapi kebanyakan mRNA diproses

melalui proses penyambungan RNA.
DNA segmen mengandung sekuens intervensi ditempatkan pd mokuler DNA
plasmid sirkuler kecil yg dapat ditumbuhkan pada bakteri E. coli

Salah satu sumber utama pre-mRNA yang digunakan dalam reaksi penyambungan
RNA berasal dari rekayasa genetika

Salah satu kesulitan dalam mempelajari proses penyambungan

mRNA adalah memperoleh RNA.

Reaksi selfsplicing dan

snRNP yang
mengkatalisa
si reaksi
penyambung
an RNA
Penggunaan promoter fage SP6 atau T7 pada
molekul kecil DNA untuk menghasilkan
jumlah RNA invitro dengan ukuran yang
sesuai untuk penelitian reaksi
penyambungan RNA

Gambar di samping menekankan

kemiripan kedua proses tersebut.

Dua kelas RNA self-splicing dan jalur

penyambungan mRNA nuklear
Kemiripan antara reaksi penyambungan
RNA ini menunjukkan bahwa RNA merupakan molekul original kehidupan
karena dapat menjalankan fungsi yang diperlukan dirinya sendiri

Reaksi Pengolahan RNA

Lainnya

Alur pemotongan dan penyambungan tRN pada ragi Saccharomyces.

Sekitar 25 nukleotida yang dapat membentuk stuktur fungsional menyerupai palu
pada bagian kepala. Struktur umum lain molekul self-cutting RNA adalah pita rambut
sederhana
19/12/15

Persiapan pre-mRNA oleh RNA pemandu melalui reaksi transesterifikasi

Walaupun pemotongan dan religasi merupakan alur pengeditan,

perantara pengeditan menemukan sekuens pemandu memindahkan U dari
ujung 3 ke posisi yang diperlukan pada mRNA melalui reaksi transesterifikasi
yang analog dengan reaksi transesterifikasi penyambungan RNA

Masalah
Apa yang terjadi bila transfer Soutern dan
probing dengan fragmen radioaktif dari
bagian gen menghasilkan dua ikatan
radioaktif?
Apa yang mungkin dilakukan struktur
sekunder pada mRNA dengan fakta bahwa
eukariot menggunakan mekanisme ikatan
dan slide untuk menemukan AUG pertama
mRNA dan digunakan untuk memulai
translasi, sedangkan translasi mRNA pada
prokariot mulai pada kodon AUG yang sering
tidak muncul pertama kali kodon mRNA?
19/12/15

 Andaikan uridin dan rifamisin radioaktif secara simultan

ditambahkan pada sel yang berkembang. Anggap saja bahwa
uridin dan rifamisin segera masuk ke sel dan radioaktif uridin
segera masuk ke rantai RNA dalam proses elongasi. mRNA akan
dilengkapi, kemudian dihancurkan, sedangkan rRNA disintesis
dan akan tetap stabil. Sketsa kinetika penggabungan
radioaktivitas ke dalam RNA dalam penelitian ini menunjukkan
bagaimana radioaktivitas ini dapat digunakan untuk menentukan
fraksi sintesis RNA diarahkan ke mRNA dan rRNA.
Bagaimana Anda dapat menentukan apakah protein rho beraksi
dengan membaca sekuens DNA, membaca sekuens RNA yang
berasal dari polimerase DNA atau berinteraksi langsung dengan
polimerasi DNA?
Pertanyaan penting tentang capped mRNA eukariotik adalah
apakah loaksi cap adalah tempat pengolahan yang diproduksi
dari pemecahan RNA yang lebih panjang atau apakah lokasi cap
merupakan tempat aktual awal transkripsi. Bagaimana -labeled

ATP dapat digunakan secara in vitro untuk menjawab pertanyaan

bahwa RNA yang dimulai dengan GpppApXp?
19/12/15

Bagaimana Anda dapat menentukan rata-rata waktu paruh fisik

mRNA sel dari data yang diperoleh oleh penambahan uridin
radioaktif dan inhibitor inisiasi sintesis RNA secara simultan?
Tanpa melihat mRNA individual, apa cara umum yang dilakukan
untuk menguji ekstrak sel terkait keberadaan intron self-splicing
gugus I?
Mengapa self-cutting dan splicing penting terhadap viabilitas
virusoid?
Mengapa seharusnya satu nukleotida lariat memiliki tiga ikatan
fosfodiester, dan bagaimana Anda mengamati nukleotida tersebut?
Mengapa peneliti ingin melibatkan nukleotida G(5)ppp(5)G dalam
campuran transkripsi in vitro di mana produk RNA digunakan dalam
reaksi penyambungan RNA?
RNA self-cutting dengan bagian kepala menyerupai palu yang
ditemukan pada virusoid bukan hanya cRNA. RNA ini dapat meligasi
setelah langkah pemotongkan. Perkirakan di mana energi untuk
ligasi berasal dari subjek terhadap konstrain dengan molekul dengan
bagian kepala menyerpai paru tidak menggunakan nukleotida
bebas, seperti intron
Tetrahymena intron, mereka tidak
menggunakan molekul eksternal sebagai sumber energi untuk ligasi
dan menghasilkan molekul cabang yang ditemukan pada reaksi
penyambungan pre-mRNA

19/12/15

Struktur Protein
Salah satu karakteristik penting kebanyakan
protein adalah kemampuan untuk mengikat
molekul secara selektif
Kita perlu mengetahui protein dengan baik
sehingga kita dapat merancang protein dengan
baik pula
Kemajuan biologi molekuler yang paling pesat
tercatat pada tahun 1980-an melibatkan asam
nukleat, bukanlah protein.
Berbagai gaya dapat terjadi antara asam amino.
Gaya ini meliputi gaya elektrostatik, gaya
disperse, ikatan hydrogen, dan gaya hidrofobik.
19/12/15

Asam Amino
Protein terdiri atas amino-L- yang
terikat pada ikatan peptide untuk
membentuk rantai polipeptida.
Pada ph netral : gugus hidroksil
asam amino bermuatan negatif,
gugus amino bermuatan positif.
Gugus amino N-terminal protein
memiliki muatan listrik positif
Gugus karboksi C-terminal memiliki
muatan listrik negatif.

Asam amino -L memiliki muatan listrik negatif pada

gugus karboksil dan muatan listrik positif pada gugus
amino dan tiga asam amino terhubung melalui ikatan
peptida.

 Dua puluh tipe berbeda asam amino--L

umumnya dijumpai pada protein.
Sedikit tipe asam amino lainnya
kadang-kadang dijumpai pada protein,
dengan kebanyakan merupakan hasil
modifikasi satu dari 20 asam amino
setelah protein disintesis.
Asam amino termodifikasi ini secara
langsung terlibat pada reaksi kimiawai
yang dikatalisasi oleh protein.
20 asam amino memiliki karakteristik
yang unik dan penting.

Karakteristik Asam
Amino

 Salah satu kelompok asam amino yang paling penting

adalah hidrofobik.
Gugus samping asam amino alifatik bersifat hidrofobik
dan lebih sering dijumpai pada lingkungan nonpolar,
non-aqueous seperti yang ditemukan pada regio
kontak antardua subunit, pada bagian protein yang
berikatan dengan membrane atau pada interior
protein globuler.
Area yang berdampingan dengan asam amino ini pada
bagian permukaan dapat membentuk ikatan protein
yang sama dengan patch hidrofobik pada permukaan
protein lain, seperti halnya pada oligomerasi subunit
protein, atau dapat membentuk protein yang lebih
suka berikatan atau bahkan masuk ke membran.

Gaya ini merupakan gaya utama yang

mempertahankan struktur lipatan
protein.

 Asam amino hidrofobik pada interior protein

lebih suka berdamping satu sama lain daripada
berikatan dengan air. Gaya ini merupakan gaya
utama yang mempertahankan struktur lipatan
protein.
Gugus samping asam amino dasar dari asam
amino, seperti lisin dan arginin memiliki muatan
listrik positif pada pH netral.
Gugus samping asam amino asam glutamate
dan asam aspartat yang bersifat asam memiliki
muatan negatif pada pH netral.

Gugus samping asam amino

netral tidak memiliki mauatan,
dan gugus samping asam amino
polar memiliki muatan listrik yang
terpisah, seperti yang dijumpai
pada glutamin.
Muatan listrik yang terpisah
menyebabkan interaksi dua kutub
(dipole) dengan asam amino lain
atau ligand yang berikatan
dengan protein.

Dua residu sistein yang direduksi dan

keadaan sistein teroksidasi
membentuk ikatan disulfida.

Ikatan Peptida
Ikatan peptide memiliki dua
karakteristik yang luar biasa penting
yang memfasilitasi lipatan polipeptida
dalam struktur tertentu.
1. Sebagai efek parsial karakter ikatan
ganda dari ikatan peptide antara
karbon karbonil dan nitrogen, unit
berikatan dengan atom karbon alfa dari
dua asam amino berurutan terletak
sejajar.

Dua unit asam amino pada rantai polipeptida

mengilustrasikan struktur bidang ikatan peptide, dua
derajat kebebasan rotasi pada setiap unit asam
amino pada polipeptida, dan sudut dan .

2. Hidrogen amid dari satu asam amino dapat

berbagi dengan oksigen karbonil dari asam amino
lain dalam ikatan hydrogen.

Gaya Elektrostatik yang Menentukan

Struktur Protein
Protein memiliki waktu harapan hidup yang
sulit.

19/12/15