Dogma Central Genetika Molekuler

•April 16, 2008 • 6 Komentar

Yang dimaksud Dogma Central di sini adalah semua informasi terdapat pada DNA, kemudian
akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan sebagian informasi
pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui proses yang disebut
translasi.

Berikut adalah mekanisme prosesnya :

TRANSKRIPSI

Ini merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya proses tersebut akan
berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk mempelajari
biologi molekuler tahap dasar yang harus kita ketahui adalah bagaimana mekanisme sintesis
protein sehingge dapat terekspresi sebagai fenotip.

Transkripsi merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA templat. Proses ini terjadi pada
inti sel (nukleus) tepatnya pada kromosom.
Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu : DNA templat yang terdiri atas basa
nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S) ; enzim RNA polimerase ; faktor-
faktor transkripsi, prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai penginduksi).
Hasil dari proses sintesis tersebut adalah tiga macam RNA, yaitu mRNA messeger RNA), tRNA
(transfer RNA), rRNA (ribosomal RNA).
Sebelum itu saya akan memaparkan terlebih dahulu bagian utama dari suatu gen. Gen terdiri atas
: promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang mengkode suatu sifat yang akan
diekspresikan), dan terminator.
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas : beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada struktur
beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. Struktur sigma untuk
mengarahkan agar RNA polimerase holoenzim hanya menempel pada promoter. Bagian yang
disebut core enzim terdiri atas alpha, beta, dan beta-prime.

Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :

1. Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi di bagian hulu (upstream) dari
gen yaitu promoter. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow (TATA
box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada promoter. Tahapannya
dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks promoter
terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA polimerase
karena struktur sigma dilepas dari kompleks holoenzim.

2. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah elongasi. Pemanjangan di sini adalah pemanjangan nukleotida. Setelah
RNA polimerase menempel pada promoter maka enzim tersebut akan terus bergerak sepanjang
molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks. Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan
secara kovalen pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk. Misalnya nukleotida DNA
cetakan A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya. Laju
pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA berrkisar antara 30 – 60 nukleotida per detik.
Kecepatan elongasi tidak konstan.

3. Terminasi (pengakhiran)
Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika menemui
nukleotida tertentu berupa STOP kodon. Selanjutnya RNA terlepas dari DNA templat menuju
ribosom.

TRANSLASI

Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah translasi. Translasi merupakan suatu proses
penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam
amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Yang diperlukan dalam proses translasi adalah : mRNA, ribosom, tRNA, dan asam amino.
Sebelumnya saya terlebih dahulu akan menjelaskan tentang struktur ribosom. Ribosom terdiri
atas subunit besar dan kecil. Bila kedua subunit digabung akan membentuk suatu monosom.
Subunit kecil mengandung sisi Peptidil (P), dan Aminoasil (A). Sedangkan subunit besar
mengandung Exit (E), P, dan A. Kedua subunit tersebut mengandung satu atau lebih molekul
rRNA. rRNA sangat penting untuk mengidentifikasi bakteri pada tataran biologi molekuler, pada
prokariot 16 S dan eukariot 18 S.

Seperti halnya transkripsi, pada translasi juga dibagi dalam tiga tahap :

1. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan hal ini menyebabkan tRNA teraktivasi atau peristiwa
ini disebut amino-asilasi. Proses amino-asilasi ini dikatalisis oleh enzim tRNA sintetase.
Kemudian ribosom mengalami pemisahan menjadi subunit besar dan kecil. Subunit kecil
selajutnya melekat pada molekul mRNA dengan kodon awal tempat menempel : 5’ – AGGAGG
– 3’. Urutan tempat menempelnya subunit kecil disebut urutan Shine-Dalgarno. Subunit kecil
dapat menempel pada mRNA bila ada IF-3. Pembentukan kompleks IF-2/tRNA-fMet dan IF-
3/mRNA-fMet disebut asam amino N-formilmetionin dan memerlukan banyak GTP sebagai
sumber energi. tRNA-fMet kemudian menempel pada kodon pembuka P subunit kecil.
Selanjutnya Subunit besar menempel pada subunit kecil. Pada proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas
dan GTP dihidrolisis menjadi GDP, dan siap melakukan elongasi.

2. Elongasi
Perbedaan pada proses transkripsi, pada translasi asam amino yang dipanjangkan. Tahapan yang
dilakukan pada proses elongasi, pertama adalah pengikatan tRNA pada sisi A yang ada di
ribosom. Pemidahan tersebut akan membentuk ikatan peptida.

3. Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG)
yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal penghentian
proses translasi tersebut dikenali oleh suatu protein yang disebut release factor (RF). Penempelan
RF pada kodon terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil transferase yang menghidrolisis
ikatan antara polipeptida dng tRNA pada sisi P dan menyebabkan tRNA yang kosong mengalami
translokasi ke sisi E (exit).

Itulah tadi mekanisme proses transkripsi maupun translasi. Proses selanjutnya adalah protein
tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotip.

Ditulis dalam biomol

Tag: biomol

Analisis Molekuler
•April 14, 2008 • Tinggalkan sebuah Komentar

Analisis molekuler tersebut dapat berupa analisis asam nukleat maupun analisis protein. Di sini
saya akan menjelaskan sekilas saja tentang beberapa metode dalam analisis molekuler, karena
analisis lebih lanjut akan saya jelaskan secara spesifik lagi.

Beberapa metode analisis molekuler diantaranya adalah :

1. Proteomic
2. Immunohistokimia
3. Southern Blot
4. Northern Blot
5. Western Blot
6. Insituhibridization
7. Immunoflourescence
8. Apoptosis
9. PCR

Pada analisis asam nukleat yaitu utamanya adalah DNA, terdapat tiga macam analisis. Analisis
pertama adalah analisis keberadaan (uji kualitatif) dengan metode insituhibridization. Metode
tersebut pada prinsipnya adalah dihibridisasi dengan probe, yaitu hibridisasi DNA pada sayatan
histologi metode parafin dengan menggunakan probe RNA. Mekanismenya kurang lebih suatu
jaringan dihomogenkan – isolasi DNA – elektroforesis – dibloting ke dalam nitroselulose –
dihibridisasi dengan RNA yang akan diukur – band hasil hibridisasi diukur kadarnya dengan
densitometri. Analisis kedua adalah mengukur kadar dengan Southern Blot. Dan yang terakhir
adalah sequensing nukleotida dengan menggunakan PCR.

Analisis asam nukleat selanjutnya adalah analisis RNA. RNA dalam hal ini adalah mRNA
(mesegger RNA). Analisisnya ada dua yaitu, analisis secara kualitatif dengan insituhibridization
dan analisis secara kuantitatif dengan Nouthern Blot.

Selain asam nukleat, metode analisis molekuler juga berlaku pada protein. Analisis pada protein
diantaranya secara kualitatif dengan imunohistokimia dan imunoflourescence. Imunohistokimia
di sini yang diuji adalah antigennya, dengan primernya adalah antibody. Begitu halnya untuk
mengetahui lokalisasi protein dengan imunohistokimia dan imunoflourescence. Sedangkan
analisis kuantitatif dengan menggunakan Western Blot. Dan yang terakhir sequencing asam
amino dengan proteomic

Ditulis dalam biomol

Tag: biomol

Molecular Biology
•April 14, 2008 • 1 Komentar

What is molecular biology? Saya akan memberi gambaran sedikit pada anda apa itu biologi
molekuler. Biologi molekuler adalah salah satu bentuk aplikasi dari ilmu biologi, khususnya
bioteknologi. Yang dipelajari pada biologi molekuler di sini adalah sesuatu pada mahluk hidup
pada tingkatan molekuler-nya, misalnya saja adalah asam nukleat yang meliputi DNA dan RNA,
karbohidrat, lemak (lipid), dan protein. Tujuan dari kita mempelajari biologi molekuler adalah
selain kita dapat memahami mekanisme yang terjadi dalam tubuh kita secara mendetail, kita juga
dapat mengaplikasikannya dengan melakukan rekayasa genetika modern dan tentu saja hal itu
dilakukan untuk meningkatkan kesejahteraan manusia. Misalnya dengan membuat tanaman
transgenik, membuat vaksin dari suatu penyakit, dan masih banyak lagi. Biologi molekuler
dewasa ini sedang dilakukan oleh negara-negara maju, dan memang pada kenyataannya ilmu ini
sangat penting. Karena untuk mempelajari suatu mekanisme kehidupan biologi saat ini sudah
mencapai pada tataran molekuler, bukan lagi jaringan atau seluler saja. Dengan mengutak-atik
suatu gen tertentu, tanaman transgenik atau vaksin penyakit berbahaya dapat dibuat. Lalu apakah
itu tidak melanggar etika? Hal ini memang sering sekali diperdebatkan. Dan saya rasa ada suatu
kesalah pahaman di sini. Maksud saya adalah kebanyakan orang pasti akan berpikir kita nanti
akan bisa membuat dinosaurus lagi atau membuat manusia dengan biologi molekuler. Hal ini
mungkin saja terjadi secara teori. Akan tetapi pada kenyataanya hal ini sangat sulit terjadi.
Jangankan kita membuat manusia, membuat satu sel hidup saja kita tidak mampu. Sejauh ini saja
mikroba yang sudah kita ketahui urutan genetiknya adalah E.coli dan Bacillus. Dan sampai
sejauh ini pula senyawa yang dapat kita buat secara sintetik (dalam skala pabrik) hanya sebatas
amonia saja karena mempunyai struktur kimia sangat sederhana yaitu NH4. Padahal untuk
membuat satu sel, harus ada DNA, RNA, protein, lipid, yang mempunyai struktur kimia yang
sangat kompleks. Seperti pada teori pembentukan mahluk hidup, unsur yang paling penting
dalam pembentukan mahluk hidup adalah C, H, O, N. Lalu bagaimana dengan domba dolly?
Memang pada beberapa tahun yang lalu para ilmuwan telah dapat melakukan klonning domba
yang diberi nama domba Dolly. Tetapi domba Dolly tidak dapat bertahan lama. Sehingga dari
sini kita dapat mengetahui bahwa kemungkinan keberhasilan dari hasil klonning saat ini adalah
sangat kecil. Jadi bisakah kita membuat manusia dengan mudah??? Masih banyak yang harus
kita pelajari lebih lanjut, utamanya pada bidang biologi molekuler.

Ditulis dalam biomol

Tag: biomol

Fertilization
•April 14, 2008 • 7 Komentar

Bahasan yang akan saya paparkan di sini memang tidak termasuk dalam bidang biologi
molekuler. Akan tetapi, ini adalah pengetahuan dasar yang harus kita ketahui apabila kita akan
mengklon manusia misalnya. Karena dengan mengetahui proses fertilisasi, kita akan dapat
memperkirakan bagian mana atau pada tahap apa kita dapat melakukan klon.

Fertilisasi adalah proses fusi atau peleburan spermatozoa dan ovum.

Sekedar informasi sebelum saya menjelaskan lebih lanjut adalah :

• Sperma manusia yang dikeluarkan saat ejakulasi sekitar 120 – 140 juta/ml.

• Pada manusia, ovum yang siap dimasuki spermatozoa pada saat pembelahan kromosom
di dalam ovum mengalami metafase (pada meiosis I). Sebelum metafase sperma masih
belum bisa masuk. Dan pada saat metafase, sperma baru bisa menempel pada ovum,
kemudian spermatozoa memberi rangsangan pada ovum agar dapat masuk ke dalam
ovum dan menyempurnakan prosesnya menjadi anafase, telofase, yang nantinya sperma
akan bertemu dengan inti ovum.

• Fertilisasi hingga dapat menjadi suatu embrio harus dilakukan oleh satu sperma. Lebih
dari satu sperma tidak dapat membuahi satu ovum. Apabila hal itu terjadi embrio tidak
akan terbentuk dan mengalami degradasi. Mengapa hal itu terjadi? Kita akan
mengetahuinya nanti.

Tahapan-tahapan yang terjadi pada fertilisasi adalah sebagai berikut :

Kapasitasi Spermatozoa dan Pematangan Spermatozoa

Kapasitasi Spermatozoa merupakan tahapan awal sebelum fertilisasi. Sperma yang dikeluarkan
dalam tubuh (fresh ejaculate) belum dapat dikatakan fertil atau dapat membuahi ovum apabila
belum terjadi proses kapasitasi. Proses ini ditandai pula dengan adanya perubahan protein pada
seminal plasma, reorganisasi lipid dan protein membran plasma, Influx Ca, AMP meningkat, dan
pH intrasel menurun.

Perlekatan spermatozoa dengan Zona Pelucida

Zona pelucida merupakan zona terluar dalam ovum. Syarat agar sperma dapat menempel pada
zona pelucida adalah jumlah kromosom harus sama, baik sperma maupun ovum, karena hal ini
menunjukkan salah satu ciri apabila keduanya adalah individu yang sejenis. Perlekatan sperma
dan ovum dipengaruhi adanya reseptor pada sperma yaitu berupa protein. Sementara itu suatu
glikoprotein pada zona pelucida berfungsi seperti reseptor sperma yaitu menstimulasi fusi
membran plasma dengan membran akrosom (kepala anterior sperma) luar. Sehingga terjadi
interaksi antara reseptor dan ligand. Hal ini terjadi pada spesies yang spesifik.

Reaksi Akrosom
Reaksi tersebut terjadi sebelum sperma masuk ke dalam ovum. Reaksi akrosom terjadi pada
pangkal akrosom, karena pada lisosom anterior kepala sperma terdapat enzim digesti yang
berfungsi penetrasi zona pelucida. Mekanismenya adalah reseptor pada sperma akan membuat
lisosom dan inti keluar sehingga akan merusak zona pelucida. Reaksi tersebut menjadikan
akrosom sperma hilang sehingga fusi sperma dan zona pelucida sukses.

Penetrasi Zona Pelucida

Setelah reaksi akrosom, proses selanjutnya adalah penetrasi zona pelucida yaitu proses dimana
sperma menembus zona pelucida. Hal ini ditandai dengan adanya jembatan dan membentuk
protein actin, kemudian inti sperma dapat masuk. Hal yang mempengaruhi keberhasilan proses
ini adalah kekuatan ekor sperma (motilitas), dan kombinasi enzim akrosomal.

Bertemunya Sperma dan Oosit

Apabila sperma telah berhasil menembus zona pelucida, sperma akan menenempel pada
membran oosit. Penempelan ini terjadi pada bagian posterior (post-acrosomal) di kepala sperma
yang mnegandung actin. Molekul sperma yang berperan dalam proses tersebut adalah berupa
glikoprotein, yang terdiri dari protein fertelin. Protein tersebut berfungsi untuk mengikat
membran plasma oosit (membran fitelin), sehingga akan menginduksi terjadinya fusi.

Aktivasi Ovum Sebelum Sperma Bertemu Oosit

Ovum pada kondisi metafase sebelum bertemu dengan sperma harus diaktifkan terlebih dahulu.
Faktor yang berpengaruh karena adanya aktivasi ovum adalah konsentrasi Ca, kelengkapan
meiosis II, dan Cortical Reaction, yaitu reaksi yang terjadi pada ovum, eksosotosis, dan granula
pendek setelah fusi antara sperma dan oosit.

Reaksi Zona untuk Menghadapi Sperma yang Masuk Setelah Penetrasi

Reaksi ini dikatalisis oleh protease yaitu mengubah struktur zona pelucida supaya dapat
memblok sperma. Protein protease akan membuat zona pelucida mengeras dan menghambat
sperma lain yang masuk zona pelucida. Melalui proses inilah ovum menyeleksi sperma dan
hanya satu sperma yang masuk dalam ovum. Sehingga apabila sudah ada satu sperma yang
masuk, dengan sendirinya ovum akan memblok sperma lain yang ingin masuk dalam ovum.
Akan tetapi apabila ovum tidak dapat memblok sperma lain yang masuk, maka sperma yang
masuk akan lebih dari satu. Hal ini menyebabkan rusaknya reseptor sperma dan kondisinya
menjadi toxic sehingga akan terjadi gagal embrio. Keadaan seperti ini dinamakan Polyspermy.

Fertilisasi
Sperma dan ovum akhirnya berfusi dan fertilisasi terjadi. Akhir dari fertilisasi akan terbuntuk
suatu zigot, embrio, kemudian individu baru.

Kurang lebih seperti itulah tahapan-tahapan dalam proses fertilisasi. Seperti yang saya katakan
sebelumnya, ini adalah pengetahuan kita apabila ingin melakukan rakayasa genetika pada
reproduksi manusia. Misalnya saja, saat ini telah ada teknologi bayi tabung, dimana prosesnya
beracuan pada proses fertilisasi ini. Pada intinya teknologi bayi tabung bermula dari spermatid
yang telah dewasa (dari epitel tubulus seminiferus) diambil sedikit kemudian diinjeksikan ke
ovum langsung. Sehingga pada prosesnya tidak melalui fertilisasi yang panjang. Karena
mungkin saja kondisi sperma tidak dapat melakukan tahapan-tahapan tersebut, atau karena
adanya faktor lain yang mendukung sperma tersebut mati sebelum bertemu ovum. Kemudian,
apabila pasangan suami-istri normal terjadi gagal embrio, mungkin saja terjadi polyspermy,
dimana terdapat lebih dari satu sperma yang membuahi ovum.

Ditulis dalam animal reproduction

Genetika adalah suatu ilmu yang mempelajari tentang keturunan. Pada bagian ini akan dibahas
garis besar genetika sebagai konsep dasar biologi molekuler. Genetika sebagai suatu disiplin
ilmu kaya akan sejarah penemuan dan investigasi mulai dari berbagai molekul (protein, DNA
dan RNA), sel, organisme, dan populasi, melalui berbagai pendekatan penelitian. Tidak hanya
informasi genetik yang berperan sebagai significant role selama evolusi, tetapi juga pengaruh
ekspresi dari peran individual di semua level. Apabila saat ini era proteonomic telah membuka
era baru di dunia IPTEK, maka untuk menuju era proteonomic ini kita perlu mengetahui konsep
dasar dari genetika secara molekuler. Mengapa demikian? Karena proteonomic merupakan
gabungan kajian protein dan genomic yang menggunakan berbagai teknik analisis modern.

Charles Darwin dengan teori evolusinya mengulas secara lugas dalam buku The Origin of
Species tentang seleksi alami selama proses evolusi berlangsung dan buku keduanya Variation in
Animals and Plants under Domestication. Evolusi terjadi bukan hanya karena seleksi alam akibat
perubahan lingkungan saja tetapi juga perubahan di tingkat seluler maupun molekuler dari suatu
organime. Pengukuran tingkat evolusi pada mulanya hanya diukur tingkat morfologinya saja,
tetapi hal ini menyebabkan kekeliruan dalam penentuan filogenetik suatu populasi organisme.
Padahal kita tahu bahwa mutasi pada urutan DNA dapat mempengaruhi ekspresi dari protein,
baik struktur dan/atau fungsi protein bisa berubah akibat mutasi tersebut.

Gregor Johann Mendel dengan prinsip segregasi keturunan yang dikenal sebagai Prinsip Mendel
mengungkap bahwa gen adalah unit terkecil yang diturunkan dari generasi ke generasi. Gen-gen
ini dikemas dalam suatu wahana yang dikenal sebagai kromosom. Segregasi berlangsung secara
random dan independen, sehingga diperoleh variasi genetik di dalam suatu populasi. Adanya
crossing-over, back-cross, inbreeding atau outbreeding menyumbang terjadinya variabiltas
genetik maupun pembentukan gene pool baru dari suatu populasi.

Segitiga trinitas genetika molekuler terdiri dari DNA, RNA dan Protein telah kita kenal sebagai
dogma sentral. Molekul DNA sebagai pembawa materi genetik bagi hampir semua mahluk
hidup kecuali beberapa virus. DNA diterjemahkan dalam bentuk mRNA kemudian dioleh pada
proses translasi untuk produksi protein yang fungsional. Dogma sentral ini berubah sejak
penemuan RNA sebagai bahan genetik dari virus dapat membetuk cDNA dengan enzim reverse
transcriptase. Kemudian cDNA ini akan melanjutkan sintesis protein seperti normalnya.
Penemuan ini menjadi dasar pengembangan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dalam
membuat cDNA secara in vitro dengan teknik reverse transcription Polymerase Chain Reaction
(RT-PCR).

Penelitian genetika makin berkembang setiap tahunnya, sejak penemuan double helix DNA dari
Watson-Crick, para peneliti semakin tergubah untuk membuka cakrawala baru di bidang
genetika molekuler. Penemuan-penemuan enzim-enzim restriksi, teknik-teknik manipulasi gen
dan rekayasa genetik, pengembangan kultur sel terutama stem cells culture, pembuatan hewan
transgenik dan knockout untuk lebih memperdalam fungsi dari suatu gen, dan akhirnya
pengembangan teknik-teknik di bidang proteonomic dan nano technology.

Kromosom, DNA, Gen

Era penemuan materi genetik telah dibuka oleh F Miescher dengan menggunakan mikroskop
sederhana, dia telah menetapkan bahwa bahan aktif yang ada di dalam nukleus disebut sebagai
nuclein. Peneliti ini belum bisa menetapkan apakah nuclein ini kromosom ataukah DNA.
Kromosom ditemukan pada awal abad ke 19 merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel
eukariot yang nampak pada saat sel mulai membelah. Kromosom berjumlah diploid pada setiap
selnya, dan pada autosomal maupun seks-kromosom membawa gen-gen yang berpasangan,
kecuali pada kromosom-Y.

Gena adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam material genetik
organisme, yang kita kenal sebagai molekul DNA, atau RNA pada beberapa virus, dan
ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti perkembangan fisik atau
perilaku dari organisme itu. Gena tersusun atas daerah urutan basa nukleotida baik yang
mengkode suatu informasi genetik (coding-gene region as exon) dan juga daerah yang tidak
mengkode informasi genetik (non-coding-gene region as intron), hal ini penting untuk
pembentukan suatu protein yang fungsinya diperlukan di tingkat sel, jaringan, organ atau
organisme secara keseluruhan.

Molekul DNA membawa informasi hereditas dari sel dan komponen protein (molekul-molekul
histon) dari kromosom mempunyai fungsi penting dalam pengemasan dan pengontrolan molekul
DNA yang sangat panjang sehingga dapat muat didalam nucleus dan mudah diakses ketika
dibutuhkan. Selama reproduksi, Jumlah kromosom yang haploid dan material genetik DNA
hanya separoh dari masing-masing parental, dan disebut sebgai genom.

2.2 Struktur DNA

Pada tahun 1953, James Watson and Francis Crick telah membuka wawasan baru tentang
penemuan model struktur DNA. Publikasi dari model double heliks DNA ini disusun
berdasarkan penemuan:

1. Penemuan struktur asam nukleat dari Pauling & Corey

2. Pola difraksi DNA (Single-crystal X-ray analysis) dari Wilkins & Franklin
3. Pola perbandingan jumlah A-T, G-C (1:1) dari Chargaff atau dikenal sebagai Hukum
Ekivalen Chargaff:
o Jumlah purin sama dengan pirimidin
o Banyaknya adenin sama dengan timin, juga jumlah glisin sama dengan sitosin.

DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara kovalen membentuk rantai
polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA) dengan tulang punggung gula-fosfat tempat
melekatnya basa-basa. Dua rantai polinukleotida saling berikatan melalui ikatan hydrogen antara
basa-basa nitrogen dari rantai yang berbeda. Semua basa berada di dalam double helix dan
tulangpunggung gula-fosfat berada di bagian luar. Purin selalu berpasangan dengan pirimidin
(A-T, G-C). Perpasangan secara komplemen tersebut memungkinkan pasangan basa dikemas
dengan susunan yang paling sesuai. Hal ini bisa terjadi bila kedua rantai polinukleotida tersusun
secara antiparalel.

Untuk memaksimumkan pengemasan pasangan basa tersebut, kedua tulangpunggung gula-fosfat

tersebut berpilin membentuk double heliks, dengan satu putaran komplementer setiap 10 pasang
basa. Polaritas dari rantai DNA ditunjukkan dengan sebutan ujung 5’ dan ujung 3’. Arah
pembacaan basa nukleotida dari ujung-5’ menuju ujung-3’. Jarak antara nukleotida satu dengan
berkutnya adalah 3.4 nm. Ujung 3’ membawa gugus –OH bebas pada posisi 3’ dari cincin gula,
dan ujung 5’ membawa gugus fosfat bebas pada posisi 5’ dari cincin gula.

DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena masing-masing untai mengandung sekuen
nukleotida yang persis berkomplemen dengan sekuen untai pasangannya. Masing-masing untai
dapat berperan sebagai cetakan untuk sintesis dari untai komplemen baru yang identik dengan
pasangan awalnya.

1. DNA, chemical, gene 10 (Lecture 1)

2. Chromosome n DNA rearrangement (Fatch) (lecture 2)

3. Genetics examination (Quiz)

Achmad Fatah Nurdin – FPIK - 230110090132

Dogma Central Genetika Molekuler

Yang dimaksud Dogma Central di sini adalah semua informasi terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk
menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan sebagian informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk
menghasilkan protein melalui proses yang disebut translasi.

Berikut adalah mekanisme prosesnya :

TRANSKRIPSI

Ini merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya proses tersebut akan berlanjut pada ekspresi
sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang harus
kita ketahui adalah bagaimana mekanisme sintesis protein sehingge dapat terekspresi sebagai fenotip.

Transkripsi merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA templat. Proses ini
terjadi
pada
inti
sel
(nukleus)
tepatnya
pada

kromosom.
Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu : DNA templat yang terdiri atas basa nukleotida Adenin (A),
Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S) ; enzim RNA polimerase ; faktor-faktor transkripsi, prekursor (bahan yang
ditambahkan sebagai penginduksi).

Hasil dari proses sintesis tersebut adalah tiga macam RNA, yaitu mRNA messeger RNA),
tRNA
(transfer
RNA),
rRNA
(ribosomal

RNA).
Sebelum itu saya akan memaparkan terlebih dahulu bagian utama dari suatu gen. Gen terdiri atas : promoter, bagian
struktural (terdiri dari gen yang mengkode suatu sifat yang akan

diekspresikan),
dan

terminator.
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas : beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada struktur beta dan beta-prime
bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. Struktur sigma untuk mengarahkan agar RNA polimerase holoenzim
hanya menempel pada promoter. Bagian yang disebut core enzim terdiri atas alpha, beta, dan beta-prime.

Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :
1. Inisiasi (pengawalan)

Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi di bagian hulu (upstream) dari gen yaitu promoter.
Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow (TATA box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim
RNA polimerase menempel pada promoter. Tahapannya dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup,
pembentukan kompleks promoter terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi
RNA polimerase karena struktur sigma dilepas dari kompleks holoenzim.

Achmad Fatah Nurdin – FPIK - 230110090132

menempel pada subunit kecil. Pada proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis
menjadi GDP, dan siap melakukan elongasi.
2. Elongasi

Perbedaan pada proses transkripsi, pada translasi asam amino yang dipanjangkan. Tahapan yang dilakukan pada
proses elongasi, pertama adalah pengikatan tRNA pada sisi A yang ada di ribosom. Pemidahan tersebut akan
membentuk ikatan peptida.

3. Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG) yang ada pada
mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal penghentian proses translasi tersebut dikenali
oleh suatu protein yang disebut release factor (RF). Penempelan RF pada kodon terminasi tersebut mengaktifkan
enzim peptidil transferase yang menghidrolisis ikatan antara polipeptida dng tRNA pada sisi P dan menyebabkan
tRNA yang kosong mengalami translokasi ke sisi E (exit).

Itulah tadi mekanisme proses transkripsi maupun translasi. Proses selanjutnya adalah
protein tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotip