HARI ISMAIL (14620068)

UTS BIOINFORMATIKA
5 sekuen DNA virus rabies yang merupakan bagian CDS dari gen nucleoproteine dengan
jenis isolate yang berbeda akan dianalisis daerah konserv, mutase dan filogeninya.
Kelima sekuen tersebut diambil dari genbank (NCBI) dalam bentuk FASTA dengan daftar
sebagai berikut:
>FJ228687.1 Rabies virus isolate 3886Sonsk2003 nucleoprotein (N) gene, partial cds
>FJ228686.1 Rabies virus isolate caushm954Orange1957 nucleoprotein (N) gene, partial
cds
>FJ228685.1 Rabies virus isolate C4TxCyMedina1993 nucleoprotein (N) gene, partial cds
>FJ228684.1 Rabies virus isolate C18TxdgReal1993 nucleoprotein (N) gene, partial cds
>FJ228683.1 Rabies virus isolate A11TxCyMedina1991 nucleoprotein (N) gene, partial
cds

Gambar 1

Gambar 2
Jarak bintang atau daerah konserv terpanjang adalah dari 118-161, tertanda merah pada gambar 1. Kemudian
di cek pada NCBI daerah konserv dari kelima sekuens. Didapat bahwa kelima sekuens DNA tadi memiliki
daerah konserv pada 1 sampai 264, tertanda merah pada gambar 2. Jadi daerah konserv terpanjang yang telah
di alignment yaitu antara basa nitrogen urutan 118-161 merupakan daerah CDS/ daerah konserv (1-264) yang
ditunjuk dalam data NCBI.

Gambar 3
Pada sekuens tidak ditemui adanya mutasi. Hal ini ditandai dengan tidak adanya tanda setrip, tertanda merah
pada gambar 3. Hanya terdapat tidak konserv dan konserv atau adanya tanda bintang dan tidak ada bintang
diatas sekuens, yang menunjukkan adanya kesamaan basa nukleotida dan tidak.
 Gambar 4
Berdasarkan hasil pembuatan pohon filogeni terdapat 2 cluster utama. Dimana satu cluster dibagi lagi menjadi 2
bagian. Diketahui bahwa isolate caushm954Orange1957 lebih berkerabat dekat dengan isolate
A11TxCyMedina1991, sedangkan isolate C4TxCyMedina lebih berkerabat dekat dengan C18TxdgReal1993,
dan isolate 3886Sonsk2003 memiliki perbedaan yang mencolok dengan keempat isolate sehingga membentuk
cluster sendiri.
B.
5 sekuen protein deoxyguanosine kinase Streptococcus dengan spesies yang berbeda
akan dianalisis basa nukelotida, daerah konserv, dan filogeninya. Kelima sekuen tersebut
diambil dari genbank (NCBI) dalam bentuk FASTA dengan daftar sebagai berikut:
>ACG63161.1 deoxyguanosine kinase [Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS10565]
>EGJ27846.1 deoxyguanosine kinase [Streptococcus porcinus str. Jelinkova 176]
>KED04834.1 deoxyguanosine kinase [Streptococcus equi subsp. ruminatorum CECT
5772]
>ERJ76572.1 deoxyguanosine kinase [Streptococcus sobrinus W1703]
>ODG94925.1 Deoxyguanosine kinase [Streptococcus agalactiae]

Gambar 5

Gambar 6
Sekuens konserv terpanjang diketahui adalah dari urutan 1-21. Jarak bintang atau daerah konserv terpanjang
adalah dari 1-21, tertanda merah pada gambar 5. Kemudian di cek pada NCBI daerah konserv dari kelima
sekuens. Didapat bahwa kelima sekuens protein tadi memiliki daerah konserv pada 1 sampai 213, tertanda
merah pada gambar 6. Jadi daerah konserv terpanjang yang telah di alignment yaitu antara basa nitrogen
urutan 1-21 merupakan daerah CDS/ daerah konserv (1-213) yang ditunjuk dalam data NCBI.

Gamabar 7
Berdasarkan pohon filogeni terlihat bahwa terdapat 2 cluster utama, dimana satu dibagi lagi menjadi 2 bagian.
Terlihat juga bahwa kekerabatan cluster satu lebih baik daripada cluster dua. Pada cluster satu kemiripan paling
dekat terlihat antara deoxyguanosine kinase Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS10565 dengan
deoxyguanosine kinase Streptococcus equi subsp. ruminatorum CECT 5772, hal ini dikarenakan masih dalam
lingkup satu spesies, sehingga kesamaannya sangat banyak/ mirip. Kemudian kedua sampel tadi memiiki
kemiripan dengan deoxyguanosine kinase Streptococcus porcinus str. Jelinkova 176, meskipun persenase
kemiripannya tidak seperti yang pertama. Sedangkan deoxyguanosine kinase Streptococcus sobrinus W1703
lebih memiliki kemiripan dengan deoxyguanosine kinase Streptococcus agalactiae.
C.

Gambar 8
Analisis enzim restriksi yang dapat digunakan untuk kepentingan memotong daerah gen
nad1 pada Rafflesia arnoldii (GenBank EU882230) dapat dilakukan dengan
menggunakan web server neb cutter (nc2.neb.com). Hasil yang didapat adalah sesuai
dengan gambar 8. Diketahui ada beberapa macam enzim retriksi yang dapat digunakan dalam memotong
sekuens yang telah kita berikan, disertai juga daerah pemotongannya.
D.
1. Docking dilakukan dengan menggunakan receptor esterogen alfa (PDB ID: 5acc) yang
akan didocking dengan ligan (Pubchem ID:10086148). Sebelum dilakukan docking,
dilakukan pembersihan terlebih dahulu reseptor menggunakna software PYMOL dari
atom-atom hydrogen dan protein lain/asam amino yang bukan merupakan bagian dari
protein reseptor sehingga yang didapat adalah benar-benar protein reseptor bersih.
Selanjutnya adalah proses pembuatan makromolekul menggunakan software PYRX
kemudian proses docking. Hasil yang didapat adalah sebagai berikut:
 Gambar 9
Berikut hasil dockingnya (Gambar 9). Berdasarkan hasil docking terdapat 10 tempat penempelan antara
reseptor dan ligan. Dan yang dipilih merupakan yang paling minus (-), karena yang diperlukan merupakan
pengikatan antara reseptor dan ligan dengan energi terendah. Didapat pada hasil docking ini yang terbaik
binding afinity nya yaitu sebesar -6,7.
2. Molecular docking antara protein Mannose reseptor dan Protein Envelope Glycoprotein
Dengue Virus 1. Proses yang dilakukan adalah dengan mencari model 3D protein
Mannose reseptor melalui protein data bank (www.rcsb.com) (PDB ID 1DQG).
Selanjutnya adalah mencari protein ligan dari PDD dengan PDB ID: 3G7T. selanjutnya
adalah membuaka web server Clus pro (www.cluspro.org) kemudian membuat akun
baru. Selanjutnya adalah tulis nama pekerjaan (job name) dimasukkan reseptor ID dan
ligan ID pada kolom lalu pilih “dock”. Hasil akan dikirim melalui pemberitahuan e-mail
setelah proses docking selesai. Hasil docking adalah sebagai berikut:

E.
Langkah desain primer manual
1 gacacgacag tagagaagat aacaaaacaa atggccatgg aagcagaacc acccaataga
61 cacttacgac gaccaaattt atcaacagtg tataaggcca cgaaagtgat tggcgaagtt
121 gactatacta aacgatggag tttggaagat ctttcatacg acgcgttg
Primer forward :
Panjang sekuens : 20 bp
GC content : 11/20 x 100% = 55%
TM = 4 (G+C) + 2 (A+T) = 4 (11) + 2 (9) = 44 + 18 = 62℃
TA = TM – 5 = 62℃ - 5 = 57℃
Primer reserve :
Panjang sekuens : 20 bp
GC content : 10/20 x 100% = 50%
TM = 4 (G+C) + 2 (A+T) = 4 (10) + 2 (10) = 40 + 20 = 60℃
TA = TM – 5 = 60℃ - 5 = 55℃
Berikut hasil desain primer secara online

Tertanda merah merupakan primer konfirmasi (hasil online) dari desain primer manual yang telah dikerjakan.
Diketahui hasil panjang sekuens dan GC% sama tetapi untuk hasil Tm nya sedikit berbeda dimana pada desain
primer manual hasilnya untuk forward 62℃ dan reverse 60℃, sedangkan pada desain secara online hasilnya
yaitu untuk forward 60,25℃ dan reverse 59,13℃.