Kelompok 9

Gissa Adela P.W

M. Fahrur Rozi
RESUME
REGULASI EKSPRESI GEN PADA PERKEMBANGAN EUKARIOTIK

Kita tahu bahwa fenotip dari jagung berbeda dengan fenotip pohon oak. Setiap manusia,
tidak termasuk orang kembar juga dapat dibedakan. Perbedaan fenotip ini merupakan hasil dari
gen yang berbeda dan ale dari genome organisme atau individual yang bervariasi.

Contoh lebih kecilnya lagi setiap organ seperti ginjal, paru-paru, tulang, darah, rambut
memiliki perbedaan fenotip pada tiap selnya. Beberapa ada yang pendek dan gendut, ada yang
panjang dan kurus, dll. Belum diketahui apakah semua sel tersebut mengandung set gen yang
sama. Namun dapat dipastikan berasal dari satu jenis sel, dari zigot yang mengalami
pembelahan miosis.

Terdapat berbagai faktor yang menunjukkan terjadinya diferensiasi pada bermacam-

macam sel yang berasal dari satu jenis sel. Dengan kata lain ekspresi dari gen telah diatur, dan
pengaturan koordinasi dan jalur sekuen dari ekspresi gen merupakan faktor utama dalam
munculnya diversitas dari fenotip sel selama perkembangan dari eukariotik.

Diferensisasi Seluler Pada Eukariotik Tingkat Tinggi

Pada perkembangna stu sel zigot dapat berdefeensiasi menjadi bermacam-macam sel
yang berbeda tipe dan fungsi, contoh sel darah merah yang bisa membuat hemoglobin, serta
sel saraf yang dapat menghasilkan neurotransmitter. Mekanisme terjadinya diferensiasi hadir
pada suatu ekspresi gen, yakni pada proses transkripsi dan proses pembuatan RNA, dimana
disebabkan oleh regulasi ekspresi gen dari pada perubahan composisi genom.
Contoh Klasik Dari Perkembangan Regulasi Ekspresi Gen
Contoh klasik dari perkembangan adalah transkripsi pada kromosom lampbrush pada
oosit ampibi. Sebagian transkrip gen dan atau produk gen lainnya terletak pada area khusus
pada sitoplasma telur selama oogenesis. Ini membuktikan bahwa sitoplasma menetukan
perkembangan telur. Selain itu, contoh lainnya adalah pengerasan gen rRNA pada oosit ampibi.
Ketika banyak protein yang dibutuhkan, pengerasan dapat terjadi pada tingkat translasi. Setiap
molekul mRNA dapat ditranslasikan berkali-kali.

Populasi Transkrip Gen Adalah Divergen Pada Tipe Sel Yang Berbeda
Set yang berbeda ditranskrib dan tanskrip yang berbeda itu diproses menuju mRNA
pada sel yang terdiferensiasi. Biasanya, beberepa gen yang sama dan beberapa gen yang tidak
sama ditranskrip pada jaringan yang berbeda. Ini dapat dibuktikan melalui eksperimen
hibridisasi. Eksperimen ini membuktikan bahwa sekuen RNA berada pada populasi RNA dari
jaringan yang berbeda sebanyak 10-100 persen.

Mekanisme Regulasi Transkripsi Pada Eukariot Yang Lebih Tinggi

Transkripsi pada eukariot di inisiasi oleh protein pengkode. Protein ini hanya bisa
menginisiasi transkripsi jika terdapat 4 protein asesori atau faktor transkripsi umum. Unit
Transkripsi eukariot kebanyakan monogenic Jika pada eukariot yang lebih rendah ditemukan
opreon atau model mirip operon, di eukariot yanglebih tinggi ini tidak ditemukan. mRNA pada
neukariot yang lebih tinggi adalah bersifat monogenic yang mengandung sekuen pengkode dari
satu gen struktural. Dalam beberapa kasus, transkrip utama memang poligenik, tetapi kemudian
membelah untuk menghasilkan monogenik. Peningkat dan Pembungkam Memodulasi
Transkripsi Pada Eukariot Sesuai dengan namanya, peningkat meningkatkan transkripsi pada
gen yang di atur, pembungkam menurunkan transkripsi pada gen yang di atur.
Ciri khas dari peningkat yang membedakannya dengan promoter adalah (1) dapat
bekerja pada jarak yang relatif panjang hingga ribuan nukleotida, (2) berorientasi independen,
(3) posisi yang independen. Sebagian besar bekerja hanya pada target tertentu. Artinya dia akan
meningkatkan proses transkripsi pada target saja, tidak yang lain. Saat ini telah banyak yang
diketahui. Penignkat ini berperan penting dalam proses transkripsi. Dan peningkat ini bekerja
dengan pengkhususan jaringan. Sebenarnya, promoter dan peningkat ini bekerja secara
kooperatif. Pengaturan tingkat transkripsi oleh metilasi DNA Pada kebanyakan tumbuhan
tingkat tinggi, DNA sering dimodifikasi setelah sintesis oleh perubahan enzimatik. Yang
berperan disini adalah gugus metil 5 pada DNA.
 Sampai saat ini belum diketahui ada bukti definitif peran metilasi dalam regulasi
ekspresi gen eukariotik apapun. Tetapi ada bukti yang tidak langsung seperti, (1) hubungan
antara tingkat ekspresi gen dengan derajat metilasi. Jika metilasi rendah, ekspresi gen tinggi.
Jka metilasi tinggi, ekspresi gen rendah (2) bentuk metilasi adalah pengkhususan jaringan (3)
metilasi dapat menimbulkan ekspresi gen yang tidak ada pada DNA menjadi ada. Langkah
kunci dalam setiap model untuk regulasi ekspresi gen atau diferensiasi melalui metilasi DNA
melibatkan pembentukan jaringan pola mathylation tertentu. Hipotesis yang paling popuar
adalah bahwa pola yang terbentuk selama pengembangan oleh jaringan demethylase tertentu,
yang menghapus kelompok methyl dari situs penting dalam gen yang dijadwalkan akan
disajikan dalam jenis sel tertentu.
Novel kiri-banded heliks ganda dari DNA dinobatkan Z-DNA untuk jalur berkelok-
kelok dari gula-fosfat kembali tulang molekul. Ada bukti bahwa z-DNA ada di wilayah
interband raksasa kromosome kelenjar ludah Drosophila melanogaster dan di macronucleus
transcriptionally aktif bersilia protozoa Stylonychia Mytilus. Struktur Kromatin: Sisi Sensitif
Nuklease Berdekatan dengan Gen Aktif Studi subsequence telah menunjukkan sensitivitas
nuklease dari transcriptionally aktif gen di beberapa organisme lainnya. Selain itu, sensitivitas
nuklease bahan aktif gen telah ditemukan untuk tergantung pada keberadaan ot dua protein
histon kromosom non disebut HMG 14 dan HMG 17 (HMG untuk kelompok mobilitas tinggi,
protein-protein kecil dengan mobilitas tinggi selama elektroforesis gel poliakrilamida). Ketika
kromatin diisolasi mengandung gen transcriptionally aktif diperlakukan dengan konsentrasi
yang sangat rendah dari DNAse I, molekul DNA yang dibelah di situs tertentu saja. Beberapa
situs hipersensitif telah menunjukkan untuk berbohong "hulu" (berdekatan dengan ujung gen
homolog ke 5 ujung mRNA) dari gen transcriptionally aktif.

Pengendalian Hormonal Ekspresi Gen

Komunikasi interseluler sangat penting pada fenomena tumbuhan tingkat tinggi dan
hewan. Ada sinyal yang muncul dari berbagai kelenjar maupun dari beberapa sel sekretori.
Hormon peptida seperti insulin dan hormon steroid seperti estrogen dan progesteron mewakili
2 tipe sistem sinyal menggunakan komunikasi interseluler. Hormon steroid disisi lain adalah
molekul yang kecil dengan mudah dapat memasuki sel melalui membran plasma, begitu berada
dalam sel sesui maka hormon steroid menjadi sangat terikat pada protein reseptor yang spesifik.

Aktivasi transkripsi oleh hormon steroid

 Studi autoradiografi dengan menggunakan hormon steroid berlabel radioaktif telah
menunjukkan bahwa kompleks protein reseptor secara bersamaan tersusun di sel induk target.
Penelitian awal oleh G. Tomkins dan rekannya pada tikus dan oleh B.W OMalley pada ayam
telah membuktikan bahwa kompleks protein reseptor hormon ini mengaktifkan transkripsi gen
atau rangkaian gen tertentu. Hormon-reseptor kompleks protein aktif mentranskripsi gen target
dengan mengikat sekuen DNA spesifik yang berada dalam daerah regulasi gen. Interaksi ini
kemudian akan menstimulasikan transkripsi gen yang benar, kompleks protein reseptor
hormon ini akan berfungsi sebagai regulasi positif (activators).

Bukti awal protein kromosomal nonhiston dapat mengendalikan keadaan transkripsi.

Histone disintesis, seperti DNA, selama fase S dari siklus sel. Ketika sel kromatin dari S-phase
(sel sintesis DNA) ditranskripsi secara in vitro, mRNA histone disintesis. Bila chromatin dari
fase G1 (periode setelah selesainya mitosis, tapi sebelum S) digunakan, tidak ada mRNA histon
yang disintesis. Bila nonhistones dikeluarkan dari G1-phase kromatin dan diganti dengan
protein kromosom nonhistone dari S-phase chromatin, dan kromatin yang dilarutkan ini
ditranskripsi dalam mRNA histone disintesis. Disisi lain, ketika nonhistone dalam kromatin
yang diberi label pada sel fase G1-phase dan DNA dan histone dari S-phase tidak akan ada
mRNA histone yang disimbolkan. Regulasi transkripsi pada eukariota berguna untuk
melibatkan interaksi spesifik antara DNA, histone plasmik, dan protein kromosom nonhistone.
Bukti kuat yang mendukung pemberian interaksi langsung antara urutan gen target kompleks
dan cis-seting dari gen target tersedia untuk glukokat C kortikoid (yang merangsang
peningkatan kadar gula darah), estrogen (yang merangsang perkembangan - tahap dari fenotip
sekx betina), dan thyroid (yang mengendalikan tingkat mektabolik basal) pada hormon
beberapa hewan tinggi.

Hormon Glucocoricoid Bertindak melalui Elemen Penambah

Mamalia menghasilkan sejumlah besar steroid dalam sel yang berbeda dari berbagai
jaringan. Meskipun mekanisme yang paling banyak untuk hormon steroid masih belum
diketahui, hormon steroid spesifik seperti glukokortikoid (misalnya kortisol) dan estrogen
(misalnya B-estradiol) telah ditunjukkan pada gen target spesifik oleh protein antara yang
dimediasi interaksi dengan urutan peraturan cis-acting.

Ecdysone and Chromosome Puffs in Flies

 Dalam kromosom kelenjar liur raksasa dari beberapa lalat dipteran tertentu, seperti
spesies Drosophila dan Chironomus tetans, masing-masing pita kromosom yang mengalami
perubahan morfologi pada waktu-waktu tertentu dalam proses sinkronisasi. Masing-masing
pita meluas ke dalam struktur pewarnaan yang berbeda dan tidak padat yang disebut Puffs.
Setiap puff hampir pasti menunjukkan segmen kromosom yang ada di dalam keadaan
diperpanjang untuk memfasilitasi transkripsi gen. Selama perkembangan lalat dipteran,
hormon steroid ecdysone secara bebas dilepaskan dan memicu pergantian kulit. Pola yang
sangat spesifik dari kelenjar saliva puff terjadi selama pergantian kulit. Jika larva D
melanogaster dan C. tetans diperlakukan dengan ecdysone pada tahap perkembangan sebelum
atau di antara molting, pola pola pengulangan kromosom terjadi secara identik selama terjadi
molting. Pola yang dihasilkan ini memberikan demonstrasi yang meyakinkan tentang efek dari
steroid hormon dan pola ekspresi gen. Selain menggambarkan efek hormone steroid dan
ekspresi gen, pola ecdysone terinduksi memberikan bukti untuk eksistensi pola terprogram
ekspresi gen eukariot.

Regulasi dengan Splicing Alternatif Transkripsi

Seperti yang telah diketahui pada bagian sebelumnya bahwa regulasi transkripsi
memiliki peranan penting dalam mengontrol perkembangan pada organisme eukariot. Hal ini
tidak berarti bahwa cara regulasi lain tidak penting. Proses regulasi transkripsi terjadi pada
banyak sistem dan terjadi dengan beberapa mekanisme. Regulasi terjadi dengan merubah
stabilitas transkripsi, diferensiasi transpot ke sitoplasma, dan dengan diferensiasi translasi dari
proses transkripsi (Gardner,1991). Gen dengan intron yang banyak dapat memberi masalah
yang rumit pada mesin splicing. Intron-intron tersebut dapat dihapus secara terpisah maupun
kombinasi, bergantung pada interaksi mesin splicing dengan RNA. Jika dua intron berturut-
turut dihapus bersamaan, ekson yang terletak diantara intron-intron tersebut juga akan terhapus.
Sejumlah contoh dari splicing alternatif telah diketahui. Salah satunya adalah transkripsi dari
antena Drosophila yang diketahui mengalami splicing alternatif pada fase embrio dan pupa.
 Contoh lain dari splicing alternatif terjadi pada kasus gen tropomiosin
dari Drosophiladan hewan verterbrata. Tropomiosin adalah protein yang menengahi interaksi
antara aktin dan troponin dan membantu regulasi kontraksi otot. Pada jaringan yang berbeda,
otot maupun nonotot, dicirikan dengan kehadiran isoform tropomiosin yang berbeda. Hal ini
dapat diartikan bahwa banyak isoform diproduksi dari gen yang sama oleh splicing alternatif
(Gardner,1991).

Contoh lain dari splicing alternatif tejadi selama ekspresi gen troponin T, yaitu suatu
protein yang ditemukan pada otot skeletal dari vertebrata. Ukuran dari protein ini antara 150-
250 asam amino. Pada tikus, gen troponin T terdiri dari 18 exon yang berbeda. Transkripsi
pada gen ini displicing dengan cara yang berbeda untuk menghasilkan sejumlah mRNA. Ketika
ditranslasi banyak polipeptida troponin T yang dihasilkan. Semua polipeptida membagi asam
amino dari ekson 1-3, 9-15, dan 18. Daerah yang tidak dikodekan (4-8) oleh ekson mungkin di
berikan atau dihilangkan, bergantung kepada pola splicing dan juga pada banyaknya
kombinasi. Susunan mRNA dimediasi oleh spliceosomes (organel inti) (Snustad, 2012).

(Sumber: Snustad, 2012)

Beberapa tipe dari sistem splicing (Lewin,2004):

1. Intron dihapus dari pre-mRNA inti dari eukariot tingkat tinggi oleh sebuah sistem yang
hanya mengenal urutan konsensus pada batas intron-ekson dan dalam intron. Reaksi ini
memerlukan sejumlah alat splicing (spliceosome).
2. RNAs tertentu memiliki kemampuan untuk menghilangan intron mereka.
 3. Penghapusan intron dari prekursor inti tRNA yeast melibatkan
kegiatan enzimatik yang menangani substrat dengan cara yang mirip dengan enzim
pemrosesan tRNA yang memiliki fitur penting yang sesuai dengan prekursor tRNA.

Saat ini kita belum dapat mengetahui bagaimana pentingnya penggunaan alternatif splicing
yang bisa merubah keseluruhan ekspresi gen. Yang dapat diketahui hanyalah contoh-
contoh baru dari penggunaan alternatif splicing transkipsi yang ditemukan hampir setiap
hari. Jelasnya, regulasi ekspresi gen oleh control jalan alternatif splicing memiliki
mekanisme yang signifikan dalam regulasi pada eukariot tingkat tinggi (Gardner,1991).

Regulasi Ekspresi Gen Jalur Kompleks Pada Eukaryote

Menurut R.J. Britten dan E.H Davidson regulasiekspresi gen pada eukaryote melibatkan
banyak gen. Menurut model tersebut sensor gen memilki binding site yang bersifat spesifik
pada satu signal. Ketika suatu sensor gen menerima signal, maka sensor gen
akanberinteraksidengan integrator gen menghasilkan activator RNA yang akan berinteraksi
dengan sequence khusus pada reseptor gen yang dapat memicu transkripsi yang dekat dengan
producer gen.
 Model menggunakan lebih dari 1 integrator gen

Pembentukan RNAd pada model 2 Davidson dan Britten adalah di mulai dari gen
struktural yang terletak di constitutive transcription units yang akan di transkripsikan pada
level basal pada semua sel. Namun transkripsi ini hanya akan di proses pada sel. Transkripsi
konstritutif ini hanya di proses pada sel yang mengandung intergrating regulatory
transcript.Pada akhirnya akan di transkripsikan sel dengan yang spesifik dan harus ada sebelum
hasil transkripsi konstitutif dari gen struktural tersebutdapat di proses menjadi RNAd.
Intergrating regulatory transcript mengandung sekuen repetitif yang berinteraksi dengan hasil
transkripsi gen struktural yang berbeda seperti gen intergrator repetitif yang berinteraksi
dengan gen-gen reseptor yang berbeda pada model Davidson-Britten yang asli.

Regulasi sirkuit kompleks Gen pada eukariot

Ada beberapa model yang telah dikemukakan oleh beberapa ahli dan salah satu yang
terkenal adalah model yang dikemukakan oleh R.J. Britten dan E.H. Davidson. Model tersebut
mengemukakan bahwa integritas regulasi sekelompok gen-gen structural oleh gen-gen
regulator kompetitif. Model tersebut menghitung sekun DNA kopi tunggal penyela dan sekuen
DNA repetitif. Berdasarkan model Britten dan Davidson, gen-gen sensor spesifik menunjukkan
sekuen pengikatan spesifik. Ketika gen sensor menerima sinyal yang sesuai, mereka akan
mengaktifkan transkripsi gen-gen yang berdekatan.menurut Britten dan Davidson menyatakan
bahwa produk gen integrator merupakan activator RNA yang berintrraksi secara langsung
dengan gen-gen reseptor yang merangsang transkripsi contiguous producer genes (analog
dengan gen structural pada operon prokariotik).
Pembuatan gen-gen reseptor atau gen integrator secara redundan, berbagai macam gen-
gen produser dapar diaktifkan sebagai respon terhadap sinyal yang berbeda. Apabila gen
integrator dan reseptor memang redundan,complex integrated circuits ekspresi gen dapat
mudah ditemukan. Gambaran yang menarik terhadap model Britten dan Davidson bahwa
model ini memberikan alas an yang logis terhadap pola penyela sekuen DNA repetitive dan
sekuen DNA kopi tunggal. Bukti langsung mengindikasikan bahwa sebagian gen sruktural
(gen-gen produser) merupakan sekuen DNA kopi tunggal. Berdasarkan model Britten dan
Davidson, sekuen DNA repetitive yang berdekatan mengandung berbagai macam gen-gen
regulator (sensor, integrator, dan gen-gen reseptor).
Kajian selanjutnya tentang perbadingan kompleksitas antara populasi hnRNA
(Heterogenous nuclear DNA) dan populasi RNAd [ada tipe sel yang berbeda menunjukkan
bahwa hnRNA lebih kompleks daripada RNAd. Hal tersebut menunjukkan bahwa regulasi
terjadi pasca transkripsi selama pemrosesan RNA, yaitu pada tahap hnRNA menjadi RNAd.
Model kedua yang dikemukakan oleh Britten dan Davidson mengemukakan bahwa
ekspresi gen diregulasi pada tingkat pemrosesan RNA. Berdasarkan model ini sebagian gen
struktural berada di constitutive transcription units yang akan ditranskripsikan pada level basal
pada semua sel. Hasil transkripsi konstritutif ini hanya akan diproses pada sel yang
mengandung integrating regulatory transcript yanga akan ditranskripsikan sel dengan cara
yang spesifik. Dan harus ada sebelum hasil transkripsi kontitutif dari gen structural tersebut
diproses menjadi RNAd.
Iintegrating regulatory transcript mengandung sekuen repetitive yang berinteraksi dengan
hasil transkripsi gen structural yang berbeda seperti gen integrator spesifik yang berinteraksi
gengan gen gen reseptor berbeda pada model Britten dan Davidson yang asli. Perbedaan utama
yaitu bahwa regulasi terjadi pada post transkripsi selama pemrosesan RNA pada model Britten-
Davidson dan bukan pasa saat transkripsi seperti yang telah dikemukakan pada model yang
pertama.
SOAL dan JAWABAN

1. Bagaimana bukti awal protein kromosomal nonhiston dapat mengendalikan keadaan

transkripsi ?
Bukti awal protein kromosomal nonhiston dapat mengendalikan keadaan transkripsi.
Histone disintesis, seperti DNA, selama fase S dari siklus sel. Ketika sel kromatin dari
S-phase (sel sintesis DNA) ditranskripsi secara in vitro, mRNA histone disintesis. Bila
chromatin dari fase G1 (periode setelah selesainya mitosis, tapi sebelum S) digunakan,
tidak ada mRNA histon yang disintesis. Bila nonhistones dikeluarkan dari G1-phase
kromatin dan diganti dengan protein kromosom nonhistone dari S-phase chromatin, dan
kromatin yang dilarutkan ini ditranskripsi dalam mRNA histone disintesis. Disisi lain,
ketika nonhistone dalam kromatin yang diberi label pada sel fase G1-phase dan DNA
dan histone dari S-phase tidak akan ada mRNA histone yang disimbolkan.
2. Mengapa eukariot memiliki mekanisme ekspresi gen yang lebih rumit?
Karena sel eukariotik memiliki sel yang berbeda beda dan lebih kompleks daripada
eukariotik, serta peran untuk membentuk beberapa sel dengan fungsi tertentu, yang
disebabkan karena pada perbedaan level transkripsi dan proses pembuatan RNA.
3. Bagaimana morfologi pita kromosom Drosophila dan Chironomus tetans dalam proses
sinkronisasi?
Dalam kromosom kelenjar liur raksasa dari beberapa lalat dipteran tertentu, seperti
spesies Drosophila dan Chironomus tetans, masing-masing pita kromosom yang
mengalami perubahan morfologi pada waktu-waktu tertentu dalam proses sinkronisasi.
Masing-masing pita meluas ke dalam struktur pewarnaan yang berbeda dan tidak padat
yang disebut Puffs.
4. Bagaimana perbedaan promotor dan enhancher ?
Apabila promotor dalam meningkatkan proses transkripsi harus ada faktor
pendukungnya, tetapi enhancher memiliki sifat yang dapat meningkatkan proses
transkripsi tanpa adanya faktor pendukung.