Pola struktur geologi yang berkembang merupakan hasil interaksi antara Lempeng Samudra

Hindia - Australia dan Lempeng Benua Eurasia. Berdasarkan peta geologi lembar Yogyakarta
oleh Raharjo dkk. (1995), terlihat bahwa struktur geologi utama berupa sesar berarah timur laut
barat daya yang merupakan jalur Sesar Opak. Sesar lainnya terdapat di daerah Gunung Kidul dan
Kulon Progo. Struktur geologi lainnya berupa lipatan yang terdapat secara lokal di daerah Kulon
Progo yang terdapat pada batupasir napalan (Formasi Sentolo) berarah timur timur laut barat
barat daya.