PEROKSISOM

Peroksisom sangat berbeda dengan mitokondria dan juga kloroplas. Peroksisom

tidak memikiki materi genetik, tidak mengandung ribosom dan hanya dilindungi
oleh 1 membran. Walaupun peroksisom tidak memiliki genom, semua protein
untuk peroksisom dikode di nukleus. Peroksisom mengakuisisi sebagian besar
protein ini dengan impor selektif dari sitosol, meskipun beberapa dari mereka
memasuki membran peroksisom melalui RE. Semua sel eukariotik memiliki
peroksisom. Mereka mengandung enzim oksidatif, seperti katalase dan urat
oksidase, pada konsentrasi tinggi seperti itu, di beberapa sel, peroksisom
menonjol di mikrograf elektron karena keberadaan inti kristaloid.
Seperti mitokondria,
peroksisom
adalah
situs
utama
dari
pemanfaatan oksigen. Terdapat hipotesis bahwa peroksisom adalah sisa-sisa
dari sebuah organel kuno yang melakukan semua metabolisme oksigen dari
nenek moyang primitive sel eukariotik. Ketika oksigen yang dihasilkan oleh
bakteri fotosintetik pertama terakumulasi dalam atmosfer, hal ini akan menjadi
sangat beracun bagi sebagian besar sel. Peroksisom mungkin telah menurunkan
konsentrasi intraseluler oksigen, sementara juga memanfaatkan reaktivitas
kimianya untuk melakukan reaksi oksidasi yang berguna.
12.1 Peroksisom Gunakan Molekuler Oksigen dan Hidrogen Peroksida
untuk Lakukan Reaksi Oksidasi
Reaksi peroksisom sangat bernama karena mereka biasanya mengandung
satu atau lebih enzim yang menggunakan molekul oksigen untuk menghapus
atom hidrogen dari substrat organik tertentu (R) dalam reaksi oksidasi dan
dari reaksi ini akan dihasilkan hidrogen peroksida( H 2O2):
RH2 + O2 R + H2O2
H2O2 dimanfaatkan oleh enzim katalase untuk mengoksidasi substrat lain
(fenol,asam format, formaldehida, dan alkohol). Reaksi oksidasi ini berperan
untuk mendetoksifikasi bermacam-macam molekul racun dalam darah.
Penumpukan H2O2 diubah oleh katalase menjadi O2 dalam reaksi sebagai berikut:
2 H2O2 2H2O + O2
Fungsi peroksisom adalah menghasilkan enzim katalase yang berfungsi
menguraikan peroksida hydrogen sebagai hasil samping fotorespirasi yang
sangat toksik untuk sel, menjadi H 20 dan 02, merubah lemak menjadi
karbohidrat, dan perubahan senyawa purin dalam sel. Fungsi utama dari
reaksi oksidasi dilakukan dalam peroksisom adalah pemecahan molekul
asam lemak. Oksidasi asam lemak diikuti pembentukan H 2O2 yang berasal dari

oksigen. H2O2 akan diuraikan oleh katalase dengan cara diubah menjadi molekul
H2O atau dioksidasi oleh senyawa organik lain. Proses yang disebut
oksidasi akan memperpendek rantai alkil asam lemak berurutan di blok
dari dua atom karbon pada satu waktu yang bersamaan, sehingga
mengubah asam lemak menjadi asetil CoA. Peroksisom kemudian
mengekspor asetil CoA ke sitosol untuk digunakan kembali dalam reaksi
biosintesis. Pada sel mamalia, oksidasi terjadi di kedua mitokondria dan
peroksisom; dalam ragi dan tanaman, bagaimanapun, reaksi penting ini terjadi
secara eksklusif di peroksisom. Peroksisom juga sangat penting dalam
tumbuhan. Terdapat dua jenis peroksisom sudah yang diteliti secara ekstensif.
Tipe pertama terdapat pada daun, yang berfungsi untuk mengkatalisis
produk sampingan dari reaksi pengikatan CO2 pada karbohidrat, yang
disebut fotorespirasi. Reaksi ini disebut fotorespirasi karena
menggunakan O2 dan melepaskan CO2. Tipe peroksisom lainnya,
terdapat dalam biji yang sedang berkecambah. Peroksisom kedua ini,
dinamakan
glioksisom,
mempunyai
fungsi
penting
dalam
pemecahan asam
lemak,
yang
tersimpan
dalam
lemak
biji,
menjadi gula yang diperlukan untuk pertumbuhan tanaman muda.
Proses pengubahan lemak menjadi gula ini dilakukan dengan rangkaian
reaksi yang disebut siklus glioksilat. Dalam siklus glioksilat, dua molekul
asetil-KoA dihasilkan dari pemecahan asam lemak, selanjutnya digunakan untuk
membuat asam suksinat. Selanjutnya asam suksinat ini meninggalkan
peroksisom dan akan diubah menjadi glukosa. Siklus glioksilat ini tidak terjadi
pada sel hewan. Hal ini menyebabkan sel hewan tidak dapat mengubah asam
lemak menjadi karbohidrat.
Fungsi biosintesis penting dari peroksisom hewan adalah untuk
mengkatalisis reaksi pertama dalam pembentukan plasmalogen, yang
merupakan struktur yang paling melimpah dari fosfolipid di myelin (Gambar 1231). Jika kekurangan plasmalogen akan menyebabkan kelainan
mendalam dalam mielinasi akson sel saraf, yang menyebabkan penyakit
neurologis seperti gangguan peroxisomal.
12.2 Sebuah Signal Mengarahkan Impor Protein dalam Peroksisom
Sebuah urutan tertentu dari tiga asam amino (Ser-Lys-Leu) yang terletak di Cterminus dari banyak fungsi protein peroxisomal berperan sebagai sinyal
impor (lihat Tabel 12-3, hal. 702). Protein peroxisomal lainnya berisi urutan
sinyal dekat N-terminus. Jika salah satu urutan melekat ke protein sitosol,
protein diimpor ke peroksisom. Proses impor masih kurang dipahami,
meskipun diketahui melibatkan kedua protein larut reseptor di sitosol, yang
mengenali sinyal menargetkan, dan protein docking pada permukaan sitosol dari
peroksisom. Setidaknya 23 protein yang berbeda, yang disebut peroxin,
berpartisipasi dalam proses impor yang didorong oleh hidrolisis ATP.
Peroksisom tidak memiliki DNA dan ribosom sehingga tidak dapat mensintesis
protein sendiri. Oleh karena itu dilakukan impor protein melalui membran. Hanya
protein tertentu yang dapat masuk ke peroksisom, yaitu protein yang memiliki
sekuen tiga asam amino spesifik (serin-lisin-leusin) pada ujung C atau ujung N
(Protein Targeting Signal/PTS). Protein reseptor impor peroksisom yang terlibat
dalam transpor protein ke dalam peroksisom adalah peroksin (Pex). Protein
reseptor impor peroksisom yang larut dalam sitosol (Pex2 atau Pex5)
mengenali protein peroksisom di sitosol yang mengandung tiga

sekuens asam amino spesifik di ujung N atau ujung C. Pex2 atau Pex5
mengangkut protein ke dalam peroksisom dengan bantuan protein
membran peroksisom. Kemudian di dalam peroksisom protein
dilepaskan lalu Pex2 atau Pex5 kembali ke sitosol.

Gambar 1. Mekanisme transpor protein ke dalam peroksisom

Mekanisme pembentukan peroksisom
Protein untuk pembelahan disintesis di ribosom pada sitosol lalu
diimpor ke dalam peroksisom. Impor protein menyebabkan pertumbuhan dan
pembentukan peroksisom melalui pembelahan. Pembelahan mengikuti
pembesaran yang dialami oleh peroksisom, lalu muncul tonjolan/tunas di salah
satu bagian yang mengakumulasi lipid. Tonjolan ini lalu memisahkan diri.
Ribosom bebas, yang tidak melekat pada retikulum endoplasma,
memasok protein untuk isi dan membran, sementara dari sitosol
dipasok beberapa gugus penting, seperti heme, bagi pembentukan
katalase dan peroksidase.

Gambar 2. Mekanisme pembentukan peroksisom

RETIKULUM ENDOPLASMA
Retikulum Endoplasma sendiri terdiri atas ruangan-ruangan kosong yang ditutupi
dengan membran dengan ketebalan 4 nm (nanometer, 109 meter). Membran ini
berhubungan langsung dengan selimut nukleus atau nuclear envelope. Pada
bagian-bagian Retikulum Endoplasma tertentu, terdapat ribuan ribosom.
Ribosom merupakan tempat di mana proses pembentukan protein terjadi di
dalam sel. Bagian ini disebut dengan Retikulum Endoplasma Kasar. Kegunaan
daripada Retikulum Endoplasma Kasar adalah untuk mengisolir dan
membawa protein tersebut ke bagian-bagian sel lainnya. Kebanyakan
protein tersebut tidak diperlukan sel dalam jumlah banyak dan
biasanya akan dikeluarkan dari sel. Contoh protein tersebut adalah

enzim dan hormon. Sedangkan bagian-bagian Retikulum Endoplasma yang

tidak diselimuti oleh ribosom disebut Retikulum Endoplasma Halus.
Kegunaannya adalah untuk membentuk lemak dan steroid. Sel-sel yang
sebagian besar terdiri dari Retikulum Endoplasma Halus terdapat di
beberapa organ seperti hati.
Retikulum endoplasma memiliki struktur yang menyerupai kantung
berlapis-lapis. Kantung ini disebut cisternae. Fungsi retikulum endoplasma
bervariasi, tergantung pada jenisnya. Retikulum Endoplasma (RE) merupakan
labirin membran yang demikian banyak sehingga retikulum endoplasma meliputi
separuh lebih dari total membran dalam sel-sel eukariotik. (kata endoplasmik
berarti di dalam sitoplasma dan retikulum diturunkan dari bahasa latin yang
berarti jaringan). Pengertian lain menyebutkan bahwa RE sebagai
perluasan membran yang saling berhubungan yang membentuk saluran
pipih atau lubang seperti tabung di dalam sitoplasma. Lubang/saluran
tersebut berfungsi membantu gerakan substansi-substansi dari satu
bagian sel ke bagian sel lainnya.
Jadi fungsi RE adalah :
Mendukung sintesis protein dan menyalurkan bahan genetic antara inti sel
dengan sitoplasma dan berfungsi sebagai alat transportasi zat-zat di
dalam sel itu sendiri.
Menjadi tempat penyimpan Calcium, bila sel berkontraksi maka calcium
akan dikeluarkan dari RE dan menuju ke sitosol
Memodifikasi protein yang disintesis oleh ribosom untuk disalurkan ke
kompleks golgi dan akhirnya dikeluarkan dari sel. (RE kasar)
Mensintesis lemak dan kolesterol, ini terjadi di hati (RE kasar dan RE
halus)
Menetralkan racun (detoksifikasi) misalnya RE yang ada di dalam sel-sel
hati.
Transportasi molekul-molekul dan bagian sel yang satu ke bagian sel yang
lain (RE kasar dan RE halus)
12.3 ER Secara Struktur Dan Fungsi Sangat Beragam

ER menangkap protein yang

berada dari sitosol ketika mereka
sedang disintesis. Protein ini
terdiri dari dua jenis: protein
transmembran, yang hanya
sebagian tertranslokasi melintasi
membran
ER
dan
menjadi
tertanam
di
dalamnya
dan
protein yang larut dalam air,
yang sepenuhnya tertranslokasi
melintasi membran ER dan
dilepaskan ke dalam lumen ER.
Beberapa protein transmembran berfungsi di RE, tetapi banyak yang ditakdirkan
untuk berada di membran plasma atau membran organel lain. Protein yang larut
dalam air ditakdirkan baik untuk sekresi atau untuk tinggal di lumen organel.
Semua protein ini, Semua protein ini, terlepas dari nasib mereka selanjutnya,
diarahkan ke membran ER oleh urutan sinyal ER, yang memulai translokasi
mereka dengan mekanisme umum. Urutan sinyal (dan strategi urutan sinyal
dari pemilahan protein) pertama kali ditemukan pada awal tahun 1970 dalam
protein disekresikan dan ditranslokasikan melintasi membran ER. Dalam
percobaan, mRNA yang mengkode protein disekresikan dan diterjemahkan oleh
ribosom in vitro. Ketika mikrosom (pecahan dari retikulum endoplasma yang
terjadi pada sentrifugasi terfraksinasi dari homogenat sel hati) dihilangkan dari
sistem sel-bebas ini, protein yang disintesis ternyata sedikit lebih besar dari
protein disekresikan dalam keadaan normal, komponen ekstra menjadi pemimpin
(leader) peptida di ujung N-terminal. Menurut hipotesis sinyal, pemimpin adalah
urutan sinyal yang mengarahkan protein disekresikan ke membran RE.
Proses Sintesis Protein di RE

Struktur SRP. (a) SRP mengandung 6 protein subunit dan satu molekul
RNA(warna merah). Formasi RNA SRP merupakan rangka utama yang
menghubungkan bagian utama SRP yang mengandung daerah pengikatan
urutan sinyal dengan translation pause domain. Terdapat engsel dibagian
molekul RNA SRP yang pada terjadi pengikatan dengan ribosom dapat menekuk.
(b). Pengikatan SRP pada ribosom. SRP berikatan dengan ribosom sub unit besar
dimana urutan sinyal pengikat diposisi dekat dengan rantai polipeptida yang
akan keluar dan translational pause domain di posisi permukaan antara ribosom
subunit, ketika terjadi elongasi.
Sintesis polipeptida dimulai dengan tahap inisiasi di dalam sitoplasma yaitu
setelah mRNA mengikat ribosom bebas, ribosom yang tidak berada pada
membran sitoplasma. Kemudian diikuti tahap pemanjangan translasi di
sitoplasma sampai polipeptida menghasilkan sekuen sinyal yang disebut sinyal
peptide (N-terminal)yang terdiri dari 6-15 asam amino non polar.
Tahap
berikutnya sekuen sinyal yaitu sinyal peptide memberi tahu ribosom

yang mencetaknya agar menempel pada membran Retikulum

Endoplasma. Caranya yaitu sekuen sinyal dikenali oleh Signal Recognition
Particle(SRP). SRP kemudian menempel pada signal sekuen pada polipeptida
dan Ribosom serta membawa sinyal sekuen bersama ribosom pencetaknya
menuju membran RE. Selama proses ini proses elongasi tidak akan terjadi
dikarenakan dibagian SRP terdapat bagian yang digunakan untuk menghentikan
sementara proses elongasi yang dinamakan dengan translation pause
domain.
SRP yang sudah mengikat sinyal
peptide dan ribosom kemudian
dikenali oleh protein reseptor SRP
pada membran RE yang kemudian
berikatan
antara
SRP
dengan
reseptor SRP. Ikatan yang terjadi
antara SRP dengan reseptor SRP
dikuatkan dengan adanya ikatan
yang terjadi antara GTP(Guanosine5'-triphosphate) pada SRP dan
reseptor SRP. Ribosom juga akan
menempel
pada
retikulum
endoplasma pada bagian yang
dinamakan
dengan
translokon.
Tahap selanjutnya adalah pelepasan
SRP dengan reseptor SRP-nya.
Lepasnya SRP dengan reseptornya dipengaruhi oleh perubahan GTP menjadi
GDP dengan melepas satu phospat pada keduanya baik SRP maupun resepor
SRP sehingga ikatan keduanya terlepas. Kejadian ini diikuti dengan sekuen sinyal
peptide yang masuk ke lumen RE dan terikat pada bagian translokon. Di dalam
lumen RE, sekuen tersebut dipotong oleh suatu enzim pemotongnya yang
dinamakan dengan sinyal peptidase. Setelah terjadi pemotongan sinyal
peptidase dilanjutkan dengan proses elongasi oleh ribosom untuk mensintesis
protein, protein yang terbentuk masuk ke dalam retikulum endoplasma.
Sebagian besar protein yang berada di sisterna RE sebelum di bawa ke badan
golgi, lisosom, selaput sel, atau ke ruang antar sel merupakan glikoprotein, yaitu
suatu molekul yang memiliki rantai sakarida. Rantai Oligosakarida terdiri dari 14
buah monosakarida yang masing-masing berupa Na-asetilglukosamine, manose,
dan glukosa. Protein yang disintesis di RE kasar dapat semuanya masuk ke
dalam lumen RE kasar, namun ada beberapa jenis protein yang tidak semuanya
masuk ke RE kasar melainkan ada bagian yang masuk ke dalam RE kasar dan
bagian yang berada di sitosol, protein yang demikian dinamakan dengan protein
integral membran.

Sintesis protein yang terjadi di Retikulum Endoplasma kasar

Protein integral pada membran plasma disintesis oleh ribosom di dalam RE
kasar, tetapi dalam prosesnya dipasangkan pada membran RE kasar bukan
ditranspor ke dalam lumen. Selama transpor ke Golgi dan ke permukaan sel,
protein ini tetap terikat pada membran, vesikel akhir yang terbentuk nantinya
akan menyatu dengan membran plasma dan akan ikut menjadi bagian dari
membran plasma yang baru. Setelah pemasangan pada membran RE kasar,
bagian dari protein yang menghadap ke sisi dalam RE kasar nantinya akan
menghadap keluar pada permukaan sel. Bagian yang menghadap sisi dalam
inilah yang akan mengikat karbohidrat selama glikosilasi di dalam RE kasar dan
kompleks Golgi sehingga nantinya karbohidrat akan terekspos pada sisi luar sel.
Transpor protein membran plasma melewati membran RE terjadi bersamaan
dengan sintesis proteinnya melalui mekanisme yang sama dengan protein
sekretori. Tetapi, sesuai dengan definisinya protein ini dikhususkan untuk
terpasang pada membran dan tidak masuk ke lumen RE kasar sepenuhnya. Ada
beberapa cara hal ini dapat terjadi, tergantung pada tipe protein membran.
Beberapa membran protein integral adalah protein yang hanya sekali merentang
membran, sedangkan pada kasus yang lain ada yang merentang membran
beberapa kali. Kecenderungan protein untuk berada pada membran dan
frekuensi merentang membran bilayer tergantung pada sekuen topogeniknya
yang spesifik di dalam rantai polipeptida. Sekuen topogenik ini adalah suatu
daerah yang diisi dominan oleh asam amino hidrofobik, dan terdiri dari tiga
tipe: sekuen sinyal N terminal, sekuen sinyal internal, dan sekuen stop
transfer.
Protein integral tipe I
digunakan untuk membuat membr an dari Glycophorin, reseptor LDL, reseptor
insulin dan reseptor hormon pertumbuhan, Pada protein membran integral tipe I,
selain sekuen sinyal N terminal yang dipotong oleh sinyal peptidase seperti pada
protein sekretori, ada sekuen hidrofobik kedua yang terdapat di dalam
protein.Oleh karena itu, protein mulai bergerak melewati membran RE kasar saat
sintesis, sama dengan yang terjadi pada protein sekretori, tetapi kemudian
transfer dihentikan sebelum semua protein ditranslokasi kan dan protein akan
tetap terselip pada membran melalui interaksi antara sekuen stop transfer yang
hidrofobik dengan sisi hidrofobik dari membran bilayer.

Proses pembentukan protein integral tipe 1. [1] setelah ribosom terikat pada
translocon dalam membrane RE, urutan sinyal N-terminal dipotong oleh enzim
signal peptidase. [2,3] terjadi proses elongasi sampai rantai hidrofobik stoptransfer anchor sequence disintesis dan memasuki translocon. Rantai ini
mencegah pembentukan rantai baru yang masuk ke dalam lumen RE.[4] stoptransfer anchor sequence kemudian bergerak ke kanan pada membran RE yang
diikuti dengan menutupnya translocon.[5] proses elongasi berlanjut lagi namun
tidak masuk ke dalam lumen RE melainkan akan terbentuk di bagian luar dari
membran RE(bagian sitosol).[6] protein integral terbentuk dengan ujung Nterminal(NH3+) berada di dalam lumen dan C-terminus(COO-)berada di sitosol.
Pada protein membran integral tipe 2, yang ditemukan hanya sekuen sinyal
N-terminal seperti yang ditemukan pada protein sekretori. Namun, sekuen sinyal
nya tidak dipotong dari protein membran oleh sinyal peptidase dan sekaligus
berfungsi sebagai pengait membran. Protein membran integral tipe 3 yang
merentang membran beberapa kali, memiliki beberapa peptida sinyal internal
dan sekuen stop transfer untuk mengatur penyusunan rentangan selama
sintesis. Posisi akhir dari N terminal dan C terminal tergantung pada apakah
sekuen sinyal N terminal dipotong atau tidak, dan juga bergantung pada sekuen
terakhirnya apakah sekuen sinyal internal atau sekuen stop transfer. Beberapa
jenis protein kekurangan sinyal N terminal dan hanya memiliki sekuen sinyal
internal.
Proses pembentukan protein integral tipe II dan tipe III.Urutan sinyal
yang masuk ke dalam RE dapat terjadi melalui dua jalan yang berbeda. Protein
dapat masuk ke dalam lumen RE baik N-terminus maupun C-terminus. Proses
nya adalah jika ada lebih asam amino positif sebelum rantai hidrofobik maka
akan berakibat pada N-terminal berada di sitosol(protein inetral tipe II)gambar A.
sedangkan jika ada kelebihan asam amino positif setelah rantai hidrofobik maka
C-terminal berada di sitosol sedangkan N-terminal berada di lumen RE, gambar
B. Protein-protein yang terikat di membran secara kovalen dengan struktur GPI
pada C terminal nya memiliki sekuen sinyal N terminal untuk mengarahkan
mereka ke membran RE kasar dan juga sekuen hidrofobik kedua pada ujung C
terminalnya. Sekuen sinyal N terminal dipotong sinyal peptidase, sementara itu
sekuen C terminal menambahkan struktur GPI pada residu asam amino dekat C
terminal. Struktur GPI tersusun secara bertahap atas penambahan gula

(glukosamin dan manosa) dan etanolamin fosfat pada fosfatidilinositol di dalam

membran RE kasar. Enzim transamidase kemudian memotong sekuen sinyal C
terminal dan secara bersamaan menambahkan potongan GPI yang sudah
lengkap.
12.4 Sintesis Fosfolipid
Proses sintesis lipid terjadi di membran retikulum endoplasma termasuk di
dalamnya fosfolipid dan kolesterol yang banyak digunakan untuk memproduksi
membran sel baru. Fosfolipid yang banyak di sintesis di membran retikulum
endoplasma adalah jenis fosfatdilkolin atau yang sering disebut lesitin.
Pembentukan fosfatidilkolin dibentuk melalui tiga tahapan utama yaitu kolin, dua
asam lemak, dan gliserol fosfat. Setiap langkah yang terjadi dikatalis oleh enzim
yang terdapat di dalam membran RE yang memiliki situs aktif yang menghadap
sitosol. Tahap pertama asam lemak di sitosol yang tidak larut dalam air diikat
oleh asam lemak binding protein untuk di bawa ke membran RE. Tahap
berikutnya terjadi penambahan CoA ke asam lemak oleh enzim CoA transferase.
Kemudian diikuti penambahan gliserol 3-fosfat yang dibabtu oleh enzim acyl
transferase, pada proses ini juga terjadi pelepasa CoA sehingga terbentuk
phosphatidic acid (asam phosphatidic). Tahap selanjutnya terjadi pelepasan
phospat pada phosphatidic acid yang dibantu oleh enzim phosphatase, setelah
kehilangan satu phosphat dilanjutkan dengan pengikatan CDP choline (cytidinediphosphocholine (CDP-choline) pada phosphatidic acid yang sudah kehilangan
satu phospat yang dibatu oleh enzim choline phosphatransferase, proses ini
mengakibatkan pelepasan CMP (Chistidine MonoPhosphate) lepas sehingga
membentuk phosphatidylcoline.

Proses sintesis fosfolipid pada RE kasar

Proses pembentukan phosphatidylcholine akan dilanjutkan dengan proses
pembalikan phospatidylcoline sehingga phospatidylcoline akan membentuk dua
lapisan dimana satu bagian menghadap ke sitosol dan satu bagian dari
phospatidylcoline menghadap ke lumen RE. Proses pembalikan ini dibantu oleh
enzim flippase yang mengubah letak phospatidylcoline pada membran RE.

Gambar 11: Proses pembalikan phosphatidylcoline yang dibatu oleh enzim

flippase.