Pengetahuan tentang geometri molekul mempunyai peranan penting untuk memahami hubungan struktur-aktivitas (pasal 9). Berkenan dengan ini , faktor stereokimia mempengaruhi setiap sifat fisikokimia suatu molekul, dan para meter sterik yang paling sederhana adalah ukuran substituen atau gugus lain. Usaha pertama untuk memasukan efek sterik kedalam hubungan energi-bebas linear antara struktur dan aktivitas farmakologi suatu molekul adalah parameter sterik taft (Es;lihat martin, 1978). Parameter ini didefinisikan sebagai selisih antara logaritma maju nisbi hidrolisis terkatalisis-asam suatu senyawa bersubstituen karboksimetil dengan logaritma laju hidralosis metilasetat sebagai baku ; ESX = log KxCOOCH3 log KCH3COOCH3 X adalah molekul atau fragmen molekul bersangkutan yang mengandung gugus karboksimetil dengan beberapa perbaikan yang di usulkan oleh penulis lain. E
telah terbukti dalam
sejumlah kecil hubungan struktur-aktivitas.
Ukuran geometri molekul lainnya bagi berbagai substituen adalah parameter sterik verloop. Ini dihitung dari sudut ikatan d'an dimensi atom-terutama panjang gugus substituen dan berbagai ukuran lebarnya. Kedengarannya mudah, tetapi kita harus memperhitungkan ruah molekul sebagai faktor penting yang selama ini di abaikan dalam menyimpulkan kuantitatif ganda tentang struktuk dan aktivitas farmakilogi. Balaban dkk.(1980) merancang beberapa metode sejenis.