KEMENTRIAN AGAMA RI

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI MAULANA MALIK IBRAHIM MALANG

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
JURUSAN BIOLOGI
Jl. Gajayana No.50 Telp. (0341) 558933, Fax.(0341) 558933

UJIAN TENGAH SEMESTER (UTS) SEMESTER GANJIL 2017/2018

BIOINFORMATIKA

Hari, Tanggal : Jumat, 27 Oktober 2017 Semester : VII

Waktu : 2 Minggu Ruang : Pertemuan Biologi
Dosen : Fitriyah, M.Si Sifat : Take home Open
Software and
References
Petunjuk Mengerjakan UTS
1. Tempelkanlah soal UTS pada logbook
2. Bahan yang dikerjakan dalam UTS adalah sekuen nukleotida dan protein yang telah dicari oleh masing2
mahasiswa pada perkuliahan sebelumnya (dapat juga menggunakan sekuen baru). Bagi mahasiswa yang
sekuennya belum seragam cobalah untuk mengeksplorasi kembali sekuen yang spesifik sehingga memudahkan
analisis dan hasilnya lebih akurat.
3. Ketiklah jawaban pada kertas A4. Hasil pekerjaan di email pada fitriyah.elfaizin@gmail.com maksimal
pengumpulan hari Jumat tanggal 10 November 2017 Pukul 17.00 WIB. Hasil pekerjaan juga di print out dan
ditempelkan pada log book
4. Apabila jawaban mengutip dari literarur mohon untuk dituliskan referensinya pada bagian akhir jawaban pada
setiap nomornya.
5. Jangan menunda pekerjaan selama ada waktu dan kesempatan.

Soal :

A. Analisa Nukleotida
(Penjelas : jawaban yang ditulis adalah jenis data (jika panjang boleh dituliskan kode
aksesnya saja), print out deret sekuen yang konserv, gambar pohon filogeni)
1. Browsinglah data nukleotida sebanyak 5 sampel. Pastikan bahwa sampel nukleotida yang
akan digunakan adalah jenis sampel yang seragam dan spesifik. Misal ingin menganalisa
nukleotida penyandi gen IL-10. Maka pastikan data yang digunakan benar-benar sekuen
nukleotida penyandi gen IL-10 dari organisme yang se-spesies (jika sulit maka data dapat
diambil dari sumber yang se-genus atau se-family). Simpan data dalam file notepad.
2. Masukkan data dalam software alignment
3. Lakukan proses Aligment nukleotida dengan menggunakan software alignment
(MEGA/BioEdit/yang lainnya)
4. Seleksilah sampel yang memiliki urutan nukleotida yang sama dengan bantuan aplikasi pohon
filogeni
5. Tunjukkan dan tandailah bagian yang konserv (memiliki tingkat ke-konserv-an/keseragaman
sekuen yang tinggi). Analisislah apakah bagian yang konserv tersebut meupakan daerah CDS
yang ditunjuk dalam data NCBI
6. Tunjukkan dan tandailah bagian yang diprediksi mengalami mutasi. Analisislah jenis mutasi
yang diprediksi

B. Analisa Protein
1. Browsinglah data protein sebanyak 5 sampel. Pastikan bahwa sampel protein yang akan
digunakan adalah jenis sampel yang seragam dan spesifik. Simpan data dalam file notepad.
2. Masukkan data dalam software alignment
3. Lakukan proses Aligment nukleotida dengan menggunakan software alignment
(MEGA/BioEdit/yang lainnya)
4. Seleksilah sampel yang memiliki urutan nukleotida yang sama dengan bantuan aplikasi pohon
filogeni
5. Tunjukkan dan tandailah bagian yang konserv (memiliki tingkat ke-konserv-an/keseragaman
sekuen yang tinggi). Analisislah apakah bagian yang konserv tersebut meupakan daerah
protein target yang diinformasikan dalam CDS

C. Pemetaan Enzim Restriksi

Analisislah enzim restriksi apa saja yang dapat digunakan untuk memotong daerah gen nad1
pada Rafflesia arnoldii (GenBank EU882230)
D. Molecular Docking
1. Protein - mkaromolekul
Buatlah model molecular docking ligan dan makromolekul. Jenis Ligan dan makromolekul
dapat dipilih sesuai minat masing-masing mahasiswa. Lakukan docking dengan
mengunakan software Pyrx

2. Protein Protein
Buatlah model molecular docking antara protein Mannose reseptor dan Protein Envelope
Glycoprotein Dengue Virus 1. Lakukan docking dengan menggunakan software docking
protein-protein online seperti Cluspro

E. Desain Primer
Desainlah primer yang dapat digunakan untuk amplifikasi gen CytB pada ikan sarden
(GenBank JQ818251). Penentuan desain primer dilakukan melalui 2 langkah yaitu langkah
manual kemudian dikonfirmasi menggunakan software pada NCBI Pick Primer