Ruang persiapan merupakan ruang yang memiliki 3 fungsi dasar yaitu untuk
membersihkan alat-alat (alat-alat gelas seperti petri, botol, dll); persiapan dan
sterilisasi media, alat dan bahan; dan penyimpanan alat-alat dan bahan. Ruang
persiapan laboratorium kultur jaringan FMIPA UNY juga memiliki ketiga fungsi dasar
tersebut. Perbedaan yang ada yakni kurangnya pemaksimalan dari ruang persiapan
dikarenakan ruangan kecil sehingga masih ada beberapa alat dan bahan yang
disimpan serta proses sterilisasi yang dilakukan di ruangan pertumbuhan.
Di dalam ruang preparasi juga terdapat sebuah bak untuk mencuci yang
dilengkapi dengan kran untuk aliran air mengalir juga diperlukan untuk
membersihkan alat-alat berbahan gelas. Selain itu diperlukan meja yang
permukaanya dilapisi dengan bahan yang mudah dibersihkan. Meja yang ada di
laboratorium kultur jaringan FMIPA UNY merupakan meja dengan keramik,
sehingga cara pembersihannya dapat dilakukan dengan mudah. Meja ini
digunakan untuk meja kerja dan juga untuk meletakan alat-alat yang telah dicuci
karena tidak adanya rak piring. Oleh karena itu perlu adanya rak piring di dalam
ruang persiapan.
Peralatan yang digunakan dalam ruang persiapan adalah lemari es untuk
menyimpan larutan stok dan beberapa media, timbangan analitik, autoclave, pH
meter, magnetic stirrer, destilator, hot plate dengan magnetic stirer, pH stick,
kompor gas, labu takar, gelas piala, erlenmeyer, pengaduk gelas, spatula,
petridish, pipet, botol kultur, blender, gelas ukur, dan pisau scalpel . Keseluruhan
alat yang ada di atas tidak semuanya berada di ruang persiapan akan tetapi ada
di ruang pertumbuhan dan ada sebagian alat yang tidak ada di ruang preparasi
laboratorium kultur jaringan FMIPA UNY.