Pemilu presiden di beberapa daerah di Yogyakarta mengalami beberapa masalah kecil. Beberapa tempat
pemungutan suara (TPS) menerima logistic pemilu yang tidak lengkap. Masalah ini terjadi karena adanya kesalahan
pengiriman logistik pemilu.
Menurut ketua Panwas Kulon Progo, M. Jumarin, masalah logistik yang terjadi di beberapa TPS dapat segera
diatasi. Cepatnya penanganan kekurangan logistik karena kerja sama antara Panitia Pemilihan Umum Kecamatan
(PPK) dengan Panwas Kecamatan
Kekurangan logistik pemilu terjadi di Tirtorahayu sebanyak dua puluh lima surat suara. Selain itu, di Krembang
kekurangan surat suara sebanyak sembilan puluh surat suara.