ERIL OCTAVIA FAUZIAH

ESHA ARDIANSYAH

OFF I/ 2015

Diferensiasi Sel Dalam Eukariotik Tingkat Tinggi

Selama perkembangan dari eukariotik tingkat tinggi sel satu, zigot memberikan kenaikan dengan sel
mitosis untuk mengatur secara luas tipe sel (pada hewan, sel kulit, sel syaraf, sel tulang, sel darah dan seterusnya)
dengan perbedaan morfologi dan komposisi molekul. Tipe sel yang berbeda memberikan beberapa fungsi
metabolisme yang spesifik. Contohnya, sel darah merah sangat dikhususkan untuk sintesis dan menyimpan
hemoglobin. 90% lebih dari molekul protein disintesis dalam sel darah merah selama masa aktifitas biosintesis
maksimal. Pada amfibi nukleus dari sel yang berbeda dapat ditransplantasi menjadi enucleated telur (telur dari
nukleus yang asli telah tergeser) dan menunjukkan sebenarnya perkembangan dari embrio normal. Selama
perkembangan tumbuhan komplek atau hewan, ekspresi gen telah ditunjukkan diregulasi pada contoh yang
berbeda mungkin semua penting pada tahap transkripsi, proses pre-mRNA, transport mRNA, stability mRNA,
translasi, postransalasi, proses protein, stability protein, dan fungsi enzim. Beberapa proses perkembangan pada
eukariot tingkat tinggi dikontrol melalui preprogrammed circuits dari ekspresi gen. Produk dari satu atau lebih
dari fungsi gen yaitu menghentikan transkripsi dari set pertama pada gen atau memulai transkripsi dari set kedua
dari gen. Pada eukariot, hormon-hormon dapat merangsang ekspresi sekelompok gen. Selain itu, gen-gen
regulatori juga dilibatkan dalam pengontrolan pola-pola diferensiasi. Dalam beberapa kasus, elemen-elemen
regulatori disebut enhancers dan silencers yang mengatur ekspresi gen dari promoter terdekatnya.

Transkripsi kromosom Lampbrush pada Oosit Amphibi

Pembuahan telur yang telah matang oleh sperma akan merangsang peningkatan sintesis protein, yang
diikuti pembelahan nukleus dan pembelahan sel pada tahap pembelahan awal pada embriogenesis. Semua
komponen dibutuhkan untuk sintesis protein selama embriogenesis pertama sebelum telur dibuahi. transkripsi
gen dalam membentuk molekul m-RNA atau pre-mRNA harus disimpan dalam telur dalam keadaan dormansi.
Sebagian besar kromosom lampbrush dalam keadaan yang sangat terkondensasi dan secara transkripsi merupakan
bentuk inaktif sehingga disebut daerah aksial dari kromosom. Segmen tertentu dari DNA pada masing masing
kromosom lampbrush, nampak sebagai gembungan lateral yang melebar. Masing masing gembungan terdiri
atas molekul molekul sentral DNA yang dikelilingi matriks RNA dan protein yang baru disintesis.

Gen gen hasil transkripsi yang disintesis selama oogenesis harus disimpan dalam keadaan inaktif tetapi
tetap dalam bentuk yang stabil hingga terjadinya proses pembuahan. Transkripsi gen particular dan gen product
yang lain harus dibatasi dalam daerah khusus dari sitoplasma telur selama oogenesis.
Amplifikasi Gen RNAr pada Oosit Amphibi

Meskipun laju inisiasi sintesis protein mengikuti fertilisasi, akan tetapi tidak terjadi sintesis RNAr pada
embrio amphibi hingga tahap gastrula. Besarnya telur dari amfibi mengandung sangat banyak ribosom sekitar
1012 per telur yang masak. D. Brown dan I. Dawid menunjukkan bahwa nukleus dari oosit X. laevis mengandung
ratusan nukleolus, masing masing mengandung molekul DNA sirkuler yang membawa gandaan berulang secara
dua-dua dari gen rRNA. Setelah dibentuk, ekstrachromosomal molekul DNA nampak bereplikasi dengan
mekanisme rolling circle. Replikasi selektif gen-gen rRNA dalam oosit merupakan contoh pengetahuan terbaik
dari tipe amplifikasi gen spesifik. Saat sejumlah besar protein spesifik diperlukan, seperti pada kasus hemoglobin
dalam sel darah merah, amplifikasi dapat diselesaikan pada tahap translasi; masing masing molekul mRNA
dapat ditranslasi beberapa kali. Hal ini merupakan suatu hal yang tidak mungkin ketika produk gen yang
diperlukan yaitu molekul RNA.

Populasi Transkripsi Gen Berbeda dalam Tipe Sel yang Berbeda

Pada eukariot tingkat tinggi, hanya sebagian kecil proporsi dari genom yang direpresentasikan diantara
molekul mRNA dalam suatu tipe sel tertentu. RNA ditambahkan ke reaksi hibridisasi dalam jumlah yang banyak
(relatif terhadap konsentrasi DNA) sehingga sekuen DNA berkomplementer dengan sekuen sekuen yang
representatif dalam populasi RNA dan akan membentuk hibrid DNA RNA. Pada eksperimen hibridisasi
penjenuhan RNA-DNA, pengukuran sel pertama dilakukan terhadap jumlah RNA yang berlabel radioaktif dari
suatu tipe sel yang berhibridisasi terhadap DNA genomik dengan ada/tidak ada kompetisi RNA radioaktif dari
tipe sel yang kedua. Apabila dua sel secara keseluruhan mengandung populasi RNA yang berbeda (non-
overlapping), maka sejumlah RNA yang berlabel akan berhibridisasi dengan DNA, baik itu dengan ada/tidak
adanya kompetisi RNA. Jika dua populasi RNA saling overlap, maka sejumlah RNA yang terlabeli hibridisasi
akan mengalami penurunan proporsi terhadap tingkat overlap. Penelitian hibridisasi competitif RNA-DNA dari
indikasi tipe ini menunjukkan sekuen RNA dalam populasi RNA mengambil dari jaringan yang berbeda atau tipe
sel yang berbeda perbedaannya yaitu antara 10 hingga 100%. Histon yang sama biasanya ada dalam cromatin dari
variasi tipe sel yang berbeda. Banyak ilmuan yang percaya bahwa histon tidak memiliki fungsi seperti repressor
spesifik atau aktivator dari transkripsi.

Mekanisme Regulasi Transkripsi Pada Eukariota Tingkat Tinggi

Pada E. coli, holoenzim RNA polymerase (dengan factor sigma) mengandung semua informasi yang
dibutuhkan untuk berlangsungnya inisiasi transkripsi sebagai sinyal promoter. RNA polymerase II pada eukariot
yang mentranskripsi kebanyakan gen nuclear pengkode protein tidak dapat menginisiasi transkripsi secara invitro
tanpa adanya empat accesori protein tambahan (factor umum transkripsi).
Kebanyakan Unit Transkripsi Eukariot Adalah Monogenik
Set gen yang ditranskripsi pada tipe sel yang yang berbeda dalam eukariot tingkat tinggi dan ekspresi gen
yang berbeda pada tiap jaringan dikendalikan oleh protein trans-acting yang dikode oleh gen regulasi yang ada
pada sequence selama diferensiasi. Mekanisme regulasi pada tahap transkripsi penting dalam diferensiasi sel.
Pada eukariot tingkat tinggi, operon jarang muncul bahkan tidak ada. Hal ini berbeda dengan eukariot tingkat
rendah yang masih bergantung sepenuhnya dengan system operon. Sebagian besar mRNAs eukariot tingkat tinggi
merupakan monogenic dimana mengandung sequence pengkode satu gen structural.
Enhancher dan Silencer Mengatur Transkripsi pada Eukariotik
Gen eukariotik diregulasi elemen promoter yang terletak diujung (5) dari tempat inisiasi transkripsi
dengan pola yang mirip dengan regulasi gen prokariotik. Dalam penambahan untuk promoter terdekat, banyak
gen eukariotik juga diregulasi oleh elemen-elemen cis-acting yang disebut enhancher dan silencer. Seperti kesan
namanya Enhancher meningkatkan transkripsi dan silencer menurunkan transkripsi gen-gen yang diregulasi.
Dasar utama dari enhancers yang membedakannya dengan promoter adalah sebagai berikut:
1) Enhancher dapat bekerja pada jarak yang relative jauh, yaitu lebih dari beberapa ribu pasang nukleotida dari
gen yang diregulasi.
2) Enhancer adalah orientasi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan salah satu orientasi, baik itu normal
atau bolak-balik.
3) Enhancer adalah posisi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan baik pada posisi ujung (5) atau ujung
(3) dari gen /ada dalam intron gen.
Pengetahuan yang jauh lebih penting dari enhancer adalah adanya dalam minimicrosom dari virus simian 40
(SV40), yaitu sebuah virus dari monyet yang telah diselidiki dalam cultur sel. SV40 enhancer mengandung dua
ulangan 72 pasang basa, dan penghapusan dari kedua pengulangannya merupakan aktifitas enhancer dalam
penghapusan. Jika satu dari dua pengulangan itu berubah karena delesi atau insersi atau inversi, enhancer masih
fungsional. Enhancer ini juga dapat berpindah lokasi pada minikromosom tanpa kehilangan fungsinya. Saat
enhancer SV40 secara in vitro diletakkan pada gen -globin manusia, akan meningkatkan tingkat transkripsi gen.
Secara in vivo insersi dari enhancer dalam beberapa ribu pasang nukelutida dari gen struktural dapat
meningkatkan kecepatan transkripsi sampai 100 kali lipat.
Enhancer berada dalam intron dalam komplek heavy-chain gen. Pada genom ayam berada diantara -
hemoglobin gen dan -hemoglobin gen, dia menstimulasi transkripsi dari -globin selama perkembangan
embrionik, dan pada -globin saat dewasa.
Regulasi Tahap Transkripsi Oleh methylasi DNA
Pada kebanyakan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan , DNA sering dimodifikasi setelah adanya sintesis oleh
enzim yang menkonversi banyak basa sitosin menjadi basa 5-methylisitosin. Gugus metil pada 5-karbon pirimidin
dapat menempati posisi terbuka dalam lekukan besar molekul DNA, dengan demikian mereka memiliki peranan
yang potrensial pada interaksi antara DNA dengan protein spesifik. Hal yang menunjukkan bahwa metilasi
mengendalikan regulasi ekspresi gen pada eukariot, yaitu.
1) Tingkat ekspresi gen dipengarui oleh tingkat metilasi yang terjadi. Metilasi rendah maka ekspresi gen tinggi.
2) Beberapa pola metilasi adalah spesifik jaringan.
3) 5-azasitidine (analog basa) yang tidak dapat dimetilasi setelah bergabung dengan DNA, menyebabkan
ekspresi gen pada jaringan tidak muncul. 90 % metilasi DNA eukariot terjadi pada sequence dinucleotide CG
dan sekuen ini merupakan dimetil simetri.
Apakah Z-DNA Ikut berperan dalam sebuah regulasi?
Menurut watson-crick b-form dari DNA merupakan double helix yang mengunting kekanan. Sedangkan,
penemuan yang terbaru memperlihatkan adanya double helix yang mengunting kekiri yang disebut dengan Z-
DNA dan pola zig zag nya terbentuk dari molekul gula-fosfat. Pada keadaan normal Z-form dari pergantian purin
dengan pirimidin sekuen DNA hanya terjadi saat konsentrasi garamnya tinggi. Ketika beberapa basa pada sekuen
Z-form yang potensial mengandung metil maka comformasi Z yang stabil yaitu pada saat konsentrasi garam
rendah. Ketika alternative purin-pirimidin dilengkapi dengan histone, sequence tersebut tidak akan mengalami
transisi dari B-form menjadi Z-form. Pada observasi yang lain menunjukkan bahwa sekuen Z-DNA akan stabil
dengan spesifik Z-DNA yang berikatan dengan protein dan sekuen Z-DNA tidak bisa ditemukan dalam
nukleousom.
KONTROL HORMONAL EKSPRESI GENE

Komunikasi interselular adalah fenomena yang sangat penting pada tanaman dan hewan yang lebih tinggi.
Sinyal yang berasal dari berbagai kelenjar dan / atau sel sekretori beberapa bagaimana merangsang jaringan target
atau sel target untuk mengalami perubahan dramatis pada pola metabolik mereka. Perubahan ini sering mencakup
pola perbedaan diferensiasi yang bergantung, setidaknya dalam beberapa kasus, pada pola ekspresi gen yang
berubah.

Hormon peptida seperti insulin dan hormon steroid seperti estrogen dan testoterone mewakili tipe dari
sistem sinyal yang digunakan dalam komunikasi interselular. Hormon peptida berikatan besar, sehingga
memerlukan protein reseptor yang ada pada membran sel target untuk dapat masuk, dan juga melalui perantara
AMP. Hormon steroid memiliki molekul yang kecil sehingga siap memasuki sel.

Aktivasi Transkripsi oleh Hormon Steroid

Studi autoradiografi dengan menggunakan hormon steroid berlabel radioaktif telah menunjukkan bahwa
kompleks protein hormon-reseptor cepat terakumulasi di nukleus sel target. Studi awal oleh G. Tomkins dan rekan
pada tikus dan babi B. W. O'Malley dan rekan pada ayam telah membuktikan bukti bahwa kompleks protein
hormon reseptor ini mengaktifkan transkripsi gen atau rangkaian gen tertentu. Penelitian selanjutnya telah
menunjukkan bahwa setidaknya beberapa dari kompleks protein reseptor hormon ini mentranskripsi aktif gen
target dengan mengikat sekuens DNA spesifik yang ada di daerah pengatur cis-acting gen ini (lihat bagian
berikut). Hipotesis lain adalah bahwa kompleks protein reseptor hormon berinteraksi dengan protein kromosom
nonhistone spesifik (protein spesifik nonhistone hadir hanya di kromatin sel target?) Daripada secara langsung
dengan DNA. Interaksi ini kemudian akan menstimulasi transkripsi gen yang benar. Dalam kedua kasus,
kompleks protein hormon-reseptor ini akan berfungsi sebagai regulator positif (atau "aktivator") transkripsi, sama
seperti kompleks CAP-cAMP pada prokariota.

Bukti awal bahwa protein kromosom nonhistone dapat mengendalikan keadaan transkripsi gen tertentu
diperoleh oleh J. Stein, G. Stein, dan I. Kleinsmith. Histone disintesis, seperti DNA, selama fase S dari siklus sel.
Ketika kromatin dari fase S (fasa sintesis DNA) sel ditranskripsi secara in vitro, mRNA histone disintesis. Bila
kromatin dari fase G1 (periode setelah selesainya mitosis, tapi sebelum S) digunakan, tidak ada histon RNA yang
disintesis. Ketika nonhiston dihilangkan dari kromatin fase G1 dan digantikan dengan protein kromosomal
nonhiston dari kromatin fase S, dan protein hasil pergantian ini ditranskripsikan secara in vitro, maka RNAd
histon akan disintesis. Namun ketika ketika nonhiston pada kromatin hasil pergantian tadi adalah berasal dari fase
G1, serta DNA dan histon berasal dari fase S, maka tidak ada RNAd histon yang akan disintesis. Hal ini
menunjukkan bahwa protein kromosomal nonhiston memegang peranan penting dalam regulasi ekspresi gen pada
eukariot.

Kerja Hormon Glukokortikoid Melalui Elemen Enhancer

Pengaktifan hormon glukokortikoid akan mengaktifkan/mengkatalisasi proses-proses yang lain. Hormon
glukokortikoid bekerja pertama kali dengan mengikatkan diri ke protein reseptor yang ada di sitoplasma sel-sel
target. Kompleks protein reseptor-hormon kemudian berakumulasi dalam inti sel dan berikatan dengan sekuen
DNA spesifik yang disebut glucocorticoid response elements (GREs). Apabila hormon ini tidak ada maka protein
reseptor akan berasosiasi dengan protein sitoplasmik lainnya dan memiliki afinitas yang rendah terhadap DNA.
Kompleks reseptor-hormon glukokortikoid mengaktifkan gen-gen target dengan cara mengikatkan diri pada
sekuen GREs di enhancer yang terletak berdekatan dengan gen tersebut. Akibatnya, ppromoter akan terbuka dan
memfasilitasi pemanjangan RNA polimerase dan transkripsi.
Ecdyson dan Gembungan Kromosom pada Lalat
Hormon ecdyson yang dilepaskan oleh lalat akan diterima oleh reseptor membentuk kompleks yang
disebut puff. Selanjutnya akan terjadi transkripsi dan translasi yang menyebabkan hormon-hormon lain bekerja.
Hormon yang diaktifkan tersebut akan menyebabkan terjadinya molting. Setiap awal tahap perkembangan larva
lalat, puff yang ada di awal perlakuan ecdyson mengalami penurunan dan sejumlah kecil puff baru terbentuk pada
5 menit pertama. Dengan menggunakan inhibitor sintesis protein, seperti cycloheximide, pembentukan puff baru
ternyata memerlukan sintesis protein setelah diperlakukan dengan ecdyson.
Regulasi Melalui Jalur Pemotongan-Penyambungan Hasil Transkripsi
 Regulasi ekspresi gen terjadi melalui perubahan stabilitas hasil transkripsi, melalui transport diferensial
ke sitoplasma dan melalui translasi diferensial. Pada bagian ini difokuskan melalui jalur alternative pemotongan
hasil transkripsi primer. Salah satu contoh yang mengalami jalur ini adalah terjadi pada gen tropomycin
Drosophila dan vertebrata. Pada jaringan yang berbeda, dikarakterisasi oleh adanya isoform tropomiosin yang
berbeda. Beberapa isoform tersebut dihasilkan dari gen yang sama melalui proses pemotongan alternatif.
Regulasi Sirkuit Kompleks Ekspresi Gen pada Eukariotik
Karena tidak ada informasi yang akurat mengenai mekanisme regulasi ekspresi gen pada eukariot maka
muncul beberapa model mekanisme regulasi ekspresi gen. Salah satunya model Britten dan Davidson. Menurut
model tersebut, gen-gen sensor spesifik menunjukkan sekuen tapak pengikatan spesifik yang merespon sinyaal-
sinyal spesifik. Ketika gen sensor menerima sinyal sesuai, mereka akan mengaktifkan transkripsi gen-gen reseptor
untuk merangsang transkripsi contigous producer genes. Dengan membuat gen-gen reseptor atau integrator secara
redundan, berbagai macam gen produser dapat diaktifkan sebagai respon terhadap sinyal-sinyal yang berbeda.
Berdasarkan model Britten dan Davidsons, sekuen DNA repetitif yang berdekatan mengandung berbagai macam
gen regulator (sensor, integrator, reseptor). Selain itu, ada model yang kedua yaitu Davidson-Britten yang
menyatakan bahwa ekspresi gen diregulasi pada tingkat pemrosesan RNA. Bedanya dengan model I, yaitu bahwa
regulasi terjadi post-transkripsi selam pemrosesan RNA pada model Davidson-Britten, dan bukannya pada saat
transkripsi seperti pada model pertama.
Pertanyaan

1. Pengendalian ekspresi genetic pada eukariot dapat ditinjau dari 3 sisi. Sebutkan dan jelaskan !
2. Apa fungsi aktifator ?
3. Kapankah terjadi regulasi gen?
4. Bagaimana gambaran dari enhancher?

Jawaban

1. Pengendalian ekspresi genetic pada eukariotik dapat dilihat dari sisi :

a. Sinyal pengendali ekspresi, yaitu semua molekul yang terlibat dalam proses pengendalian ekspresi
b. Aras pengendalian ekspresi, yaitu meliputi inisiasi, pemanjangan transkrip, pengakhiran transkrip dan
proses pasca-transkripsi, termasuk translasi dan pasca-translasi
c. Mekanisme pengendalian ekspresi, yaitu proses rinci pengendalian ekspresi.
2. Proses transkripsi pada eukariot tidak hanya melibatkan enzim RNA polymerase melainkan juga banyak
protein pembantu yang lain. RNA polymerase dalam membentuk holoenzim memang dapat memalukan
transkripsi tetapi hanya pada aras dasar (basal level), sedangkan untuk mendapatkan transkrip yang cukup
diperlukan protein activator. Fungsi utama protein activator adalah proses pengikatan faktor transkripsi
dan RNA polymerase pada daerah promoter, yang dikenal sebagai proses recruitment. Protein activator
transkripsi mempunyai target utama protein TFIID dan TFIIB pada sistem ekspresi gen kelas II.
3. Selama perkembangan tanaman dan hewan, ekspresi gen kelihatannya diregulasi pada beberapa level yang
berbeda, yaitu pada saat transkripsi, pemprosesan pre-mRNA, stabilitas mRNA, translasi, pemprosesan
protein post translasi, stabilitas protein dan fungsi enzim. Akan tetapi, data yang ditunjukkan saat ini
bahwa ekspresi gen pada dasarnya diregulasi pada level transkripsi dan pemprosesan pre-mRNA.
Jelasnya, regulasi juga terjadi pada level- level lainnya. Regulasi pada level translasi adalah hal yang
penting untuk kontrol keseluruhan proses metabolik pada makhluk hidup. Akan tetapi, mekanisme
regulasi yang memiliki efek terbesar terhadap fenotip yaitu pada level transkripsi dan pemprosesan DNA.
Gambaran enhancher: enhancher dapat bekerja pada jarak yang relative jauh-yaitu lebih dari beberapa
ribu pasang nukleotida dari gen yang diregulasi, orientasi enhancher bebas mereka dapt berfungsi dengan
beragai orientasi, baik itu normal atau bolak-balik; posissi enhancher bebas-mereka dapat berfungsi
dengan baik pada posisi upstream (5) atau downstream (3) dari gen /hadir dalam intron gen.