Karena kontak konstan dengan lingkungan eksternal, sistem pernapasan pelabuhan sejumlah

besar mikroorganisme komensal. Biota yang normal umumnya terbatas pada saluran pernapasan
bagian atas, dan bakteri gram positif seperti streptokokus dan stafilokokus yang sangat umum.
Perhatikan bahwa beberapa bakteri yang dapat menyebabkan penyakit serius sering hadir dalam
saluran pernapasan bagian atas sebagai biota "normal"; ini termasuk Streptococcus pyogenes,
Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, dan Staphylococcus
aureus. Bakteri ini berpotensi dapat menyebabkan penyakit jika tuan rumah mereka menjadi
immunocompromised untuk beberapa alasan, dan mereka dapat menyebabkan penyakit pada
host lain ketika mereka polos ditransfer kepada mereka. Bakteri biota normal lainnya termasuk
nonhemolitik dan alpha-hemolytic streptococci, Moraxellaspecies, dan Corynebacteriumspecies
(sering disebut diphtheroid). Ragi, terutama Candida albicans, juga menjajah permukaan mukosa
mulut.