ENZIM

Amin Fatoni

ENZIM?
Enzyme merupakan proteins yang
mengkatalisis reaksi biokimia tanpa ikut
bereaksi.
Struktur protein
Terdiri dari satu atau lebih rantai asam
amino terlipat dalam bentuk tertentu

Katalis
Bahan yang berperan dalam meningkatkan
laju reaksi kimia, tetapi tidak ikut bereaksi
dan tidak habis terkonsumsi selama reaksi
tersebut

SEJARAH ENZIM
Bentuk katalis sistem biologi pertamakali ditemukan awal
tahun 1800 : pati gula oleh air liur dan berbagai ekstrak
tumbuhan.

Th 1850, Louis Pasteur : fermentasi gula alkohol oleh ragi

dikatalis fermen enzim didalam ragi tidak dapat
dipisahkan dari struktur sel ragi hidup
TH 1897, Buchner berhasil mengekstraksi enzim : fermentasi
gula alkohol dr ragi
TH 1926, JB SUMMER dpt mengisolasi urease dari biji buah
nangka dlm bentuk kristal murni enzim adalah protein

SEJARAH ENZIM
Richard Willstatter Enzim adalah senyawa BM rendah,
protein yang ditemukan pada kristal urease pencemar

Th 1930, John Northrop: mengkristalkan pepsin dan tripsin,

Enzim adalah protein
Semua enzim murni berstruktur protein aktivitas

katalitiknya tergantung pada integritas strukturnya sebagai

protein enzim memiliki fungsi katalitik tergantung pada
keutuhan struktur primer, sekunder dan tersier protein

PENAMAAN ENZIM
Dikenal dari sumbernya
Papain : protease dari pepaya
Bromelain ; protease dari nanas (family
Bromeliaceae)
Sebagian besar berdasarkan substrat nya,
ditambah akhiran ase
amilase amilum
Protease protein

BAGAIMANA REAKSINYA?
Semua reaksi kimia memerlukan energi
Energi Aktivasi
Molekul ketika mendapatkan energi
aktivasi akan berada pada keadaan
transisi (transition state).

REAKSI KIMIA

2007 Paul Billiet ODWS

MEMPERCEPAT REAKSI
Meningkatkan suhu, sehingga Molekul
bergerak lebih cepat
Sistem biologis sangat sensitive terhadap
perubahan suhu.
Enzim dapat mempercepat reaksi tanpa
meningkatkan suhu.
Enzim bekerja dengan menurunkan energi
aktivasi.
Enzim tersebut menciptakan jalur reaksi baru
short cut
2007 Paul Billiet ODWS

MENURUNKAN E AKTIVASI

KECEPATAN REAKSI ENZIMATIS?

Enzim mempercepat reaksi 108 1011 x kecepatan

reaksi non enzimatis.

2007 Paul Billiet ODWS

STRUKTUR ENZIM
Enzyme merupakan
protein
Berbentuk globular
Struktur 3-D yg kompleks

Human pancreatic
amylase
Dr. Anjuman Begum

2007 Paul Billiet ODWS

SISI AKTIF ENZIM

H.PELLETIER, M.R.SAWAYA
ProNuC Database

2007 Paul Billiet ODWS

Bagian penting
enzim adalah sisi
aktif
Bentuk dan
lingkungan sisi aktif
yang
memungkinkan
reaksi berjalan lebih
cepat

COFACTORS
Kofaktor : molekul
non protein lain
dibutuhkan
beberapa enzim
untuk membantu
reaksi
Kofaktor yang terikat
permanen disebut
gugus prostetik
Kofaktor yang mudah
terikat dan terlepas
lagi disebut koenzim
Beberapa vitamin
merupakan koenzim Nitrogenase enzyme with Fe, Mo and ADP cofactors
Jmol from a RCSB PDB file 2007 Steve Cook

2007 Paul Billiet ODWS

H.SCHINDELIN, C.KISKER, J.L.SCHLESSMAN, J.B.HOWARD, D.C.REES

STRUCTURE OF ADP X ALF4(-)-STABILIZED NITROGENASE COMPLEX AND ITS
IMPLICATIONS FOR SIGNAL TRANSDUCTION; NATURE 387:370 (1997)

SUBSTRAT
Substrat suatu enzim merupakan reaktan yang
diaktivasi oleh enzim tersebut.
Enzim spesifik terhadap substratnya

Spesifisitas enzim ditentukan oleh sisi aktifnya

2007 Paul Billiet ODWS

ENZIM - SUBSTRAT
2 hipotesis
Lock and Key
Induce fit

LOCK AND KEY

Kesesuaian substrat-enzim pada bentuk yang rigid
dan cocok
Seperti kunci dan gemboknya, yang sangat presisi
dan cocok
Terbentuk struktur antara kompleks enzim-substrat
Bentuk produk dan substrat berbeda
Setelah produk terbentuk, akan terlepas dari enzim
dan sisi aktif enzim siap untuk substrat yang lain

2007 Paul Billiet ODWS

LOCK AND KEY

THE LOCK AND KEY

HYPOTHESIS
Menjelaskan spesifisitas enzim
Menjelaskan enzim kehilangan
aktivitasnya ketika terdenaturasi

2007 Paul Billiet ODWS

INDUCED FIT HYPOTHESIS

Beberapa protein dapat berubah
bentuknya (konformasi)
Ketika enzim berikatan dengan substrat,
bentuknya berubah
Sisi aktif berubah menjadi konformasi yang
sesuai, menyediakan lingkungan yang
sesuai untuk bereaksi
Ikatan pada substrat ikut berubah,
sehingga energi aktivasi menjadi lebih
rendah
2007 Paul Billiet ODWS

INDUCED FIT

THE INDUCED FIT HYPOTHESIS

Hexokinase (a) without (b) with glucose substrate

http://www.biochem.arizona.edu/classes/bioc462/462a/NOTES/ENZYMES/enzyme_mechanism.html

Teori ini menjelaskan enzim dapat mengkatalisis

substrat yang mirip (e.g. protease)
2007 Paul Billiet ODWS

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI

KERJA ENZIM
Konsentrasi Subtrat
pH
Temperatur / suhu
Inhibitors

2007 Paul Billiet ODWS

SUBSTRATE CONCENTRATION: NON-ENZYMIC REACTIONS

Reaction
velocity

Substrate concentration

Kecepatan reaksi meningkat dengan peningkatan

konsentrasi substrat pada reaksi kimia biasa
2007 Paul Billiet ODWS

SUBSTRATE CONCENTRATION: ENZYMIC REACTIONS

Vmax
Reaction
velocity

Substrate concentration

Kecepatan reaksi meningkat sejalan dengan peningkatan

konsentrasi substrat, sampai semua enzim berikatan dengan
subtract V max
2007 Paul Billiet ODWS

KINETIKA ENZIM
Laju / Vmax susah ditentukan
Dikenalkan istilah KM (Konstanta Michaelis Menten)
Konsentrasi substrat ketika kecepatan reaksi = V max

Dapat dicari secara pasti dengan inversi kurva substrat vs laju

reaksi, dikenal dengan transformasi Line Waever Burk

PENGARUH PH
Optimum pH values

Enzyme
activity

Trypsin

Pepsin
1
2007 Paul Billiet ODWS

7
pH

11

Pengaruh pH
pH ekstrem (asam / basa) menyebabkan
denaturasi (perubahan bentuk) enzim
Sisi aktif terdistorsi, substrat tidak cocok lagi
Sedikit perubahan pH perubahan
muatan, tetap terjadi reaksi tetapi lebih
lambat

2007 Paul Billiet ODWS

PENGARUH SUHU
Q10 (the temperature coefficient) =
perubahan laju reaksi oleh kenaikan suhu
10C.
Reaksi kimia umum Q10 = 2 3

Reaksi dua atau tiga kali lebih cepat ketika

suhu dinaikkan tiap10C

Pada dasarnya reaksi enzimatis mengikuti

aturan tersebut
Namun pada suhu tinggi, protein terdenaturasi
Suhu optimal reaksi enzimatis pada keadaan
seimbang antara Q10 dan denaturasi
2007 Paul Billiet ODWS

THE EFFECT OF TEMPERATURE

Q10

Enzyme
activity

2007 Paul Billiet ODWS

10

20
30
40
Temperature / C

Denaturation

50

PENGARUH SUHU
Sebagian besar enzim optimal pada suhu
30C
Beberapa diantaranya pada suhu dingin,
contoh ikan air dingin (dekat kutub) akan
mati pada suhu 30C karena enzimnya
terdenaturasi
Beberapa bakteri ada yang tahan suhu
tinggi bahkan sampai 100C
Sebagian besar enzim akan terdenaturasi
sempurna pada suhu 70C
2007 Paul Billiet ODWS

INHIBITOR
Inhibitor merupakan bahan yang menurunkan laju
reaksi enzimatis.
Inhibitor biasanya spesifik dan konsentrasinya rendah.

Inhibitor menghambat enzim bekerja, bukan

menghancurkannya.
Berbagai obat dan racun merupakan inhibitor enzim di
system syaraf.

2007 Paul Billiet ODWS

PENGARUH
PENGHAMBATAN
Irreversible inhibitor: berikatan dengan asam amino
pada sisi aktif secara permanen, tidak dapat balik.
Contoh: gas syaraf dan pestisida, berisi organo fosfor,
berikatan dengan residu serin pada enzim
acetylcholine esterase.

2007 Paul Billiet ODWS

PENGHAMBATAN
Reversible inhibitors: dapat dilepaskan dari enzim
setelah terjadi pengambatan.
Ada dua jenis
Kompetitif
Non kompetitif

2007 Paul Billiet ODWS

PENGHAMBATAN KOMPETITIF
1. Competitive: Inhibitor
berkompetisi dengan
substrat untuk
menempati sisi aktif
enzim
2. Penghambatan
proporsional dengan
konsentrasi inhibitor

2007 Paul Billiet ODWS

E+I
Reversible
reaction

EI
Enzyme inhibitor
complex

THE EFFECT OF ENZYME

INHIBITION
Fumarate + 2H++ 2e-

Succinate
Succinate dehydrogenase

CH2COOH

COOH

CHCOOH

CH2
CH2COOH

COOH
Malonate

2007 Paul Billiet ODWS

CHCOOH

CONTOH LAIN
Examples:
Cyanide binds to enzyme in the Electron
Transport Chain preventing formation of
ATP.
Carbon Monoxide binds to hemoglobin
irreversibly, therefore, no oxygen can be
carried
Penicillin binds to enzyme that allows
bacteria to make its protective covering,
therefore, bacteria becomes susceptible to
the immune system and other drugs

PENGHAMBATAN NON
KOMPETITIF
2. Non-competitive: tidak dipengaruhi konsentrasi
substrat. Menghambat dengan ikatan
permanen tetapi bukan pada sisi aktif.
Contoh
Logam berat, Ag or Hg, berikatan dengan
gugusSH
Logam berat dapat dilepaskan lagi, misalnya
dengan penambahan bahan pengkelat EDTA.
2007 Paul Billiet ODWS