Spektrometer massa (mass spectrometer) beroperasi dengan mengkonversi molekul
menjadi bentuk ion bermuatan, dengan analisis selanjutnya terhadap ion dan setiap ion fragmen yang dihasilkan selama proses ionisasi, berdasarkan massa dan besarnya nilai rasio massa/muatan (m/z). Beberapa teknologi berbeda telah dikembangkan untuk mengionisasi maupun menganalisis ion, sehingga menghasilkan perbedaan tipe mass spektrometer dengan perbedaan kombinasi kedua proses tersebut. Dalam analisis senyawa dengan volatilitas tinggi dapat menggunakan instrumen GC-MS, sebaliknya apabila senyawa memiliki volatilitas rendah maka analisis dapat dilakukan dengan LC-MS. Pada setiap instrumen tersebut terdapat beberapa bagian penting antara lain sampel holder, ion source, mass analyzer, dan detektor. Beberapa macam sumber ion (ion source) yang umum digunakan adalah Electrospray Ionisation (ESI), Chemical Ionisation (CI), Electron Impact ionisation (EI), Fast Atom Bombardement (FAB), Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation (MALDI), dan Atmospheric Pressure Ionisation (API). API terbagi menjadi 2 yaitu Atmospheric Pressure Chemical Ionisation (APCI) dan Atmospheric Pressure Photo-ionisation (APPI).