JURNAL BIOLOGI SEL MOLEKULER

KELUAR DAN MASUKNYA GEN RRNA: KARAKTERISASI ELEMEN POKEY

DALAM URUTAN GENOM DAPHNIA

Dosen : Drs. H. Ibrahim Arifin, M.Sc, Apt

Disusun oleh :

Nama : Heny Juliana Kartika sari

Nim : 155010034

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS WAHID HASYIM

SEMARANG

2017
ABSTRAK

Beberapa elemen yang dapat ditranposisika diketahui menunjukkan pola insersi spesifik
lokasi, termasuk retrotransposon elemen R yang dipelajari dengan baik yang dimasukkan ke dalam
lokasi spesifik di dalam rDNA multigene. Transposon DNA spesifik rDNA yang diketahui, Pokey
(superfamili: piggyBac) ditemukan di microcrustacean air tawar, pulex Daphnia.

Elemen transposisi (TEs) ditemukan di hampir semua organisme dan sering terdiri dari
bagian substansial dari genom eukariotik [1]. Banyak TE memasukkan ke lokasi di seluruh genom,
sementara yang lain memasukkan secara spesifik ke dalam urutan tertentu. Sebuah situs yang
disukai oleh retraksi nirkarat terminal (non-LTR) adalah pengkodean lokus rRNA [2]. Pokey
adalah satu-satunya contoh transposon DNA yang diketahui dimasukkan secara khusus di rDNA.
Pokey menyisipkan ke daerah gen 28S yang sama yang sangat ditargetkan oleh elemen non-LTR
[3]. Penyisipan salah satu elemen ini diharapkan dapat mengganggu produksi rRNA fungsional
dari unit yang disisipkan.

Analisis filogenetik unsur-unsur Pokey yang ditemukan dari urutan genom

mengungkapkan adanya empat garis keturunan yang sesuai dengan dua keluarga otonom yang
berbeda dan dua garis keturunan non-otonom yang terkait dengan elemen yang dapat
ditransposisikan berulang (MITEs). MITEs juga ditemukan pada penyisipan gen 28S rRNA yang
sama dengan elemen Pokey, dan tampaknya muncul sebagai turunan penghapusan unsur otonom.
Beberapa salinan elemen Pokey penuh mungkin mampu menghasilkan transpos aktif. Anehnya,
kedua keluarga Pokey memiliki serangkaian 200 bp ujung yang diulang dari transposa yang berasal
dari jarak intergenik rDNA (IGS). Urutan IGS dalam elemen Pokey nampaknya berkembang
bersamaan dengan unit rDNA. Akhirnya, analisis lokasi penyisipan elemen Pokey di luar rDNA
menunjukkan preferensi target untuk situs yang serupa dengan urutan spesifik yang ditargetkan
dalam rDNA.

Berdasarkan preferensi situs target elemen Pokey dan evolusi terpadu dari segmen elemen
dengan unit rDNA, kami mengusulkan sebuah jalur evolusi dimana nenek moyang elemen Pokey
telah menyerang kedudukan rDNA. Kami membahas bagaimana spesifisitas untuk unit rDNA
mungkin telah berevolusi dan bagaimana spesifisitas ini telah memainkan peran dalam
kelangsungan hidup jangka panjang dari unsur-unsur ini dalam Daphnia subgenus.
 PEMBAHASAN

Keanekaragaman Pokey dalam genom Daphnia, Lebih dari 160 analisis

urutan Pokey seperti pokey genome D. pulex mengungkapkan empat kelompok
yang didukung dengan baik. Dua kelompok elemen yang lebih besar dengan ukuran
rata-rata 5.100 bp ditetapkan Pokey A dan Pokey B. Kelompok-kelompok tersebut
telah menyimpang secara berurutan sekitar 40%, memiliki struktur ITR yang
berbeda dan mencakup anggota yang memiliki ORF transpos utuh. Dua kelompok
lainnya adalah MITE, yang ditunjuk mPok 1 dan mPok 2, karena setiap elemen
mPok berisi ITR dan rangkaian non-coding lainnya yang sesuai dengan elemen
Pokey full-length. Elemen Pokey B dan mPok 2 beranotasi melebihi jumlah Pokey
A dan mPok 1 lebih dari 4: 1.

Bukti yang ada menunjukkan bahwa baik Pokey A dan Pokey B terjadi di D.
obtusa dan dengan demikian kedua garis keturunan ini cenderung bertahan dalam
beberapa peristiwa spesiasi. Diversifikasi vertikal TE dalam genom yang sama dapat
digerakkan oleh pilihan atau kemungkinan kombinasi keduanya. Dua model telah
diusulkan. Lampe dan rekannya mengamati hilangnya interaksi antara ITR dan
transpos elemen Tc1 / mariner dari subfamili yang berbeda dengan urutan divergensi
lebih besar dari 16%. Mereka menjelaskan bahwa mekanisme pembungkaman
berdasarkan kesamaan urutan dapat menciptakan seleksi intragenomik yang
mendukung perbedaan urutan transpos dan ITR TE terkait untuk menghindari
pembungkaman. Kemungkinan kedua adalah bahwa kehadiran banyak elemen non-
otonom mendorong perbedaan urutan transposase dan ITR karena salinan non-
otonom mentitrasi transpos dari salinan otonom dan menurunkan kecocokannya.
Dalam hal ini, pemilihan intragenomik mungkin menyukai elemen yang berbeda
yang transpos hanya dapat mengenali ITRs mereka sendiri.
 Kemampuan elemen Pokey A dan Pokey B untuk melakukan cross-mobilisasi
dapat diselidiki dengan menggunakan eksisi buih, satu buih-hibrida atau tes
pergeseran mobilitas elektroforesis untuk menentukan kekuatan interaksi antara
transpos dan ITR dari masing-masing kelompok. Meskipun perbedaan urutan antara
dua struktur ITR tampak kecil , Casteret dan rekan menunjukkan bahwa sejumlah
kecil perubahan nukleotida tunggal ke ITR transposon DNA drosophilid
menghasilkan perubahan signifikan pada tingkat transposisi.

Elemen mPok nampaknya berukuran sangat kecil (kira-kira 750 bp)

dibandingkan dengan MITE lainnya, yang bisa sekecil sekitar 130 bp. Namun, MITE
yang bahkan lebih besar dari mPok sekarang telah ditemukan pada eukariot yang
beragam secara filogenetik menunjukkan bahwa MITE yang besar lebih umum
daripada yang diperkirakan sebelumnya. Salah satu mekanisme untuk menjelaskan
asal usul MITE yang besar adalah penghapusan internal TEs otonom yang progresif
dan seleksi berikutnya untuk meningkatkan tingkat transposisi di antara unsur-unsur
yang dihasilkan dari waktu ke waktu . Dengan demikian, ukuran elemen mPok yang
lebih besar bisa menjadi konsekuensi evolusi baru-baru ini. Meskipun ini benar
untuk elemen mPok1, yang menunjukkan sedikit keragaman urutan, terjadinya
salinan mPok 2b yang sangat berbeda tidak konsisten dengan asal usul baru-baru ini.
Memang, Depr dan rekannya mengemukakan bahwa Mar MITE di Drosophila
willistoni, yang serupa dengan elemen mPok.

Aspek yang tidak biasa dari garis keturunan Pokey A dan B di Daphnia adalah
adanya rangkaian yang berasal dari NCR unit rDNA. Ini mencakup sekuens kira-
kira 200 bp dari daerah non-repetitif IGS (pengulangan) dan sekuens sekitar 50 bp
dari ITS2 (pengulangan C) Unsur-unsur Pokey terdiri dari 2 sampai 5 salinan urutan
rDNA ini dalam 5 'NCR . Sifat yang sangat rekomboksogenik dari pengulangan ini
di dalam elemen Pokey pertama kali disarankan oleh jarak diferensial mereka di
pcPokey S dan pcPokey L dan sangat didukung oleh analisis ini dimana kombinasi
pengulangan A dan C unik hanya untuk satu atau beberapa unsur Pokey.

Properti yang paling baik dari pengulangan A adalah urutan yang sama
dipertahankan pada garis keturunan Pokey A dan B. Tidak hanya pengulangan A
sesuai dengan tingkat konservasi urutan tertinggi di antara kedua garis keturunan
tersebut, namun pengulangan A dalam dua garis keturunan Pokey juga dilestarikan
karena rangkaian IGS menjalani evolusi bersama dalam unit rDNA .Tingkat
identitas urutan tinggi ini menunjukkan bahwa rekombinasi antara pengulangan
Pokey dan pengulangan rDNA terjadi secara reguler, sehingga memperkuat argumen
bahwa elemen Pokey telah menjadi sangat terspesialisasi untuk dimasukkan ke lokus
rDNA.

Pokey adalah satu-satunya TE yang dimediasi DNA yang diketahui dapat

mengembangkan spesifisitas sisipan untuk unit rDNA. Hebatnya, situs penyisipan
Pokey berada di wilayah gen 28S yang sama yang juga merupakan lokasi target
untuk sejumlah retrotransposons non-LTR (ditinjau ulang di [2]). Dua elemen ini,
R2 dan R5, yang dimasukkan ke dalam beberapa pasangan dasar situs Pokey,
mengkodekan endonuklease terkait yang memiliki situs aktif yang mirip dengan
enzim restriksi IIS kelas [37, 38]. Endonuklease R2 telah terbukti memiliki
spesifisitas yang luar biasa untuk 30 sampai 40 nukleotida yang mengelilingi lokasi
penyisipannya . Dua retrotransposons non-LTR lainnya, R1 dan R4, masing-masing
menyisipkan 75 dan 28 bp, bagian hilir dari situs Pokey. Unsur-unsur ini menyandi
endonuklease dengan kemiripan dengan endonuklease apurinik yang terlibat dalam
perbaikan DNA . Endonuklease yang dikodekan oleh R1 juga telah ditunjukkan
memiliki spesifisitas urutan untuk situs penyisipan. Dalam keempat kasus tersebut,
sebagian besar salinan elemen dimasukkan ke dalam rDNA dengan sebagian besar
salinan di luar rDNA dimasukkan ke dalam situs dengan kemiripan urutan ke lokasi
target gen 28S .

ketiga garis keturunan TE yang berbeda telah mengembangkan spesifisitas

untuk wilayah kecil unit rDNA yang sama. Wilayah sasaran 28S sangat dilestarikan,
namun ada banyak wilayah gen 18S dan 28S yang dilestarikan melintasi eukariot.
Kami menyarankan agar DNA di wilayah ini sangat terbuka dan dapat diakses oleh
mesin TE, komponen kromatin yang belum diketahui dapat digunakan oleh TE
dalam evolusi spesifisitasnya, atau ini hanya salah satu dari sedikit area rDNA
dimana TE dapat menyisipkan tanpa cepat dihilangkan dengan rekombinasi atau
dipilih karena sintesis rRNA yang terganggu.
KESIMPULAN

pada lokasi yang tampaknya tidak cocok untuk transposon DNA, Pokey telah
mengembangkan spesifisitas untuk sebuah situs di gen 28S Daphnia. Analisis genom
berdimensi D. pulex dan berkas jejak menunjukkan bahwa unit rDNA menunjukkan
tingkat variasi urutan yang sangat rendah yang konsisten dengan tingkat rekombinasi
yang lebih tinggi yang sebelumnya diamati untuk lokus ini. Memang, Pokey telah
melakukan diversifikasi menjadi dua garis keturunan elemen otonom, Pokey A dan
Pokey B, yang tampaknya bertahan pada beberapa peristiwa spesiasi. Sementara
anggota garis keturunan B berada di rDNA populasi di Oregon yang dipilih untuk
sekuens genom, anggota garis keturunan A berada di rDNA populasi D, pulicaria
dan D,pulex di luar Oregon.Kedua garis keturunan Pokey telah melahirkan dua garis
silsilah MITES, mPok 1 dan mPok 2, yang tampaknya merupakan turunan
penghapusan dari elemen penuh.

Bagian dari kekhususan elemen Pokey dapat dikaitkan dengan urutan yang
ditentukan dari transpos itu sendiri, karena situs target salinan non-rDNA memiliki
kemiripan sekuens yang lemah ke situs penyisipan rRNA 28S. Namun, kedua garis
keturunan Pokey memiliki urutan berulang yang berasal dari rDNA yang bervariasi
dalam pengaturan dan nomor fotokopi. Pengulangan ini mungkin berperan dalam
ekspresi elemen Pokey dari lokus rDNA, dan / atau peran dalam spesifitas
penyisipan. Apapun fungsinya, pengulangan Pokey berkembang bersamaan satu
sama lain dan dengan unit rDNA sendiri menyarankan pertukaran urutan yang
sedang berlangsung. Masih belum diketahui apakah elemen Pokey masuk atau
keluar dari lokus rDNA paling aktif, dan fraksi sisipan baru terjadi pada rDNA.
Sementara lebih banyak sisipan ditemukan di luar rDNA, ini hanya bisa
mencerminkan fakta bahwa sisipan non-rDNA lebih stabil dari waktu ke waktu.
Secara keseluruhan, hasil kami menunjukkan adanya interaksi kompleks antara
Pokey dan inangnya, dan menyoroti kebutuhan untuk berkonsentrasi tidak hanya
pada sifat inang, tetapi juga pada sifat keluarga individu ketika mencoba memahami
dinamika terkini dan sejarah evolusioner TE masa lalu.