BIOKIMIA

dr. Merry Tiyas A.

 PENDAHULUAN
 Ilmu Biologi  fenomena kehidupan yg
ditandai oleh adanya pertumbuhan dan
reproduksi.
 Ilmu Kimia  benda2 serta proses
perubahannya yg ditinjau berdasar
susunan dan sifat2 atom atau molekul yg
membentuknya serta reaksinya dg benda2
lain.
Perbedaan sudut pandang kimia dan biologi

Disiplin ilmu yg meninjau organisme hidup

serta proses yg terjadi didalamnya scr
kimia

BIOKIMIA
 DEFINISI
 BIOKIMIA  ilmu pengetahuan yg
berkenaan dg dasar kimiawi kehidupan,
yg meliputi:
 Susunan kimia sel
 Sifat senyawa
 Berbagai reaksi kimia yg terjadi dalam sel
 Senyawa2 yg menunjang aktivitas organisme
hidup
 Energi yg diperlukan atau dihasilkan
 TUJUAN
Tujuan utama : pemahaman yg lengkap pd tingkat
molekuler thd semua proses kimiawi yg berhubungan dg
sel hidup.

Manfaat

Pengetahuan biokimia sangat penting bagi semua ilmu

tentang kehidupan termasuk ilmu kedokteran (genetika,
faal, imunologi, farmakologi, toksikologi, patologi,
mikrobiologi, ilmu gizi dll).
 Proses biokimiawi yg normal mrpkn dasar
kesehatan.
 Dari sudut pandang biokimia,
kesehatan  situasi dimana semua reaksi intra
dan ekstra seluler dlm tubuh yg berlangsung pd
tingkatan yg sesuai dg keberhasilan hidup
secara maksimal dlm kondisi faali.
 Semua penyakit mpy dasar biokimia  semua
penyakit mrpkn manifestasi kelainan pd molekul,
reaksi atau proses kimia.
 Ada banyak penelitian tentang penggunaan ilmu
biokimia dlm menentukan tindakan pencegahan,
diagnosis, pengobatan penyakit dan mekanisme
penyakit.
 Penelitian2 biokimia yg berhubungan dg
penyakit, antara lain:
 Mengungkapkan penyebab penyakit
 Menyarankan pengobatan yg rasional serta efektif
 Menyediakan tes skrining utk diagnosis dini
 Membantu pemantauan perkembangan penyakit
 Membantu penilaian reaksi tubuh thd penyakit.
 BIOMOLEKUL
 Tubuh manusia tersusun dari beberapa unsur
yang bergabung membentuk molekul2 dlm
jumlah besar.
 Unsur2 utama : C, H, O dan N
 Biopolimer utama :
 DNA
 RNA
 Protein
 Polisakarida
 Lipid kompleks.
Biomolekul Unsur Fungsi Utama
Pembangun
DNA Deoksinukleotida Bahan genetik
RNA Ribonukleotida Template utk sintesis
protein
Protein Asam amino Banyak sekali (sbg zat
pembangun)
Polisakarida Glukosa Simpanan energi jangka
(glikogen) pendek sbg glukosa
Lipid Asam lemak Banyak sekali,misal:
komponen membran &
simpanan energi jangka
panjang sbg triasil
gliserol
 Komponen utama tubuh manusia:
 Air
 Protein
 Lemak
 Karbohidrat
 Mineral
 Air merupakan komponen utama,
meskipun jumlahnya sangat bervariasi
diantara berbagai macam jaringan.
Presentase air juga cenderung menurun
dg meningkatnya kandungan lemak tubuh.
 BIOENERGETIKA

 Mempelajari perubahan2 energi yg

menyertai reaksi biokimia.
 Sistem biologik pd hakekatnya bersifat
isotermik dan memakai energi kimia utk
memberikan tenaga bagi proses
kehidupan.
 Sumber energi  makanan
 Berbagai sistem biologik sesuai dg Hukum
Termodinamika.
 HUKUM I TERMODINAMIKA

Total energi dalam suatu sistem, termasuk energi

sekitarnya adalah konstan

Dalam keseluruhan sistem tsb tidak ada energi yg

hilang ataupun diperoleh selama reaksi

Hukum penyimpanan energi

 Akan tetapi, energi dapat dialihkan dari
satu bagian ke bagian yg lain atau dpt di
transformasikan mjd bentuk energi yg
lain.

 Contoh: energi kimia  mjd energi panas,

energi listrik, energi pancaran, energi
mekanis dlm berbagai sistem kehidupan.
 HUKUM II TERMODINAMIKA

 Entropi total suatu sistem harus

meningkat bila suatu proses berlangsung
spontan.
 Entropi menggambarkan taraf kelainan
atau keacakan sistem tsb dan mjd
maksimum dlm suatu sistem ketika
mencapai keseimbangan yg sebenarnya.
 Proses-proses yg sangat penting,
mendapatkan energi lewat perangkaian
(coupling) atau penggabungan kimiawi dg
reaksi-reaksi oksidatif.
 Contoh: Konversi metabolit A mjd B tjd
pelepasan energi bebas. Proses ini
dirangkaikan dg reaksi lain dimana energi
bebas diperlukan utk mengubah metabolit
C dan D.
 ATP ( Adenosin trifosfat)
 Merupakan senyawa pembawa atau
senyawa antara energi tinggi yg utama.
 Memainkan peranan pokok dlm proses
penangkapan dan pengalihan energi.
 Merupakan nukleotida khusus yg
mengandung adenin, ribosa dan 3 gugus
fosfat.
 Sebagian energi yg dibebaskan dlm reaksi
penguraian dialihkan kpd reaksi sintesis dlm
bentuk yg bukan panas.
 Eksergonik dan endergonik dipakai utk
menunjukkan bahwa suatu proses disertai
masing2 dg hilangnya atau diperolehnya energi
bebas tanpa peduli akan bentuk energi yg
terlibat.
 Reaksi eksergonik  katabolisme
 Reaksi endergonik  anabolisme

METABOLISME
Pemindahan energi lewat senyawa energi
tinggi pada proses endergonik
Reaksi2 Eksergonik

Energi

Proses2 Endergonik:
Sintesis
Kontraksi otot
Eksitasi saraf
Transportasi aktif
 Organisme autotrofik  merangkaikan
metabolismenya dg proses eksergonik
sederhana tertentu dlm lingkungan
sekitarnya, misal: tumbuhan hijau
menggunakan energi cahaya matahari.
 Organisme heterotrofik  memperoleh
energi bebas melalui perangkaian
metabolismenya dg pemecahan molekul
organik kompleks dlm lingkungannya.
 ATP  peranan pokok dlm pengalihan
energi bebas dari proses eksergonik ke
proses endergonik.
 ATP dlm energetika biokimia  ATP dan
kreatinin fosfat dipecah selama kontraksi
otot, dan resintesis kedua senyawa ini
bergantung pd pasokan energi dari proses
oksidasi dlm otot tsb.
 ADP  mengandung 2 gugus fosfat
berenergi tinggi
 AMP  Fosfat tipe energi rendah krn
mrpkn suatu ikatan ester biasa.
 Fosfat berenergi tinggi bertindak sbg
“penukar energi” pada sel
 ATP dapat bertindak sbg donor fosfat berenergi
tinggi bagi ADP maupun AMP.
 Demikian pula, bila sistem enzimatik yg
diperlukan tersedia, ADP dpt menerima fosfat
berenergi tinggi utk membentuk ATP.
siklus ATP/ADP menghubungkan proses yg
menghasilkan & proses yg menggunakan –P

ATP terus menerus dikonsumsi dan di bentuk

kembali
 Ada 3 sumber utama –P dlm konservasi
energi atau penangkapan energi:
1. Fosforilasi oksidatif  sumber kuantitatif –P
yg paling besar dlm organisme aerobik.
Energi bebas berasal dari oksidasi rantai
respiratorik dlm mitokondria.
2. Glikolisis  Pembentukan 2 –P yg tjd krn
pembentukan laktat dari 1 molekul glukosa.
3. Siklus asam sitrat  1 –P dihasilkan
langsung dlm siklus ini pd tahap suksinil
tiokinase.
 Peranan siklus
ATP/ADP dlm
pengalihan fosfat
berenergi tinggi.
 -P tidak terdapat
dlm keadaaan
bebas tetapi
dialihkan dlm
reaksi.
 Kelompok senyawa lainnya, yaitu fosfagen
 sbg bentuk simpanan fosfat berenergi tinggi.
 Kelompok ini meliputi:
 Kreatin fosfat  terdapat dlm otot serta otak
vertebrata.
 Arginin fosfat  terdapat dlm otot invertebrata
 Dlm kondisi fisiologi, senyawa fosfagen
memungkinkan konsentrasi ATP dipertahankan
dlm otot ketika ATP digunakan dg cepat sbg
sumber energi utk kontraksi otot.
 Sebaliknya, jika jumlahnya banyak maka
konsentrasi ATP dibangun sbg simpanan
fosfat berenergi tinggi.
 Ketika ATP bertindak sbg donor fosfat utk
membentuk senyawa-senyawa dg energi
bebas yg lebih rendah, gugus fosfat selalu
diubah mjd gugus berenergi rendah.
 Misal: gliserolkinase

Gliserol + ATP Gliserol –P+ ADP

 Enzim adenilat kinase (miokinase) terdapat dlm
kebanyakan sel.
 Enzim ini mengkatalisis proses interkonversi ATP
serta AMP dan ADP.
ADENILAT KINASE
 ATP + AMP 2 ADP
 Reaksi ini mempunyai 3 fungsi:
1. Memungkinkan fosfat berenergi tinggi dlm ADP utk
digunakan dlm sintesis ATP.
2. Memungkinkan AMP, yg terbentuk sbg hasil aktivasi yg
melibatkan ATP, utk diperoleh kembali lewat fosforilasi
ulang mjd ADP.
3. Memungkinkan peningkatan konsentrasi AMP ketika ATP
terpakai habis dan bertindak sbg isyarat metabolik utk
menaikkan kecepatan reaksi katabolik  menghasilkan
ATP >>
 Ketika ATP bereaksi membentuk AMP 
terbentuk Pirofosfat anorganik.
 Senyawa Nukleosida trifosfat lainnya
mengambil bagian dlm pengalihan fosfat
berenergi tinggi.
 Dg bantuan enzim nukleosida difosfat
kinase  senyawa nukleosida trifosfat yg
serupa dg ATP tp mengandung basa lain
yg bukan adenin, dpt disintesis dari
senyawa-senyawa difosfatnya.
 Misal:
nukleosida difosfat kinase

ATP + UDP ADP + UTP

(uridin trifosfat)
ATP + GDP ADP + GTP
(guanosin trifosfat)
ATP + CDP ADP + CTP
(sistidin trifosfat)
 Demikian pula, enzim nukleosida monofosfat
kinase  khas utk setiap nukleosida purin atau
pirimidin, mengkatalisis pembentukan
senyawa2 nukleosida difosfat dari senyawa2
monofosfat yg bersesuaian.
 Contoh: nukleosida monofosfat kinase

ATP + Nukleosida –P ADP + Nukleosida –P –P

 Jadi, enzim adenilat kinase mrpkn enzim
monofosfat kinase yg mpy fungsi khusus.
 OKSIDASI BIOLOGI
 Pengeluaran elektron dan reduksi perolehan
elektron.
misal: oksidasi ion ferro mjd ferri.
 Dg demikian, oksidasi selalu disertai reduksi
akseptor elektron.
 Prinsip oksidasi – reduksi  berlaku juga pd
sistem biokimia dan mrpkn konsep penting dlm
pemahaman tentang sifat oksidasi biologi.
 Banyak oksidasi biologi dpt berlangsung tanpa
peran serta molekul oksigen, misal
dehidrogenasi.
 Bakteri anaerob  mampu hidup tanpa
oksigen
 Makhluk aerob  mutlak tergantung pd
pasokan oksigen.
 Penggunaan utama oksigen  proses
respirasi  proses pengambilan energi dlm
bentuk ATP dari reaksi terkendali hidrogen dg
oksigen yg membentuk air.
 Enzim yg terlibat dlm proses oksidasi dan
reduksi  oksidoreduktase.
 Enzim oksidoreduktase dibagi mjd 4
kelompok:
1. Oksidase
2. Dehidrogenase

3. Hidroperoksidase

4. Oksigenase
 Enzim Oksidase
 Enzim oksidase mengkatalisis pengeluaran
hidrogen menggunakan oksigen sbg
akseptor hidrogen. Membentuk air atau
hidrogen peroksida sbg produk reaksi.
 Sebagian enzim oksidase mengandung
tembaga.
Sitokrom oksidase  hemoprotein yg
banyak terdapat dlm jaringan tumbuhan
dan hewan  dlm mitokondria.
 Enzim2 oksidase merupakan flavoprotein.
 mengandung flavin mononukleotida
(FMN) atau flavin adenin dinukleotida
(FAD) sbg gugus prostetik.
 FMN dan FAD terbentuk dlm tubuh dari
vitamin riboflavin.
 contoh:
 Oksidase asam L-amino
 Xantin oksidase

 Glukosa oksidase
 Enzim Dehidrogenase
 Fungsi utama:
 Pengalihan hidrogen dari substrat yg satu ke substrat
yg lain dlm reaksi oksidasi – reduksi.
 Sbg komponen dlm rantai respiratorik pengangkutan
elektron dari substrat ke oksigen.
 Sebagian Enzim dehidrogenase bergantung pd
koenzim nikotinamida.
 NAD (nikotinamida adenin dinukleotida) atau
NADP (nikotinamida adenin dinukleotida
fosfat) yg terbentuk dlm tubuh dari vitamin
niasin.
 Enzim dehidrogenase yg berikatan -NAD
 mengkatalisis reaksi oksidoreduksi dlm
lintasan oksidatif metabolisme.
 khususnya dlm glikolisis, siklus asam
sitrat, dan dlm rantai respiratorik dlm
mitokondria.
 Enzim dehidrogenase yg berikatan -NADP
ditemukan scr khas dlm sintesis reduktif
seperti dlm lintasan ekstramitokondria
pd sintesis asam lemak dan sintesis
steroid.
 Enzim dehidrogenase lainnya bergantung pd
riboflavin.
 berhubungan dg pengangkutan elektron di
dlm rantai respiratorik.
 Sitokrom dapat pula dianggap sbg enzim
dehidrogenase, kecuali sitokrom oksidase.
 dlm rantai respiratorik enzim2 tsb sbg
pembawa elektron dari flavoprotein ke
sitokrom.
 enzim sitokrom mrpkn hemoprotein yg
mengandung besi, dimana atom besi berubah2
selama oksidasi dan reduksi.
 Enzim Hidroperoksidase
 Menggunakan hidrogen peroksida atau
peroksida organik sbg substrat.
 Ada 2 tipe : peroksidase dan katalase
 Melindungi tubuh thd senyawa2 peroksida
yg berbahaya  penumpukan senyawa2
peroksida dpt menghasilkan radikal bebas
 merusak membran sel  kanker serta
aterosklerosis.
 Enzim peroksidase mereduksi senyawa2
peroksida dg menggunakan bbrp substansi sbg
akseptor elektron.
 contoh: dalam eritrosit, ezim glutation
peroksidase yg mengandung selenium sbg
gugus prostetik

Mengkatalisis penghancuran H2O2 dan

senyawa2 hidroperoksida lipid dg glutation
tereduksi.

Perlindungan membran lipid serta hemoglobin

thd oksidasi oleh senyawa2 peroksida.
 Enzim katalase menggunakan hidrogen
peroksida sbg donor dan akseptor elektron.
 mrpk hemoprotein yg mengandung 4
gugus heme.
 ditemukan dlm darah, sumsum tulang,
membran mukosa, ginjal dan hati.
 berfungsi utk penghancuran
hidroksiperoksida yg terbentuk oleh kerja
enzim2 oksidase.
 Enzim Oksigenase
 Mengkatalisis pengangkutan langsung
dan penyatuan oksigen ke dlm molekul
substrat.
 Berlangsung dlm 2 tahap:
1. Pengikatan oksigen dg enzim pd tempat aktif
2. Reaksi dimana oksigen yg terikat direduksi atau
dialihkan ke substrat
 Enzim oksigenase dibagi 2 subkelompok:
 Enzim dioksigenase
 Enzim monooksigenase
 Enzim dioksigenase (oksigen transferase,
oksigenase sejati)
 menyatukan kedua atom oksigen ke
dlm substrat.
 reaksi dasar: A + O2 AO2
 Enzim monooksigenase (oksidase fungsi –
campuran, hidroksilase)
 menyatukan hanya satu atom oksigen
ke dlm substrat.
 A – H + O2 + ZH2 A – H + H2O + Z
 FOSFORILASI OKSIDATIF
 Mitokondria  pusat energi sel

berlangsung sebagian besar

peristiwa penangkapan energi yg berasal
dari oksidatif respiratorik.
 Sistem dlm mitokondria yg merangkaikan
respirasi dg produksi zat antara berenergi tinggi
(ATP)

fosforilasi oksidatif
 Fosforilasi oksidatif memungkinkan organisme
aerob utk menangkap energi bebas yg tersedia
dari substrat respiratorik dlm proporsi yg jauh
lebih besar bila dibandingkan dg organisme
anaerob.
 Sejumlah obat (misal amobarbital) dan racun
(misal sianida, CO) menghambat fosforilasi
oksidatif  berakibat fatal.
 Sejumlah kelainan bawaan pd mitokondria yg
meliputi rantai respirasi dan fosforilasi oksidatif
miopati, ensefalopati yg sering dg laktasidosis.
 Semua energi bermanfaat dibebaskan
selama oksidasi asam lemak dan AA
 Hampir seluruh energi yg dilepaskan dari
oksidasi KH  tersedia dlm mitokondria
sbg ekuivalen pereduksi (-H atau elektron)
 Mitokondria berisi rangkaian katalisator
 rantai respirasi

mengumpulkan, mengangkut
ekuivalen pereduksi &
mengarahkannya pd reaksi akhir dg
O2 utk membentuk air.
 Sistem yg tdpt juga dlm mitokondria adl
sistem utk menangkap energi bebas yg
dilepaskan sbg fosfat berenergi tinggi.
 Mitokondria jg mengandung berbagai
sitem enzim  bertanggungjawab
memproduksi sebagian besar ekuivalen
pereduksi tinggi pertama yaitu enzim2
oksidase β dan siklus asam sitrat.
 Siklus asam sitrat mrpkn lintasan
metabolisme umum terakhir utk proses
oksidasi semua bahan makanan utama.
 Peranan rantai
respirasi dlm
mitokondria 
mengubah energi
makanan mjd ATP.
 Oksidasi bahan
makanan utama
menghasilkan
ekuivalen pereduksi
(2H) yg
dikumpulkan oleh
rantai respirasi utk
proses oksidasi dan
produksi ATP yg
terangkai.
 Rantai respirasi bertanggung jawab atas
sebagian besar energi yg tertangkap dlm
metabolisme (pembentukan total ATP).
 ADP  molekul yg menangkap, dlm bentuk
fosfat berenergi tinggi.
 ATP yg dihasilkan menghantarkan energi
bebas ini utk menggerakkan semua proses yg
memerlukan energi.

ATP disebut juga sbg “alat tukar”

energi pd sel
 Pengendalian respiratorik menjamin
pasokan ATP yg tetap.
 Laju respirasi mitokondria dpt dikendalikan
oleh konsentrasi ADP  oksidasi tdk dpt
berlangsung lewat rantai respirasi bila saat yg
bersamaan tdk tjd fosforilasi ADP.
 Chance dan William menentukan batas 5
keadaan yg dpt mengendalikan laju respirasi
dlm mitokondria.
 Umumnya, sel dlm keadaan istirahat berada
dlm status 4, dan respirasi dikendalikan oleh
tersedianya ADP.
 Status pengendalian respirasi
Berbagai kondisi yg membatasi laju
respirasi

Status 1 Tersedianya ADP dan substrat

Status 2 Tersedianya substrat saja
Status 3 Kapasitas rantai respirasi sendiri,
kalau semua substrat dan
komponen tdpt dlm jml yg jenuh
Status 4 Tersedianya ADP saja
Status 5 Tersedianya oksigen saja
 Proses oksidatif biologik memungkinkan
tersedianya dan ditangkapnya energi
bebas yg dihasilkan dari oksidasi bahan
makanan tsb  bersifat bertahap, efisien
serta terkendali.
 Sisa energi bebas yg tdk ditangkap sbg
fosfat berenergi tinggi akan dibebaskan
dlm bentuk panas.
 Bentuk energi ini tdk dianggap sbg
“buangan” krn menjamin sistem respirasi
sbg satu kesatuan agar cukup eksergonik
utk keluar dari keseimbangan shg
memungkinkan aliran satu arah yg
berkesinambungan dan penyediaan ATP
yg konstan.
 Pd hewan berdarah panas, energi panas
turut berperan dlm mempertahankan suhu
tubuh.
 Banyak zat racun yg merupakan inhibitor
rantai respirasi.
 Zat2 inhibitor dibagi mjd inhibitor rantai
respirasi, inhibitor fosforilasi oksidatif dan
pemutus rangkaian (uncoupler) fosforilasi
oksidatif.
 Zat2 inhibitor yg menghentikan respirasi
bekerja pd 3 tempat:
1. Dihambat oleh jenis preparat barbiturat,
2. AB pierisidin A
3. oleh racun ikan rotenon.
mencegah oksidasi substrat yg berhubungan
langsung dg rantai respirasi lewat enzim
dehidrogenase yg berikatan –NAD.
 Dimercaprol dan antimisin A menghambat
rantai respirasi diantara sitokrom b dan c.
 Racun klasik spt H2S, CO dan CN 
menghambat kerja enzim sitokrom oksidase.
 Karboksin dan TFFA scr khas menghambat
pengalihan sejumlah ekuivalen pereduksi dari
suksinat dehidrogenase kpd koenzim Q
 Malonat mrpkn inhibitor kompetitif enzim
suksinat dehidrogenase.
 AB Oligomisin  blokade total proses oksidasi
dan fosforilasi dlm mitokondria.
 Dg zat pemutus rangkaian dinitrofenol 
oksidasi dpt berlangsung tanpa fosforilasi
 Atraktilosid menghambat fosforilasi oksidatif
yg bergantung pd pengangkutan senyawa2
nukleotida adenin lewat membran interna
mitokondria  menghambat pengangkutan ADP
ke dlm mitokondria dan ATP keluar mitokondria.
 Kerja uncoupler  memisahkan proses oksidasi
dlm rantai respirasi dg proses fosforilasi

respirasi mjd tak terkendali

krn konsentrasi ADP tdk lg
membatasi laju respirasi.
 Contoh zat uncoupler:
 2,4 dinitrofenol  paling sering digunakan
 dinitrokresol
 Pentaklorofenol
 CCCP ( m klorokarbonil sianida fenilhidrazon)
 senyawa ini 100 kali lebih aktif dari pada
dinitrofenol.