Air permukaan merupakan suatu gambaran tentang segala jenis air yang
mengair di permukaan bumi seperti kali, sungai, kolam, danau dan waduk. Aliran air di
daerah beriklim sedang biasanya lebih tinggi pada saat musim dingin daripada musim
panas. Sedangkan di daerah tropis dan subtropis, lebih tinggi pada saat musim hujan.
Air sungai adalah air persediaan untuk semua sumber kegiatan manusia. Pada
pemukiman manusia di seluruh dunia mempunyai pengembangan dalam bentuk
berbagai cara guna memanfaatkan dan membuang limbah cair. Adanya campuran
bahan yang terkandung dalam limbah tersebut seperti, bahan kimia, fisik dan biologis
pastinya akan mempengaruhi kualitas air sungai. Tanpa kita sadari, hal nyata kualitas
permukaan air lebih cenderung telah terkontaminasi oleh mikroorganisme tinja dari air
tanah yang telah melalui proses alam penyaringan tanah dan substrat. Oleh karena itu,
kualitas permukaan dapat dibagi menjadi tiga kategori menurut gizi dan populasi
mikroba, yaitu :
Organisme air adalah asal mula patogen. Seperti virus, baktri, parasit, protozoa
dan cacing. Adanya tinja manusia dan pencemaran di bidang pertanian juga menjadi
potensi resiko kesehatan manusia. Maka dari itu, di perlukan suatu teknik untuk
mengidentifikasi sumber pencemaran tinja di permukaan perairan. Organisme-
organisme penyebab demam dan tipus pada biasanya bersumber dari kotoran
manusia dan hewan, aktivitas pertanian, pengguanaan air pada tempat rekreasi, serta
TPA.
Organisme seperti bakteri, virus, parasit, protozoa serta cyanobacteria dapat
digunakan sebagai indikator patogen yang terdapat pada air permukaan. Bila ternyata
terdapat salah satu atau beberapa organisme tersebut dalam air permukaan berarti air
tersebut telah terkontaminasi polutan. Contoh kasus akibat konsumsi air yang kotor
oleh manusia adalah penyakit Kolera. Kolera disebabkan oleh infeksi bakteri Vibrio
colerae. Penyakit ini pernah menjadi pendemik di London, Afrika Selatan, Bolivia,
Argentina dan Elsavador.
Pentingnya air sebagai sumber air minum manusia, maka diperlukan suatu cara
untuk mengidentifikasi sumber-sumber pencemaran air agar pencemaran tersebut
dapat diperbaiki. Cara pengidentifikasian sumber polutan pada air dapat dilakukan dari
berbagai arah pendekatan, yaitu dengan pendekatan dari sudut mikroorganisme,
kandungan bahan kimia, komposisi biokimia, analisa fenotip dan genotip, serta metode
DNA. Walaupun dari semua pendekatan tersebut tidak ada pendekatan tunggal yang
dapat mengidentifikasi sumber polutan pada air permukaan secara tepat dalam satu
kondisi, tetapi berbagai variasinya dapat menawarkan suatu kemungkinan sebagai
pengidentifikasi sumber polutan pada air permukaan.