Johor pada tahun 1862,iaitu selepas kemagkatan ayahandanya,Temenggung Ibrahim. Baginda diberi gelaran Datuk Temenggung Abu Bakar Seri Maharaja Johor.
Baginda sering ke ENgland untuk
memepelajari cara pemerintahan dan pentadbiran yang baik untuk membangunkan negeri Johor. Pada tahun 1868,Ratu Great Britain telah mengurniakan gelaran Maharaja Johor kepada Sultan Abu Bakar Apabila Sultan Ali daripada keturunan Bendahara mangkat pada tahun 1877,Sultan Abu Bakar diiktiraf sebagai pemerintah