PemodelanDanKomputasiMolekulObat

Modul 8
Membandingkan Kemiripan Struktur Dengan Overlaying
Tujuan Instruksional Umum:
Mahasiswa memahami cara
struktur senyawa obat

membandingkan

kemiripan

Tujuan Instruksional Khusus:

1. Mahasiswa mampu membandingkan kemiripan
struktur suatu senyawa obat dengan konfigurasi yang
berbeda
2. Mahasiswa mampu membandingkan kemiripan
struktur dua senyawa obat yang berbeda
Teori Singkat:
Senyawa obat merupakan suatu ligan berukuran molekul
relatif kecil dibandingkan dengan molekul targetnya tetapi
strukturnya terdefinisi dengan baik. Reaktivitas, kestabilan dan
aktivitas biologi suatu senyawa obat ditentukan oleh geometri
dan konfigurasi molekul dan keberadaan berbagai gugus
fungsi dalam senyawa obat tersebut.
Perbedaan geometri dan konfigurasi molekul senyawa obat,
terutama bila pada senyawa tersebut terdapat fenomena
kiralitas, dapat menyebabkan perbedaan aktivitas biologi yang
signifikan diantara isomer-isomer geometri senyawa obat
tersebut. Sehubungan dengan adanya kiralitas dikenal
EUTOMER (enantimer yang memiliki aktivitas biologi kuat)
dan DISTOMER (enantiomer yang memiliki aktivitas biologi
lemah)
Dengan bantuan komputer dan program Chem3D dapat
dibuat model geometri molekul 3 dimensi dan kemiripan suatu
senyawa dengan geometri berbeda atau dua senyawa dengan
komposisi berbeda dapat dipelajari dengan mode
OVERLAYING

fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

Tugas Sebelum Praktikum:

Jelaskan konfigurasi atom C-kiral pada senyawa berikut ini
( R atau S):

HOOC

COOH

H
SH

SH
H2N

H2N

H3C

CH3

O
H

OH
O

H3CO

H3CO

Tugas Praktikum:
Bagian A (Membandingkan dua enantiomer)
1. Dengan bantuan program ChemDraw gambarlah struktur
molekul Enantiomer-S dari Naproxen:
H3C

H
C
(S)

OH
H3CO

2. Blok/tandai molekul tersebut, pada meno Tool, pilihlah

show stereochemistry
fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat
3. Bukalah program Chem3D . Pada program ChemDraw
tandai/blok molekul tersebut lalu di-copy paste ke file
kosong pada program Chem3D .
4. Lalu gambar molekul isomer optik (Enantiomer-R) dari
molekul pertama sbb:
H
CH3
C
(R)

OH
H3CO

5. Ulangi langkah 2 dan 3, tetapi di-copy paste pada file

Chem3D yang sudah terdapat molekul pertama.
6. Pada menu Tool (Chem3D ) pilihlah/deselect show Hs
and Lps
7. Pada menu View pilih sub menu Setting, pilih Atom
Displays dan klik Serial Number
8. Klik tombol A, pada atom C nomor 1 lalu sambil
menekan tombol shift pada keyboard klik pada atom Cnomor 32, pada menu object pilih sub menu set distance
9. Ulangi langkah tersebut untuk pasangan atom C nomor 2
dan 33, 8dan 39, 9 dan 40, 11 dan 42
10. Pada menu View, pilih sub menu Setting, pilih Atom
Labels dan de-select serialnumbers, lalu kotak settings
ditutup
11. Pada Menu Tool pilih sub menu Overlay
12. Ketikkan Minimum RMS Error: 0.100; Minimum RMS
Gradient 0.010, klik Start
13. Perhatikan bahwa hampir semua atom dari kedua
enantiomer tersebut bertumpang tindih (ditunjukkan oleh
jarak antar atom yang ditumpangtindihkan mendekati 0,
catatlah jarak-jarak tersebut), kecuali atom C yang terikat
dengan atom C-kiral

fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat
Bagian B (Membandingkan dua molekul yang mirip)
1.
2.
3.
4.
5.

6.
7.
8.

9.
10.

11.
12.
13.

14.

15.

Langsung Bekerja dengan program Chem3D

Klik pada lambang New Model
Klik pada lambang huruf A
Ketikkan Epinephrine lalu enter (Muncul model
Epinephrine)
Klik di bawah model Epinephrine, lalu ketikkan
Methamphetamine
dan
enter
(Muncul
model
Methamphetamine di bawah model Epinephrine)
Pada menu Tool (Chem3D ) pilihlah/deselect show Hs
and Lps
Pada menu View pilih sub menu Setting, pilih Atom
Displays dan klik Serial Number
Klik tombol A, pada atom C nomor 1 lalu sambil
menekan tombol shift pada keyboard klik pada atom Cnomor 34, pada menu object pilih sub menu set distance
Ulangi langkah tersebut untuk pasangan atom C nomor 2
dan 35, 3 dan 37, 5 dan 41, 6 dan 40, 8 dan 38
Pada menu View, pilih sub menu Setting, pilih Atom
Labels dan de-select serialnumbers, lalu kotak settings
ditutup
Pada Menu Tool pilih sub menu Overlay
Ketikkan Minimum RMS Error: 0.100; Minimum RMS
Gradient 0.010, klik Start
Perhatikan bahwa hampir semua atom dari kedua
enantiomer tersebut bertumpang tindih (ditunjukkan oleh
jarak antar atom yang ditumpangtindihkan mendekati 0,
catatlah jarak-jarak tersebut).
Berdasarkan kemiripan tersebut dapat dimengerti bahwa
kedua molekul obat tersebut memiliki aktivitas biologi yang
mirip.
Buatlah laporan singkat dari kedua bagian percobaan A
dan B

fauzanzein@yahoo.com