Segelas susu sapi. Susu sapi merupakan salah satu sumber protein.
Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah senyawa
organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer
asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein
mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein
berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid, dan
polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein merupakan
salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan oleh Jöns
Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa DNA
ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan
ribosom.[1] Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya tersusun dari asam amino
proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi
penuh secara biologi.[2][3]
[sunting] Struktur
Struktur tersier protein. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan alpha-helix
yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein
(nomor 1EDH).
Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu),
sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat):[4][5]
struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang
dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang
berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan
penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu,
menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan
bantuan kertas kromatografik. Urutan asam amino menentukan fungsi protein, pada tahun
1957, Vernon Ingram menemukan bahwa translokasi asam amino akan mengubah fungsi
protein, dan lebih lanjut memicu mutasi genetik.
struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam
amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur
sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
o alpha helix (α-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino
berbentuk seperti spiral;
o beta-sheet (β-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang
tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan
hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
o beta-turn, (β-turn, "lekukan-beta"); dan
o gamma-turn, (γ-turn, "lekukan-gamma").[4]
struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder.
Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi
secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer,
trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.
contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein dengan
asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan dengan
instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan
degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan (4)
penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism (CD)
dan Fourier Transform Infra Red (FTIR).[6] Spektrum CD dari puntiran-alfa menunjukkan dua
absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan satu puncak negatif
sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari
spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan
dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa
diestimasi dari spektrum inframerah.
Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-350 asam
amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang lebih
kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang
berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen
penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis
masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur
domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya
berpisah, protein tersebut tidak fungsional.
Daging
Ikan
Telur
Susu, dan produk sejenis Quark
Tumbuhan berbji
Suku polong-polongan
Kentang
Studi dari Biokimiawan USA Thomas Osborne Lafayete Mendel, Profesor untuk biokimia di
Yale, 1914, mengujicobakan protein konsumsi dari daging dan tumbuhan kepada kelinci. Satu
grup kelinci-kelinci tersebut diberikan makanan protein hewani, sedangkan grup yang lain
diberikan protein nabati. Dari eksperimennya didapati bahwa kelinci yang memperoleh protein
hewani lebih cepat bertambah beratnya dari kelinci yang memperoleh protein nabati. Kemudian
studi selanjutnya, oleh McCay dari Universitas Berkeley menunjukkan bahwa kelinci yang
memperoleh protein nabati, lebih sehat dan hidup dua kali lebih lama.
Sumber energi
Pembetukan dan perbaikan sel dan jaringan
Sebagai sintesis hormon,enzim, dan antibodi
Pengatur keseimbangan kadar asam basa dalam sel
A. Definisi
Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah senyawa organik
kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang
dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen,
oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan
fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan dalam fungsi
struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan sendi sitoskeleton.
Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon,
sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu
sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu
membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid, dan polinukleotida,
yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein merupakan salah satu molekul yang
paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan oleh Jöns Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa DNA ditranskripsi
menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan ribosom. Sampai tahap ini,
protein masih "mentah", hanya tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme
pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.
*Tahap-tahap sintesis Protein.* Sintesis protein merupakan reaksi yang menghubungkan fungsi DNA
Protein yang dibentuk melalui sintesis protein akan mengalami banyak modifi kasi, ada yang menjadi
Kita tahu bahwa semua proses atau reaksi dalam tubuh kita hampir ti dak terjadi tanpa adanya
enzim. Hal itu menunjukkan betapa penti ngnya enzim dalam tubuh kita, dan proses dasar atau awal
Sintesis protein terjadi di ribosom, yang mana bisa berada melekat pada reti kulum endoplasma
kasar ataupun berada bebas pada sitoplasma. Setelahselesai disintesis, protein pertama kali
bisa melalukan fusi atau penggabungan membran dengan badan golgi. Oleh karena itu, struktur
membran pada RE dan badan golgi memiliki persamaan. Selain itu, secara garis besar, badan golgi
Sintesis protein secara singkat dapat didefi nisikan sebagai proses penerjemahan informasi yang ada
pada DNA (sumber materi geneti k) yang mengkode asam-asam amino sehingga menjadi rantai
pepti da (rantai protein). Akan tetapi, pengerti an yang semacam bisa didapati berbeda, tergantung
dari sumber yang digunakan sebagai acuan meskipun isinya sebenarnya sama saja.
Komponen yang berperan dalam sintesis protein adalah inti sel, RE kasar, Ribosom (rRNA), mRNA,
a. Inti sel
Inti sel merupakan lokasi dimana sumber informasi geneti k berada, yaitu DNA. Jadi, informasi yang
RE kasar merupakan lokasi dimana ribosom melekat. Selain itu, rRNA atau Ribosomal RNA
tRNA merupakan salah satu jenis RNA yang bertugas untuk mengikat asam amino dari sitoplasma
dan menggabungkannya dengan asam amino lain pada tahapan sintesis protein.
d. RNA polimerase
RNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses perangkaian molekul RNA dari
molekul DNA.
Sintesis protein secara garis besar dibagi menjadi dua tahapan utama, yaitu proses pembuatan
molekul mRNA pada inti sel (transkripsi) dan proses penerjemahan mRNA oleh rRNA serta
1. Transkripsi
Transkripsi terjadi di inti sel. Pada tahapa ini, RNA polimerase akan melekat pada rantai DNA
sehingga rantai membuka. Salah satu rantai DNA yang akan diterjemahkan (DNA template/rantai
sense) mulai mendapatkan basa pasangannya, sehingga tercipta rantai komplemen. Rantai
Note: pada proses pembuatan mRNA, kode A pada rantai sense akan berkomplemen dengan kode U
RNA polimerase selanjutnya akan bergerak sepenjang rantai DNA hingga kode-kode yang diperlukan
Peristi wa ini hanya terjadi pada rantai sense atau DNA template saja, sedangkan pada rantai
anti sense atau DNA non-template ti dak akan terjadi. Setelah selesai, mRNA primer akan dilepaskan
Note: mRNA terdiri dari dua macam kode, yaitu ekson dan intron. Ekson adalah kode yang dipakai,
mRNA matang selanjutnya akan ditransfer ke sitoplasma untuk menuju tahapan selanjutnya, yaitu
translasi di ribosom.
2. Translasi
Tahapan translasi merupakan tahapan dimana mRNA matang dari dalam inti sel yang telah
Translasi sendiri terdiri dari ti ga tahapan, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.
a. Inisiasi
Pada saat mRNA sampai di ribosom, proses pertama kali yang terjadi adalah inisiasi. Yaitu proses
pengenalan kodon (pasangan 3 kode: cth. UAA, AUG), yang dimana sintesis akan dimulai dari kodon
pemula (kodon start) yang merupakan asam amino Meti onin, dengan kode AUG. Setelah kodon ini
terbaca, asam amino pertama akan berada diribosom untuk selanjutnya digabungkan dengan asam
amino selanjutnya.
Asam amino berada bebas disitoplasma dan dibawa menuju ribosom oleh RNA transfer atau tRNA.
b. Elongasi
Elongasi merupakan proses kelanjutan dari inisiasi. Pada tahapan ini, kodon akan terus dibaca dan
tRNA akan terus menerus membawa asam amino ke ribosom sesuai dengan kodon yang ada pada
mRNA.
Pada proses elongasi, ribosom biasanya akan berada pada posisi agregat atau kumpulan. Dua atau
lebih ribosom akan melekat pada rantai mRNA secara bersama-sama sehingga terlihat seperti
sedang bergerombol.
Fenomena ribosom yang berkelompok ini disebut dengan polisom dan fungsinya adalah
c. Terminasi
Terminasi merupakan proses terakhir dari translasi. Proses ini mulai terjadi keti ka kodon yang
terbaca adalah kodon-kodon yang mengkode berhenti nya sintesis protein. Kodon ini dinamakan
dengan kodon stop, yang terdiri dari ti ga kodon yaitu UAA, UAG, dan UGA. Keti ka salah satu kodon-
kodon tersebut terbaca, faktor pelepas akan memberhenti kan proses sintesis rantai asam amino.
Proses terminasi diakhiri dengan terbentuknya rantai asam amino yang sangat panjang, atau lebih
sering dinamakan dengan rantai polipepti da. Penamaan ini didasarkan pada ikatan antara satu asam
amino dengan asam amino lainnya yang dinamakan dengan ikatan pepti da. Rant
ai polipepti da inilah
Protein atau rantai polipepti da dari hasil sintesis protein merupakan rantai protein primer. Protein
ini harus mengalami modifi kasi agar bisa digunakan dalam tubuh. Proses modifi kasi akan dilakukan
Referensi:
Hickman, et all. 2001. Integrated principles of zoology, 11 th ed. McGraw-Hill Companies, Inc.: New
York.
dari
Proses‐proses translasi (inisiasi, elongasi, dan
terminasi)
Proses‐proses translasi (inisiasi, elongasi, dan terminasi) pada bakteria dan eukariot
Walaupun arsitektur ribosom bakteria dan eukariot mirip, ada perbedaan jelas dalam hal cara
bagaimana translasi dilakukan oleh dua kelompok organisme ini. Perbedaan yang paling penting terjadi
pada tahap awal translasi (pembentukan kompleks inisiasi translasi), yaitu ketika ribosom mengikat pada
mRNA, tepatnya pada posisi sebelah hulu (upstream) kodon inisiasi.
2. tRNAiMet inisiator dibawa ke subunit kecil ribosom oleh faktor inisiasi kedua, IF‐2, bersama molekul
GTP (molekul sebagai sumber energi pada tahap akhir inisiasi). Perlu diingat bahwa tRNAiMet hanya
dapat mengenali kodon inisiasi, tRNAiMet tidak dapat mengenali kodon 5′‐AUG‐3′ internal pada mRNA.
3. Tahap inisiasi translasi diakhiri setelah faktor inisiasi, IF‐1, mengikat kompleks inisiasi ini. Peran faktor
inisiasi IF‐1 tidak jelas, tetapi diduga memicu perubahan konformasi kompleks inisiasi sehingga
memungkinkan subunit besar ribosom menempel pada kompleks ini. Penempelan subunit besar,
membutuhkan energi yang diperoleh dari hidrolisis GTP, menyebabkan pelepasan faktor-faktor inisiasi
translasi.
Transkripsi (bahasa Inggris: transcription) dalam genetika adalah pembuatan RNA dengan
menyalin sebagian berkas DNA.[1][2][3][4][5] Transkripsi adalah bagian dari rangkaian ekspresi
genetik. Pengertian asli "transkripsi" adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang dimaksud
adalah mengubah "teks" DNA menjadi RNA. Sebenarnya, yang berubah hanyalah basa nitrogen
timina di DNA yang pada RNA digantikan oleh urasil.
Daftar isi
[sembunyikan]
1 Proses
2 Hasil
3 Rujukan
4 Lihat pula
5 Pranala luar
[sunting] Proses
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel atau di dalam matriks mitokondria dan plastida.
Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa rangsangan. Pada proses tanpa
rangsangan, transkripsi berlangsung terus-menerus (gen-gennya disebut gen konstitutif atau "gen
pengurus rumah", house-keeping genes). Sementara itu, gen yang memerlukan rangsangan
biasanya gen yang hanya diproduksi sewaktu-waktu; gennya disebut gen regulatorik karena
biasanya mengatur mekanisme khusus. Rangsangan akan mengaktifkan bagian promoter inti,[6]
segmen gen yang berfungsi sebagai pencerap RNA polimerase[7] yang terletak di bagian hulu
bagian yang akan disalin (disebut transcription unit), tidak jauh dari ujung 5' gen.[7] Promoter inti
terdiri dari kotak TATA, kotak CCAAT dan kotak GC.[8]
Sebelum RNA polimerase dapat terikat pada promoter inti, faktor transkripsi TFIID akan
membentuk kompleks dengan kotak TATA.[9] Inhibitor dapat mengikat pada kompleks TFIID-
TATA dan mencegah terjadinya kompleks dengan faktor transkripsi lain, namun hal ini dapat
dicegah dengan TFIIA yang membentuk kompleks DA-TATA. Setelah itu TFIIB dan TFIIF
akan turut terikat membentuk kompleks DABF-TATA. Setelah itu RNA polimerase akan
mengikat pada DABF-TATA, dan disusul dengan TFIIE, TFIIH dan TFIIJ.
Kompleks tersebut terjadi pada bagian kotak TATA yang terletak sekitar 10-25 pasangan basa di
bagian hulu (upstream) dari kodon mulai (AUG). Adanya faktor transkripsi ini akan menarik
enzim RNA polimerase mendekat ke DNA dan kemudian menempatkan diri pada tempat yang
sesuai dengan kodon mulai (TAC pada berkas DNA). Berkas DNA yang ditempel oleh RNA
polimerase disebut sebagai berkas templat, sementara berkas pasangannya disebut sebagai
berkas kode (karena memiliki urutan basa yang sama dengan RNA yang dibuat). Pada awal
transkripsi, enzim guaniltransferase menambahkan gugus m7Gppp pada ujung 5' untai pre-
mRNA.[10] Sejumlah ATP diperlukan untuk membuat RNA polimerase mulai bergerak dari ujung
3' (ujung karboksil) berkas templat ke arah ujung 5' (ujung amino). pre-mRNA yang terbentuk
dengan demikian berarah 5' → 3'. Pergerakan RNA polimerase akan berhenti apabila ia menemui
urutan basa yang sesuai dengan kodon berhenti, dan deret AAUAAA akan ditambahkan pada
pangkal 3' pre-mRNA.[10] Setelah proses selesai, RNA polimerase akan lepas dari DNA,
sedangkan pre-mRNA akan teriris sekitar 20 bp dari deret AAUAAA dan sebuah enzim, poli(A)
polimerase akan menambahkan deret antara 150 - 200 adenosina untuk membentuk pre-mRNA
yang lengkap yang disebut mRNA primer.[10]
Tergantung intensitasnya, dalam satu berkas transcription unit sejumlah RNA polimerase dapat
bekerja secara simultan. Intensitas transkripsi ditentukan oleh keadaan di sejumlah bagian
tertentu pada DNA. Ada bagian yang disebut suppressor yang menekan intensitas, dan ada yang
disebut enhancer yang memperkuatnya.
[sunting] Hasil
Hasil transkripsi adalah berkas RNA yang masih "mentah" yang disebut mRNA primer.[11] Di
dalamnya terdapat fragmen berkas untuk protein yang mengatur dan membantu sintesis protein
(translasi) selain fragmen untuk dilanjutkan dalam translasi sendiri, ditambah dengan bagian
yang nantinya akan dipotong (intron). Berkas RNA ini selanjutnya akan mengalami proses yang
disebut sebagai proses pascatranskripsi (post-transcriptional process).
.