Kebutuhan akan biofortifikasi tanaman pangan pokok telah menjadi perhatian Genomik Gizi Modern

dalam memproduksi tanaman pangan pokok dengan kemampuan mengumpulkan nutrisi

mikronutrien tinggi. Jalur biosintesis beta-karoten (Provitamin A) adalah proses bertahap yang
dikodekan oleh dua gen utama; Phytoene synthase (PSY) dan lycopene beta-cyclase (LYB). Dua gen
penting LYB 7 dan PSY 1 1 diperkuat, diurutkan dan dianalisis dalam berbagai diploid dan triploid.

Landasan tanaman pisang raja untuk mengidentifikasi SNPs hadir dan untuk mempelajari potensi
mereka untuk memetakan lokus sifat kuantitatif pada gen yang dihasilkan oleh variasi iklim di dalam
tangkai tanaman pisang sepanjang waktu dan juga mengungkapkan filogenetiknya.

hubungan. Sebanyak 7 SNP ditemukan pada dua gen dari 68 genotipe yang digunakan untuk PSY 11
dan 35 genotipe tanaman pisang untuk gen LYB 7. Frekuensi 1 SNP per 80bp terdeteksi pada LYB 7
dan I SNP per 32bp pada gen PSY11 masing masing masing 160 bp. Keanekaragaman allelic adalah
0,0286 pada LYB 7 dan 0,0147 sampai 0,0294 pada PSY 11. Hubungan filogenetik menunjukkan
bahwa genotipe gen LYB 7 mengikuti dua jalur evolusi yang berbeda sedangkan pada

Gen PSY 11, genotipenya mirip dengan Zue dan Sel yang sedikit maju. Dari penelitian tersebut,
frekuensi SNPs yang tinggi terdeteksi menunjukkan bahwa cukup memetakan lokus sifat kuantitatif
yang terkait dengan beta-karoten tinggi.

Sintesis dan dapat digabungkan dalam program pemuliaan pisang raja.

Spesies Musa termasuk famili Musaceae bersama genus Ensete. Mereka adalah tanaman pangan
terpenting, yang menempati urutan keempat di dunia (setelah nasi,
Gandum dan jagung). Pisang masak utama yang dapat dimakan adalah triploid, yaitu dengan 2n = 3x
= 33 kromosom, dan kebanyakan steril jantan dan betina dikeluarkan dari hibridisasi dua leluhur
diploid liar yaitu Musa acuminata (genom AA) dan M. balbisiana (genom BB). Triploid dikelompokkan
menjadi tiga jenis utama: pisang AAA (pisang Cavendish atau dessert), AAB (pisang raja), dan ABB
(pisang masak atau dessert). Hampir 30 juta ton pisang diproduksi
Tahunan di Afrika, kebanyakan oleh petani kecil dan dikonsumsi secara lokal. Pisang kaya akan
potasium, mangan, vitamin dan serat namun rendah lemak dan membantu mengurangi risiko kanker
kolorektal (Hippolyte dan Roux, 2005; Wong, 2011)
Evaluasi keragaman genetik dan struktur genetik pada tanaman memiliki implikasi penting untuk
program pemuliaan tanaman dan konservasi sumber daya genetik. Dengan perubahan kondisi
lingkungan, tantangan hama dan penyakit, kandungan gizi dan kerentanan genetik telah
menimbulkan ancaman bagi Musa. Produksi (kumar, 2010). Jadi, ada kebutuhan untuk berkembang
biak untuk memperbaiki tanaman Musa dengan sifat agronomis ini sehingga dapat mengurangi
kemiskinan dan kerawanan pangan terutama di negara-negara berkembang. Studi keragaman genetik
global telah terbukti ditemukan pada landrace, subspesies dan nenek moyang komersial dari kultivar
komersial saat ini. Landasan tanaman pisang yang berbeda memiliki basis luas genetik yang besar
dan banyak genotipe tanaman pisang telah berevolusi untuk beradaptasi dengan berbagai
lingkungan (Adesoye et al., 2012; Ren, 2013). Mengingat hal ini, IITA melestarikan lebih dari 100
plantade landrace yang memisahkan beberapa sifat agronomi di lingkungan yang berbeda. Selain itu,
pembiakan Musa sulit dan lamban dan membutuhkan integrasi teknik molekuler untuk mencapai
hasil yang lebih cepat. Pemilihan Marker-assisted (MAS) telah menjadi prosedur rutin dalam banyak
program pemuliaan hasil panen utama. Keterkaitan Disequilibrium (LD) antara penanda DNA dan
lokus sifat kuantitatif, QTLs memberikan prinsip dasar MAS bahwa alel marker tidak dikaitkan secara
acak dengan alel QTL (Utomo dan Linscombe, 2009). Musa telah berhasil dipelajari dengan berbeda
Penanda molekuler seperti RFLP (Gawel et al., 1992; Carreel et al., 1994; Jarret et al., 1994),
Berkaitan dengan tingkat ploid, semua metode molekuler ini mengarah pada representasi kompleks
Musa yang lebih jelas (Perrier et al., 2009). Polimorfisme nukleotida tunggal (SNPs) mengacu pada
posisi spesifik dan terdefinisi pada lokasi kromosom dimana urutan DNA dari dua genotipe berbeda
satu basis. Ini mungkin akibat transisi (purin ke purin atau pirimidin sampai perubahan pirimidin)
atau peristiwa transversion (purin ke pertukaran pirimidin) atau penghapusan kecil atau insersi
(indels). Penanda SNP efektif dalam mendeteksi keragaman genetik. Mereka adalah yang paling
banyak terjadi pada frekuensi sekitar satu SNP dalam 1000 nukleotida dalam DNA genomik dan
dapat digunakan untuk mendeteksi alel secara langsung.
Bertanggung jawab atas sifat ketertarikan. Data dari mikrosatelit DNA atau SSR
Dan SNP diketahui konsisten satu sama lain dan terlepas dari teknik yang digunakan untuk
memproduksinya dan dapat direproduksi di antara laboratorium namun SNP menghasilkan data yang
lebih andal daripada mikrosatelit (Magnid, 2006). Tunggal-
Polimorfisme nukleotida (SNPs) adalah penanda pilihan untuk tanaman tersebut dimana data
sekuensing besar tersedia, seperti EST dari plasma nutfah beragam. Dalam teknik SNP, primer
dirancang, yang bertujuan untuk membentangkan alel tunggal pada lokus secara independen
sehingga memungkinkan identifikasi alel spesifik (Bhat, 2005). Mereka adalah penanda yang
dominan. Karena kelimpahan dan distribusi mereka melalui genom, mereka lebih disukai untuk
pemetaan, pembiakan marker dan kloning berbasis peta. Meski demikian, karotenoid telah
dilaporkan memiliki khasiat antikanker dan antioksidan. Mereka membantu mencegah masalah
mata, gangguan kulit, penyakit jantung, dan meningkatkan kekebalan tubuh

Enam puluh delapan jenis plasma nutfah tanaman pisang yang berbeda digunakan diperoleh dari
ladang plasma pertanian Institut Pertanian Tropis Internasional (IITA). DNA diekstrak dari daun muda
(cerutu) yang muncul mengikuti protokol ekstraksi DNA miniprep Ekstraksi Doyle dan Doyle (1990)

Primer CR dirancang menggunakan program primer danUrutan cDNA parsial dan lengkap.PSY 11

Campuran reaksi CR disiapkan untuk setiap sampel denganmembentuk 5 l campuran siapkan Red
Taq (Sigma) yang terdiri dari buffer PCR, dNTP, MgCl 2 dan air steril, 0,5 l masing-masing primer
Forward dan Reverse dan 4 l DNA genomik (15 Ng / l) menghasilkan total 10 l untuk satu reaksi.
Parameter bersepeda untuk PCR ditetapkan pada suhu awal 94oC selama 3 menit, diikuti oleh 37
siklus 94oC selama satu menit, langkah anil selama 45 menit pada 60oC -51oC dari 1oC touchdown
untuk primer maju dan belakang PSY 11 dan LYB 7, 72oC Selama 30 menit dan langkah poles 72oC
selama 5 menit. Produk dipisahkan oleh elektroforesis gel agarose 2% yang dijalankan pada 100 Volt
untuk memeriksa efisiensi amplifikasi dan untuk memastikan bahwa hanya produk pita tunggal
dengan ukuran yang diharapkan. Produk PCR kemudian dipindahkan ke piring ABI dan diurutkan tiga
kali dengan primer depan yang digunakan dalam amplifikasi PCR.
Pendekatan terhadap penemuan polimorfisme nukleotida tunggal (SNPs) adalah melalui sekuensing
langsung produk PCR dari Musagenotype pada sequencer ABI ROBOT. Polimorfisme antar sekuensi
diidentifikasi dengan urutan sejajar dengan ClustalW. SNP terdeteksi dengan menyelaraskan aksesi
Musa yang berbeda dengan menggunakan perangkat lunak CLUSTALW2 yang tersedia di Eropa
Lembaga Bioinformatika, EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/Services/ web_Clustal2).
File yang didownload kemudian selaras dengan perangkat lunak GeneDoc
(www.psc.edu/biomed/genedoc) untuk menunjukkan situs yang dilestarikan dan situs mutasi untuk
deteksi SNP. Selanjutnya, urutan jejak keluaran dari sequencer dievaluasi oleh mata untuk
mengidentifikasi area urutan heterozigot yang mungkin. Untuk meningkatkan kualitas urutan dengan
meminimalkan kesalahan positif akibat artefak sekuensing, SNP potensial diuji ulang. Daerah dengan
basis ambigu dan suara dasar biasanya dilepas pada awal dan pada akhir rangkaian. Karena analisis
SNP memerlukan kualitas urutan tertinggi, theSNPs terdeteksi dari Open Reading Frame (ORF), dari
lokasi urutan yang dilestarikan di semua genotipe kebanyakan (Phytoene synthase), gen LYB
(Lycopene -cyclase) yang digunakan tersedia NCBI (2011) dengan nomor akses HM59159 dan
HM59169. Urutan gen PSY 11 dan LYB 7 adalah PCR yang diperkuat untuk enam puluh delapan
genotipe pisang raja terpilih menggunakan primer berikut (F) dan sebaliknya (R) berikut ini:
Sekitar beberapa jarak dari awal urutan yang terbentang di tengah urutan. Urutan di ujung gel pada
resolusi rendah terputus karena rawan puncak yang lebih aneh dan basis nukleotida yang tidak dapat
diidentifikasi.

SNPs dari Dwa 398 dan Losb 430 adalah satu-satunya alel mutan yang ditemukan di sepanjang
rangkaian gen LYB untuk beta-karoten. Jadi, kedua SNP ini berpotensi menjadi penanda potensial
untuk produksi beta-karoten tinggi. Juga untuk gen PSY, Agb dan Zue memiliki satu SNP masing-
masing adalah triploid. SNP yang ditemukan di Agb juga ditemukan di tanaman pisang liar (Mont)
sehingga bisa memiliki kandungan beta karoten yang tinggi. Zue memiliki SNP yang tidak hadir di
tanaman liar sehingga mungkin menjadi penanda potensial untuk produksi karoten tinggi. Genotipe
tanaman pisang liar seperti Mont, Yv1, MPL dan pisang triploid dengan tingkat yang adil dari lokus
SNP dapat diintegrasikan ke dalam pekerjaan pengembangbiakan Musa. Hal ini dilakukan dengan
menumbuhkan triploid pada hubungan dekat dengan orang-orang yang diploid (pisang liar) yang
ditemukan memiliki lokus SNP tinggi