Bioproses dalam Lingkungan

Dasar-dasar Mikrobiologi
Ruang lingkup
Pengetahuan dasar mengenai klasifikasi
mikroorganisme
Gambaran morfologi dan bagaimana
mikroorganisme berfungsi
Deskripsi interaksi organisme dengan
lingkungannya
Tujuan

Dapat mengkaitkan prinsip-prinsip mikrobiologi

dengan ilmu engineering (terutama
menyangkut kinetika reaksi dan neraca
energi/massa) untuk memecahkan problem-
problem lingkungan
Aplikasi
Aplikasi dari mikrobiologi lingkungan:
Pengolahan limbah (industri / rumah tangga)
Remediasi daerah yang terkontaminasi
bahan-bahan berbahaya
Perlindungan sungai, danau, dan sumber-
sumber air lainnya
Produksi bahan-bahan yang environmentally
benign
Rekayasa proses untuk meminimalkan
limbah
Karakteristik Bioproses Lingkungan
Mixed culture
Open, non-sterile systems
Kesuksesan perancangan bioproses tergantung
pada:
- bagaimana mikroorganisme dengan karakteristik
yang kita inginkan bisa menang dalam persaingan
dengan mikroorganisme yang lain
- bagaimana mikroorganisme tersebut bisa berfungsi
optimal dalam kondisi yang sama sekali tidak ideal
Dasar Mikrobiologi
Deskripsi sel
Klasifikasi organisme
Bakteri
Substrat
Reproduksi dan pertumbuhan
Ekologi mikrobia
Sel
Fundamental building block of life
Merupakan sistem kimia yang sangat kompleks
Karakteristik:
- bisa tumbuh dan berkembang biak
- memiliki fungsi-fungsi yang terorganisasi dengan
baik, boundary sangat selektif
- komponen utama C, N, O, dan S
- memiliki metabolisme yang sifatnya unik untuk
masing-masing kombinasi mikroorganisme dan
substrat
Klasifikasi
Mengapa perlu mengetahui dasar-dasar
klasifikasi organisme ?

Mempermudah penelusuran literatur

Memperlancar komunikasi antar
ilmuwan/praktisi
Domains of life
Prokaryot Eukaryot

Bacteria Archaea Single-cell Multi-cell

Prokaryotes vs. Eukaryotes
Karakteristik Prokaryotes Eukaryotes
Jumlah molekul Satu Banyak
DNA
Kromosom Tidak ada Ada
Membran inti Tidak ada Ada
Organelles Sangat Lebih kompleks
sederhana
Spora Lebih tahan suhu Tidak tahan suhu
tinggi tinggi
 Domains of life
Prokaryot Eukaryot

Bacteria Archaea Single-cell Multi-cell

(Eubacteria) (Archaebacteria) (Lower eukaryot) (Higher eukaryot)

fermentasi
metanogenesis
H2, HAc

Bahan CH4
organik
kompleks
Specific features
Karakteristik Bakteria Archaea Eukarya
Membran inti Tidak ada Tidak ada Ada
Fotosintesis Bisa Tidak bisa Bisa
dengan khlorofil
Metanogenesis Tidak bisa Bisa Tidak bisa
Reduksi S Bisa Bisa Tidak bisa
Nitrifikasi Bisa Tidak bisa Tidak bisa
Denitrifikasi Bisa Bisa Tidak bisa
Fiksasi N Bisa Bisa Tidak bisa
Sintesa carbon Bisa Bisa Tidak bisa
storage granules
Sensitif terhadap Ya Tidak Tidak
antibiotik
Nitrifikasi

Oksidasi mikrobial:
NH4+ NO2- dan NO3-

Nitrosomonas, Nitrospira, Nitrococcus, dll.

Denitrifikasi

Reduksi mikrobial
NO3- dan/atau NO2- N2 (g)

Pseudomonas, Proteobacter, Alcaligenes, dll

Fiksasi N2

Pengikatan N2 atmosferis menjadi senyawa

amonium (BNF = biological nitrogen fixation)

Cyanobacteria : Anabaena, Nostoc

Positif:
sebagai biofertilizer
Negatif:
pertumbuhan tak terkendali akan menurunkan
kualitas air
Bakteri
Morfologi:
- Coccus (bulat)
- Bacillus (batang)
- Spirillum (spiral)

Sebagian mampu membentuk endospora

Fungi (kapang)
Substrat
Untuk pertumbuhan dan maintenance:
Harus ada nutrient (biasa disebut substrat)
Jika substrat belum tersedia dalam limbah
yang diolah, diperlukan penambahan substrat
Substrat bersifat spesifik untuk masing-
masing spesies bakteri
Jenis substrat
Macronutrient:
Jumlah > 10-4 M

Micronutrient:
Jumlah < 10-4 M
Macronutrient
Karbon
Nitrogen
Oksigen
Hidrogen
Fosfor
Sulfur
Kalium
Magnesium
Karbon
Autotroph: menggunakan CO2
Heterotroph: menggunakan senyawa organik
Mixotroph: sifat autotroph distimulasi oleh
senyawa organik tertentu (sifat heterotroph)
Chemoautotroph: menggunakan CO2 sebagai
sumber karbon dan energi dari sumber energi
inorganik
Photoautotroph: menggunakan CO2 dan
sumber energi berupa sinar
Sumber karbon
Molasses/ pati
Metanol/ etanol/ metana
Glukosa, fruktosa, sukrosa
Nitrogen
Sumber: ammonia dan garam ammonium,
protein, peptida, dan asam-asam amino
Cyanobacteria: mampu menggunakan N2
sebagai sumber nitrogen (fiksasi N2)
Di dalam sel sebagai protein dan asam-asam
nukleat
Reproduksi dan pertumbuhan
Pengetahuan tentang kecepatan pertumbuhan
populasi bakteri sangat penting dalam merancang
suatu bioproses
Cara reproduksi:
Prokaryotes:
- binary fission (paling lazim)
- fragmentation (filamentous bacteria)
Eukaryotes:
- conjugation (sexual)
- budding
Faktor-faktor berpengaruh
Faktor-faktor yang mempengaruhi pertumbuhan
mikroorganisme:
Suhu
- psychrophile (-5 sampai 20 oC)
- mesophile (8 sampai 45 oC)
- thermophile (40 sampai 70 oC)
- hyperthermophile (65 sampai 110 oC)
pH
Tekanan parsial O2 (aerob, anaerob, fakultatif, obligat
anaerob, aerotolerant anaerob)
Tekanan osmotik
Microbial ecology
Di alam mikroorganisme membentuk suatu
komunitas yang terdiri atas berbagai macam spesies

Microbial ecology:
interaksi antar jenis mikroba yang berbeda dan antar
mikroba-mikroba itu dengan lingkungannya

Perlu diketahui:
1. community structure
2. community function
3. interactions
Ultimate goal
Tujuan perancangan bioproses:

Merekayasa microbial ecology sedemikian rupa sehingga suatu

komunitas mikroorganisme dapat dimanfaatkan untuk mencapai
tujuan yang kita inginkan

Dilakukan dengan cara:

Membuat the right organism mendominasi komunitas
(community structure)
Menciptakan kondisi yang memungkinkan organisme itu
terakumulasi sampai tercapai jumlah yang cukup untuk
terjadinya reaksi-reaksi biokimia tertentu (community function)
Kemungkinan menciptakan komunitas dengan mikroorganisme
yang saling bekerja sama (interactions)
Seleksi
Dalam suatu komunitas, masing-masing jenis
mikroorganisme menjalankan reaksi biokimia yang
berbeda.
Seleksi:
suatu proses di mana hanya mikroorganisme yang
paling sesuai dengan kondisi lingkungan saja yang
bisa survive dan paling banyak bereproduksi.
Salah satu tugas bioprocess engineer:
merekayasa lingkungan agar hanya mikroorgnisme
yang diinginkan yang bisa terseleksi.
Contoh seleksi (1)
Polutan yang bersifat electron-donor :
- pemenang seleksi adalah sel-sel yang
bersifat aerobik (electron-acceptor) karena
sel-sel ini memperoleh lebih banyak energi
dan tumbuh lebih baik pada lingkungan
dengan substrat yang bersifat electron-donor.
- untuk menciptakan dominasi organisme
aerobik terhadap organisme anaerobik:
perlu supply O2 dengan kecepatan tertentu
Contoh seleksi (2)
Kemampuan organisme untuk tetap tinggal
dalam reaktor:
- organisme bersel tunggal mudah sekali
terbawa keluar dari reaktor (washed-out).
- mereka akan bisa mempertahankan
keberadaannya dalam komunitas reaktor jika
memiliki mekanisme membentuk flocs atau
biofilm.
Pertukaran
Salah satu strategi paling penting dalam rangka
survival dalam komunitas mikrobia adalah
pertukaran material antar berbagai jenis
mikrobia dalam komunitas tersebut:
Pertukaran substrat
Pertukaran informasi genetik
Pertukaran sinyal-sinyal kimia
Pertukaran substrat
Predation: Sinar matahari
- sel yang lebih besar
memakan sel yang Top producers
lebih kecil (grazing) (e.g. cyanobacteria, alga)

- seluruh sel berfungsi

sebagai substrat bagi Level 1 consumers
predator
Transfer molekul: Level 2 consumers
satu sel melepaskan
molekul ke lingkungan,
molekul ini menjadi
substrat bagi sel lain dan seterusnya
Pertukaran informasi genetik
Eukaryotes :
mampu melakukan reproduksi sexual yang
memungkinkan terjadinya transfer DNA (e.g.
conjugation)
Pertukaran sinyal-sinyal kimia
Contoh:
- homoserine lactones sebagai signaling
chemicals yang diperlukan untuk quorum
sensing
- signaling chemicals berkaitan dengan
circadian rhythm