LAPORAN RESMI PRAKTIKUM

KIMIA MEDISINAL II
Pharmacophore Mapping
Ligand Based dan Complex Based

Disusun Oleh:
SABRINA UMI KHABIBAH
12/333369/FA/09315
FST 2012 GOL II

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2015

Pemetaan Farmakofor Beberapa Ligan Selektif COX2 Inhibitor dengan Metode

Ligand-based dan Complex-based
Sabrina Umi Khabibah
Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada Yogyakarta
Minat Farmasi Sains dan Teknologi

Intisari
Obat anti inflamasi non steroid (AINS), Obat Anti inflamasi non steroid bekerja pada
penghambatan enzim siklooksigenase (COX) agar tidak terjadi pembentukan endoeroksidase
dari asam arakhidonat yang menyebabkan inflamasi. COX 2 yang merupakan enzim yang
menginduksi kondisi patologis dari inflamasi, nyeri dan demam. obat anti inflamasi non
steroid banyak dikembangakan dan dimodifikasi untuk bekerja secara spesifik pada COX-2.
COX-2 berhubungan langsung dengan inflamasi dan reseptor-reseptor nyeri serta demam.
Pemodelan molekul untuk pengembangan obat AINS yang spesifik pada penghambatan
COX-2 dapat dilakukan dengan komputasi, salah satunya yaitu dengan pemetaan farmakofor.
Farmakofor merupakan kerangka dari senyawa yang bertanggungjawab pada aktivitas suatu
obat. Tujuan dari dilakukannya pemetaan farmakofor adalah untuk menemukan protein dan
ligan aktif dari senyawa COX-2, kemudian mencari senyawa yang mirip dengan ligand atau
protein reseptor dari COX-2. Pemodelan molekul secara in silico menggunakan aplikasi,
yaitu MOE. MOE (Molecular Operating Enviroment) merupakan aplikasi yang
mengintegrasikan visualisasi, simulasi, sehingga mampu memanipulasi struktur kimia dan
objek-objek molekul lain. Pada percobaan ini, dilakukan pemetaan kromofor ligand-based
dan kompleks. Hasil pemetaan farmakofor ligand based dan complex based terdapat 3 fitur
yang dianggap penting dari aktivitasnya terhadap enzim COX 2 yaitu Hyd-Acc dan Aro-Hyd
pada pemetaan farmakofor berdasarkn ligan dan Ani-Acc-ML pada pemetaan farmakofor
complex-based
Kata kunci : inhibitor COX-2, ligand-based, complex-based

Latar Belakang
Obat anti inflamasi non steroid (AINS) merupakan obat yang banyak digunakan dan
bebas dalam penjualannya. Obat Anti inflamasi non steroid bekerja pada penghambatan
enzim siklooksigenase (COX) agar tidak terjadi pembentukan endoeroksidase dari asam
arakhidonat yang menyebabkan inflamasi. Enzim siklooksigenase (COX) terdiri atas 3 yaitu
COX-1 yang berada saluran pencernaan yaitu pada pengaturan asam lambung, COX 2 yang
merupakan enzim yang menginduksi kondisi patologis dari inflamasi, nyeri dan demam.
Kemudian terdapat COX-3 yang baru saja diidentifikasi ditemukan pada otak dan membantu
pembentukan pada COX-1.

Dahulu sistem kerja dari obat anti inflamasi golongan steroid tidak spesifik karena
menghambat semua pembentukan enzim siklookasigenase. Seiring dengan perkembangan
pemodelan molekul, obat anti inflamasi non steroid banyak dikembangakan dan dimodifikasi
untuk bekerja secara spesifik pada COX-2. COX-2 berhubungan langsung dengan inflamasi
dan reseptor-reseptor nyeri serta demam.
Mekanisme kerja Obat antiinflamasi non steroid yaitu menghambat pembentukan
enzim COX-2 dari asam arakhidonat sehingga tidak terbentuk endoperoksidase yang
menyebabkan terbentuknya inflamasi dan nyeri.
Pemodelan molekul untuk pengembangan obat AINS yang spesifik pada
penghambatan COX-2 dapat dilakukan dengan komputasi, salah satunya yaitu dengan
pemetaan

farmakofor.

Farmakofor

merupakan

kerangka

dari

senyawa

yang

bertanggungjawab pada aktivitas suatu obat. Farmakofor juga menggambarkan tipe dan
lokasi tempat berinteraksinya ligand an protein target. Fitur farmakofor terdiri dari donor
ikatan hydrogen, akseptor ikatan hydrogen, hidrofobik, serta area terionisasi positif dan
negative.
Tujuan dari dilakukannya pemetaan farmakofor adalah untuk menemukan protein
dan ligan aktif dari senyawa COX-2, kemudian mencari senyawa yang mirip dengan ligand
atau protein reseptor dari COX-2. Senyawa yang mirip tersebut akan digunakan sebagai
penghambat terbentuknya senyawa COX-2 dengan cara substitusi pada ligan atau substitusi
pada protein, sehingga produk ikatan tidak terbentuk.
Pemodelan molekul secara in silico menggunakan aplikasi, salah satu diantaranya
adalah MOE. MOE (Molecular Operating Enviroment) merupakan aplikasi yang
mengintegrasikan visualisasi, simulasi menggunakan Scientific vector Language (SVL) dalam
bahasa pemogramannya sehingga mampu memanipulasi struktur kimia dan objek-objek
molekul lain.
Pada MOE, untuk menghasilkan pemetaan farmakofor, dapat dilakukan ligandbased, yaitu ditentukan dari koleksi-koleksi ligan aktif; Kompleks, yaitu ditentukan dari dat
structural kompleks protein-ligan; dan Target, yaitu ditentukan hanya dari data struktural
reseptor saja. Pada percobaan ini dilakukan pemetaan kromofor ligand-basedd an kompleks.
Alat dan Bahan
Database ligan (SC-75416, SD-8381, 23d(R), 5c-S), file PDB (3MQE, 3NTG,
3LN0), database senyawa cox_drug , seperangkat PC (komputer), serta program/aplikasi
MOE (Molecular Operating Environment) 2010 dan 2014

Hasil dan Pembahasan

Pemetaan Farmakofor ligand-based
Pada metode ini digunakan perangkat lunak berupa Molecular Operating Enviromet
(MOE), dataset yang digunakan adalah dataset senyawa/ ligan aktif.
Langkah kerja yang dilakukan yaitu preparasi data, yaitu dengan menjajarkan
struktur-struktur ligan aktif secara fleksibel (flexible alignment). Pada proses penjajaran
ligan-ligan aktif ini digunakan senyawa 52B sebagai senyawa referensi, termasuk selektif
pada COX-2 inhibitor. Senyawa-senyawa yang memiliki struktur ligan mirip dengan ligan
dari senyawa COX-2 inhibitor yang dilakukan penjajaran antara lain SC-75416, SD-8381,
23d(R), 5c-S. Gambar 2 dimensi masing-masing ligan dapat dilihat pada gambar berikut.

http//pdb.org

http//pdb.org

Gambar 1.SC 75416

Gambar 2. SD-8381

http//pdb.org

http//pdb.org

Gambar 3. 23d (R)

Gambar 4. 5c-5

Hasil dari dilakukannya penjajaran adalah ditemukannya senyawa antar ligan yang saling
overlap, dimana memiliki struktur yang mirip satu sama lain.

Gambar 5. Hasil flexible alignment

Setelah dilakukan penjajaran, maka dilakukan fitur farmakofor atau pembangkitan

titik-titik farmakofor yang dianggap memiliki peran penting dari tiap senyawa. Dipilih 3 titik
agar diperoleh senyawa yang felksibel. Jika dipilih lebih dari 3, maka struktur yang diperoleh
dari senyawa akan lebih rigid sedangkan jika dipilih kurang dari 3 titik, maka akan diperoleh
senyawa yang terlalu longgar. Pembangkitan titik-titik farmakofor ini dilakukan dengan
menggunakan alat pharmacophore query.

Gambar berikut adalah gambar hasil

pembangkitan titik-titik farmakofor.

Gambar 6

Pemetaan farmakofor complex-based

Pada pemetaan farmakofor complex-based, dilakukan pada COX-2 selektif. Pada
enzim COX-2 selektif terdapat beberapa ligan yang menjadi bagian-bagian yang dapat

berikatan dengan reseptor. Pada percobaan kali ini, digunakan 3 senyawa yaitu 3MQE,
3NTG, dan 3LN0.
Ketiga senyawa tersebut juga terdiri dari beberapa rantai yang menyusun
strukturnya. Dimana pada rantai-rantai tersebut, terdapat ligan spesifik. Sebelum
dilakukannya pemetaan farmakofor, dilakukan preparasi berupa pemisahan antarantai dari
senyawa-senyawa tersebut. Hal ini dimaksudkan untuk memperoleh ligan yang lebih spesifik
dari suatu senyawa.
Pada senyawa 3MQE, terdapat 3 rantai, yaitu rantai A, B dan C. yang dari masingmasing rantai tersebut terdiri atas protein, ligan dan pelarut. Begitu pula dengan senyawa
3NTG, dan 3LNO.
Dari pemilihan rantai tersebut masih dilakukan penyeleksian lagi pada bagian ligan,
yaitu dengan menghilangkan residu-residu seperti NAG dan BOG. Sehingga pada tiap
rantai bagian ligan, hanya terdiri dari struktur HEM (heme) dan ligannya itu sendiri. Hem
merupakan kofaktor penting dan berperan dalam aktivitas yang ditimbulkan oleh ikatan
antara protein dan ligand sehingga residu hem tetap diikutsertakan. Gambar berikut
merupakan gambar struktur dari ligan-ligan yang memiliki struktur mirip dengan COX-2
sekeltif

http//pdb.org

http//pdb.org

Gambar 7. 3NTG, (D72)

Gambar 8 3MQE, (416)

http//pdb.org
Gambar 9. 52B (3LN0)

Hasil interkasi antara antarsenyawa ligan 3MQE, 3NTG dan 3LN0

Gambar 10

Setelah dilakukannya preparasi pemotongan rantai dari tiap ligan, maka dilakukan
superpose, untuk mengetahui keberadaan ligan yang satu dengan yang lainnya secara 3
dimensi. Dan hasil yang diperoleh adalah seperti gambar berikut.

Gambar 11. Hasil superpose

Kemudian dilakukan perhitungan PLIF (Protein Ligand Interaction Fingerprint)

menggunakan konsep layaknya sidik jari untuk mengetahui interaksi antara ligan dan protein.
Hasil yang diperoleh adalah

Dari hasil penghitungan PLIF ini, diperoleh 1 farmakofor yang mirip, yaitu Ani & Acc & ML
dengan radius 1.000 dan x=27.905; y=16.657; dan z=19.783. Pada percobaan ini tidak
dilakukan pencarian pada senyawa referensi.
Kesimpulan
Hasil pemetaan farmakofor ligand based dan complex based terdapat 3 fitur yang
dianggap penting dari aktivitasnya terhadap enzim COX 2 yaitu Hyd-Acc dan Aro-Hyd pada
pemetaan farmakofor berdasarkn ligan dan

Ani-Acc-ML pada pemetaan farmakofor

complex-based
Daftar Pustaka
Michaux, Cathrine, dkk, 2006, Structure-based pharmacophore of COX-2 selective Inhibitors
and Identification of Original Lead Compounds from 3D Database Searching Method,
1446-1455, (http/sciencedirect.com/ diakses pada tanggal 29 September 2015)
Sreevatsa, A.N., dkk. 2011, Designing Pharmacophores for COX 2 Enzyme: An in Silico
Approach, Vol.4, No.2 (http//sciencedirect.com/ diakses 29 September 2015
Sudarmanto, B.S. Ari, dkk, 2015, Petunjuk Praktikum Kimia Medisinal II, Fakultas Farmasi
UGM, Yogyakarta