PemodelanDanKomputasiMolekulObat

Modul 7
Memperkirakan reaktivitas,
biologi suatu senyawa obat

kestabilan

dan

aktivitas

Tujuan Instruksional Umum:

Mahasiswa memahami peranan struktur tiga dimensi terhadap
reaktivitas, kestabilan dan aktivitas biologi suatu senyawa obat
Tujuan Instruksional Khusus:
1. Mahasiswa terampil menggambar struktur molekul
dua
dimensi
dengan
memperhatikan
aspek
stereokimia
2.
Mahasiswa mampu memperkirakan keasaman suatu
senyawa melalui simulasi spektrum 1H- dan 13C-NMR
menggunakan program ChemDraw
3. Mahasiswa terampil membuat model molekul tiga
dimensi dari suatu senyawa obat dan mampu
memperkirakan reaktivitas, kestabilan dan aktivitas
biologi senyawa obat yang dimodelkan
Teori Singkat:
Senyawa obat merupakan suatu ligan berukuran molekul
relatif kecil dibandingkan dengan molekul targetnya tetapi
strukturnya terdefinisi dengan baik. Reaktivitas, kestabilan dan
aktivitas biologi suatu senyawa obat ditentukan oleh geometri
dan konfigurasi molekul dan keberadaan berbagai gugus
fungsi dalam senyawa obat tersebut.
Secara sederhana, reaktivitas, kestabilan dan aktivitas biologi
suatu senyawa obat dapat diperkirakan dari geometri molekul
dan distribusi muatan positif dan negativ dalam molekul
tersebut.
Dengan bantuan komputer dan program Chem3D dapat
dibuat model geometri molekul 3 dimensi dan menunjukkan
distribusi muatan parsial positif dan negativ. Dari model
tersebut dapat diperkirakan reaktivitas, kestabilan dan
aktivitas biologi senyawa yang dimodelkan

fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

Tugas Sebelum Praktikum:

1. Jelaskan mengapa gugus karbonil ( >C=O) reaktif !
Urutkanlah reaktivitas gugus karbonil berikut ini, dari yang
paling lemah sampai yang paling reaktif: aldehida, ester,
ion karboksilat, keton, asam karboksilat, amida (bila perlu
lihat buku kimia organik)
2. Pada senyawa berikut ini atom H mana yang bersifat
asam?:
H3C
O

N
OCH3
OH
Vanilin

Fenilbutazon (Analgetikum, Antiflogistikum)

OH
O

HO

O
H3C

HO

OH

Vitamin C

N
Tolbutamid

N
H
CH3

3. Gambarlah struktur lakton dan laktam

Tugas dikumpulkan sebelum praktikum

fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat
Tugas Praktikum:
1. Dengan bantuan program ChemDraw gambarlah
struktur
molekul:
Sulfanilamid,
Sulfasetamid,
Benzilpenisilin, Aminobenzilpenisilin, sebagai berikut
(Perhatikan aspek stereokimia):

H2N

SO2

NH2

O
H2N

SO2

NH

CH3

O
O

OH

OH
CH3
CH3

N
O

N
O

CH3

CH3

HN

HN

H
O
O

H2N

2. Blok/tandai molekul sulfanilamid, pilihlah menu

estimate pada program ChemDraw lalu pilihlah
submenu 1-H shift untuk melihat simulasi spektrum
1
H-NMR dan submenu 13-C shift untuk melihat
spektrum 13C-NMR. Ulangi langkah tersebut untuk
senyawa sulfasetamid, benzilpenisilin dan
aminobenzilpenisilin. Catat/print out hasil yang anda
dapatkan
3. Bukalah program Chem3D . Pada program
ChemDraw tandai/blok molekul sulfanilamid lalu dicopy paste ke file kosong pada program Chem3D .
4. Pada program Chem3D pilih menu MOPAC, lalu pilih
submenu minimize energy lalu klik run tunggu
sampai program selesai menghitung.
fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat
5. Setelah selesai, masih pada menu MOPAC, pilih
submenu compute properties, pilih molecular
surface dan klik run tunggu sampai program selesai
menghitung.
6. Pilih menu Analyze lalu submenu Extended Huckel
Charges
7. Pilih menu View lalu submenu Settings, pada kotak
settings pilih Atom Display dan pada sub kotak
Solid Spheres pilih Partial Charge.
8. Bila urutan pengerjaan anda benar akan didapatkan
model tiga dimensi yang menampilkan muatan partial
positif dan negativ pada atom-atom tertentu, misalnya
muatan positif pada C-karbonil, H-asam serta muatan
negativ pada O-karbonil, N-amin, dst. Prin out hasil
kerja anda
9. Ulangi langkah 3-8 untuk sulfasetamid, benzilpenisilin
dan aminobenzilpenisilin.
10. Dari hasil simulasi spektrum NMR dan model yang
anda buat perkirakanlah reaktivitas, stabilitas dan
aktivitas biologi senyawa obat tersebut. Uraikan
penjelasan dalam laporan praktikum
Contoh model 3D aminobenzilpenisilin:

fauzanzein@yahoo.com