REKOMBINASI BAB 10,11 dan 12

RESUME

Disususun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika

Yang Dibina oleh Prof. Dr. H. Agr. M. Amin, M.Si dan Andik Wijayanto, S.Si, M.Si.

Oleh:
Kelas H/ Kelompok 1

Chomisatut Thoyibah (150342604725)

Sugi Hartono (150342608273)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2017
 BAB 10
BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI

A. Rekombinasi Spesifik Tapak

Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak
khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu (Gardner,1991).Rekombinasi spesifik
tapak pada E. coli tidak membutuhkan fungsi protein rec A, rec B dan rec C (Ayala,1984).
Rekombinasi spesifik tapak integrasi DNA fag ke genom E. coli. Tapak attP dan attB pada
genom E. coli merupakan hasil evolusi yang sangat spesifik terhadap enzim-enzim
rekombinasi khusus yang dikode oleh gen int dan xis pada genom fag. Oleh karena itu
integrasi fag hampir selalu terjadi pada tapak auB yang terletak antara lokus gal dan bio. Jika
tapak auB tersebut mengalami delesi, maka dampaknya adalah integrasi profag akan terjadi
pada banyak tapak lain tetapi dalam frekuensi rendah.
a. Rekombinasi Spesfik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti
Peristiwa pindah silang umumnya tetap mempertahankan sususnan urut-urutan DNA
pada kromosom-kromosom homolog namun demikian pada kasus-kasus tertentu merupakan
perkecualian, sel-sel juga memanfaatkan semacam proses rekombinasi yang tertata secara
teliti untuk menata kembali urut-urutan DNA (Watson,1987). Segmen DNA dapat dipindah
dengan bantuan rekombinasi tapak spesifik,dan akibat yang sering timbul adalah bahwa
sering beragam gen atau perangkat gen diekspresikan. Contoh fenomenanya adalah yang
berkenaan dengan pembentukan demikian banyak gen antibody hasil penataan kembali DNA
spesifik tapak yang terjadi atas suatu perangkat urut-urutan prekursor.
b. Rekombinasi Spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen
Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada molekul DNA yang sama akan
berakibat terlepasnya segmen antara atau terjadinya inverse segmen antara tersebut
(Watson,1987). Sel memang kadang memanfaatkan inverse hasil rekombinasi tersebut dalam
rangka memilih anatar dua susunan DNA yang memungkinkan dua protein atau perangkat
protein untuk diekspresikan. Mekanisme ini sering mengatur protein yang tampak pada
bagian luar makhluk hidup. Contohnya antara lain protein ekor dari Mu (mutator) fag, yang
diatur oleh segmen gin yang tidak dapat dibalik,serta antigen flagel dari bakteri Salmonella.
Variasi fase Salmonella merupakan akibat dari ekspresi dua protein flagel yaitu H1 dan H2,
yang terjadi bergantian (Watson,1987). suatu sel mengekspresikan salah satu protein flagel
itu,tidak pernah kedua proten flagel itu diekspresikan sekaligus.
 Gambar 1. Alternatif kejadian rekombinasi yang melibatkan 2 tapak pada satu molekul
DNA.
Promotor untuk untuk gen H2 terletak pada suatu segmenDNA yang dapat
mengalami pembalikan di dekatnya seukuran 970 pasang nukleotida, dan diikat oleh urutan
berulang seukuran 14 pasang nukleotida dalam arah berlawanan.Apabila segmen DNA yang
mengandung promoter itu mengarah dalam arah yang sama, maka letak promoter adalah di
samping gen H2. Dalam kondisi semacam ini gen H2 ditranskripsikan dan demikian pula
suatu gen lain di dekatnya yang mengkode suatu protein repressor dari gen pengkode protein
flagel H1 yang letaknya jauh. Kerja gen H1 dihalangi sedangkan kerja gen H2 justru
ditranskripsikan. Jika segmen tadi mengalami pembalikan, maka gen H2 tidak
ditranskripsikan lagi dan gen untuk pengkode protein untuk repressor
B. Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak
Rekombinasi berawal dari upaya penutupan suatu celah pada molekul DNA. Dalam
hal ini celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu unting pasangan homolog. Perbaikan
tetap terjadi tidak bergantung pada apakah perantara itu dipotong untuk menukar lengan
samping dari kedua helix. Sekalipun suatu celah sederhana dapat diisi oleh polymerase DNA
suatu persoalan yang lebih serius diperlihatkan oleh celah.

Gambar 2. Rekombinasi memperbaiki molekul DNA yang rusak

C. Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang:
Konversi Gen
Kajian-kajian awal tentang pindah silang yang terjadi antara gen-gen yang berbeda
menunjukkan bahwa tampaknya peristiwa itu bersifat resiprok. Namun demikian kemudian
diketahui bahwa jika rekombinasi terjadi antara tapak-tapak berdekatan pada gen yang sama,
maka dapat ditemukan perkecualian. Perkembangan lebih lanjut kemudian menunjukkan
bahwa rekombinasi yang tidak resiprok seiring ditemukan. Rekombinasi tidak resiprok yang
terjadi antara dua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, dewasa ini lazim disebut
sebagai konversi gen atau gen conversion (Gardner, dkk., 1991). Dikatakan pula bahwa
tampaknya konversi gen tersebut merupakan akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan
DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan dan penyambungan.
Fenomena konversi gen ini paling baik dikaji misalnya pada khamir atau pada Neurospora
(Watson, dkk., 1997; Gardner, dkk., l99l). Bagan rekombinasi yang tidak resiprok
ditunjukkan pada Gambar 10.4.

Gambar 3. Bagan Rekombinasi yang tidak resiprok (Watson, dkk., 1987)

Dalam hal ini misalnva dilakukan persilangan antara dua mutan khamir
Saccharomyces cerevisiae (jarak tapak kedua mutan itu sangat dekat dalam satu gen yang
sama). Lebih lanjut jika askus-askus yang mengandung spora dianalisis, seringkali askus-
askus tersebut tidak mengandung rekornbinasi mutan ganda yang resiprok sebagaimana yang
diharapkan. Sebagai contoh dilakukan persilangan dengan penauda mutan m1 dan m2. Jika
persilangan tersebut adalah m1 m2+ >< m1+ m2, maka askus-askus yang sering kali dijumpai
adalah yang mengandung pasangan spora: m1+ m2, m1+ m2+, serta m1 m2+ (Gardner, dkk.,
l99l). Dalam hal ini spora-spora mutan ganda m1 m2 yang merupakan hasil rekombinasi
resiprok tidak ada dalam askus. Oleh karena itu rasio m2+ : m2 = 3 : 1 dan bukan 2 : 2 seperti
yang diharapkan. Kenyataan seperti tersebut merupakan akibat rekombinasi yang tidak
resiprok.
D. Rekombinasi Illegitimate
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekui
DNA yang non homolog (Gardner, dkk, l99l). Seperti halnya rekombinasi spesifik tapak,
mekanisme rekombinasi illegitimate juga tidak sama dengan mekanisme rekombinasi umum
(lazim). Lebih lanjut pada E. coli. Macam rekombinasi itu juga tidak membutuhkan fungsi
protein recA, recB, dan recC (Ayala, dkk., 1984). Contoh rekombinasi illegitimate antara lain
yang berkenaan dengan insersi elemen transposabel (misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu
lokus gen (Strickberger, 1985). Pada peristiwa tersebut memang urut-urutan DNA lokus
tersebut tidak sama dengan urut-urutan DNA elemen Is. Sebagaimana diketahui akibat
rekombinasi illegitimate yang melibatkan insersi elemen tersebut, fungsi gen akan terganggu
atau hilang. Sebagai contoh misalnya insersi yang dilakukan oleh elemen Is ke dalam
berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E. coli, yang terbukti menimbulkan mutasi-
mutasi sehingga mengganggu metabolisme galaktose.

E. Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA

Telaah-telaah rekombinasi yang telah dilakukan selama ini menunjukkan bahwa
kejadian rekombinasi independen atau tidak terkait dengan peristiwa replikasi DNA. Dalam
hal ini bilamana dua genotip fag, rnisalnya a+ dan b+, dalam jumlah besar secara serempak
menginfeksi suatu sel inang yang tumbuh pada medium ringan, pengamatan terhadap genotif
partikel fag-fag yang tidak bereplikasi rnenunjukkan bahwa beberapa diantaranya bergenotip
++; dan memang inilah bukti bahwa rekombinasi genotip-genotip induk dapat berlangsung
secara independen terhadap replikasi DNA.
 BAB 11
TRANSFORMASI BAKTERI
Transformasi adalah suatu proses transfer informasi genetik dengan bantuan potongan
DNA ekstraseluler. Dalam hal ini fragmen DNA yang berasal dari bakteri donor diambil oleh
bakteri lain dalam kedudukan sebagai bakteri resipien. Jika bakteri donor dan bakteri resipien
berbeda secara genetik, maka akan dihasilkan rekombinan genetik yang terbentuk melalui
peristiwa pindah silang yang melibatkan fragmen DNA dari donor DNA atau kromosom
resipien. Sel-sel yang telah mengalami transformasi disebut dengan transoformon.
Transformasi bakteri pertama kali diamati oleh Griffith pada 1928 dan pada 1944
Oswald Avery dkk membuktikan bahwa DNA bertanggung jawab terhadap perubahan
genetik yang terjadi akibat transformasi.
A. Transformasi Alami dan Transformasi buatan
Pada transformasi alami, bakteri memang mampu mengambil fragmen DNA secara
alami sehingga mengalami transformasi secara genetik. Sedangkan transformasi rekayasa
(buatan), secara genetik bakteri telah diubah terlebih dahuluagar memungkinkannya
mengalami transformasi, yakni dalam hal mampu mengambil fragmen DNA sehingga
akhirnya secara genetik mengalami transformasi. Bakteri yang biasa mengalami transformasi
secara alami antara lain adalah Bacillus subtilis, sedangkan bakteri yang mengalami
transformasi setelah direkayasa terlebih dahulu antara lain E. coli.
Pengambilan molekul DNA oleh bakteri resipien adalah suatu proses aktif yang
membutuhkan energi, yang tidak mencakup peristiwa masuknya molekul DNA secara pasif
melalui dinding sel maupun membran sel yang permeabel. Tidak semua bakteri dapat
mengalami transformasi, hanya spesies tertentu yang memiliki mekanisme enzimatik yang
terlibat pada peristiwa pengambilan fragmen DNA maupun pada proses rekombinasi.
Sel-sel yang mampu secara aktif mengambil fragmen DNA memungkinkan terjadinya
trasnformasi disebut sebagai sel-sel kompeten, dimana sel kompeten memiliki faktor
kompeten yaitu suatu protein permukaan sel atau enzim yang terlibat pengikatan atau
pengambilan DNA. Maka jelaslah bahwa sel kompeten tersebut merupakan sel resipien.
B. Proses Transformasi
Proses transformasi terjadi pada beberapa tahap, yaitu:
Tahap 1: molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang
terdapat pada permukaan sel. Perikatan ini bersifat reversibel.
Tahap 2: pengambilan DNA donor yang bersifat irreversibel. Pada saat ini DNA
donor menjadi resisten terhadap enzim DNase di dalam medium.
 Tahap 3: konversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi
molekul unting tunggal melaui degradasi nukleotida terhadap salah satu unting.
Tahap 4: integrasi seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut ke
dalam kromosom resipien.
Tahap 5: segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi.
Berkenaan dengan masuknya DNA donor ke dalam sel resipien, sudah terdapat model
yang menduga bahwa suatu enzim eksonuklease spesifik (enzim translokase DNA) menarik
satu unting DNA donor ke dalam sel resipien didukung oleh energi yang diperoleh dari
degradasi unting komplementer.

Gambar 4. Ilustrasi diagramatik tahap transformasi pada bakteri Bacillus subtilis.

Pada sebagian transformasi yang telah ditelaah diketahui bahwa ukuran fragmen DNA
donor adalah sekitar 20.000 pasang nukleotida atau sekitar 1/200 panjang kromosom bakteri
secara keseluruhan. Adapula fragmen DNA donor yang sangat kecil ukurannya. Namun
demikian tampaknya ukuran minimum fragmen DNA yang dibutuhkan untuk integrasi adalah
sekitar 500 pasang nukleotida.
C. Pemetaan Kromosom Bakteri melalui Kejadian Transformasi
Secara operasional, transformasi dapat digunakan untuk mengungkap pautan gen,
urutan gen, serta jarak peta. Penanda-penanda genetik pada kromosom donor yang digunakan
berdekatan satu sama lain. Jika letak penanda-penanda tersebut berjauhan dengan kromosom
donor, maka penanda-penanda itu tidak akan pernah terbawa molekul DNA pentransformasi
yang sama; penanda-penanda itu selau terletak pada fragmen DNA yang berlainan.
Beberapa hal yang terkait dengan pemetaan gen pada bakteri yang memanfaatkan
proses transformasi lebih lanjut, misalnya pada gen x dan y. Pada DNA donor terdapat gen
gen x+ y+ sedangkan pada DNA resipien terdapat gen xy. Peluang transformasi simultan
adalah produk dari peluang transformasi tiap-tiap gen. Jika transformasi per gen adalah 2
dalam 103 sel, maka diharapkan frekuensi transformasi x4y4 adalah sebesar 1 dalam 106 sel-
sel resipien. Oleh karena itu, jika jarak dua gen berdekatan sehingga keduanya sering terbawa
pada fragmen DNA yang sama, maka frekuensi kotransformasi seharusnya mendekati
frekuensi transformasi satu gen.
Urutan gen pada kromosom bakteri dapat juga ditetapkan atas dasar kotransformasi.
Sebagai contoh, jika gen p dan q mengalami kotransformasi, demikian pula gen q dan gen o
juga sering mengalami kotransformasi, tetapi gen o dan p jarang mengalami kotransformasi,
maka tentu saja urutan gen pada kromosom bakteri tersebut adalah p-q-o.
Berkenaan dengan pemetaan gen pada kromosom bakteri, pada saat ini dapat
diperoleh dalam lokasi fisik relatif gen-gen sepanjang molekul DNA. Para ahli genetika dapat
mengontrol ukuran fragmen DNA yang digunakan pada suatu percobaan transformasi. Oleh
karena itu, peluang kotransformasi dari dua gen dapat dihubungkan dengan ukuran molekular
DNA pentransformasi. Secara operasional dengan menghubungkan frekuensi pentransformasi
debgan ukuran rata-rata DNA petransformasi dapat menungkap suatu peta fisik gen.
Pertanyaan
1. Mengapa rekombinasi Illegitimate dapat mengganggu fungsi gen tertentu?
Jawab: Rekombinasi Illegitimate misanya adalah antara lain yang berkenaan dengan
insersi elemen transposabel (misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu lokus gen (Strickberger,
1985). Pada peristiwa tersebut memang urut-urutan DNA lokus tersebut tidak sama dengan
urut-urutan DNA elemen Is. Sebagaimana diketahui akibat rekombinasi illegitimate yang
melibatkan insersi elemen tersebut, fungsi gen akan terganggu atau hilang. Misalnya insersi
yang dilakukan oleh elemen Is ke dalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E.
coli, yang terbukti menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu metabolisme
galaktose.
2. Mengapa tidak semua sel dapat mengalami rekombinasi?
Jawab: Tidak semua bakteri dapat mengalami transformasi, hanya spesies tertentu
yang memiliki mekanisme enzimatik yang terlibat pada peristiwa pengambilan fragmen DNA
maupun pada proses rekombinasi. Sel-sel yang mampu secara aktif mengambil fragmen DNA
memungkinkan terjadinya trasnformasi disebut sebagai sel-sel kompeten, dimana sel
kompeten memiliki faktor kompeten yaitu suatu protein permukaan sel atau enzim yang
terlibat pengikatan atau pengambilan DNA.