LAPORAN KEMAJUAN

PROPOSAL PROGRAM KREATIVITAS MAHASISWA

JUDUL PROGRAM

IDENTIFIKASI KERAGAMAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER SPESIES

DIOSCOREA DI PULAU BINONGKO KABUPATEN WAKATOBI

BIDANG KEGIATAN:
PKM PENELITIAN

Diusulkan Oleh:

Ketua Kelompok : Saharudin (F1D1 12 027)

Anggota : 1. Muhamad Azwar Syah (F1D1 12 001)
2. Herlina (F1D1 14 071)

UNIVERSITAS HALU OLEO

KENDARI
2016

i
ii
 RINGKASAN
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman intraspesies
Dioscorea di Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi Sulawesi Tenggara, dengan
teknik identifikasi morfologi dan diperkuat dengan teknik molekuler menggunakan
primer spesifik gen rRNA dalam menenturkan tingkat keragaman intraspesies
Dioscorea. Tujuan jangka panjang yaitu untuk mendapatkan spesies Dioscorea yang
unggul menggunakan teknologi rekayasa genetik sehingga dapat dimanfaatkan untuk
membantu diversifikasi pangan. Metode penelitian ini yaitu identifikasi morfologi
yang diperkuat dengan teknik identifikasi molekuler menggunakan primer spesifik
Fragmen ITS gen rRNA Dioscorea. Sebanyak 13 individu tanaman dari kelompok
Dioscorea hasil yang dikoleksi dari Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi telah
dikarakterisasi berdasarkan karakter daun, batang dan arah belit mengacu pada Martin
(1974), Backer, dkk., (1968), Heyne (1993) dan Ke (2000). Hasil karaterisasi
morfologi menunjukkan keragaman sifat kualitatif pada daun lebih tinggi dari batang.
Berdasarkan karakteristik daun dan batang dapat diidentifikasi bahwa hasil koleksi
ada yang terdiri dari Dioscorea esculenta (Lour.) (Burk.), Dioscorea alata L.,
Dioscorea hispida Denst. dan Dioscorea pentaphylla. Keragaman terlihat dari bentuk
daun, morfologi batang dan arah lilit batang. Hasil karakterisasi morfologi
memperlihatkan bahwa Dioscorea alata L. memiliki tingkat keragaman yang tinggi
berdasarkan variasi pada daun dan batang sehingga dipilih untuk dikarakterisasi lebih
lanjut menggunakan teknik molekuler berdasarkan fragmen ITS gen rRNA spesifik.
Hasil isolasi DNA dan PCR memperlihatkan pita yang tegas dan terbentuknya pita
DNA target gen rRNA. Hasil PCR disekuensing untuk dianalisis dengan
membandingkan urutan nukleotida Dioscorea yang dimiliki dengan yang ada di
BankGene dengan menggunakan software Blast pada situs NCBI dan MEGA 4.02.

Kata kunci : Dioscorea, ITS, sequencing rDNA, Phylogeny Analysis.

iii
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL
HALAMAN PENGESAHAN
DAFTAR ISI
RINGKASAN
I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
B. Rumusan Masalah
C. Tujuan Penelitian
D. Urgensi Penelitian
E. Target Penemuan dan Kontribusi Penelitian
F. Luaran Yang Diharapkan
G. Manfaat Penelitian
II. TARGET LUARAN
III. METODE PENELITIAN
A. Tahapan Penelitian
B. Luaran
C. Indikator Capaian yang Terukur
D. Cara Penafsiran
E. Penyimpulan Hasil Penelitian
IV. HASIL YANG DICAPAI
V. POTENSI HASIL
VI. RENCANA TAHAPAN BERIKUTNYA
LAMPIRAN-LAMPIRAN
Lampiran 1. Penggunaan Dana
Lampiran 2. Bukti-Bukti Pendukung Kegiatan

iv
 I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Masyarakat di Pulau Binongko mengenal tumbuhan Dioscorea sejak
tahun1900-an dan dijadikan sebagi pangan utama, namun sekarang ini telah dijadikan
sebagai makanan pengganti yang digunakan pada musim paceklik. Menurut Richana
dan Sunarti (2004) Dioscorea merupakan salah tanaman pangan yang memiliki
prospek yang besar untuk dijadikan tanaman pangan berkarbohidrat tinggi, karena
mengandung pati 63,31%, protein 6,66% dan lemak 0,64%. Masyarakat lokal
mengenal dan membagi beberapa jenis Dioscorea dengan nama hopa, santa, manga
dan hondo yang dikenali berdasarkan morfologi daun, batang dan umbi. Tingkat
keragaman, pembudidayaan, tingginya tingkat konsumsi dan pengetahuan masyarakat
lokal yang lebih dibanding wilayah lain merupakan poin utama pentingya dilakukan
identifikasi morfologi dan molekuler guna mengetahui keanekaragaman spesies
Dioscorea di pulau ini.
Tingginya kemiripan sifat dan ciri morfologi beberapa spesies Dioscorea yang
terdapat di Pulau Binongko membuat sulitnya proses identifikasi secara morfologi.
Hal ini membuat pentingnya identifikasi secara molekuler untuk mengetahui
keragaman dibawah spesies pada spesies Dioscorea yang memiliki kemiripan yang
tinggi. Seiring berkembangan ilmu biologi molekuler, identifikasi tanaman pada
takson dibawah spesies makin mudah dilakukan dengan tingkat validitas yang tinggi.
Hal ini dikarenakan sifat yang diamati pada identifikasi tanaman adalah DNA
(Deoksiribonucleid Acid) yang genotipnya sulit dipengaruhi oleh faktor lingkungan
(Gusmiaty, dkk, 2012).
Salah satu cara mempelajari keragaman Dioscorea yakni dengan mengisolasi
dan mengkaraterisasi gen ribosomal RNA yang berperan penting dalam proses
sintesis protein. Karakteristik gen rRNA penting dalam dunia taksonomi, karena gen
rRNA spesifik untuk tiap spesies sehingga dapat membedakan suatu spesies tanaman
berdasarkan ukuran dan urutan DNAnya. Identifikasi keragaman intraspesies tanaman
dapat dilakukan dengan menggunakan metode isolasi dan mengamplifikasi gen rRNA
tanaman (Crawford, 1990). Gen rRNA pada tanaman terdiri dari bagian ITS
(Intragenic Transcribed Spacer) dapat dijadikan sebagai primer spesifik dalam proses
PCR dan dipakai untuk proses analisis keragaman intraspesies Dioscorea yang tinggi
dapat diperlihatkan berdasarkan pohon filogenetik.
B. Rumusan Masalah
Rumusan masalah dalam penelitian ini yaitu:
1. Bagaimana karakter morfologi spesies Dioscorea yang terdapat di Pulau
Binongko Kabupaten Wakatobi?

1
 2. Bagaimana karakter molekuler intraspesies Dioscorea yang memiliki tingkat
keragaman morfologi yang tinggi di Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi?
C. Tujuan Penelitian
Tujuan dari program penelitian ini yaitu:
1. Untuk mengetahui karakter morfologi spesies Dioscorea yang terdapat di Pulau
Binongko Kabupaten Wakatobi?
2. Untuk mengetahui karakter molekuler intraspesies Dioscorea yang memiliki
tingkat tingkat keragaman morfologi yang tinggi di Pulau Binongko Kabupaten
Wakatobi?
D. Urgensi Penelitian
Urgensi penelitian ini adalah untuk mengakarakterisasi secara morfologi dan
molekuler intraspesies Dioscorea yang memiliki tingkat keragaman yang tinggi
secara morfologi untuk diketahui tingkat keragaman dan hubungan filogenetiknya.
menggunakan fragmen ITS (Internal Transcribed Spacier) 1 dan 2 pada gen rRNA
Dioscorea. Tujuan jangka panjang yaitu untuk mendapatkan spesies Dioscorea yang
unggul menggunakan teknologi rekayasa genetik sehingga dapat dimanfaatkan untuk
membantu diversifikasi pangan.
E. Target Penemuan dan Kontribusi Penelitian
Target penemuan pada penelitan ini adalah mendapatkan karakter morfologi
dan molekuler spesies Dioscorea yang memiliki tingkat keragaman tinggi yang
berasal dari Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi, sedangkan kontribusi dari
kegiatan penelitian ini adalah menghasilkan teknik identifikasi yang akurat, juga
menambah wawasan dan ilmu pengetahuan baru di bidang sistematika tumbuhan dan
molekuler sehingga dapat dikembangkan lagi.
F. Luaran Yang Diharapkan
Luaran yang diharapkan pada penelitian ini adalah sebagai berikut:
1. Memberikan pengetahuan baru tentang keragaman spesies Dioscorea yang
berasal dari Pulau Binongko.
2. Menghasilkan metode identifikasi molekuler yang baru menggunakan primer
spesifik gen rRNA dan menghasilkan publikasi ilmiah tentang keragaman dan
teknik identifikasi Dioscorea yang terdapat di Pulau Binongko Kabupaten
Wakatobi yang bertaraf nasional maupun internasional.
G. Manfaat Penelitian
1. Internal
Dapat memberikan pengetahuan dan wawasan baru bagi peneliti dalam
mengidentifikasi morfologi dan molekuler Dioscorea yang terdapat di Pulau
Binongko Kabupaten Wakatobi serta melatih skill dalam bekerja pada bidang
taksonomi tumbuhan dan molekuler yang sesuasi bidang peneliti.

2
 2. Eksternal
Dapat memberikan informasi lebih lanjut tentang Dioscorea yang terdapat di
Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi bagi peneliti yang akan melakukan
penelitian yang relevan.
II. TARGET LUARAN
Target luaran pada penelitian ini adalah sebagai berikut:
1. Mampu mengidentifikasi spesies Dioscorea yang terdapat di Pulau Binongko
Kabupaten Wakatobi berdasarkan karakter morfologi. Karakterisasi Morfologi
dilakukan pada semua spesies Dioscorea yang dikoleksi di lapangan.
2. Mampu mengidentifikasi spesies Dioscorea yang memiliki tingkat kemiripan
morfologi yang tinggi berdasarkan karakter molekuler dengan menganalisis
sekuen nukleotida rDNA pada daerah ITS (Internal Transcribed Spacier).
3. Menghasilkan teknik identifikasi menggunakan penanda molekuler gen rRNA
dengan primer spesifik Dioscorea yang dapat dijadikan sebagai pengembangan
teknik dalam bidang taksonomi tumbuhan dalam mengidentifikasi secara akurat
spesies Dioscorea yang memiliki kemiripan morfologi yang tinggi berdasarkan
analisis molekuler.
III. METODE PENELITIAN
A. Tahapan Penelitian
Tahapan penelitian yang dilakukan pada penelitian ini terbagi dalam dua
kelompok yakni:
1. Identifikasi Morfologi Dioscorea
Tahapan identifikas morfologi dijabarkan menggunakan diagram alir sebagai
berikut:
Eksplorasi dan koleksi spesimen

Dokumentasi Identifikasi awal di Pembuatan herbarium

lapangan kering

Identifikasi lanjutan di Laboratorium

Ekologi dan Taksonomi FMIPA UHO
Gambar 1. Skema pelaksanaan penelitian identifikasi morfologi
Ekplorasi dan Koleksi Sampel
Proses eksplorasi menggunakan metode jelajah, dipandu oleh masyarakat
lokal yang mengetahui tentang jenis-jensi Dioscorea. Setiap tumbuhan
Dioscorea yang ditemukan akan dicatat titik koordinatnya menggunakan GPS.

3
 Koleksi sampel dilakukan dengan mengambil tumbuhan Dioscorea yang
memiliki bagian yang lengkap yakni daun, batang dan umbi.
Identifikasi awal di lapangan
Tumbuhan Dioscorea yang telah dikoleksi akan dicatat sifat dan ciri
morfoginya sesuai karakter penilaian yang dibuat. Sifat dan ciri penting yang
diamati yakni bangun daun (sircumscriptio), bentuk, arah belit dan ada
tidaknya sayap pada batang (caulis) serta morfologi umbi.
Pembuatan Herbarium Kering
Spesimen Dioscorea yang telah dikolesi dan dicatat karakter morfologinya,
kemudian diawetkan menjadi herbarium kering menggunakan metode
pembuatan herbarium Backer, dkk (1968).
Identifikasi lanjutan di Laboratorium
Proses identifikasi lanjutan di laboratorium Taksonomi dan Ekologi FMIPA
UHO, dilakukan untuk membuat deskripsi dan klasifikasi Dioscorea
dilakukan dengan merujuk pada Martin (1974), Backer, dkk., (1968), Heyne
(1993), Ke (2000) dan internet.
2. Identifikasi Molekuler
Tahapan identifikasi molekuler dijabarkan menggunakan diagram alir
sebagai berikut:
Koleksi daun muda

Isolasi DNA genom Desain primer rDNA

PCR
(Polymerase Chain Reaction)

Analisis molekuler & pembuatan pohon

filogeni dengan software Mega 4.02

Gambar 2. Skema pelaksanaan penelitian identifikasi molekuler

Isolasi DNA Dioscorea
Ekstraksi DNA Dioscorea, menggunakan metode CTAB. Sampel yang
digunakan pada isolasi diambil dari 100 mg daun muda, lalu digerus dengan
lumpang dan alu. Sampel yang telah digerus dimasukkan kedalam eppendorf
1,5 ml, ditambahkan 600 l buffer lisis CTAB dan 1,2 l -mercaptoetanol
selanjutnya vortex dan dibolak-balik. Sampel diinkubasi selama 30 menit
dengan suhu 65C dibolak-balik setiap 5 menit. setelah 30 menit, sampel

4
 dimasukkan kedalam kulkan selama 5 menit lalu di sentrifugasi pada
kecepatan 10.00 rpm selama 10 menit dalam suhu 8C. Supernatan lalu
diambil dan dipindahkan ke eppendorf baru kemudian ditambahkan PC
sebanyak 1x volume supernatan, selanjutnya disentrifugasi pada kecepatan
10.00 rpm selama 10 menit dalam suhu 8C. Proses ektraksi menggunakan PC
diulangi sebanyak dua kali. Supernatan diambil dan dipindahkan ke eppendorf
baru lalu ditambahkan sodium asetat sebanyak 0,1x volume supernatant
kemudian ditambahkan etanol absolut sebanyak 2 x volume supernatant,
selanjutnya diinkubasi selama 24 jam. Setelah diinkubasi, sampel kemudian di
sentrifugasi pada kecepatan 10.00 rpm selama 20 menit dalam suhu 4C.
Supernatant dibuang hingga tersisa pellet DNA kemudian dicuci dengan 0,5
ml etanol 70%, dan dikering anginkan selanjutnya dilarutkan dalam 20 l
aquabidest.
Desain Primer
Primer spesifik yang digunakan dalam penelitian ini diambil dari bagain ujung
3 18S rDNA dan bagian ujung 5 28S rDNA dari spesies Dioscorea alata L.
yang diperoleh dari BankGene. Urutan nukleotida disejajarkan dengan
menggunakan program BioEdit. Daerah yang terkonversi pada ITS rDNA
merupakan daerah spesifik yang dapat digunakan sebagai primer spesifik
dalam PCR.
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Komponen-komponen PCR, yaitu dH2O sebanyak 3 l kedalam eppendorf 50
l, ditambahkan Master Mix 5 l, ditambahkan primer forward dan reverse
Diosa masing-masing 0,5 l, terakhir memasukkan DNA template Dioscorea
alata L. hasil isolasi DNA sebanyak 1 l.
Reaksi PCR dilakukan sebanyak 30 siklus dengan kondisi sebagai berikut:
1. Pre-denaturasi, pada suhu 94C selama 5 menit.
2. Denaturasi, pada suhu 94C selama 1 90 detik.
3. Penempelan primer (annealing), pada suhu 55C selama 1 menit.
4. Pemanjangan rantai (extension), pada suhu 72C selama 90 detik.
5. Post-extension, pada suhu 72C selama 5 menit.
Sekuensing
Pengurutan sekuen nukleotida hasil amplifikasi dilakukan dengan
menggunakan metode Sanger, yang kemudian disejajarkan dengan program
NCBI Blast.
B. Luaran
Luaran yang diharapkan pada penelitian ini adalah mampu menghasilkan publikasi
ilmia tentang karakter morfologi dan molekuler intraspesies Dioscorea di Pulau
Wakatobi yang bertaraf nasional maupun internasional.
5
C. Indikator Capaian
Indikator capaian pada penelitian ini adalah mendapatkan karakter morfologi semua
jenis Dioscorea di Pulau Binongko dan karakter molekuler Dioscorea yang memiliki
tingkat keragaman morfologi yang tinggi di Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi.
D. Cara Penafsiran
Cara penafsiran data berdasarkan hasil urutan sequensing DNA setelah teknik PCR.
E. Penyimpulan Hasil Penelitian
Kesimpulan hasil penelitian ini adalah mengidentifikasi karakter morfologi dan
molekuler spesies Dioscorea yang digunakan sebagai sumber pangan alternatif
khususnya di Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi.
IV. HASIL YANG DICAPAI
A. Identifikasi Karakter Morfologi Dioscorea
Hasil yang dicapai dari proses identifikasi karakter morfologi Dioscorea di
Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi sebagai berikut:
1. Identifikasi nama lokal dan koleksi spesimen
Hasil eksplorasi di Pulau Binongko Kabupaten Wakatobi ditemukan 13 koleksi
Dioscorea yang terlihat pada Tabel 1.
Tabel 1. Hasil perolehan koleksi specimen di Pulau Binongko
No. Nama lokal Asal Nama spesies Titik Koordinat
1 Hondo D. hispida Dents.
2 Hopa karompu D. esculenta (Lour.) (Burk.)
3 Hopa kambuku D. pentaphylla
Desa lagongga

4 Hopa karambau D. esculenta (Lour.) (Burk.) S: 05o 58' 29.4"

5 Hopa marenggo D. esculenta (Lour.) (Burk.) E: 124o 04' 05.8"
6 Santa lole D. alata L.
7 Santa tongke ungu D. alata L.
8 Santa tongke putih D. esculenta (Lour.) (Burk.)
Desa S: 05o 56' 46,4
9 Manga mohute D. alata L.
popalia E: 123o 58; 46,4
10 Manga pada Desa D. alata L. S : 05O 17 03.5
11 Manga daga antapia D. alata L. E: 123O 3135.3
12 Hopa Kaloa Desa Wali D. esculenta (Lour.) (Burk.) S: 05o 56' 56.7"
13 Hopa larantuka Desa wali D. alata L. E: 124o 03' 30.1"

Berdasarkan hasil tanaman yang dikoleksi dan diidentifikasi secara morfologi

berdasarkan penanda pada organ daun, batang, arah belit yang menggunakan
referensi Martin (1974), Backer, dkk., (1968), Heyne (1993) dan Ke (2000),
didapatkan 4 spesies dimana hondo dikenal dengan nama ilmiah Dioscorea
hispida Dents; hopa karompu, hopa karambau, hopa marenggo, hopa kalo dan
hopa larantuka) merupakan spesies Dioscorea esculenta (Lour.) (Burk); hopa
kambuku merupakan Dioscorea pentaphylla; Santa lole, santa tongke ungu,
6
manga mohute termasuk kedalam spesies Dioscorea alata L. Karakter morfologi
dari tiap spesies dapat dilihat pada gambar 3 (a-d).
1. Dioscorea hispida Dennts.

Gambar 4.a (Morfologi Dioscorea hispida Dents.)

Hondo (Dioscorea hispida Dents.) merupakan salah satu anggota dalam
genus Dioscorea yang memiliki ciri morfologi khusus yakni daun majemuk
menjari tiga dimana tiap daunya berbentuk bulat telur (oval) dengan
pertulangan daun menyirip, ujung daun meruncing, tepi daun rata, pangkal
daun menumpul, dan berwarna hijau. Pada batang terdapat duri dengan arah
belit kekiri, meiliki umbi yang kulitnya berwarna coklat dengan daging daun
berwarna putih.
2. Dioscorea pentaphylla

Gambar 4.b (Morfologi Dioscorea pentaphylla)

Santa kambuku (Dioscorea pentaphylla) merupakan salah satu anggota
dalam genus Dioscorea yang memiliki ciri morfologi khusus yakni memilki
daun majemuk menjari tiga pada daun muda dan menjari lima pada daun tua,
berbentuk oval dengan pertulangan daun yang menyirip, ujung daun
meruncing, tepi daun rata, dengan pangkal daun menumpul. Pada ketiak daun
terdapat umbi udara (bulbi) yang berukuran kecil, berwarna kream. Arah belit
batang kekiri dan memiliki umbi yang berwarna coklat dengan banyak
serabut akar pada permukaanya.
3. Dioscorea esculenta (Lour.) (Burk.)

Gambar 4. c (Tanaman Dioscorea esculenta (Lour.) (Burk).

7
 Dioscorea esculenta (Lour.) (Burk) merupakan salah satu anggota dalam
genus Dioscorea yang memiliki keragaman tinggi pada bentuk morfologi
umbinya dimana seperti terlihat pada gambar diatas, namun pada organ
vegetatif seperti daun, tidak terlihat banyaknya variasi pada sifat dan cirinya.
Masyarakat di Pulau Binongko telah dapat mengenali spesies Dioscorea
esculenta serta varietasnya, dimana hal ini terlihat dari penamaan masyarakat
lokal yang memasukan hopa karompu, hopa karambau, hopa marenggo, hopa
kaloa dan hopa larantuka serta santa tongke putih kedalam anggotanya. Ciri
morfologi pada Dioscorea esculenta (Lour.) (Burk) yakni memiliki bentuk
daun menyerupai jantung, dengan ujung daun meruncing, pangkal daun
terbelah, tepi daun rata, pertulangan daun melengkung, tangkai daun terdapat
duri. Batang berwarn coklat memiliki duri dengan arah belit kekiri.
4. Dioscorea alata L.

Gambar 4.d (Morfologi Dioscorea alata L.)

Dioscorea alata L. merupakan salah satu anggota dalam genus Dioscorea
yang secara morfologi memiliki ciri khusus yakni arah belit batangnya yang
kekanan berbeda dengan semua jenis Dioscorea yang lain. Pada beberapa
varietas Dioscorea alata L. memiliki umbi udara yang mirip dengan Dioscorea
bulbifera L. Dioscorea alata L. memiliki tingkat keragaman yang tinggi
dikarenakan pada beberapa varietas terjadi perubahan warna, bentuk bahkan sifat
yang menyerupai spesies lainya. Dioscorea alata L. memiliki bentuk oval, delta
dan bulat telur, dengan ujung daun meruncing, pangkal daun menyerupai delta,
berbagi dengan pangkal yang lebar dan sempit, tepi daun rata, pertulangan daun
melengkung, berwarna hijau, hijau keunguan, pangkal daun berwarna putih
kehijauan, hijau keunguan, berbentuk segi empat dengan sayap, pada batang
terdapat sayap yang berwarna putih, ungu, pada daun muda daunya tumbuh
berhadapan sedang pada batang tua daun tumbuh berselingan. Dikarenakan
banyaknya variasi morfologi yang terdapat pada ciri morfologi pada daun dan
batang maka dipilih manga mohute, santa tongke ungu, manga daga, manga pada
untuk diidentifikasi secara lebih lanjut menggunakan teknik molekuler untuk
menentukan tingkat keragamanya dibawah tingkatan takson spesies.

8
B. Identifikasi Karakter Molekuler Dioscorea alata L.
Proses identifkasi karakter molekuler Dioscorea alata L. terdiri dari 5 tahapan
yakni isolasi DNA genom, desarin primer spesifik, perbanyakan DNA target dengan
teknik PCR, sekuensing dan analisis kekerabatan dan hubungan filogenetik.
1. Isolasi DNA
Keterangan : Tiap angka menunjukkan lokasi
5 sumuran
1. Sumur 1: Sampel manga pada
2. Sumur 2: Sampel manga mohute
3. Sumur 3: sampel manga daga
4. Sumur 4: sampel santa tongke ungu
5. Pita DNA

Gambar 4. Hasil isolasi DNA

Proses identifikasi molekuler diawali dengan tahapan isolasi DNA
kemudian dianalisis menggunakan teknik elektroforesis untuk melihat kualitas
DNA hasil isolasi. Berdasarkan gambar diatas terlihat pita DNA yang tegas pada
keempat sumuran. Ketegasan pita DNA menunjukkan konsentrasi DNA. Pita
DNA yang tinggi. Pita DNA yang tegas baik digunakan untuk tahapan
selanjutnya yakni amplifikasi DNA target gen rRNA yang spesifik pada
Dioscorea alata L.
2. PCR (Polymerase Chain Reaction)
Keterangan : Tiap angka menunjukkan lokasi
sumuran
6. Sumur 1: Sampel manga mohute
7. Sumur 2: Sampel manga daga
4 8. Sumur 3: sampel santa tongke ungu
9. Pita DNA

Gambar 5. Hasil PCR

Hasil PCR diatas mempelihatkan keberadaan gen rRNA spesifik pada
Dioscorea alata L. yang berhasil diamplifikasi. Tegasnya pita DNA menunjukkan
komposisi yang baik dalam proses PCR. sampel manga mohute dan santa tongke
ungu yang berada pada sumuran 1 dan 3 perlu ditingkatkan lagi volume DNA
template menjadi 1,5 l, sedangkan untuk sampel manga daga pada sumuran 2
memiliki komposisi yang baik pada volume DNA template 1 l.

9
 Persentase Hasil Terhadap Target Kegiatan
Berdasarkan hasil tersebut persentase hasil terhadap target kegiatan yakni 90%.

V. POTENSI HASIL
A. Manfaat Artikel Ilmiah
Manfaat yang dapat diperoleh dari artikel ilmiah ini dapat menghasilkan
publikasi ilmiah baik secara nasional maupun internasional tentang identifikasi
morfologi dan molekuler spesies Dioscorea alata L yang terdapat di Pulau Binongko
Kabupaten Wakatobi, Sulawesi Tenggara.
B. Peluang Perolehan Paten dan/atau manfaat terhadap:
Pendidikan
Dapat memberikan wawasan baru tentang metode identifikasi morfologi dan
molekuler dengan menggunakan penanda molekuler gen rRNA sebagai primer
spesifik untuk mengidentifikasi secara akurat dibidang Taksonomi tumbuhan dan
Molekuler sehingga menjadi tolak ukur kemajuan pendidikan khususnya di
Sulawesi Tenggara.
Masyarakat mitra
Memberikan informasi tentang berapa jenis Dioscorea yang tumbuh dan telah
dimanfaatkan oleh masyarakat khususnya di daerah Kabupaten Wakatobi
Sulawesi Tenggara.
VI. RENCANA TAHAPAN BERIKUTNYA
Rencana tahapan setelah prosedur ini yaitu beberapa rangkaian teknik
selanjutnya berupa:
a. Scale Up
Melakukan Scale up yang merupakan proses perbanyakan sampel untuk proses
PCR sehingga menghasilkan DNA target yang banyak pada sampel santa tongke
ungu dan manga mohute.
b. Sekuensing
Sekuensing merupakan proses pengurutan DNA hasil PCR yang telah dilakukan.
c. Analisis Data
Analisis data proses sekuensing yang dilakukan untuk menentukan tingkatan
takson, keragaman, dan hubungan filogenetik santa tongke ungu dan manga
mohute dengan pendekatan molekuler.

10
 Lampiran Penggunaan Anggaran
Jumlah Penggunaan Dana
Rancangan biaya dari Program Kreativitas Mahasiswa (PKM) ini dapat dilihat
pada Tabel 1.
Tabel 1. Rancangan Anggaran Biaya
No. Jenis Pengeluaran Biaya
1 Peralatan Penunjang 1.850.000
2 Bahan Habis Pakai 2.525.000
3 Perjalanan 1.500.000
4 Lain-lain 385.000
Jumlah (Rp.) 6.260.000

Tabel 2. Rincian Penggunaan Dana

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
Pengambilan GPS 1 Buah 100.000 100.000
sampel Peralatan Cool Box 2 Buah 40.000 80.000
18- 28 morfologi penunjang Termometer 2 Buah 25.000 50.000
Januari Dioscorea di Pipet 2 buah 10.000 20.000
2016 Pulau Bahan habis Alkohol 70% 1 liter 40.000 40.000
Binongko pakai ATK 1 paket 50.000 50.000
Subtotal 390.000

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
Transportasi 1 orang 200.000 400.000
Kendari-
Wanci (PP)
Pembeblian Transportasi 1 orang 150.000 150.000
umbi, Wanci-
Pengambilan Akomodasi, Tomia
21-27
sampel penginapan Transportasi 1 orang 50.000 50.000
Januari
morfologi selama di Tomia-
2016
Dioscorea Tomia dan Binongko
Transportasi 1 orang 150.000 150.000
Binongko
Binongko-
Wanci
Sewa 10 hari 40.000 400.000
penginapan
Pembelian 350,000
umbi
11
 Subtotal 1.500.000

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
Peralatan Oven 2 buah 50.000 100.000
penunjang
Plastik C-tik 1 pak 40.000 20.000
Karet gelang 1 pak 50.000 35.000
8
Pembuatan Alkohol 70% 1liter 40.000 40.000
Februari
herbarium Bahan habis Akuades 1 liter 5.000 5.000
2016
pakai Kertas karton 20 lembar 2.500 50.000
Etiket gantung 20 lembar 500 10.000
Selotip 2 gulung 7.500 15.000
Benang kasur 2 gulung 7.500 15.000
Subtotal

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
Peralatan Oven 2 buah 50.000 100.000
penunjang
Plastik C-tik 1 pak 40.000 20.000
Karet gelang 1 pak 50.000 35.000
8
Pembuatan Alkohol 70% 1liter 40.000 40.000
Februari
herbarium Bahan habis Akuades 1 liter 5.000 5.000
2016
pakai Kertas karton 20 lembar 2.500 50.000
Etiket gantung 20 lembar 500 10.000
Selotip 2 gulung 7.500 15.000
Benang kasur 2 gulung 7.500 15.000
Subtotal

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
Sentrifugasi 1 buah 15.000 30.000
Sewa Mesin PCR 1 buah 37.500 37.500
8 Alat
Peralatan Spektrofotometer 1 set 80.000 80.000
Februari penunjang
identifikasi
2016 Fotoforesis 1 set
molekuler
Elektroforesis 1 buah

12
 Inkubator 1 buah
Waterbath 1 buah
Spindown 1 buah
Vortex 1 buah
Mikropipet 2 buah
Subtotal 1.500.000

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
CTAB 10 ml 115.00 115.00
Etanol 75% 100 ml 135.000 135.000
EtBr 50 l 75.000 75.000
Pembelian
9 Bahan habis Sodium Asetat 100 ml 125.000 125.000
bahan untuk Etanol Absolut 500 ml 200.000 200.000
Februari pakai
identifikasi
2016 Akuades 2L 5.000 10.000
molekuler
Loading Dye 50 l 120.000 120.000
PC 200 ml 80.000 80.000
Master Mix 1 paket 350.000 350.000
Subtotal 1.210.000

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
20 Februari Bahan untuk Bahan habis Primer Diosa 1 paket 310.500 310.500
2016 proses PCR pakai PCR Kit 1 paket 700.000 700.000
Subtotal 1.010.500

Harga
Jenis Justifikasi
Tanggal Material Kuantitas Satuan Jumlah
Kegiatan Pemakaian
(Rp)
Kertas A4 2 rim 40.000 80.000
Tinta printer 2 dos 25.000 50.000
20 Februari Persiapan Bahan habis
Penjilidan 3 rangkap 15.000 45.000
2016 Monev pakai
Komunikasi 3 orang 30.000 90.000
ATK 3 orang 40.000 120.000
Subtotal 385.000

13
Dokuemntasi
1. Proses koleksi sampel dan identifikasi awal di Pulau Binongko
19 -28 Januari 2016
Keberangkatan dari Pulau Wanci Tomia - Binongko

2. Hasil koleksi umbi

1-7 Februari 2016 Proses dokumentasi dan penyortiran umbi Dioscorea hasil
koleksi

14
3. Proses identifikasi Molekuler
a. Alat dan Bahan identifikasi Molekuler

b. Isolasi DNA

c. Proses Elektroforesis DNA dan hasil PCR

15