PemodelanDanKomputasiMolekulObat

Modul9
Memperkirakankonfigurasidenganenergiminimumdandinamika
suatumolekul

TujuanInstruksionalUmum:
Mahasiswa memahami cara memperkirakan konfigurasi dengan
energiminimumdandinamikasuatumolekul

TujuanInstruksionalKhusus:
1. Mahasiswa mampu menunjukkan konfigurasi dengan
energi minimum dari suatu molekul dengan bantuan
programChem3D
2. Mahasiswa mampu memperlihatkan dinamika suatu
molekuldenganbantuanprogramChem3D

TeoriSingkat:
Dari segi kimiawi, obat merupakan suatu senyawa kimia dengan
rumus molekul yang sudah terdefinisi. Dihubungkan dengan
aktifitas biologinya, konfigurasi suatu molekul, terutama yang
memilikipusatkiralmerupakanfaktorlainyangsangatmenentukan
aktivitas biologi suatu obat. Konfigurasi adalah susunan dalam
ruang dari atomatom dalam suatu molekul. Dengan bantuan
program Chem 3D dapat diperkirakan konfigurasi dengan energi
paling minimum dari suatu molekul. Secara termodinamika,
konfigurasi dengan energi paling minimum merupakan konfigurasi
yangpalingstabil,dengandemikianprobabilitasnyapalingtinggi

Dinamikamolekulpentingdipelajariuntukmemperkirakanstabilitas
suatu molekul. Moieties atau ikatan dalam suatu molekul yang
palingdinamis,secarateoretikmerupakanbagianyangpalingtidak
stabildanpalingmudahputusataupecah.
DenganbantuanprogramChem3D dapatdibuatsimulasidinamika
suatu molekul, dengan demikian stabilitas molekul tersebut dapat
diperkirakan.

fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

TugasSebelumPraktikum:
Urutkanlahgugusfungsidalammolekulberikutiniberdasarkan
stabilitasnya(dimulaidariyangpalinglabil):

OH

O
CH3
H2N

N
O

CH3

NH

S
H

HN
H
H3C

O
O

H3C

O
O

H3CO

O
O

N
O

H3C

H
H3C

OH
O

H3CO
O

O
H

O
N

fauzanzein@yahoo.com

PemodelanDanKomputasiMolekulObat
TugasPraktikum:

BagianA(Konfigurasidenganenergiminimum)
1. Dengan bantuan program ChemDraw gambarlah struktur
molekulberikut:

OH
H3C

O
C

NH
Cl

O
H

Cl
O

H3CO

CH3
NO
O 2N

H
CH3

C
C
H

H3C
O

NO2

CH3

2.

3.
4.
5.

Bukalah program Chem3D . Pada program ChemDraw

tandai/blok molekul pertama lalu dicopy paste ke file kosong
padaprogramChem3D .
PadamenuMM2pilihsubmenuminimizeenergy
Amatidangambar/printkonfigurasiyangditampilkan
Ulangilangkahtersebutuntukmolekulyanglain

BagianB(DinamikaMolekul)
1. Ulangilangkah12padabagianA
2. PadamenuMM2pilihsubmenumoleculardynamics
3. Amatibagiandarimolekulyangpalingdinamisdanrelatifstabil

Buatlahlaporanringkastentangkeduapercobaantersebut
fauzanzein@yahoo.com