Biologi Molekular (Application of Gene Editing)

Name : Balqis Arche Nofinska (1406600281)

Genom dikendalikan sebagian besar oleh protein-protein penempel DNA yang bekerja secara
spesifik sekuen. Prinsip-prinsip yang mendasari penempelan saat ini sedang dieksploitasi untuk
menghasilkan sarana-sarana yang bisa digunakan untuk mengedit genom secara terarah. Pada
dasarnya, ini melibatkan dua tahap. Pertama, enzim nuklease direkayasa supaya memotong sekuen
yang diinginkan dalam genom, yang menghasilkan terputusnya sekuen utas-ganda. Kedua,
kemampuan sel untuk memperbaiki terputusnya sekuen tersebut dieksploitasi untuk menghasilkan
modifikasi yang diinginkan pada lokasi genomik tersebut. Ada 3 klas utama untuk enzim nuklease
yang direkayasa, yaitu: Meganucleases, Zinc finger nucleases (ZFNs), dan Transcription activator
like effector nucleases (TALENs).

Hasil penelitian yang dipublikasikan oleh Li et al. (2012) di jurnal Nature Biotechnology merupakan
contoh penggunaan TALEN untuk mutagenesis terarah pada padi. Hasil penelitian sebelumnya
menunjukkan bahwa bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), patogen penyebab penyakit
hawar daun pada padi, ketika menginfeksi mengeluarkan TAL effector AvrXa7 atau PthXo3 yang
menempel secara spesifik pada cis element yang terdapat pada promoter dari gen-gen kepekaan pada
padi, salah satunya adalah OsSWEET14 yang menyandi sucrose-efflux transporter. Penempelan
efektor ini mengaktifkan transkripsi dari OsSWEET14, sehingga gula dikeluarkan dari sel tanaman
untuk memenuhi kebutuhan nutrisi patogen dan meningkatkan keganasan patogen. Li dan kawan-
kawan mendesain TALEN untuk menginduksi mutasi pada cis element yang menjadi target
penempelen dari efektor AvrXa7 atau PthXo3. Dengan pendekatan ini, mereka berhasil mendapatkan
tanaman yang memiliki sisipan atau delesi pada cis element tersebut, seperti dibuktikan dengan
sekuensing, yang tahan terhadap Xoo. Karena OsSWEET14 terletak di kromosom 11, sementara
TALEN yang diintroduksikan bisa terintegrasi di kromosom yang lain, akibat segregasi genetik
didapatkan tanaman generasi T1 yang memiliki mutasi pada cis element dari OsSWEET14 namun
tidak lagi memiliki TALEN. Tanaman yang demikian bisa dikelompokkan sebagai mutan biasa
(seperti mutan EMS) yang tidak harus mengikuti prosedur pengkajian keamanan hayati untuk
pelepasannya.

Pemanfaatan lain dari TALEN adalah untuk menambahkan transgen baru ke lokus yang sama
(berdampingan dengan) transgen yang sebelumnya sudah diintroduksikan supaya kedua transgen
selalu diwariskan bersama pada progeni (tidak memisah karena segregasi genetik). Penggabungan
lebih dari satu sifat (stacking) ini, misalkan ketahanan hama dan toleran herbisida, sekarang menjadi
kecenderungan dari benih-benih transgenik yang dikomersialkan oleh perusahaan-perusahaan benih
transnasional. Kecenderungan yang lain adalah rekayasa sekaligus banyak gen (multigene
engineering) untuk memodifikasi satu lintasan biokimia utuh atau untuk menghasilkan perubahan
radikal seperti padi C4. TALEN akan sangat bermanfaat untuk melayani proyek-proyek ini karena
bisa membantu supaya banyak gen tersebut terintegrasi pada lokus yang sama

Sumber:
1. de Souza N. 2012. Primer: genome editing with engineered nucleases. Nature Methods 9(1):27.
2. Li T, Liu B, Spalding MH, Weeks DP, Yang B. 2012. High-efficiency TALEN-based gene editing
produces disease-resistant rice. Nature Biotechnology 30(5):390-392.